רעות שלגי תרגום Flashcards
מהם שני האתרים האקטיביים שיש בריבוזום? באיזה תת יחידה כל אחד נמצא?
decoding center
כאן נעשה הצימוד בין הקודון לאנטי קודון. נמצא בתת היחידה הקטנה (בין היחידה הקטנה לגדולה)ז
PTC - peptidyl transfer center
נמצא בתת היחידה הגדולה, שם נוצרים הקשרים בין החומצות האמיניות
איך נקראת המנהרה בה הפפטיד יוצא מהריבוזום?
exit tunnel
איזה עמדות יש ב
decoding center
מה קורה בכל עמדה?
A,P,E
A-aminoacyl trna
החדש
P-peptidyl trna
מי שעכשיו מסר
E-exit
מה מיוחד בשלב האלונגציה?
הוא שמור בין פרוקריוטים לאאוקריוטים
מהם ארבעת השלבים בתהליך האלונגציה? תן פירוט קל על השלבים
1.קשירה של תרנא וזיהוי קודון:
התרנא אמינואציל נקשר לעמדה איי
2.היווצרות הקשר הפפטידי
הקשר הפפטידי נוצר והתרנא שבעמדה פ’ מתנתק מהפפטיד (שהוא עד עכשיו החזיק)
3.טרנסלוקציה של תת היחידה הגדולה בריבוזום:
תת היחידה הגדולה זזה ככה שמי שהיה בפ’ עכשיו יהיה באי’ וכ’ו
4.טרנסלוקציה של תת היחידה הקטנה בריבוזום:
ככה למעשה כל הריבוזום כבר זז, ומי שהיה בעמדה אי’ מוסר
כמה אנרגיה מושקעת ביצירת הקשר הפפטידי?
הקשר הפפטידי נוצר ספונטנית על ידי שימוש באנרגיה שאגור בתרנא שמגיע עם חומצה אמינית
מיהם שני פקטורי האלונגציה? בבקטריות ובחיידקים
בבקטריות:
EF-Tu
EF-G
באאוקריוטים:
eE-F1
eE-F2
מה התפקיד של הפקטורים
EF-Tu
EE-F1
מיהם פקטורי העזר שלהם ומה תתפקידם?
הפקטורים נושאים מולקולת
GTP.
הם לוקחים איתם את התרנא שאמור להצטרף לשרשרת, מוודאים שהקודום אכן מתאים לאנטי קודון. עד שהם מאשרים שאכן יש התאמה, הגתפ ממסך את היכולת של החומצה האמינית להתחבר לשרשרת. לאחר שיש אישור שהכל בסדר הגתפ הופך לגדפ והחומצה אמינית יכולה להצטרף לשרשרת.
פקטורי העזר הם
EF-Ts
EE-F1B
תפקידים להפוך גדפ לגתפ ובכך הם ממחזרים את הפקטור לשימוש נוסף
מה התפקיד של הפקטור
EF-G
EE-F2
?
הם מאפשרים את הרטנסלוקציה של הריבוזום שלושה בסיסים באמצעות שימוש באנרגיית גתפ
האם טרנסלוקציה של הריבוזות דורשת אנרגיה?
גן יש שימוש בגתפ. נעזרים בפרטורי אלונקגציה לשם כך
מה השוני בתהליך האלונגציה בפרוקריוטים ואאוקריוטים?
אין הבדל. זהו תהליך שמור
כיצד הפקטור
EF-Tu
EE-F1
יודע לעשות
proofreading
כלומר לוודא התאמה בין קודום לאנטיקודון?
האנטי קודון מגיע לקודון. אם הם מתאימים יש התאמה מרחבית כזאת שמאפשרת לחלק
16S
של הררנא להקשר למרנא ולתרנא. רק במידה ואלו נקשרו, הפקטור יכול לעשות הידרוליזה ולהפוך את הגתפ שלו לגדפ ובכך לאפשר אלונגציה
מה שמות החלבונים שנמצאים ב
exit tunnel?
איפה המנהרה הכי צרה?
מה הי מונעת?
שמות החלבונים הם
L4,L22
המנהרה הכי קצרה במיקומם של החלבונים
המנהרה מונעת מהחלבון להתקפל לפני שמסיימים לשעתק אותו
האם שלב באינציאציה בפרוקריוטים ובאאוקריוטים שמור?
לא, הוא שונה
בחיידקים
המרנא פוליציסטרוני או לא?
מה מיוחד באינטרונים שלו?
מה זה
RBS?
המרנא החיידקי הוא פוליציסטרוני
אין לו אינטרונים
RBS
זה רצף שנמצא אפסטרים לתחילת נקודת השעתוק שבעצם אומר לריבוזום: שים לב, תיכף מתחיל שעתוק
באאוקריוטים
המרנא הוא פוליציסטרוני או לא?
איפה הריבוזום יקשר למרנא?
מה יש בצד 3 של המרנא שלו?
מה יש בצד 5 של המרנא שלו?
המרנא לא פוליציסטרוני
הריבוזום נקשר למרנא ב
start codon
בניגוד לרבס בחיידקים
בצד 3 יש את הזנב עם האיי, ובינו לבין חלק מסויים של המרנא יש
3UTR
בצד 5 יש את הקאפ, ובינו לבין ה
start codon
יש
UTR5
ארבעה הבדלים באינציאציה בפרוקריוטים ויוקריוטים הם:
- הרנא החיידקי הוא פוליציסטרוני
- רצף רבס שיש רק לחיידקים
- באאוקריוטים יש שלב סקאנינג. כלומר התרנא הראשון מחפש את הסטארט קודום
- בפרוקריוטים התרנא הראשון מקודד לפורמיל מתיונין (יש מודיפיקציה)
מיהם פקטורי האינציאציה בפרוקריוטים ומה תפקידם?
מה קורה כשהם מסיימים את עבודתם?
IF1,IF2,IF3
IF1
מתלווה ל איי-אפ-2
IF2
אחראי על הבאת התרנא הראשון עם הפורמיל מתיונין ל
P site
הוא מכסה את החומצה האמינית עד שהוא מבצע
fedility
כלומר ווידוא התאמה. פעולתו דורשת אנרגיה
IF3
מהדק את הקשר בין הרבס למרנא ל
16S
לאחר שהפקטורים מסיימים את פעולתם שתי תת היחידות של הריבוזום מתחברות והפעולה ממשיכה
מהם שני שלבי האינציאציה בפרוקריוטים?
שלב ראשון:
המרנא ותת היחידה הקטנה של הריבוזום (16 אס) נקשרים זה לזה דרך
RBS
בעזרתו של הפקטור איי-אפ 3.
שלב שני:
התרנא עם המתיונין פורמלי נכנס לאתר ה
P
בעזרתו של איי-אפ 1 ו2. תפקידו של האיי-אפ 2 הוא להביא אותו לשם. כשיש הידרוליזה מתחילה האלונגציה
מהו ה
cap binding complex?
קומפלקס חלבונים שנקשר אל הקאפ של המרנא. כל שלבי האינציאציה מתחילים ממנו. הקומפלקס הזה נקשר לזנב של הפולי איי בצד השני
מהו
eiF
מה הוא כולל, ומה כל אחד מהם עושה
משפחת חלבונים שהיא חלק מהקאפ ביינדינג קומפלקס. כולל את החלבונים הבאים:
4E
קושר את הקאפ ישירות
4G
חלבון פיגום שעליו נבנה קומפלקס האינציאציה
4A
רנא הליקאז שמאפשר סקאנינג. פותח מבנים שניוניים ברנא
מה כולל ה
pre initiation complex
באאוקריוטים?
את תת היחידה הקטנה של הריבוזום ה40 אס, את התרנא הראשון עם המתיונין ואת הפקטור
elf2a
שמביא את החומצה אמינית הראשונה ועוזב רק כשהוא מוודא שהקודון והאנטיקודון מתאימים
מה ההבדל בין
elf2a
ל
eE-F1
?
יש לשים לב ש
elf2a
מדבר על החומצה אמינית הראשונה בעוד ש
eE-F1
מדבר באופן כללי
כיצד מתבצע תהליך הסקאנינג באאוקקריוטים?
מי נותן את הכוח לתהליך?
cap binding complex
יחד עם
scanning complex=pre initiation complex
סורקים את המרנא ומחפשים את קודון ההתחלה. מי שנותן את האנרגיה לתהליך הזה הוא ה
4A
שתורם אתפ לתהליך. כשנמצא קודום ההפעלה, עוזב הפקטור
elf2a
ובמקומו מגיעה היחיד הגדולה של הריבוזום
