Brainscape's Knowledge GenomeTM


Top Flashcards (Certified)
All Flashcards

2A1 > Week 2 > Flashcards

Week 2 Flashcards

(77 cards)

Start Studying
1
Q

Waaruit bestaat DNA?

A

Een dubbele helix die bestaat uit een suiker-fosfaat graat, waaraan basen zitten. basen zitten in binnenkant, suiker-fosfaat buiten. fosfaat is negatief geladen: polariteit

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
1
Q

Waaruit bestaan de bindingen van cytosine en guanine en de bindingen van adenine aan thymine?

A

C-G : 3 waterstofbruuggen
A-T : 2 waterstofbruggen
–> stabiliteit

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Wat gebeurt er bij verandering in de aminozuren?

A

Andere 3D-structuur van het eiwit –> andere functie. Bij een enzym kan bv de bindingsplaats voor een substraat veranderen; verandert de affiniteit van het enzym

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Wat is replicatie?

A

Het proces van DNA synthese

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

wat is er bij een single nucleotide mutation?

A

een baseverandering op zes miljard basen/

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

wat is een stochastisch proces?

A

een toevalsproces, een opeenstapeling van mutaties

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

wat is een purine?

A

een base die bestaat uit een heterocyclische ring (adenine of guanine)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

wat is een pyrimidine?

A

een base die bestaat uit twee heterocyclische ringen (thymine of cytosine)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

wat gebeurt er bij transversie?

A

een overgang van purine –> pyrimidine of andersom. afhankelijk van locaatie gevolgen: missense of nonsense

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Welke verschillende soorten chromosomale afwijkingen zijn er?

A

translocaties, amplificaties, deleties, numerieke afwijkingen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

wat houd een translocatie in?

A

uitwisseling van chromosoomstrengen, gebalanceerde en ongebalanceerde (geen of wel netto DNA-verlies)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

wat is deregulatie van de expressie?

A

wanneer er door een fusie-gen een fusie-eiwit ontstaat met nieuwe en versterkte functies of verloren functies. of er verhuisd een gen naar een ander chromosoom –> gen onder andere promotor

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

wat is de amplificatie?

A

vermeerdering mutatie. door DHFR wordt thymidine gesynthetiseerd; nodig voor celgroei. geremd door methotrexaat (MTX). DHFR kan dupliceren, MTX wordt opgeheven

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

wat is deletie?

A

stukken DNA verloren, verlaagde expressie van eiwit of verlies heterozygositeit; sprake bij verlies van gezond allel –> alleen gemuteerde wordt vermeerderd

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

wat gebeurt er bij numerieke afwijkingen?

A

te veel of te weinig kopieËn van een chromosoom (aneiploïdie), geen evenwichtige verdeling van chromosomen –> onder of over expressie van eiwit of verlies heterozygositeit

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

wat zijn 5 oorzaken van DNA-beschadiging?

A
  • chemische instabiliteit
  • chemische verbindingen
  • biologische stoffen
  • fysische agentia
  • foutieve replicatie
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

in welke soorten kan je DNA-beschadigingen onderscheiden?

A
  • chemische adducten
  • intrastrengs crosslinks: UV-licht of cisplatine/ 2 guaninen uit aparte strengen aan elkaar
    -DNA-streng breuken: enkelstrengse breuk of dubbesltrengse breuk (oxidatieve schade of ioniserende straling)
  • basepaar mismatches: translesie synthese of proofreading fouten
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Wat is chemische instabiliteit?

A
  • spontane hydrolyse; N-glycosylverbinding tussen suikers en base verloren –> er ontstaat meer suiker waar geen base meer aan vast zit, (gedepurineerde suiker) bij replicatie site overgeslagen –> deletie van 1 basepaar
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Wat is chemische instabiliteit?

A
  • deaminatie van basen: een vorm van spontaan verval van het DNA. verdwijning aminogroep van de base. bv cytosine –> uracil. transitie : verandering in complementariteit. replicatie induceert een mutatie
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

wat zijn endogene stoffen?

A

stoffen die het lichaam zelf produceert, bv zuurstofradicalen door metabole processen (reactive oxygen species): guanine bv in 8-oxoguanine

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

wat is benzoapyreen?

A

in sigarettenrook, wordt omgezet in benzoapyreen diol epoxide (BPDE): metabolisch geactiveerd, is wel gevaarlijk. veroorzaka chemische adducten die DNA dubbelhelix verstoren

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

welke chemische adducten verstoren de DNA dubbelhelix niet?

A
  • spontane hydrolyse, deaminatie, oxidatieve DNA schade
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

wat is hoogenergetische straling?

A

gamma- en röntgenstraling en UV licht. UV licht kan crosslink aanleggen tussen 2 pyrimidines –> pyrimidine dimeer of 6-4 fotoproduct gevormd. Rontgen –> ontstaan breuken in DNA-helixes (dubbelstrengs DNA-breuk)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

wat zijn DNA-schade reparatiemechanismen?

A

-base excisie reparatie: herstel van kleine adducten
- nucleotide excisie reparatie: herstel grote adducten (UV-licht)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
hoe werkt base excisie reparatie?
voor bv oxidatieve DNA-schade, begint met een DNA-glycosulase, bv een OGG1 (8-0x0guanine DNA-glycosylase) knipt het beschadigde DNA weg. OGG1 katalyseert de hydrolyse van de N-glycosyl verbinding tussen deoxyribose en 8-oxoguanine --> abasische plaats (gedepurineerde suiker)
25
wat is base-flipping en hoe wordt de vreemde base verwijderd??
de vreemde nucleotide wordt herkend en het DNA-glycosylase trekt de foute base naar buiten, die wordt weggeknipt,de N-glycosyl band wordt verbroken, AP endonuclease maakt een breuk aan de abasische site --> enkelzijdige breuk
26
welke 2 dingen kunnen gebeuren na base flipping voor het verwijderen van de verkeerde base?
long en short patch
27
wat gebeurt er bij long patch?
het DNA is opengeknipt; DNA-polymerase bindt en start met nieuwe nucleotiden inbouw, DNA-synthese, flap over door endonuclease weg, ligase zorgt ervoor dat de 2 stukken aan elkaar komen
28
wat gebeurt er bij short patch?
de abasische patch wordt weggeknipt zonder veel verandering aan DNA. polymerase en ligase maakt gat dicht
29
wat wordt er gerepareert bij nucleotide excisie reparatie?
de intrastreng crosslinks en DNA-dubbele helix verstorende adducten
30
wat is het probleem bij xeroderma pigmentosum en cockayne syndroom?
het systeem van ner werkt niet
31
wat gebeurt er als er UV licht op DNA komt?
een mutatie: twee pyrimidines raken gecrosslinkt
32
hoe wordt de crosslink van twee pyrimidines gerepareerd?
Via globaal genoom NER of transcriptie gekoppelde NER
33
hoe werkt globaal genoom NER?
herkent beschadigingen door hele genoom, mutiews voorkomen: eiwitcomples scant DNA, bij laese binding ander eiwitcomplex. bij verdwijnen RAD23B van eiwitcomplex --> binding ander complex: transcriptiefactor IIH
34
hoe werkt transcriptie gekoppelde NER?
herkent alleen beschadigingen in getranscribeerde streng DNA, vooral om celdood te voorkomen, want dat zorgt voor versnelde veroudering. - als RNA-polymerase vastloopt door beschadiging, signaal reparatieproces: CSB en CSA-eiwitten nodig voor herkenning --> transcriptieblok, trekt componenten van NER aan
35
wat gebeurt er wanneer transcriptiefactor IIH is gebonden?
loopt bij transcriptie en globaal hetzelfde. XPD en XPB in TFIIH zorgen mbv dna-helicaase dat DNA wordt ontwonden van laesie, XPA controleert beschadiging, XPF maakt knip 5' kant, XP aan 3'
36
hoe uiten defecten in het globaal genoom en transcriptie gekoppelde NER zich?
kanker of vervroegde veroudering; in cel apoptose wanneer RNA-polymerase vast komt, als dat vaak gebeurt sterven stamcellen af --> orgaandysfunctie --> vervroegde veroudering
37
wat gebeurt er bij xeroderma pigmentosum?
zongevoeligheid, pigmentatie-afwijkingen, cataract, droge en harde atrofische huid, huidkanker en versnelde neurologische achteruitgang door defecten in globaal NER
38
wat gebeurt er bij Cockayne syndroom?
zongevoeligheid, groeiachterstand, neurologische achteruitgang, netvliesafwijkingen, versnelde veroudering, vermagering. CSA CSB
39
wat voor templates zijn er?
complementaire DNA-streng zusterchromatide homoloog chromosoom
40
waar is een complementaire DNA-streng voor?
voor herstel van DNA schade waarbij een vd strengen is beschadigd bv bij mismatched baseparen, intrastreng DNA-crosslinks, enkelstreng DNA breuken
41
waar is een zusterchromatide voor?
voor herstel waarbij beide DNA-strengen zijn beschadigd, bv bij interstrengs DNA_crosslinks, dubbelstrengs DNA-breuken
42
waar is een homoloog chromosoom voor?
herstel beide DNA-strengen beschadigd bv bij interstrengs DNA-crosslinks, dubbelstrengs DNA-breuken
43
welke fundamentele manier zijn er om dubbelstrengs DNA-breuken te repareren?
niet homologe DNA eind verbinding (NHEJ) en homologe recombinatie (HR)
44
wat heeft NHEJ?
ligeren direct aan elkaar vd 2 uiteinden van een DNA-breuk, geen template, onnauwkeurig. deel nucleotiden wordt weggegeten, actief in de G1 fase
45
wat heef homologe recombinatie?
uitwisseling DNA strengen tussen DNA-moleculen, zusterchromatide, nauwkeurig
46
wat doet KU70/80?
herkent breuk in DNA --> complex wordt gebouwd, ligase bindt
47
wat krijg je bij een defect in NHEJ?
radiosensitiviteit --> kan dubbelstrengse DNA-breuken induceren, bv bij SCID patienten, overgevoelig voor bestraling, overlijden
48
hoe werkt homologe recombinatie?
gebruikt een zusterchromatide, homologe recombinatie vooral actief in S en G2 fase vd celcyclus, cellen hebben 2 homologe chromosomen
49
wat doet RAD51?
voor dubbelstrengs DNA-breukherstel door homologe recombinatie, eiwitmoleculen vormen filament op enkelstrengs DNA-uiteinde, kan sequenties van nucleotide op ander molecuul herkennen in filament. RAD51 bevordert baseparing tussen gebroken en intacte chromatide
50
wat doen BRCA1/2?
beinvloeden RAD51 gedrag, komen van gemuteerde genen, zorgen dat RAD naar de juiste plek gaat.
51
wat is het lynch syndroom?
HNPCC (hereditary nonpolyposis colorectal cancer), mismatch werkt niet goed --> RER (replication error) fenotype en replication slippage. aantoonbaar door microsatelliet analyse (MSI) (gerepeteerde sequenties)
52
hoe analyseer je een microsatelliet?
via PCR< als DNA strengen uit elkaar gaan, ontstaan fouten bij terugvouwen --> extra of minder sequenties, variatie in mocrosatelliet lengte zegt iets over de soort mutaties
53
met welke criteria kan er gedacht worden aan erfelijke belasting bij colorectaal carcinoom?
coloncarcinoom <50jaar, 2 x carcinoom, een lycn geassocieerde tumor, een twee of meer familieleden met een coloncarcinoom of lynch
54
wanneer wordt een patient verwezen zonder carcinoom?
1egraads familielid met coloncarcinoom <50, 3 of meer familieleden met een coloncarcinoom of lynch <70, kiembaanmutatie in 1 vd mismatch repair genen in familie
55
wat doet een klinisch geneticus bij cc of lynch vermoeden?
stamboom in beeld brengen, bepalen wie in familie moleculair onderzoek moet krijgen, voor-en nadelen bespreken moleculair onderzoek, moleculair onderzoek, advies
56
waar kunnen DNA-beschadigingen voor zorgen?
-tijdelijke celcyclus blokkade, apoptose, kanker/erfelijke ziekten
57
waar zorgt bleomycine voor?
dubbelstrengs DNA-breuken, voor oxidatieve radicalen concentreren dicht bij DNA
58
wat doet topoisomerase I?
maakt een enkelstrengsbreuk, haalt andere strenk door breuk heen, ligeert uiteinden om spanning in resterende deel na windingen bij replicatie te verminderen
59
wat is etoposide?
topoisomerase remmer, zorgt voor dubbelstrengs DNA-breuken, bovenop bleomycine. bevriest eiwit-DNA-complex, genereert dubelstrengs DNA-breuken met aan einde covalent gebonden eiwit
60
wat is cisplatine>
zorgt voor interstrand crosslinks
61
wat doet ifosfamide?
alkylerende stof, maakt DNA-schade die wordt gerepareerd door base excisie --> zorgt voor alkylerende adducten
62
waar is base excisie reparatie van belang voor?
het hestel van oxidatieve DNA-schade of enkelstrengs DNA-breuken
63
wat doet het AP endonuclease enzym?
maakt breuk --> kapotte nucleotide eruit, abasische site wordt gegenereerd in DNA
64
wat doet poly ADP ribose polymerase 1 (PARP1)?
voor reparatie enkelstrengs breuk, bindt aan de breuk en modificeert eiwitten door een poly-ADP-ribose staart toe te voegen --> breuk stabiel, herstel beter, maakt het efficienter
65
wat krijg je bij replicatie van een DNA-molecuul met een enkelstrengsbreuk?
eenzijdige dubbelstrengsbreuk, want replicatie stopt bij de breuk
66
wat voor reparatie is er mogelijk bij dubbelstrengs breuken?
niet homologe DNA einderbinding (NHEJ) en homologe recombinatie (HR), met RAD51
67
waardoor komt inactivatie bij gezonde allelen in tumorcellen?
vooral LOH, verlies van heterozygositeti
68
wat krijg je bij BRCA-deficiente cellen?
de HR is gestoord, dubbelstrengs DNA-breuk niet herstellen, celdood --> synthetische lethaliteit. PARP-remmers kunnen ervoor zorgen dat enkelzijdige dubbelstrengsbreuken worden gegenereerd, kan niet gerepareerd worden --> groei remming BRCA-deficiente tumoren
69
hoe helpt hypethermie?
effectiviteit radiotherapie, kan DNA-schade reparatiemechanismen remmen, zorgt voor afbraak BRCA, RAD51 zal niet meer ophopen op de schade, zorgt dus voor BRCA-mutatie, PARP1-remmer nu ook effectief
70
wat is toepassing van next generation sequencing in moleculaire pathologie?
kleine mutaties, deleties, amplificaties, translocaties en fusiegenen
71
wat zijn toepassingen van ngs in de praktijk?
differentiaal diagnostiek, therapiekeuze, clonaliteitsanalyse, oncogenetica, weefselidentificatie
72
wat is targeted NGS (amplicon enrichment)?
een specifiek deel genoom wordt gespequenced, aan primers kunnen labels hangen die ook, efficient, een fragment uit bepaald gebied
73
wat is hybridization enrichtment (hybridisatie verrijking)?
DNA in kleine fragmenten gesplits, geamplificeerds. adapters voor latere sequencing komen, bepaalde gebieden worden gecaptured en gesequenced, minder efficient
74
hoe werken adapters?
daardppr wprdem ,p;eci;em gebpmdem aam eem flowcell, op afstand van elkaar, die worden geamplificeerd --> clusters van dezelfde moleculen, sequencing is tijdens synthese
75
wat is coverage (deep sequencing) ?
het aantal malen dat een base-positie bepaald. hoe hoger hoe dieper (nauwkeuriger) gesequenced
76
wat is VAF (variant allel frequency)?
het aantal keren dat een DNA variant op een plek gevonden wordt vergeleken met de referentie

2A1 (5 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2025 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions