אנליזה מתמטית של תפקוד תאים (שיטות ב)

Question 1

מה מייצג

kon?

Answer 1

קבוע קצב האסויציאציה

Question 2

מה מייצג

koff?

Answer 2

קבוע קצב הדיסוציאציה

Question 3

במה תלוי קבוע הדיסוציאציה בין פרומוטור לפקטור שעתוק?

Answer 3

תלוי במספר וחוזק הקשרים הלא קוולנטים בין הפרומוטור לחלבון

Question 4

מה נכון לגבי
kon, koff
ב
steady state?

Answer 4

הם שווים ביניהם

Question 5

למה שווה קבוע האסוציאציה בין פרומוטור לפקטור השעתוק?

Answer 5

kon/koff

Question 6

למה שווה קבוע הדיסוציאציה בין פרומוטור לפקטור השעתוק?

Answer 6

koff/kon

Question 7

האם הריכוז הסופי של
[A:P(x)]
תלוי בקבועי הפירוק וההיווצרות שלהם?
מה כן תלוי?

Answer 7

• לא

- זמן ההגעה לריכוז זה כן תלוי בקבועי הקצב

Question 8

במה תלוי ה
production rate 
של חלבון 
X?
(3)

Answer 8

1. באינטראקציה של פקטורי השעתוק עם הפרומוטור שלו
2. מרכיבים ביולוגיים של שעתוק
3. מרכיבים ביולוגים של תרגום

Question 9

במה תלוי קצב הדגרדציה של חלבון
X?
(2)

Answer 9

1. קצב שליחתו לפירוק בפרוטאוזום

2. פקטור המיהול שלו בתא (כמה ציטופלסמה)

Question 10

למה שווה קצב השינוי של ריכוז חלבון
X
לאורך זמן?

Answer 10

קצב הייצור שלו פחות קצב הדגרדציה שלו

Question 11

למה שווה קצב השינוי של ריכוז חלבון מסוים ב

steady state?

Answer 11

0

Question 12

מה יקרה לריכוז של חלבון
X
המצוי בשיווי משקל כאשר זמן החיים של החלבון גדל?

Answer 12

הוא יגדל באותו הפקטור

Question 13

כיצד זמן החיים של חלבון מסוים משפיע על ההגעה שלו לשיווי משקל?

Answer 13

ככל שהחלבון עובר פירוק מהיר יותר הזמן שלוקח לו להגיע לשיווי משקל מתקצר.

Question 14

כאשר עושים אנליזה של רפרסורים על איזו פרקציה נסתכל ע”מ לכמת את מידת ההפעלה של שעתוק החלבון הנחקר?

Answer 14

נסתכל על הפרקציה של הפרומוטורים שאינם קושרים את הרפרסור

Question 15

מה מאפשרת מערכת של משוב שלילי?

2

Answer 15

1. תגובה מהירה יותר לאינפוט

2. תווך תגובה צר (הגנה מפני שינויים סביבתיים שונים)

Question 16

מה מאפשר לאוסילציות של מערכת לצאת לפועל?

Answer 16

מנגנוני משוב שלילי

Question 17

מערכת של משוב שלילי בעלת מרכיבים רבים _______ את זמן ההגעה ל

steady state

Answer 17

תאריך

Question 18

מערכת של משוב שלילי בעלת מרכיבים מעטים _______ את זמן ההגעה ל
steady state

Answer 18

תקצר

Question 19

מה משפיע על האמפליטודה של אוסילציות?

2

Answer 19

1. אפיניוט הקישור ביןפקטורי השעתוק לפרומוטור

2. יציבות החלבונים המשתתפים במנגנון המשוב השלילי

Question 20

מה מייצג קבוע היל?

Answer 20

את מידת הקאופרטיבית של מערכת נתונה

Question 21

מה מידת הקאופרטיביות של מערכת עם קבוע היל השווה ל1?

Answer 21

אין קאופפרטיביות כלל

Question 22

מה מאפשר מנגנון של משוב חיובי?

Answer 22

מאפשר למערכת להיות בעלת שני מצבים של
steady state-
פעיל או כבוי

Question 23

מה ההסברלכך שהמודל המתמטי של מנגנון משוב חיובי נותן 3 נקודות של
steady state
בעוד בפועל קיימות רק 2 (כבוי/פעיל)?

Answer 23

נקודת ה
steady state
השלישית איננה יציבה בפועל
(unstable)

Question 24

מתי יתרחש מעבר בין שני מצבי ה
steasy state
של מערכת עם משוב חיובי?

Answer 24

בהינתן שינוי סביבתי גדול מספיק

Question 25

מה מתאר המושג | robustness?

Answer 25

את מידת העמידות של מערכת נתונה מפני שינויים סביבתיים שונים

Question 26

מהו מנגנון בקרה קומבינטורי מסוג | AND NOT logic?

Answer 26

מנגנון המחייב היקשרות אקטיבטור ולא קישור של רפרסור

Question 27

מהו מנגנון בקרה קומבינטורי מסוג | AND logic?

Answer 27

יש צורך בהיקשרות אקטיבטור 1 וגם אקטיבטור 2

Question 28

מהו מנגנון בקרתי של feed-forward אינקוהרנטי?

Answer 28

מנגנון בו האקטיבטור מגייס רפרסור בעוצמה חלשה

Question 29

מה יקרה במנגנון feed-forward אינקוהרנטי כאשר האפיניוט של הרפרסור לפרומווטור תהיה גבוהה מהאפיניוט של האקטיבטור אליו? (kr>>ka)

Answer 29

הגן X יתבטא במהירות וביטויו ידעך מהר

Question 30

מה יקרה במנגנון feed-forward אינקוהרנטי כאשר האפיניוט של האקטיבטור לפרומוטור תהיה גבוהה מהאפיניוט של הרפרסור אליו? (ka>>kr)

Answer 30

הגן X יתבטא ברמה קבועה

Question 31

מהו מנגנון בקרתי של feed-forward קוהרנטי?

Answer 31

האינפוט גורם לביטוי אקטיבטור 1 הדרוש להפעלה של אקטיבטור 2,. שניהם דרושים להפעלת האאוטפוט של גן X

Question 32

מה משפיע על האאוטפוט שנקבל במנגנון feed-forward קוהרנטי?

Answer 32

אורך הפולס של האינפוט - אינפוט קצר-אאוטפוט קצר - ולהיפך

Question 33

מה משפיע על האאוטפוט שנקבל במנגנון feed-forward אינקוהרנטי?

Answer 33

מידת האפיניוט של האקטיבטור לעומת מידת האפיניוט של הרפרסור