Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

2A1 > Week 2 > Flashcards

Week 2 Flashcards

1
Q

Waaruit bestaat DNA?

A

Een dubbele helix die bestaat uit een suiker-fosfaat graat, waaraan basen zitten. basen zitten in binnenkant, suiker-fosfaat buiten. fosfaat is negatief geladen: polariteit

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
1
Q

Waaruit bestaan de bindingen van cytosine en guanine en de bindingen van adenine aan thymine?

A

C-G : 3 waterstofbruuggen
A-T : 2 waterstofbruggen
–> stabiliteit

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Wat gebeurt er bij verandering in de aminozuren?

A

Andere 3D-structuur van het eiwit –> andere functie. Bij een enzym kan bv de bindingsplaats voor een substraat veranderen; verandert de affiniteit van het enzym

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Wat is replicatie?

A

Het proces van DNA synthese

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

wat is er bij een single nucleotide mutation?

A

een baseverandering op zes miljard basen/

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

wat is een stochastisch proces?

A

een toevalsproces, een opeenstapeling van mutaties

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

wat is een purine?

A

een base die bestaat uit een heterocyclische ring (adenine of guanine)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

wat is een pyrimidine?

A

een base die bestaat uit twee heterocyclische ringen (thymine of cytosine)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

wat gebeurt er bij transversie?

A

een overgang van purine –> pyrimidine of andersom. afhankelijk van locaatie gevolgen: missense of nonsense

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Welke verschillende soorten chromosomale afwijkingen zijn er?

A

translocaties, amplificaties, deleties, numerieke afwijkingen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

wat houd een translocatie in?

A

uitwisseling van chromosoomstrengen, gebalanceerde en ongebalanceerde (geen of wel netto DNA-verlies)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

wat is deregulatie van de expressie?

A

wanneer er door een fusie-gen een fusie-eiwit ontstaat met nieuwe en versterkte functies of verloren functies. of er verhuisd een gen naar een ander chromosoom –> gen onder andere promotor

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

wat is de amplificatie?

A

vermeerdering mutatie. door DHFR wordt thymidine gesynthetiseerd; nodig voor celgroei. geremd door methotrexaat (MTX). DHFR kan dupliceren, MTX wordt opgeheven

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

wat is deletie?

A

stukken DNA verloren, verlaagde expressie van eiwit of verlies heterozygositeit; sprake bij verlies van gezond allel –> alleen gemuteerde wordt vermeerderd

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

wat gebeurt er bij numerieke afwijkingen?

A

te veel of te weinig kopieËn van een chromosoom (aneiploïdie), geen evenwichtige verdeling van chromosomen –> onder of over expressie van eiwit of verlies heterozygositeit

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

wat zijn 5 oorzaken van DNA-beschadiging?

A
  • chemische instabiliteit
  • chemische verbindingen
  • biologische stoffen
  • fysische agentia
  • foutieve replicatie
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

in welke soorten kan je DNA-beschadigingen onderscheiden?

A
  • chemische adducten
  • intrastrengs crosslinks: UV-licht of cisplatine/ 2 guaninen uit aparte strengen aan elkaar
    -DNA-streng breuken: enkelstrengse breuk of dubbesltrengse breuk (oxidatieve schade of ioniserende straling)
  • basepaar mismatches: translesie synthese of proofreading fouten
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Wat is chemische instabiliteit?

A
  • spontane hydrolyse; N-glycosylverbinding tussen suikers en base verloren –> er ontstaat meer suiker waar geen base meer aan vast zit, (gedepurineerde suiker) bij replicatie site overgeslagen –> deletie van 1 basepaar
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Wat is chemische instabiliteit?

A
  • deaminatie van basen: een vorm van spontaan verval van het DNA. verdwijning aminogroep van de base. bv cytosine –> uracil. transitie : verandering in complementariteit. replicatie induceert een mutatie
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

wat zijn endogene stoffen?

A

stoffen die het lichaam zelf produceert, bv zuurstofradicalen door metabole processen (reactive oxygen species): guanine bv in 8-oxoguanine

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

wat is benzoapyreen?

A

in sigarettenrook, wordt omgezet in benzoapyreen diol epoxide (BPDE): metabolisch geactiveerd, is wel gevaarlijk. veroorzaka chemische adducten die DNA dubbelhelix verstoren

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

welke chemische adducten verstoren de DNA dubbelhelix niet?

A
  • spontane hydrolyse, deaminatie, oxidatieve DNA schade
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

wat is hoogenergetische straling?

A

gamma- en röntgenstraling en UV licht. UV licht kan crosslink aanleggen tussen 2 pyrimidines –> pyrimidine dimeer of 6-4 fotoproduct gevormd. Rontgen –> ontstaan breuken in DNA-helixes (dubbelstrengs DNA-breuk)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

wat zijn DNA-schade reparatiemechanismen?

A

-base excisie reparatie: herstel van kleine adducten
- nucleotide excisie reparatie: herstel grote adducten (UV-licht)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

hoe werkt base excisie reparatie?

A

voor bv oxidatieve DNA-schade, begint met een DNA-glycosulase, bv een OGG1 (8-0x0guanine DNA-glycosylase) knipt het beschadigde DNA weg. OGG1 katalyseert de hydrolyse van de N-glycosyl verbinding tussen deoxyribose en 8-oxoguanine –> abasische plaats (gedepurineerde suiker)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
Q

wat is base-flipping en hoe wordt de vreemde base verwijderd??

A

de vreemde nucleotide wordt herkend en het DNA-glycosylase trekt de foute base naar buiten, die wordt weggeknipt,de N-glycosyl band wordt verbroken, AP endonuclease maakt een breuk aan de abasische site –> enkelzijdige breuk

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
26
Q

welke 2 dingen kunnen gebeuren na base flipping voor het verwijderen van de verkeerde base?

A

long en short patch

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
27
Q

wat gebeurt er bij long patch?

A

het DNA is opengeknipt; DNA-polymerase bindt en start met nieuwe nucleotiden inbouw, DNA-synthese, flap over door endonuclease weg, ligase zorgt ervoor dat de 2 stukken aan elkaar komen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
28
Q

wat gebeurt er bij short patch?

A

de abasische patch wordt weggeknipt zonder veel verandering aan DNA. polymerase en ligase maakt gat dicht

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
29
Q

wat wordt er gerepareert bij nucleotide excisie reparatie?

A

de intrastreng crosslinks en DNA-dubbele helix verstorende adducten

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
30
Q

wat is het probleem bij xeroderma pigmentosum en cockayne syndroom?

A

het systeem van ner werkt niet

31
Q

wat gebeurt er als er UV licht op DNA komt?

A

een mutatie: twee pyrimidines raken gecrosslinkt

32
Q

hoe wordt de crosslink van twee pyrimidines gerepareerd?

A

Via globaal genoom NER of transcriptie gekoppelde NER

33
Q

hoe werkt globaal genoom NER?

A

herkent beschadigingen door hele genoom, mutiews voorkomen: eiwitcomples scant DNA, bij laese binding ander eiwitcomplex. bij verdwijnen RAD23B van eiwitcomplex –> binding ander complex: transcriptiefactor IIH

34
Q

hoe werkt transcriptie gekoppelde NER?

A

herkent alleen beschadigingen in getranscribeerde streng DNA, vooral om celdood te voorkomen, want dat zorgt voor versnelde veroudering.
- als RNA-polymerase vastloopt door beschadiging, signaal reparatieproces: CSB en CSA-eiwitten nodig voor herkenning –> transcriptieblok, trekt componenten van NER aan

35
Q

wat gebeurt er wanneer transcriptiefactor IIH is gebonden?

A

loopt bij transcriptie en globaal hetzelfde. XPD en XPB in TFIIH zorgen mbv dna-helicaase dat DNA wordt ontwonden van laesie, XPA controleert beschadiging, XPF maakt knip 5’ kant, XP aan 3’

36
Q

hoe uiten defecten in het globaal genoom en transcriptie gekoppelde NER zich?

A

kanker of vervroegde veroudering; in cel apoptose wanneer RNA-polymerase vast komt, als dat vaak gebeurt sterven stamcellen af –> orgaandysfunctie –> vervroegde veroudering

37
Q

wat gebeurt er bij xeroderma pigmentosum?

A

zongevoeligheid, pigmentatie-afwijkingen, cataract, droge en harde atrofische huid, huidkanker en versnelde neurologische achteruitgang
door defecten in globaal NER

38
Q

wat gebeurt er bij Cockayne syndroom?

A

zongevoeligheid, groeiachterstand, neurologische achteruitgang, netvliesafwijkingen, versnelde veroudering, vermagering. CSA CSB

39
Q

wat voor templates zijn er?

A

complementaire DNA-streng
zusterchromatide
homoloog chromosoom

40
Q

waar is een complementaire DNA-streng voor?

A

voor herstel van DNA schade waarbij een vd strengen is beschadigd bv bij mismatched baseparen, intrastreng DNA-crosslinks, enkelstreng DNA breuken

41
Q

waar is een zusterchromatide voor?

A

voor herstel waarbij beide DNA-strengen zijn beschadigd, bv bij interstrengs DNA_crosslinks, dubbelstrengs DNA-breuken

42
Q

waar is een homoloog chromosoom voor?

A

herstel beide DNA-strengen beschadigd bv bij interstrengs DNA-crosslinks, dubbelstrengs DNA-breuken

43
Q

welke fundamentele manier zijn er om dubbelstrengs DNA-breuken te repareren?

A

niet homologe DNA eind verbinding (NHEJ) en homologe recombinatie (HR)

44
Q

wat heeft NHEJ?

A

ligeren direct aan elkaar vd 2 uiteinden van een DNA-breuk, geen template, onnauwkeurig. deel nucleotiden wordt weggegeten, actief in de G1 fase

45
Q

wat heef homologe recombinatie?

A

uitwisseling DNA strengen tussen DNA-moleculen, zusterchromatide, nauwkeurig

46
Q

wat doet KU70/80?

A

herkent breuk in DNA –> complex wordt gebouwd, ligase bindt

47
Q

wat krijg je bij een defect in NHEJ?

A

radiosensitiviteit –> kan dubbelstrengse DNA-breuken induceren, bv bij SCID patienten, overgevoelig voor bestraling, overlijden

48
Q

hoe werkt homologe recombinatie?

A

gebruikt een zusterchromatide, homologe recombinatie vooral actief in S en G2 fase vd celcyclus, cellen hebben 2 homologe chromosomen

49
Q

wat doet RAD51?

A

voor dubbelstrengs DNA-breukherstel door homologe recombinatie, eiwitmoleculen vormen filament op enkelstrengs DNA-uiteinde, kan sequenties van nucleotide op ander molecuul herkennen in filament. RAD51 bevordert baseparing tussen gebroken en intacte chromatide

50
Q

wat doen BRCA1/2?

A

beinvloeden RAD51 gedrag, komen van gemuteerde genen, zorgen dat RAD naar de juiste plek gaat.

51
Q

wat is het lynch syndroom?

A

HNPCC (hereditary nonpolyposis colorectal cancer), mismatch werkt niet goed –> RER (replication error) fenotype en replication slippage. aantoonbaar door microsatelliet analyse (MSI) (gerepeteerde sequenties)

52
Q

hoe analyseer je een microsatelliet?

A

via PCR< als DNA strengen uit elkaar gaan, ontstaan fouten bij terugvouwen –> extra of minder sequenties, variatie in mocrosatelliet lengte zegt iets over de soort mutaties

53
Q

met welke criteria kan er gedacht worden aan erfelijke belasting bij colorectaal carcinoom?

A

coloncarcinoom <50jaar, 2 x carcinoom, een lycn geassocieerde tumor, een twee of meer familieleden met een coloncarcinoom of lynch

54
Q

wanneer wordt een patient verwezen zonder carcinoom?

A

1egraads familielid met coloncarcinoom <50, 3 of meer familieleden met een coloncarcinoom of lynch <70, kiembaanmutatie in 1 vd mismatch repair genen in familie

55
Q

wat doet een klinisch geneticus bij cc of lynch vermoeden?

A

stamboom in beeld brengen, bepalen wie in familie moleculair onderzoek moet krijgen, voor-en nadelen bespreken moleculair onderzoek, moleculair onderzoek, advies

56
Q

waar kunnen DNA-beschadigingen voor zorgen?

A

-tijdelijke celcyclus blokkade, apoptose, kanker/erfelijke ziekten

57
Q

waar zorgt bleomycine voor?

A

dubbelstrengs DNA-breuken, voor oxidatieve radicalen concentreren dicht bij DNA

58
Q

wat doet topoisomerase I?

A

maakt een enkelstrengsbreuk, haalt andere strenk door breuk heen, ligeert uiteinden om spanning in resterende deel na windingen bij replicatie te verminderen

59
Q

wat is etoposide?

A

topoisomerase remmer, zorgt voor dubbelstrengs DNA-breuken, bovenop bleomycine. bevriest eiwit-DNA-complex, genereert dubelstrengs DNA-breuken met aan einde covalent gebonden eiwit

60
Q

wat is cisplatine>

A

zorgt voor interstrand crosslinks

61
Q

wat doet ifosfamide?

A

alkylerende stof, maakt DNA-schade die wordt gerepareerd door base excisie –> zorgt voor alkylerende adducten

62
Q

waar is base excisie reparatie van belang voor?

A

het hestel van oxidatieve DNA-schade of enkelstrengs DNA-breuken

63
Q

wat doet het AP endonuclease enzym?

A

maakt breuk –> kapotte nucleotide eruit, abasische site wordt gegenereerd in DNA

64
Q

wat doet poly ADP ribose polymerase 1 (PARP1)?

A

voor reparatie enkelstrengs breuk, bindt aan de breuk en modificeert eiwitten door een poly-ADP-ribose staart toe te voegen –> breuk stabiel, herstel beter, maakt het efficienter

65
Q

wat krijg je bij replicatie van een DNA-molecuul met een enkelstrengsbreuk?

A

eenzijdige dubbelstrengsbreuk, want replicatie stopt bij de breuk

66
Q

wat voor reparatie is er mogelijk bij dubbelstrengs breuken?

A

niet homologe DNA einderbinding (NHEJ) en homologe recombinatie (HR), met RAD51

67
Q

waardoor komt inactivatie bij gezonde allelen in tumorcellen?

A

vooral LOH, verlies van heterozygositeti

68
Q

wat krijg je bij BRCA-deficiente cellen?

A

de HR is gestoord, dubbelstrengs DNA-breuk niet herstellen, celdood –> synthetische lethaliteit. PARP-remmers kunnen ervoor zorgen dat enkelzijdige dubbelstrengsbreuken worden gegenereerd, kan niet gerepareerd worden –> groei remming BRCA-deficiente tumoren

69
Q

hoe helpt hypethermie?

A

effectiviteit radiotherapie, kan DNA-schade reparatiemechanismen remmen, zorgt voor afbraak BRCA, RAD51 zal niet meer ophopen op de schade, zorgt dus voor BRCA-mutatie, PARP1-remmer nu ook effectief

70
Q

wat is toepassing van next generation sequencing in moleculaire pathologie?

A

kleine mutaties, deleties, amplificaties, translocaties en fusiegenen

71
Q

wat zijn toepassingen van ngs in de praktijk?

A

differentiaal diagnostiek, therapiekeuze, clonaliteitsanalyse, oncogenetica, weefselidentificatie

72
Q

wat is targeted NGS (amplicon enrichment)?

A

een specifiek deel genoom wordt gespequenced, aan primers kunnen labels hangen die ook, efficient, een fragment uit bepaald gebied

73
Q

wat is hybridization enrichtment (hybridisatie verrijking)?

A

DNA in kleine fragmenten gesplits, geamplificeerds. adapters voor latere sequencing komen, bepaalde gebieden worden gecaptured en gesequenced, minder efficient

74
Q

hoe werken adapters?

A

daardppr wprdem ,p;eci;em gebpmdem aam eem flowcell, op afstand van elkaar, die worden geamplificeerd –> clusters van dezelfde moleculen, sequencing is tijdens synthese

75
Q

wat is coverage (deep sequencing) ?

A

het aantal malen dat een base-positie bepaald. hoe hoger hoe dieper (nauwkeuriger) gesequenced

76
Q

wat is VAF (variant allel frequency)?

A

het aantal keren dat een DNA variant op een plek gevonden wordt vergeleken met de referentie

2A1 (5 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions