Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

2A1 onco 1 > week 2 > Flashcards

week 2 Flashcards

1
Q

Welke soorten blootstelling en schade kan gerepareerd worden door BER?

A

Blootstelling: ioniserende straling, zuurstofradicalen, alkylerende stoffen en spontane reacties.
->
Schade: uracil, abasische sites en 8-oxoguanine ssDNA breuken

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Welke soorten blootstelling en schade kunnen gerepareerd worden door NER?

A

Blootstelling: UV licht en polycyclische aromaten
->
Schade: 6-4 fotoproducten, pyrimidine dimeren en bulky abducts

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Welke type puntmutaties zijn er?

A
  • transities: A <-> G en C <-> T
  • transversies: C of T verandert in A of G of andersom.
  • kleine inserties en deleties.
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Wat is een missense mutatie?

A

Als gevolg van een puntmutatie wordt er op één plaats een ander aminozuur ingebouwd.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Wat is een nonsense mutatie?

A

Als gevolg van een puntmutatie wordt het codon omgezet in een stopcodon waardoor het eiwit korter zal zijn.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Welke chromosomale afwijkingen zijn er?

A
  • Translocaties: uitwisseling van chromosoom strengen. Gebalanceerd: netto geen DNA-verlies; ongebalanceerd: netto wel DNA verlies
  • Amplificaties: vermeerdering (van de mutatie)
  • Deleties
  • Numerieke afwijkingen: te veel of te weinig kopieën van een chromosoom
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Wat zijn oorzaken van DNA schade?

A
  • foutieve replicatie
  • chemische instabiliteit
  • chemische verbindingen
  • biologische stoffen
  • fysische agentia
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Via welke twee manieren kan chemische instabiliteit (spontaan) zorgen voor DNA-schade?

A
  1. Spontane hydrolyse: Hierdoor kan de N-glycosylverbinding tussen suikers en base verloren gaan, waardoor een suiker ontstaat waar geen base meer aan vast zit (abasische site): depurinatie. Bij de replicatie van DNA wordt de abasische site overgeslagen, waardoor een deletie plaatsvindt van 1 bp.
  2. Deaminatie van vasen: Hierbij verdwijnt een aminogroep van de base. Cytosine kan overgaan in uracil, wat uiteindelijk lijkt tot T-A puntmutatie (transitie). Verder kan A -> G; G -> A; C -> T. Dit zijn transities.
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Wat is het werkingsmechanisme van Base excisie reparatie (BER)?

A
  1. DNA herkent schade door een specifieke DNA glycosylase. Deze verwijdert de base.
  2. Endonuclease herkent de AP (abasische plaats) en maakt een knip in het DNA: AP site wordt verwijdert.
  3. Herstel: DNA-polymerase en ligase.
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Welke twee vormen van nucleotide excisie reparatie heb je?

A

Globaal genoom NER (traag proces) en transcriptie gekoppeld NER (sneller)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Welke verschillende templates kunnen er gebruikt worden bij DNA reparatie?

A
  • De complementaire DNA-streng: wanneer alleen één van beide DNA-strengen is beschadigd (mismatched baseparen, instrastreng DNA-crosslinks en enkelstreng DNA-breuk)
  • Zusterchromatide: wanneer beide DNA-strengen zijn beschadigd (interstrengs DNA-crosslinks en dubbelstrengs DNA-breuken)
  • Homoloog chromosoom: wanneer beide DNA-strengen zijn beschadigd.
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Welke reparatiemechanismen kunnen gebruikt worden bij dubbelstrengs DNA-breuken?

A

Niet-homologe DNA eind verbinding (NHEJ) en homologe recombinatie (HR)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Wat zijn de verschillen/eigenschappen tussen NHEJ en HR?

A

NHEJ:
- Direct aan elkaar ligeren van de twee uiteinden van een DNA-breuk
- Geen template
- Onnauwkeurig

Homologe recombinatie:
- Uitwisseling van DNA-strengen tussen DNA-moleculen
- Zusterchromatide
- Nauwkeurig

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Wat is de werking van niet-homologe DNA eind verbinding?

A

Een dubbelstrengs breuk wordt herkent door het KU70/80 eiwit. Hierna wordt hierop een complex van vier eiwitten gebouwd. Een ligase bindt wast het DNA weer aan elkaar zet. Er is dus een kleine deletie. NHEJ is vooral actief in de G1 fase.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Wat is de werking van homologe recombinatie?

