שיטות לזיהוי רצף ומבנה (שיטות א) Flashcards
אלו שיטות ישירות קיימות לזיהוי רצף ח”א בחלבונים?
2
- דגרדציה על שם אדמן
2. mass spectrometry
למה משמשת המולקולה
FDNB?
סימון של הקצה האמיני בחלבון
למה משמשת שיטת הדגרדציה על שם אדמן?
זיהוי רצף ח”א בחלבון
כיצד עובדת שיטת הדגרדציה על שם אדמן?
5
- הקצה האמיני מסומן ע"י ריאגנט אדמן ב pH גבוה - הריאגנט גורם לערער הקשר הסמוך - הורדה ל pH=2 גורמת להסרה של הח"א יחד עם הריאגנט - שימוש ב HPLC לזיהוי הח"א שנשרה - חזרה על השלבים
מיהו ריאגנט אדמן?
PITC
כמה ח”א ניתן לרצף בעזרת שיטת הדגרדציה של אדמן?
30-50
מה עושה טריפסין?
פרוטאז החותך בקצה הקרבוקסילי של ארגנין וליזין
מה עושה כימוטריפסין?
פרוטאז החותך בקצה הקרבוקסילי של ח”א ארומטיות
מה עושה פפסין?
פרוטאז החותך בקצה האמיני של לאוצין וח”א ארומטיות
מה עושה
cyanogen bromide?
ריאגנט כימי החותך בקצה הקרבוקסילי של מתיונין
למה משמשת שיטת
mass spectrometry?
זיהוי רצף ח”א של חלבונים
על מה מבוססת ההפרדה של חלקיקים ב
MS?
על היחסה מסה/מטען שלהם
מהם שלושת המרכיבים העיקריים של מכשיר ה
MS?
- מקור יוני
- mass analyzer
- detector
מה תפקידו של המקור היוני המצוי את מכשיר ה
MS?
לקחת חלבונים/חלקיקים בודדים ולהפוך אותם לגז טעון חשמלית
מה תפקידו של ה
mass analyzer
המצוי במכשיר ה
MS?
משתמש בשדה חשמלי ומגנטי ע”מ להפריד את החלקיקים המואצים בו לפי היחס מסה/מטען
MALDI-TOF זה סוג של MS. מה ייחודי בה? (3)
- תחילה יש שימוש בפרוטאזות לביקוע הפפטיד
- שימוש בלייזר הופך אותם לפאזה גזית ולטעונים
- המסה נקבעת לפי ה
TOF (time of flight)
של החלקיקים דרך המטריקס
מה מיוחד ב
tandem MS (MS/MS)?
(2)
- מאפשר קביעת רצף ח”א ע”י הרצה חוזרת של החלקיקים במכשיר לאחר ביקוע שלהם
- מאפשר זיהוי של מודיפיקיציות פוסט-תרגומיות על החלקיקים
מה ייחודי ב
LC-MS?
צימוד HPLC ל tandem MS מאפשר לזהות את ההרכב החלבוני של תערובת חלבונים בפעם אחת
למה משמשת שיטת
circular dichorism?
שיטה אופטית לזיהוי מבנים שניוניים בחלבון
למה משמשת שיטת
nuclear magnetic resonance (NMR)?
שיטה המשמשת לקביעת המבנה התלת-מימדי של חלבון תוך שימוש בשדה מגנטי
על איזה שיטה מבוססת שיטת ה
MRI?
NMR
למה משמשת השיטה של
דיפרקציית
X-Ray?
מציאת המבנה התלת-מימדי של מאקרומולקולות המבוססת על שבירת קרני
X
כתוצאה מפגיעתם בקריסטל של המאקרומולקולה הנבחנת