Week 3 Flashcards
leukemie is een … ziekte en ontstaat uit … cel
klonale ziekte en ontstaat uit 1 cel (wel meerdere mutaties)
CML diagnostiek
T9;22
cytogenetisch onderzoek (beenmerg cellen)
moleculair onderzoek voor BCR-ABL fusiegen
de eiwit info ligt in de genen op
exonen
wat is bij CML de chromosoom afwijking en welk fusie-eiwit ontstaat er?
t (9;22) (translocatie)
het eiwit heet; BCR-ABL
wat kan BCR-ABL remmen?
fusiegen van CML wat substraten fosforyleert
imatinib bindt op de plek waar ATP normaal bind zodat het eiwit inactief wordt
wat gebeurt er als de cellen imatinib en andere trypsine-kinse remmers resistent worden?
dan is de volgende optie een stamceltransplantatie (allogeen)
AML chromosoom afwijkingen
t (8;21) = AML1-ETO
t (15;17) = PML-RAR
inv (16) = CBP-MYH
inv (7)
welke chromosoom afwijkingen bij AML hebben een goede prognose
t (8;21) = AML1-ETO
t (15;17) = PML-RAR
inv (16) = CBP-MYH
welke chromosoom afwijkingen bij AML hebben een slechte prognose
inv (7)
welke chromosoom mutatie heet het Philadelphia chromosoom?
t (9;22)
is bij 95% van de gevallen bij CML te vinden
de celcyclus bestaat uit de volgende 4 fasen
G1-fase (celgroei)
S-fase (verdubbeling DNA)
G2-fase (klaarmaken mitose)
M-fase (mitose)
G1-fase
celgroei
(meeste cellen van ons lichaam)
S-fase
verdubbeling DNA
(kopieren DNA en twee centrosomen)
G2-fase
klaarmaken mitose
(controle of verdubbeling goed is)
M-fase
mitose
(verdeling chromosomen over twee dochtercellen)
profase
DNA wordt compact gemaakt en gecondenseerd
prometafase
de kernenvelop wordt gebroken
metafase
chromosomen liggen geordend in de cel in het midden
anafase
chromosomen worden naar twee kanten getrokken
telofase
rondom het afzonderlijke dna komt een nieuwe kerk en het dna gaat zich weer concentreren (decondenseren)
cytokinese
vorming van twee cellen (cytoplasma verdeeld)
volgorde totaal van celdeling
profase
prometafase
metafase
anafase
telofase
cytokinese
kinetochoor
de structuur van tubuline draden die vastzit aan het centromeer en chromosomen
3 manieren om chromosomale afwijkingen op te sporen
alle chromosomen aankleuren
FISH
SKY
chromosomen aankleuren gebeurt door
r bandering
FISH types
A. fluorescentie in situe hybridisatie; een gen aankleuren met fluorescerende proberen
B. chromosoom specifieke proces; probes om een heel chromosoom aan te kleuren
wat is SKY
spectrale karyotypering; elk chromosoom krijgt een eigen kleur (translocaties goed zichtbaar)
chromosomale afwijkingen ontstaan altijd door
een dubbelstrengs breuk
wat gebeurt er bij een dubbelstrengs breuk en mitose
zie plaatje pag 78 slim deel 1
er ontstaat een micronucleoli waar een chromosoom in gaat zitten
dit kan gebeuren met meerdere chromosomen en zo ontstaat chromothripsis
wat is non-disjunctie
te veel of te weinig chromosomen in een dochtercel
wanneer ontstaat non-disjunctie?
tijdens de metafase doordat een chromosoom niet vast zit voordat de verdeling begint
wat zijn twee numerieke afwijkingen in het DNA en wat is de naam hiervan?
- chromosoom verlies
- chromosoom dubplicatie
dit heet aneuploidie
nummerieke afwijkingen worden herkend door de techniek van
CA repeats (een band CA in de PCR betekent dat er maar een alleen is dus een chromosoom ontbreekt)
mutaties kunnen voor kanker zorgen op twee manieren
activeren oncogenen
of
inactiveren van tumor supressor genen
telomeren hebben twee functies en die zijn;
zorgen dat er geen genomische instabiliteit is
beperken van de groei van cellen
telmoeren; zorgen dat er geen genomische instabiliteit is
het uiteinde van het chromosoom kan herkend worden als breuk
-> het telomeer wordt opgerold in een T-loop, deze structuur wordt dmv eiwitten gestabiliseerd (en is zo herkenbaar als uiteinde)
telmoeren; beperken van de groei van cellen
huidcellen stoppen met delen na ongeveer 50 delingen
telomeren verkorten bij iedere celdeling
als telomeren te kort worden geven ze een signaal af
Het M1 Hayflick limit, de cel kan nog een paar keer delen maar daarna zijn de telomeren te kort (M2 crisis)
gevolg = chromosomale instabiliteit en celdood als gevolg
t-loop beschermt het dna tegen afbraak door
NHEJ
tumoren kunnen eeuwig door blijven groeien door 2 mechanismen
telomerase & ALT (werking onbekend)
bij 50% van de patiënten met AML is er geen afwijking in het karyotype maar zijn er wel
moleculaire afwijkingen
proces van chromosomen bekijken stappenplan
- kweken van materiaal (beenmerg)
- groeifactoren toevoegen
- kweken duurt 1-2 dagen
- colcemid zet celdeling stop (mitose blok)
- hypotone oplossing wordt toegevoegd
- hierdoor zwellen cellen en barsten ze
- chromosomen worden gebandeerd (met R-, G- of Q- bandering)
een chromosoom bestaat uit 2 delen
P-arm; bovenste korte stuk
Q-arm; onderste lange stuk
twee soorten inversie bij chromosomen
stuk van chromosoom is 180 graden gedraaid
- paracentrisch
- pericentrisch (in centromeer)
wat zijn gebalanceerde afwijkingen?
geen verlies van materiaal
- translocatie
- inversie
- insertie
wat zijn niet-gebalanceerde afwijkingen?
- deletie
- amplificatie = duplicatie
- niet-gebalanceerde translocatie
slechte prognose AML karyotype
- complex karyotype
- monosomaal karyotype (verlies van twee autonome of monosomie en een structurele afwijking
zo werkt FISH
het DNA wordt gesmolten door te verwarmen
er wordt een stukje enkelstrengs DNA (probe) overheengewassen
er wordt dus gecheckt of het dna aanwezig is
daarna wordt het aangekleurd
voordelen FISH
detectie van microdeleties
detectie van complexe genoom verandering
snelle diagnostische detectie
nadelen FISH
gelimiteerde sensitiviteit
geeft alleen antwoord op gestelde vragen
beperkte target locaties
fusie-probes
gemaakt om translocaties aan te tonen
geen translocatie; 2x rood twee keer groen
wel translocatie; geel
wat is een multiple myeloom
Plasmacellen zijn een type witte bloedcellen die een belangrijke rol spelen in de afweer van het lichaam tegen infectie
afwijkende cellen komen niet in deling en zijn daardoor moeilijk te vinden
diagnostiek van multiple myeloom
rode bloedcellen verwijderen door rode bloedcel lysis
aan de buitenkant van plasmacellen zit marker; CD-138
door een antilichaam te maken met een magneet eraan kunnen de plasmacellen geselecteerd worden
wat is SNP-array
single nucleotide polymorphism array
genoom breed wordt gekeken en kleine fouten worden zelfs in kaart gebracht met 850.000 probes
snappen SNP array tabel
Hier komt sws vraag over pag 84 slim 1
break apart probes geven twee fusies als … en geven drie fusies als …
twee fusies als geen translocatie
drie fusies als wel translocatie
verschillen en overeenkomsten tussen FISH en SNP array
overeenkomsten, ze meten beiden:
- winst van heel chromosoom
- deleties
- winsten
alleen FISH: translocatie
alleen SNP array: verlies van hetrozygotie (LOH)
FISH meet alleen iets als
dat gen vantevoren getarget is
welke fases vallen onder de interfase
G1, S en G2
welke fases vallen onder metafase
m-fase
cycline D
G1 fase
zorgt voor activatie van celcyclus na groeisignaal
cycline E
overgang G1 en S fase
zorgt voor voortgang S fase
cycline A
S-fase
zorgt voor progressie S fase
cycline B
G2
voortgang G2 fase naar mitose
volgorde celcyclus en cycline
cycline D, cycline E, cycline A, cycline B
wat zijn CDK’s
continue aanwezig maar alleen actief als ze aan een cycline binden
ze fosforyleren eiwitten die nodig zijn voor de celcyclus
cycline D en CDK en CDKI
CDK4
CDKI; p16ink4a
cycline E en CDK en CDKI
CDK2
CDKI; p21
cycline A en CDK en CDKI
CDK2
CDKI; p21
een CDKI remt
de cycline
de 5 checkpoints binnen de celcyclus
- restrictiepoint (RB)
- G1/S checkpoint (p53)
- Intra S checkpoint (ATM)
- G2/M checkpoint
- Anafase checkpoint (BUB1)
restrictiepoint
punt waarop de cel besluit wel of niet te delen en specialiseren
eiwit; RB
G1/S checkpoint
punt waarop gekeken wordt of DNA beschadigd
eiwit; p53
Intra S checkpoint
DNA check na replicatie
eiwit: ATM
G2/M checkpoint
check of replicatie volledig afgerond zonder fouten
Anafase-checkpoint
check of rangschikking van chromosomen in het midden voor splitsing naar dochtercellen klopt
eiwit; BUB1
leer plaatje schema uit je hoofd !!!!!
pag 88 bovenaan rechts
E2F
transcriptiefactor voor S-fase
RB eiwit is gekoppeld inactief met
E2F, als gefosforyleerd wordt E2F actief
RAS
cycline D gaat omhoog door groeisignaal
p16
CDKI van cycline D
G1-S-arrest
normale cel:
er is DNA beschadiging
dit zorgt ervoor dat p53 omhoog gaat
dit zorgt dat p21 omhoog gaat
dit remt cycline E/CDK2
de overgang van G1 naar S wordt geremd
bij kanker gaat het fout door mutatie in p53
schade tijdens intra-S checkpoint
ATM wordt geactiveerd
dit activeert CHK2 wat cycline A/ CDK2 remt
ataxia telangiectasia (AT)
aangeboren ATM defect, dus geen CHK2 activatie
gevolg = overgevoeligheid röntgenfoto en kanker
radio resistente DNA synthese (RDS)
checkt of intra S checkpoint nog werkt door 3H-thymidine toe te voegen aan beschadigd DNA
als transcriptie gewoon doorgaat is het fout en wordt deze ingebouwd in het DNA (in gezond DNA is een stop en gebeurt dit niet)
anafase checkpoint; in de kinechotoor zitten spanningsgevoelige eiwitten
deze detecteren of microtubuli allemaal gebonden zijn
is dit niet zo? dan afgifte BUB1
de anafase checkpoint bevind zich dus eigenlijk in de
metafase
binden aan dubbelstrengs DNA breuk
Nbs1 en RAS50
ATM-kinase
herkent dubbelstrengs breuken
wat als ATM-kinase dubbelstrengs breuk herkend
activeert het CHK2 wat zorgt voor inactivatie van cycline A/CKD2
menselijke interne klok heeft een omlooptijd van
25 uur
… zorgt ervoor dat de celcyclus van het lichaam gelijk blijft lopen met het dagritme
licht
waar zit de neurale klok
suprachiasmatische nucleus (SCN)
CRY-1 en CRY2 gen
cry 1; als uitgeschakeld sneller tikken
cry 2; als uitgeschakeld langzamer tikken
ochtendmensen hebben een … klok
snellere klok en avondmensen een langzamere klok
het lichaam heeft twee soorten klokken
de centrale klok; afgesteld op licht-donker cyclus
perifere klok; afgesteld op basis van SCN
circardiane desynchronisatie klachten
korte termijn klachten; moe, verminderd alert, minder prestatievermogen
lange termijn klachten; metabole verstoring, hart- vaatziekten, obesitas, versnelde tumorinductie en veranderd tumorspectrum (veel kwaadaardig)
chronotoxiciteit
toxisch effect afhankelijk van tijdstip van toediening
3 checkvragen als middel chronotherapeutisch is of kan zijn
- vertonen symptomen circardiane variatie
- is de farmacokinetiek afhankelijk van het tijdstip van toediening
- vertoont het orgaan Circadiane variatie in gevoeligheid voor het geneesmiddel
lees cardiaan ritme
pag 91 onderaan
10% van de genen staat onder invloed van
Circadiane klokt
mitochondriaal DNA
1000 kopieën per ce
dna is circulair
kern dna
3 miljard basenparen
50-250 Mb per chromosoom
er zijn … eiwit coderende genen in het humane genoom
20.442
er zijn … RNA only coderende genen in het humane genoom
23.982
… van het humane genoom is coderend en … wordt getranscribeerd
1,5% en 1/3e getranscribeerd
dit verschil is zo groot omdat de introns eruit moeten worden gehaald
ongeveer 50 van het dna bestaat uit
repetitief dna
genoom sequentie kan meer informatie geven voor
- identificeren van ziektegenen
- nieuwe farmacologische stoffen te ontwikkelen
- mutaties vinden die overgevoeligheid voor medicijnen kunnen wegnemen
lees pag 96 over stukje
micro array