A
  1. Enzymen maken van de dubbelstrengs uiteinde een enkelstrengse staart. Vanaf de 5’ uiteinde wordt DNA ‘weggegeten’.
  2. Vervolgens gaat de staart opzoek naar de identieke zusterchromatide: base pairing.
  3. Er vindt DNA-synthese plaats en ligatie van de gebroken streng.
  4. Vervolgeng vindt resolutie plaats van de verbonden zusterchromatide.
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Welke eiwitten zijn betrokken bij homologe recombinatie en wat is hun functie?

A

RAD51 bindt aan de enkelstrengse strengen en zorgt voor base pairing tussen het gebroken en intacte zusterchromatide.
BRCA1 en BRCA2 eiwitten zorgen dat RAD51 naar de plek van de schade gaat.

17
Q

Welke drie principes zorgen voor de nauwkeurigheid van de DNA-replicatie?

A
  • Base selectie
  • Proofreading
  • Mismatch reparatie
18
Q

Wat is het principe van proofreading?

A

Nucleotiden kunnen voorkomen in verschillende tautomeren vormen (bijv het normale amino tautomeer van C en het zeldzame imino tautomeer van C). De zeldzame vorm kan aan een andere nucleotide binden (in dit geval aan A).
DNA-polymerase maakt slecht onderscheidt tussen de verschillende vormen dus dis kan een zeldzame vorm inbouwen. Deze vorm is echter erg instabiel en zal ongeveer gelijk weer terug vallen naar zijn normale vorm, waardoor een mismatch ontstaan.
Nu kan de base plots niet meer binden aan de andere base maar hij is wel al ingebouwd. Het DNA-polymerase kan dan niet meer verder. Om dit probleem op te lossen heeft DNA-polymerase ook een 3’-5’ exonuclease activiteit. Het DNA-polymerase knipt de verkeerde base uit de streng en gaat weer verder: proofreading.

19
Q

Wat is het principe achter mismatch reparatie?

A

Het mismatch reparatiesysteem (MMR) gaat werken als de DNA-polymerase al weg is. MSH2, MLH1, MSH6 en PMS2 vinden de mismatch. Dan eet een soort packman (EXO1) de foute nucleotide en een aantal nucleotides daaromheen op. Het gat dat zo ontstaat wordt weer aangevuld door DNA-polymerase.

20
Q

Tot welk fenotype kan een mismatch reparatiesysteem defect leiden?

A

RER fenotype (replication error fenotype)

21
Q

Hoe kan een MMR defect aangetoond worden met microsatellite instability assay?

A

Verspreid over het chromosoom liggen gerepeteerde sequenties. Dit zijn de microsatelliet lengten die met een PCR geanalyseerd worden. Als de DNA-strengen van een dergelijke sequentie even uit elkaar gaan, kunnen bij terugvouwen van deze strengen fouten ontstaan, waardoor er extra sequenties of juist minder ontstaan: replication slippage. Hierdoor heb je variatie in de microsatelliet lengte wat alleen voorkomt door MMR defect.

22
Q

Wat voor type overerving heeft het Lynch syndroom?

A

autosomaal dominant

23
Q

Wat is het verschil in surveillance bij het Lynch syndroom tussen man en vrouw?

A

Bij vrouwen moet er ook gynaecologisch onderzoek gedaan worden om te checken of zich hier ook geen kanker ontwikkelt.

24
Q

Waarom vindt er naast screening op CRC en endometriumcarcinoom (+ovarium) geen screening naar andere organen?

A
  • frequentie laag
  • sensitiviteit en specificiteit testmethodiek(en)
  • geen bewezen effect op klinische uitkomst
25
Q

Waar zorgt topoisomerase II voor?

A

Topoisomerase II zorgt ervoor dat twee DNA-strengen die in de knoop zitten weer uit elkaar gaan. Dit doet die door een dubbelstrengse knoop in het ene molecuul te maken en vervolgens deze twee delen van dit molecuul over het andere molecuul te brengen en daar weer aan elkaar te zetten.
Een topoisomerase II remmer zorgt ervoor dat dit proces wordt gestopt tijdens de DNA-breuk.

26
Q

Wat houdt synthetische letaliteit in?

A

Bij tumorcellen werkt vaak een bepaalde reparatiesysteem niet. Hierdoor is de tumor totaal afhankelijk van het andere type systeem. Wanneer je dit type systeem blokkeert, gaan de cellen dood: synthetische letaliteit.

27
Q

Wat is de functie van poly ADP ribose polymerase 1 (PARP1)?

A

Bij BER. PARP1 bindt aan enkelstrengs breuken en modificeert eiwitten door een poly ADP ribose staart toe te voegen. Dit stabiliseert de breuk, waardoor het herstel bevordert wordt. PARP1 maakt de reparatie van enkelstrengs breuken efficiënter.
Wanneer PARP1 niet goed werkt duurt het veel langer voordat deze breuken gemaakt worden en kan het zijn dat ze nog aanwezig zijn bij de DNA-replicatie waardoor dubbelstrengs breuken ontstaan.

28
Q

Welk eiwit is temperatuur gevoelig?

A

BRCA2 wordt afgebroken bij een hogere temparatuur.

29
Q

Wat kan je detecteren met next generation sequencing?

A
  • kleine mutaties
  • deleties, amplificaties
  • translocaties en fusiegenen
30
Q

Wat is single molecule NGS en massively parallel NGS?

A

Bij single molcule wordt de sequentie van afzonderlijke moleculen bepaald en niet een mix (mengsel) van (verschillende) moleculen.
Bij massively parallel wordt van een zeer groot aantal afzonderlijke moleculen de sequentie parallel (tegelijkertijd, in dezelfde analyse) bepaald.

31
Q

Wat is het verschil tussen ampicon enrichment en hybridization enrichment?

A

Bij amplicon enrichment werk je met PCR en primers, waarna je je gewenste stukje DNA krijgt. Je kan labels hangen aan je primers waardoor je van verschillende personen tegelijk dit stukje kan bekijken.
Bij hybridization enrichment wordt het DNA in kleine fragmenten gesplitst voordat het vermeerderd wordt. Vervolgens worden adapters (ik denk dat je hieraan kan herkennen van wie dit DNA is) toegevoegd voor latere sequencing. Er is een bepaald stukje met een complementaire basepaar volgorde die de gewenste stukken DNA vangen (captured) en deze DNA stukken worden vervolgens gesequenced.

HE is minder efficiënt, maar er kunnen wel meerdere fragmenten van een bepaald gebied gesequenced worden. Bij AE heb je primers en maak je een target regio los en bij HE bekijk je hoe vaak je de target regio hebt. Je eindigt wel met hetzelfde product.

32
Q

Wat is de coverage (deep sequencing)?

A

Aantal keer dat een base-positie (onafhankelijk) bepaald is. Hoe hoger de coverage, hoe ‘deeper’ gesequenced.

33
Q

Wat is de variant allel frequency (VAF)?

A

Dit is het aantal keer dat een DNA-variant op een specifieke positief gevonden wordt t.o.v. het referentie DNA.

34
Q

Wat is het verschil (/eigenschap) tussen conventionele (Sanger) sequencing en NGS?

A

Sanger sequencing:
- mix van moleculen
- 1 fragment/analyse
- output max 1000 basen
- veel DNA nodig
- lage gevoeligheid
- poolen niet mogelijk
- eenvoudige analyse

NGS:
- ‘single molecule’
- duizenden fragmenten/analyse
- output van 1 - 20 x 10^9 basen
- weinig DNA nodig
- hoge gevoeligheid (1-2%)
- poolen van samples (barcode)
- bio-informatica nodig

35
Q

Op welk chromosoom ligt BCR en op welk chromosoom ligt ABL?

A

BCR ligt op chromosoom 22 en ABL op chromosoom 9.

36
Q

Wat voor type eiwit is BCR-ABL en wat voor type medicijn bestaat er dan tegen dit eiwit/ziekte?

A

BCR-ABL is een tyrosinekinase: het eiwit kan ATP binden, waardoor het actief wordt en substraten kan gaan fosforyleren.
Een medicijn ertegen is dan een tyrosine kinase inhibitor, zoals imatinib (nibjes). Dit medicijn gaat op de plek zitten waar eigenlijk ATP zou binden.

2A1 onco 1 (5 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions