Week 3 Flashcards

1
Q

leukemie is een … ziekte en ontstaat uit … cel

A

klonale ziekte en ontstaat uit 1 cel (wel meerdere mutaties)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

CML diagnostiek

A

T9;22
cytogenetisch onderzoek (beenmerg cellen)
moleculair onderzoek voor BCR-ABL fusiegen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

de eiwit info ligt in de genen op

A

exonen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

wat is bij CML de chromosoom afwijking en welk fusie-eiwit ontstaat er?

A

t (9;22) (translocatie)
het eiwit heet; BCR-ABL

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

wat kan BCR-ABL remmen?

A

fusiegen van CML wat substraten fosforyleert
imatinib bindt op de plek waar ATP normaal bind zodat het eiwit inactief wordt

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

wat gebeurt er als de cellen imatinib en andere trypsine-kinse remmers resistent worden?

A

dan is de volgende optie een stamceltransplantatie (allogeen)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

AML chromosoom afwijkingen

A

t (8;21) = AML1-ETO
t (15;17) = PML-RAR
inv (16) = CBP-MYH
inv (7)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

welke chromosoom afwijkingen bij AML hebben een goede prognose

A

t (8;21) = AML1-ETO
t (15;17) = PML-RAR
inv (16) = CBP-MYH

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

welke chromosoom afwijkingen bij AML hebben een slechte prognose

A

inv (7)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

welke chromosoom mutatie heet het Philadelphia chromosoom?

A

t (9;22)
is bij 95% van de gevallen bij CML te vinden

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

de celcyclus bestaat uit de volgende 4 fasen

A

G1-fase (celgroei)
S-fase (verdubbeling DNA)
G2-fase (klaarmaken mitose)
M-fase (mitose)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

G1-fase

A

celgroei
(meeste cellen van ons lichaam)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

S-fase

A

verdubbeling DNA
(kopieren DNA en twee centrosomen)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

G2-fase

A

klaarmaken mitose
(controle of verdubbeling goed is)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

M-fase

A

mitose
(verdeling chromosomen over twee dochtercellen)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

profase

A

DNA wordt compact gemaakt en gecondenseerd

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

prometafase

A

de kernenvelop wordt gebroken

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

metafase

A

chromosomen liggen geordend in de cel in het midden

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

anafase

A

chromosomen worden naar twee kanten getrokken

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

telofase

A

rondom het afzonderlijke dna komt een nieuwe kerk en het dna gaat zich weer concentreren (decondenseren)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

cytokinese

A

vorming van twee cellen (cytoplasma verdeeld)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

volgorde totaal van celdeling

A

profase
prometafase
metafase
anafase
telofase
cytokinese

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

kinetochoor

A

de structuur van tubuline draden die vastzit aan het centromeer en chromosomen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

3 manieren om chromosomale afwijkingen op te sporen

A

alle chromosomen aankleuren
FISH
SKY

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
Q

chromosomen aankleuren gebeurt door

A

r bandering

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
26
Q

FISH types

A

A. fluorescentie in situe hybridisatie; een gen aankleuren met fluorescerende proberen
B. chromosoom specifieke proces; probes om een heel chromosoom aan te kleuren

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
27
Q

wat is SKY

A

spectrale karyotypering; elk chromosoom krijgt een eigen kleur (translocaties goed zichtbaar)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
28
Q

chromosomale afwijkingen ontstaan altijd door

A

een dubbelstrengs breuk

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
29
Q

wat gebeurt er bij een dubbelstrengs breuk en mitose

A

zie plaatje pag 78 slim deel 1
er ontstaat een micronucleoli waar een chromosoom in gaat zitten
dit kan gebeuren met meerdere chromosomen en zo ontstaat chromothripsis

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
30
Q

wat is non-disjunctie

A

te veel of te weinig chromosomen in een dochtercel

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
31
Q

wanneer ontstaat non-disjunctie?

A

tijdens de metafase doordat een chromosoom niet vast zit voordat de verdeling begint

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
32
Q

wat zijn twee numerieke afwijkingen in het DNA en wat is de naam hiervan?

A
  • chromosoom verlies
  • chromosoom dubplicatie
    dit heet aneuploidie
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
33
Q

nummerieke afwijkingen worden herkend door de techniek van

A

CA repeats (een band CA in de PCR betekent dat er maar een alleen is dus een chromosoom ontbreekt)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
34
Q

mutaties kunnen voor kanker zorgen op twee manieren

A

activeren oncogenen
of
inactiveren van tumor supressor genen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
35
Q

telomeren hebben twee functies en die zijn;

A

zorgen dat er geen genomische instabiliteit is
beperken van de groei van cellen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
36
Q

telmoeren; zorgen dat er geen genomische instabiliteit is

A

het uiteinde van het chromosoom kan herkend worden als breuk
-> het telomeer wordt opgerold in een T-loop, deze structuur wordt dmv eiwitten gestabiliseerd (en is zo herkenbaar als uiteinde)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
37
Q

telmoeren; beperken van de groei van cellen

A

huidcellen stoppen met delen na ongeveer 50 delingen
telomeren verkorten bij iedere celdeling

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
38
Q

als telomeren te kort worden geven ze een signaal af

A

Het M1 Hayflick limit, de cel kan nog een paar keer delen maar daarna zijn de telomeren te kort (M2 crisis)
gevolg = chromosomale instabiliteit en celdood als gevolg

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
39
Q

t-loop beschermt het dna tegen afbraak door

A

NHEJ

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
40
Q

tumoren kunnen eeuwig door blijven groeien door 2 mechanismen

A

telomerase & ALT (werking onbekend)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
41
Q

bij 50% van de patiënten met AML is er geen afwijking in het karyotype maar zijn er wel

A

moleculaire afwijkingen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
42
Q

proces van chromosomen bekijken stappenplan

A
  • kweken van materiaal (beenmerg)
  • groeifactoren toevoegen
  • kweken duurt 1-2 dagen
  • colcemid zet celdeling stop (mitose blok)
  • hypotone oplossing wordt toegevoegd
  • hierdoor zwellen cellen en barsten ze
  • chromosomen worden gebandeerd (met R-, G- of Q- bandering)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
43
Q

een chromosoom bestaat uit 2 delen

A

P-arm; bovenste korte stuk
Q-arm; onderste lange stuk

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
44
Q

twee soorten inversie bij chromosomen

A

stuk van chromosoom is 180 graden gedraaid
- paracentrisch
- pericentrisch (in centromeer)

45
Q

wat zijn gebalanceerde afwijkingen?

A

geen verlies van materiaal
- translocatie
- inversie
- insertie

46
Q

wat zijn niet-gebalanceerde afwijkingen?

A
  • deletie
  • amplificatie = duplicatie
  • niet-gebalanceerde translocatie
47
Q

slechte prognose AML karyotype

A
  • complex karyotype
  • monosomaal karyotype (verlies van twee autonome of monosomie en een structurele afwijking
48
Q

zo werkt FISH

A

het DNA wordt gesmolten door te verwarmen
er wordt een stukje enkelstrengs DNA (probe) overheengewassen
er wordt dus gecheckt of het dna aanwezig is
daarna wordt het aangekleurd

49
Q

voordelen FISH

A

detectie van microdeleties
detectie van complexe genoom verandering
snelle diagnostische detectie

50
Q

nadelen FISH

A

gelimiteerde sensitiviteit
geeft alleen antwoord op gestelde vragen
beperkte target locaties

51
Q

fusie-probes

A

gemaakt om translocaties aan te tonen
geen translocatie; 2x rood twee keer groen
wel translocatie; geel

52
Q

wat is een multiple myeloom

A

Plasmacellen zijn een type witte bloedcellen die een belangrijke rol spelen in de afweer van het lichaam tegen infectie
afwijkende cellen komen niet in deling en zijn daardoor moeilijk te vinden

53
Q

diagnostiek van multiple myeloom

A

rode bloedcellen verwijderen door rode bloedcel lysis
aan de buitenkant van plasmacellen zit marker; CD-138
door een antilichaam te maken met een magneet eraan kunnen de plasmacellen geselecteerd worden

54
Q

wat is SNP-array

A

single nucleotide polymorphism array
genoom breed wordt gekeken en kleine fouten worden zelfs in kaart gebracht met 850.000 probes

55
Q

snappen SNP array tabel

A

Hier komt sws vraag over pag 84 slim 1

56
Q

break apart probes geven twee fusies als … en geven drie fusies als …

A

twee fusies als geen translocatie
drie fusies als wel translocatie

57
Q

verschillen en overeenkomsten tussen FISH en SNP array

A

overeenkomsten, ze meten beiden:
- winst van heel chromosoom
- deleties
- winsten

alleen FISH: translocatie
alleen SNP array: verlies van hetrozygotie (LOH)

58
Q

FISH meet alleen iets als

A

dat gen vantevoren getarget is

59
Q

welke fases vallen onder de interfase

A

G1, S en G2

60
Q

welke fases vallen onder metafase

A

m-fase

61
Q

cycline D

A

G1 fase
zorgt voor activatie van celcyclus na groeisignaal

62
Q

cycline E

A

overgang G1 en S fase
zorgt voor voortgang S fase

63
Q

cycline A

A

S-fase
zorgt voor progressie S fase

64
Q

cycline B

A

G2
voortgang G2 fase naar mitose

65
Q

volgorde celcyclus en cycline

A

cycline D, cycline E, cycline A, cycline B

66
Q

wat zijn CDK’s

A

continue aanwezig maar alleen actief als ze aan een cycline binden
ze fosforyleren eiwitten die nodig zijn voor de celcyclus

67
Q

cycline D en CDK en CDKI

A

CDK4
CDKI; p16ink4a

68
Q

cycline E en CDK en CDKI

A

CDK2
CDKI; p21

69
Q

cycline A en CDK en CDKI

A

CDK2
CDKI; p21

70
Q

een CDKI remt

A

de cycline

71
Q

de 5 checkpoints binnen de celcyclus

A
  • restrictiepoint (RB)
  • G1/S checkpoint (p53)
  • Intra S checkpoint (ATM)
  • G2/M checkpoint
  • Anafase checkpoint (BUB1)
72
Q

restrictiepoint

A

punt waarop de cel besluit wel of niet te delen en specialiseren
eiwit; RB

73
Q

G1/S checkpoint

A

punt waarop gekeken wordt of DNA beschadigd
eiwit; p53

74
Q

Intra S checkpoint

A

DNA check na replicatie
eiwit: ATM

75
Q

G2/M checkpoint

A

check of replicatie volledig afgerond zonder fouten

76
Q

Anafase-checkpoint

A

check of rangschikking van chromosomen in het midden voor splitsing naar dochtercellen klopt
eiwit; BUB1

77
Q

leer plaatje schema uit je hoofd !!!!!

A

pag 88 bovenaan rechts

78
Q

E2F

A

transcriptiefactor voor S-fase

79
Q

RB eiwit is gekoppeld inactief met

A

E2F, als gefosforyleerd wordt E2F actief

80
Q

RAS

A

cycline D gaat omhoog door groeisignaal

81
Q

p16

A

CDKI van cycline D

82
Q

G1-S-arrest

A

normale cel:
er is DNA beschadiging
dit zorgt ervoor dat p53 omhoog gaat
dit zorgt dat p21 omhoog gaat
dit remt cycline E/CDK2
de overgang van G1 naar S wordt geremd

bij kanker gaat het fout door mutatie in p53

83
Q

schade tijdens intra-S checkpoint

A

ATM wordt geactiveerd
dit activeert CHK2 wat cycline A/ CDK2 remt

84
Q

ataxia telangiectasia (AT)

A

aangeboren ATM defect, dus geen CHK2 activatie
gevolg = overgevoeligheid röntgenfoto en kanker

85
Q

radio resistente DNA synthese (RDS)

A

checkt of intra S checkpoint nog werkt door 3H-thymidine toe te voegen aan beschadigd DNA
als transcriptie gewoon doorgaat is het fout en wordt deze ingebouwd in het DNA (in gezond DNA is een stop en gebeurt dit niet)

86
Q

anafase checkpoint; in de kinechotoor zitten spanningsgevoelige eiwitten

A

deze detecteren of microtubuli allemaal gebonden zijn
is dit niet zo? dan afgifte BUB1

87
Q

de anafase checkpoint bevind zich dus eigenlijk in de

A

metafase

88
Q

binden aan dubbelstrengs DNA breuk

A

Nbs1 en RAS50

89
Q

ATM-kinase

A

herkent dubbelstrengs breuken

90
Q

wat als ATM-kinase dubbelstrengs breuk herkend

A

activeert het CHK2 wat zorgt voor inactivatie van cycline A/CKD2

91
Q

menselijke interne klok heeft een omlooptijd van

A

25 uur

92
Q

… zorgt ervoor dat de celcyclus van het lichaam gelijk blijft lopen met het dagritme

A

licht

93
Q

waar zit de neurale klok

A

suprachiasmatische nucleus (SCN)

94
Q

CRY-1 en CRY2 gen

A

cry 1; als uitgeschakeld sneller tikken
cry 2; als uitgeschakeld langzamer tikken

95
Q

ochtendmensen hebben een … klok

A

snellere klok en avondmensen een langzamere klok

96
Q

het lichaam heeft twee soorten klokken

A

de centrale klok; afgesteld op licht-donker cyclus
perifere klok; afgesteld op basis van SCN

97
Q

circardiane desynchronisatie klachten

A

korte termijn klachten; moe, verminderd alert, minder prestatievermogen
lange termijn klachten; metabole verstoring, hart- vaatziekten, obesitas, versnelde tumorinductie en veranderd tumorspectrum (veel kwaadaardig)

98
Q

chronotoxiciteit

A

toxisch effect afhankelijk van tijdstip van toediening

99
Q

3 checkvragen als middel chronotherapeutisch is of kan zijn

A
  • vertonen symptomen circardiane variatie
  • is de farmacokinetiek afhankelijk van het tijdstip van toediening
  • vertoont het orgaan Circadiane variatie in gevoeligheid voor het geneesmiddel
100
Q

lees cardiaan ritme

A

pag 91 onderaan

101
Q

10% van de genen staat onder invloed van

A

Circadiane klokt

102
Q

mitochondriaal DNA

A

1000 kopieën per ce
dna is circulair

103
Q

kern dna

A

3 miljard basenparen
50-250 Mb per chromosoom

104
Q

er zijn … eiwit coderende genen in het humane genoom

A

20.442

105
Q

er zijn … RNA only coderende genen in het humane genoom

A

23.982

106
Q

… van het humane genoom is coderend en … wordt getranscribeerd

A

1,5% en 1/3e getranscribeerd
dit verschil is zo groot omdat de introns eruit moeten worden gehaald

107
Q

ongeveer 50 van het dna bestaat uit

A

repetitief dna

108
Q

genoom sequentie kan meer informatie geven voor

A
  • identificeren van ziektegenen
  • nieuwe farmacologische stoffen te ontwikkelen
  • mutaties vinden die overgevoeligheid voor medicijnen kunnen wegnemen
109
Q

lees pag 96 over stukje

A

micro array