Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

2A1 > Week 3 > Flashcards

Week 3 Flashcards

1
Q

waardoor wordt CML in 95% vd gevallen veroorzaakt?

A

een mutatie; translocatie in chromosoom 9 en 22

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

hoe wordt de diagnose van cml gedaan?

A

cytogenetisch onderzeok vd beenmergcellen en moleculair onderzoek voor het BCR-ABL fusiegen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

welke soorten DNA-schade heb je?

A

waarneembaar met microscoop (50%): chromosoomafwijkingen
niet waarneembaar met microscoop: verschillende vormen v leukemie; puntmutaties, microdeleties, micro-inserties

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

wat is het philadelphia chromosoom?

A

een cytogenetische afwijking die terug komt bij elke CML patient; stukje van 22 verhuist naar 9 en andersom: 9;22 translocatie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

welk nieuw fusiegen ontstaat door de translocatie van 9;22?

A

BCR-ABL: de intronen gaan eruit –> fusie-mRNA ontstaat, kan ATP binden –> actief, fosforyleert substraten

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

hoe wordt het BCR-ABL eiwit geblokkeerd?

A

imatinib; een tyrosine kinase inhibitor –> bindt aan de pocket waar atp zou binden –> inactief

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

wat gebeurt er wanneer de middelen voor de behandeling van CML niet meer werken?

A

er is overgang naar acceleratiefase en blastenfase –> overgang naar acute fase, stamceltransplantatie laatste optie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

wat is het verschil tussen AML en CML?

A

AML is een heterogene ziekte; veel verschillende mutaties kunnen de ziekte veroorzaken, beloop verschilt per mutatie, bv door monosomie 7 minder goede reactie op behandeling

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

hoe worden BCR-ABL aangetoond?

A

moleculair biologische en immunologische technieken, karyotypering maakt onderscheid tussen slechte en goede prognoses

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

welke fases van de celcyclus zijn er?

A

G1, S, G2, M

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

wat gebeurt er in elke fase?

A

G1: celgroei
S: verdubbeling DNA, chromatide gekopieerd
G2: klaarmaken voor mitose
M: verdeling chromosomen over de 2 cellen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

wat gebeurt er in de profase?

A

DNA condenseerd tot losse chromosomen zichtbaar worden

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

wat gebeurt er in de prometafase?

A

kernenvelop wordt afgebroken, chromosomen los in cytoplasma, vast aan tubuline draden

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

wat gebeurt er in de metafase?

A

chromosomen liggen geordend in cel, worden naar midden getrokken

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

wat gebeurt er in de anafase?

A

chromosomen worden naar 2 kanten vd cel getrokken, worden verdeeld over de dochtercellen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

wat gebeurt er in de telofase?

A

rondom DNA nieuwe kern enveloppen aangelegd, gaan weer concentreren

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

wat gebeurt er in de cytokinese?

A

vorming van 2 cellen, kernen gescheiden –> cytoplasma deelt zich

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

wat is het kinetochoor?

A

de structuur van tubuline draden die vastzit aan centromeer en chromosomen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

hoe spoor je chromosomale afwijkingen op?

A

aankleuren, fluerescentie in situ hybridisatie (fluor probe), chromosoom specifieke probes (FISH), verzameling probes, spectrale karyotypering (SKY) elk chromosoom eigen kleur (verhuizing te zien)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

hoe ontstaan alle chromosomale afwijkingen?

A

dubbelstrengbreuk in het DNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

wat gebeurt er wanneer een cel met dubbestrengsbreuk in mitose gaat?

A

een stuk vd breuk heeft geen centromeer, blijft in het midden hangen –> micronucleoli vormt, kunnen opnieuw breken en in elkaar gezet worden –> meerdere transversies in 1 cel (chromothripsis)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

wat zijn voorbeelden van numerieke afwijkingen in het chromosoom?

A

chromosoom verlies of duplicatie –> aneuploidie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

wat gebeurt er bij een numerieke afwijking?

A

ontstaat bij metafase, als chromosoom niet vast zit bij de verdeling (anafase) –> chromosoompje te veel of te weinig in dochtercel (non-disjunctie)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

hoe toon je numerieke afwijkingen aan?

A

karyogram
analyse van (CA)n repeats:
NGS: verlies van single nucleotide polumorphisms

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
Q

hoe breng je genamplificatie in beeld?

A

in situ hypridisatie met c-myc probe of door R-bandering. te zien als homogeen gekleurde gebieden of ‘double minute’ chromosomen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
26
Q

hoe kan genamplificatie bijdragen aan kanker?

A

activeren van oncogenen”
- translocatie, verdubbeling van chromosmen, genamplificatie
inactiveren van tumorsuppressorgenen:
- deletie, verlies van chromosoom

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
26
Q

wat voor signalen geven telomeren af wanneer ze te kort dreigen te worden?

A

M1 hayflick limit, daarna M2 crisis

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
27
Q

hoe worden chromosomale afwijkingen gedetecteerd en geidentificeerd?

A

klassieke cytogenetica: bandering
moleculaire cytogenetica:
- fluorescente in situ hybridisatie (FISH)
- array (SNP)
moleculaire diagnostiek
- RQ-PCR, Q-PCR, sequencing

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
28
Q

hoe werkt cytogenetisch onderzoek?

A

eerst kweken (beenmerg of bloed), groeifactoren teovoegen om leukemische cellen te triggeren, met colcemid celdeling stop (mitose blok), chromosomen bevroren –> hypotone oplossing toevoegen –> cellen kapot –> fixeren –> druppelen suspensie op glaasje –> bandering

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
29
Q

waaruit bestaat en chromosoom?

A

een centromeer met boven een korte (P) arm en onder een lange (Q) arm

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
30
Q

welke structurele afwijkingen zijn gebalanceerd?

A

geen verlies van materiaal:
-translocatie,
- inversie: deel is 180 graden gedraaid, kan paracentrisch (aanPQ arm), of pericentrisch (rond centromeer)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
31
Q

welke structurele afwijkingen zijn niet gebalanceerd?

A

chromosomaal materiaal verloren of extra:
- deletie: terminale (uiteinde) of interstitiele (midden)
- amplificatie
- niet gebalanceerde translocatie
- genmutatie (basepaarniveau)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
32
Q

wat is een complex karyotype?

A

meerdere afwijkingen met een slechte prognose

33
Q

wat is een monosomaal karyotype?

A

verlies vna 2 autosomen, 2 monosomieën, of een monosomie en een structurele afwijking, overall survival 7%

34
Q

wat is FISH (fluorescence in situ hybridization)?

A

om mutaties te zien, erg beperkt, gericht op specifieke target, DNA smelten, enkelstrengs DNA (probe) eroverheen wassen met fluorescende label, er is metafase FISH (delende cellen) en interfase FISH (niet delende)

35
Q

wat zijn de voordelen van FISH?

A
  • detectie microdeleties
  • breukpunt detectie en verbetering
  • detectie van cryptische translocaties en complexe genoom vernaderingen
  • snelle diagnostische detectie op kernen in interfase
  • demonstratie van een kleine hoeveelheid afwijkende cellen
36
Q

wat zijn de nadelen van FISH?

A
  • gelimiteerde sensitiviteit
  • geeft alleen antwoorden op gestelde vragen
  • beperkte target locaties om te onderzoeken
37
Q

wat zijn fusie probes?

A

specifiek ontworpen voor translocaties, geen translocatie –> 2x rood 2x groen. bij fusie-signaal geel

38
Q

wat gebeurt er bij break-apart probes?

A

de stukken gaan uit elkaar bij een breuk, bij geen translocaties twee fusies zichtbaar, bij wel een fusie en een rood en een groen

39
Q

wat zie je bij een multiple myeloom?

A

afwijkende cellen delen niet, moeilijk chromosoomonderzoek, normaal karyotiepe zie je, wel afwijkende FISH bij interfasekernen.

40
Q

hoe zuiver je plasmacellen?

A

rode bloedcellen uit beenmerg door rode bloedcel lysis, op buitenkant plasmacellen zit marker –> CD-138, juiste antilichaam maken selecteerd cellen –> worden aan beads gekoppeld, CD-138 bindt aan antilichaam, bij magneet blijven beads met plasmacellen hangen.

41
Q

hoe werkt SNP (single nucleotide polymorphism)-array?

A

breed kijken naar fouten met kleine resoluties –> met 850000 probes, test of iemand SNP homozygoot of heterozygoot, kan makkelijk deleties of duplicaties opsporen

42
Q

hoe wordt de analyse van SNP-array gedaan?

A

mbv LogR zegt over aantal kopieen, en B-allele frequency over frequentie SNP. een allel zichtbaar: deletie, 3 allelen zichtbaar: duplicatie, bij alleen AA of BB: verlies heterozygositeit

43
Q

wat zijn cyclines?

A

ze controleren de voortgang van de celcyclus

44
Q

wat voor cyclines zijn er en wat doen ze?

A

cycline D: in G1-fase, activatie vd celcyclus, na groeisignaal
cycline E: op overgang G1 en S-fase, voortgang vd S-fase
cycline A: in S-fase, voor progressie S
cycline B: actief in G2-fase, voor voortgang G2-fase naar mitose

45
Q

wat zijn cycline afhankelijke kinases en remmers?

A

CDK’s: continue aanwezig in cel, allelen actief bij binding met cycline, fosforyleren eiwitten die nodig zijn voor celcyclus progressie, CDK4 aan cycline D en CDK2 aan E en A
CKI’s: binden aan Cyc/CDK-complexen, remmen kinase activiteit, tijdens bepaalde delen in cyclus, vooral G1, na signalen v buiten of schade. p16ink4a remt D en CKI p21 remt A en E

46
Q

wat voor checkpoints zijn er en welk eiwitten zijn betrokken?

A

restrictiepunt: RB retinoblastoma eiwit
G1/S-checkpoint: P53
Intra S-checkpoint: ATM
G2/M-checkpoint: -
anafase-checkpoint: BUB1

47
Q

hoe werkt het groeien van de cel?

A

groeisignaal activeerd cycline D–> niveau omhoog, bindt aan CDK4, complex actief. E2F zet S-fase aan, gebonden aan fosforyleerde RB-eiwit, dan is het inactief, als ie loskomt E2F wel actief –> schakelt cycline E in –> overgang S-fase, activeert p16-eiwit –> cycline D activiteit geremd

48
Q

wat gebeurt er bij DNA beschadiging?

A

het p53 eiwit niveau omhoog (tumor suppressor) –> p21 wordt afgeschreven, remt cycline E/CDK2-complex, remt overgang G1/S (arrest)

49
Q

wat gebeurt er bij een mutant p53 cel?

A

niveau niet omhoog –> p21 niet afgeschreven –> cycline E/CDK2-complex niet geremd, geen G1/S-arrest –> S fase –> risico kanker

50
Q

welk gen zal er geactiveerd worden bij DNA-beschadiging in een normale cel en wat gebeurt er hierna?

A

het ATM-gen (tumor suppressor gen), activeert CHK2, wat cycline A/CDK2-complex inactiveert –> synthese DNA in S-fase geremd

51
Q

wat gebeurt er in een mutante ATM cel?

A

geen activatie van CHK2 eiwit –> cyclina A/CDK2 complex niet geremd, –> replicatie beschadigd DNA. ataxia telangiectasia –> overgevoeligheid röntgenstraling (kankerpredispositie)

52
Q

hoe meet je een intra S-checkpoint defect?

A

via radioresistente DNA-synthese. bij röntgenstraling op cel AT-patiënt in S-fase radioactieve bouwsteen DNA toevoegen, wordt dit ingebouwd. DNA replicatie zet voort na bestraling

53
Q

wat is de mitotische spindle?

A

wanneer de microtubuli aan het kinetochoor en aan een centrosoom binden. de centrosomen trekken de chromosomen uit elkaar

54
Q

hoe werkt het kinetochoor?

A

zitten spanningsgevoelige eiwtten, detecteren of de microtubuli gebonden zijn, zo niet wordt de mitose gestopt (anafase checkpoint), als dit niet goed gaat krijg je chromosomale instabiliteit/aneuploïdie

55
Q

wat is het nijmegen breuk syndroom (NBS)?

A

anafase checkpoint werkt niet goed, patienten met microcephalie, groeiretardatie, intellectuele achterstand, gonadale dysgenese, immuundeficiïentie, chromosomale instabiliteit, stralingsgevoelgigheid, kanker predispositie, autosomaal recessief, Nbs1 of RAD50 gen mutatie

56
Q

hoe werken Nbs1 en RAD50?

A

binden aan dubbelstrengs DNA-breuken voor bij elkaar houden, bij niet goed werken kan je translocatie krijgen. voor herkenning is ATM-kinase nodig –> verhoogde activiteit CHK2

57
Q

wat krijg je bij afwezigheid van Nbs1-RAD50-gen?

A

DNA-synthese wordt niet geremd –> RDS-fenotype, in AT-cellen, want hier is geen ATM-kinase, genomische instabiliteit door fouten bij herstel van dubbelstrengs DNA-breuken

58
Q

waar zit de centrale klok?

A

in de syprachiasmatische nucleus (SCN)

59
Q

welke genen zijn betrokken bij de interne klok en wat krijg je als die worden uitgeschakeld?

A

cryptochroom 1 en 2. bij cry1 uit: interne klok sneller tikken, bij cry2 uit interne klok trager

60
Q

hoe werkt de circadiane klok?

A

met klokgenen en klokeiwtten die aan en uitschakelen. cry genen vanaf een e-box promoter

61
Q

wat zijn kenmerken van mitochondriaal-DNA?

A
  • 16,5 kb lang, maximaal 1000 kopieën per cel, omvat minder dan 1% van totale hoeveelheid DNA, mitochondriaal is circulairw
62
Q

wat zijn kenmerken van kern-DNA?

A

bij haploïde cel: drie miljard baseparen lang, 50-250 Mb per chromosoom

63
Q

hoe wordt de sequentie van het DNA bepaald?

A
  1. isoleren van DNA
  2. kloneren
  3. delen van DNA ordenen op plek van chromosoom
  4. specifiek deel van DNA in stukjes knippen
  5. sequencen van kleine stukjes DNA –> daarna in volgorde gezet
64
Q

wat is een proteoom?

A

een volledige set eiwitten gecodeerd door het humane genoom, veel complexer dan van intervertebrale organismen

65
Q

waarvoor kan de humane genoomsequentie worden gebruikt?

A
  • identificeren en kloneren van ziektegenen
  • identificeren van nieuwe genen verwant aan drug targets; mogelijkheid voor nieuwe farmacologische stoffen ontwikkelen
  • mutaties die overgevoeligheid voor medicijnen veroorzaken vinden
66
Q

hoe laat de microarray analyse bij vergelijking tussen RNA uit de tumor en gezond weefsel resultaat zien?

A
  • geen oplichting: genen niet tot expressie
  • geel: genen even hard tot expressie
  • groene of rode uitslag: expressie in ene weefsel meer dan de ander
67
Q

hoe valideer je de microarray analyse?

A

met western blot of pcr: krijg je inzicht in genen en moleculaire processen –> diagnose, prognose en individuele behandeling verbeteren

68
Q

waarvoor is de toepassing van microarray belangrijk?

A

DLBCL (diffuse large B cell lymphoma), ernstige leukemie, door cDNA microarrays onderscheid tussen germinal centre B-like DLBCL en activated B-like DLBCL

69
Q

wat zijn proteomics?

A

bestuderen alle eiwitten van de cel,

70
Q

waarvoor kan massapectrometrie voor worden gebruikt?

A
  • eiwitten identificeren en kwantificeren
  • bindende eiwitten identificeren
  • eiwitmodificaties identificeren
    het duidt de molecuulmassa en relatieve hoeveelheid
71
Q

hoe vindt eiwitidentificatie plaats?

A

mbv massaspectrometrie. eerst eiwitmengsel –> wordt in stukjes geknipt mbv een protease (trypsine) –> analyse

72
Q

wat doet trypsine?

A

uit de darmen, knipt op de plek van een arginine of lysine –> levert peptides die beginnen met een K of R; collectie aan tryptische fragmenten, dit wordt onderzocht

73
Q

hoe identificeer je bindende eiwitten?

A

als je kijkt naar welke eiwitten binden met het eiwit van interesse, door het gebruiken van een antilichaam voor het eiwit met de interacties, dit bindt. de eiwitten die niet binden gaan weg, met massaspectrometrie kan je dan de interacties zien

74
Q

hoe spoor je eiwitmodificaties op?

A

behandelen van eiwitmengsel met trypsine, verrijken met fosfaatgroep, met massaspectrometrie eiwtten identificeren, 1e piek is zonder fosfaatgroep, 2e met fosfaat

75
Q

wat zijn metabolomics?

A

analyseert welke metabolieten voorkomen, bv in bloed. zo vroege detectie van tumoren (hallmark deregullering van eenrgievoorziening: metabolieten die normaal er niet in grote hoeveelheden zijn)

76
Q

hoe breng je een metaboloom in kaart?

A
  1. sample preparation
  2. massaspectrometrie
  3. identificatie mbv computer
  4. herkennen patroon
  5. bepalen biomarker
77
Q

wat zijn metabolieten?

A

klein, kunnen positief geladen worden en tegen plaat vliegen

78
Q

waar zorgt mRNA nog meer voor naast eiwitactiviteit?

A
  • regulatie eiwitmodificaties (fosforylering)
  • regulatie eiwitstabiliteit (afbraak door proteases)
  • regulatie translatie
79
Q

welke stappen vinden plaats bij microRNA’s die regulerende functie hebben voor transleren van t mRNA?

A
  1. van DNA wordt een stuk RNA afgeschreven: primaire micro-RNA
  2. Drosha knipt tot pre-miRNA
  3. transport uit nucleus naar cytoplasma
  4. dicer knipt complex tot miRNA
  5. streng wordt ongebouwd in RISC-complex. dit complex kan binden aan complementaire sequentie in mRNA
  6. miRNA zorgt voor specificiteit, eiwitcomponenten zorgen voor repressie translatie of mRNA afbraak
80
Q

waar zorgt miR-16 verlaging voor?

A

Bcl2 verhoogd > apoptose remming
CDC25A verhoogd > celcyclus progressie

81
Q
A

2A1 (5 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions