week 3 Flashcards

1
Q

Uit welke fases bestaat de mitose?

A
  1. Profase: DNA wordt compact gemaakt (condenseren), totdat de losse chromosomen zichtbaar worden.
  2. Prometafase: de kernenvelop wordt afgebroken, waardoor de chromosomen los in het cytoplasma komen te liggen. In deze fase worden de chromosomen vastgemaakt aan tubulinedraden.
  3. Metafase: de chromosomen liggen geordend in de cel. Ze worden naar het midden van de cel getrokken.
  4. Anafase: de chromosomen worden naar twee kanten van de cel getrokken waardoor ze verdeeld worden over de twee dochtercellen.
  5. Telofase: rondom het afzonderlijke DNA worden nieuwe kern enveloppen aangelegd. Het DNA gaat zich weer ontwinden (decondenseren).
  6. Cytokinese: vorming van twee cellen. Nadat de kernen gescheiden zijn, deelt ook het cytoplasma zich op.
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Welke verschillende technieken zijn er om chromosomale afwijkingen op te sporen?

A
  • Alle chromosomen aankleuren
  • In situ hybridisatie (FISH): een gen op een chromosoom aankleuren d.m.v. een fluorescerend gelabelde probe.
  • Chromosoom specifieke probes (FISH): een verzameling van probes toevoegen om een heel chromosoom aan te kleuren.
  • Spectrale karyotypering (SKY): elk chromosoom krijgt een eigen kleur.
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Welke twee functies hebben telomeren?

A

Ze zorgen ervoor dat er geen genomische instabiliteit ontstaat en ze beperken de groei van cellen.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Hoe voorkomen telomeren genomische instabiliteit?

A

Het uiteinde van een chromosoom zou herkend kunnen worden als een breuk. Op het moment dat deze breuk gerepareerd wordt door NHEJ kunnen dicentrische chromosomen ontstaan. Zij kunnen genomische instabiliteit veroorzaken. Om dit te voorkomen, wordt het telomeer opgerold in een T-loop. Deze structuur wordt vervolgens m.b.v. eiwitten gestabiliseerd.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Hoe zorgen telomeren voor het beperken van de groei van cellen?

A

Telomeren verkorten bij iedere celdeling. Als telomeren kort dreigen te worden, geven ze een signaal af (M1 Hayflick limit). Na dit kritieke punt kan de cel nog een paar keer delen, maar uiteindelijk zullen de telomeren echt te kort worden (M2 crisis). Er ontstaat chromosomale instabiliteit met celdood als gevolg.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Wat zijn cyclines en welke cyclines zijn er?

A

Cyclines zijn genen die gedurende bepaalde stadia van de celcyclus actief zijn. Ze controleren de voortgang van de celcyclus:
- Cycline D: activatie van celcyclus in G1 (na groeisignaal)
- Cycline E: overgang naar en voortgang van S-fase
- Cycline A: progressie door S-fase
- Cycline B: overgang naar M-fase

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Wat zijn cycline afhankelijke kinases (CDK)?

A

CDK’s zijn, in tegenstelling tot cyclines, continue aanwezig in de cel. CDK’s zijn alleen actief gebonden met een cycline. Ze fosforyleren eiwitten die nodig zijn voor celcyclus progressie. CDK4 bindt aan cycline B en CDK2 bindt aan cycline E en cycline A.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Beschrijf cycline afhankelijke kinase remmers (CKI’s).

A

CKI’s binden aan cycline/CDK-complexen en ze remmen de kinase activiteit. Ze zijn voornamelijk actief in de G1-fase, na signalen van buiten de cel of na DNA-schade.
CKI: p16ink4a remt cycline-D / CDK4 en CKI: p21 remt cycline-A en -E / CDK2.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Welke checkpoints binnen de celcyclus zijn er?

A
  • Restrictiepoint: punt waarop de cel besluit om wel of niet te gaan delen (point of no return) en specialiseren. Betrokken eiwit: RB
  • G1/S-checkpoint: DNA-schade? Eiwit: P53
  • Intra S-checkpoint: DNA-schade (bij replicatie)? eiwit: ATM
  • G2/M-checkpoint: DNA-schade? Is de replicatie volledig afgerond?
  • Anafase-checkpoint: Is de rangschikking van de chromosomen juist? Eiwit: BUB1
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Wat is de signaaltransductie om het restrictiepunt voorbij te gaan?

A

Het groeisignaal (EGF) zorgt via RAS dat het cycline D gehalte omhoog gaat. Hierdoor kan cycline D een actief complex vormen met CDK4. CDK4 kan andere eiwitten fosforyleren en zo activeren.
E2F is een transcriptiefactor die de genen voor de S-fase aanzet. Hij is gebonden aan het gefosforyleerde RB-eiwit. Zolang het gebonden blijft aan RB, is dit complex inactief. CDK4 zorgt ervoor (via hyperfosforyleren) dat E2F los komt van pRB en actief wordt. Dit schakelt nu cycline E in waardoor de overgang naar de S-fase kan plaatsvinden. Tegelijkertijd activeert het p16-eiwit, waardoor de cycline D activiteit wordt geremd.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Wat gebeurt er in een normale cel met schade tijdens de G1/S-checkpoint?

A

Dan gaat het p53 gehalte omhoog. Dit is een tumor suppressor eiwit. Dit eiwit zorgt ervoor dat p21 (CKI) wordt afgeschreven wat het cycline E/CDK2-complex remt. De overgang van de G1 naar de S-fase vindt hierdoor niet plaats: het G1/S-arrest. Tijdens deze tijdelijke stop kunnen DNA beschadigingen opgeruimd worden.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Wat gebeurt er bij DNA-schade tijdens het intra S-checkpoint in een normale cel?

A

Dan zal het ATM gen (tumor suppressor gen) geactiveerd worden. ATM activeert CHK2, wat het cycline A/CDK2-complex inactiveert. Hierdoor wordt de synthese van DNA in de S-fase geremd.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Welke ziekte heeft iemand in het geval van een aangeboren ATM defect?

A

Ataxia telangiectasia (AT): de cellen van deze mensen hebben een overgevoeligheid voor röntgenstraling en daarmee een kankerpredispositie. Patiënten verliezen controle over hun spieren als gevolg van progressieve ataxia.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Beschrijf het anafase checkpoint.

A

Tijdens de mitose binden microtubuli aan het kinetochoor en aan een centrosoom. Er wordt een mitotische spindle gevormd. De centrosomen trekken de chromosomen vervolgens uit elkaar. In het kinetochoor zitten spanningsgevoelige eiwitten welke detecteren of de microtubuli allemaal gebonden zijn en of er spanning op staat. Als ze niet gebonden zijn, zorgen de eiwitten MAD1 en BUB1 dat de mitose wordt gestopt.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Welke genen zijn betrokken bij het creëren van de interne klok?

A

cryptochroom 1 en 2, waarbij Cry1 zorgt dat de klok sneller gaat lopen en Cry2 dat de klok langzamer gaat lopen.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Wat is het moleculaire mechanisme achter de circadiane klok?

A

Cry-genen worden vanaf een e-box promotor afgeschreven. Er zijn twee transcriptiefactoren die Cry1 en Cry2 activeren. Er zijn twee transcriptie/translatie loops. Bij de negatieve loop (core loop) gaan de cryptochroom eiwitten terug naar de kern en zorgen daar voor cyclische remming door het remmen van de transcriptiefactoren Clock en Bmal1 via de vorming van een CRY/PER complex. Er verloopt ook een positieve loop (stabiliserende loop) via Rev-Erb’alfa’ die Bmal1 activeert.

17
Q

Wat is chronotoxiciteit?

A

Het principe waarbij het toxisch effect afhankelijk is van het tijdstip van blootstelling.

18
Q

Wat is het voordeel van SNP-array?

A

Er kunnen deleties of duplicaties heel makkelijk worden opgespoord.

19
Q

Wat is LogR?

A

De LogR is bij SNP-array een maat voor het aantal kopieën dat aanwezig is.

20
Q

Welke afwijkingen kan je detecteren bij FISH en welke bij SNP array?

A

FISH (alleen targeted) - SNP array (alleen ongebalanceerd)
Winst van heel chromosoom: ja - ja
Deletie: ja - ja
Gains: ja - ja
verlies van heterozygoteit (LOH): nee - ja
Translocatie: ja - nee

21
Q

Wat is het proteoom?

A

De volledige zet eiwit-coderende genen in het humane genoom.

22
Q

Hoe kan de humane genoom sequentie toegepast worden?

A
  • Identificeren en kloneren van ziektegenen, inclusief genen die betrokken zijn bij het ontstaan van kanker, zoals BRCA2 en XLP.
  • Identificeren van nieuwe genen die verwant zijn aan bekende drug targets. Dit biedt de mogelijkheid nieuwe farmacologische stoffen te ontwikkelen en oude te verbeteren.
  • Het vinden van mutaties die overgevoeligheid voor medicijnen veroorzaken. Hierdoor kan de dosis worden aangepast en het risico van bijwerkingen aanzienlijk worden teruggebracht.
23
Q

Welke drie uitslagen kan je verwachten als er labels worden opgehangen aan RNA waarna dit geanalyseerd wordt met microarray analyse?

A
  • Geen oplichting: de genen komen niet tot expressie
  • Gele uitslag: de genen komen even hard tot expressie in beide weefsels
  • rode of groene uitslag: de genen komen in het ene weefsel meer tot expressie dan in het andere.
24
Q

Wat is trypsine/kan het doen?

A

Trypsine is een protease en kan een eiwit in kleine stukjes knippen. Trypsine knipt precies op de plek van een arginine (R) of lysine (K). Zo ontstaan er tryptische fragmenten die allemaal met een R of K beginnen.

25
Q

Waarvoor kan massaspectrometrie gebruikt worden?

A
  • eiwitten identificeren en kwantificeren
  • bindende eiwitten identificeren
  • eiwitmodificaties identificeren
26
Q

Hoe vindt de regulatie van translatie plaats (m.b.v. micro-RNA)?

A
  1. Regulatie van miRNA transcriptie.
  2. Drosha (enzymcomplex) knipt het tot pre-miRNA.
  3. Transport naar cytoplasma
  4. Dicer knipt het complex tot miRNA (dubbelstrengs?)
  5. één steng wordt ingebouwd in het RISC-complex. In dit complex kan het weer binden aan een complementaire sequentie in het mRNA.
  6. De miRNA zorgt voor specificiteit. Eiwitcomponenten zorgen voor repressie (vermindering) van translatie of voor meer mRNA afbraak.