week 2 Flashcards

1
Q

wat is een stochastisch proces?

A

toevalsproces, bijv opeenstapeling van mutaties die de vorming van kanker veroorzaken

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Wanneer treden symptomen van kanker op?

A

als de tumor een massa heeft van meer dan 1 gram ( 1cm^3), na 5 jaar, dit is nog 3/4 van de periode tussen het ontstaan en het overlijden aan kanker

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Waarom is de prevalentie van kanker hoger bij vrouwen dan bij mannen?

A

vrouwen overleven het vaker en eerder gediagnosticeerd

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Wat houdt basiselectie in?

A

de base wordt eerst gepast voordat DNA-polymerase de base bindt aan de primer

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Wat houdt proofreading in?

A

door tautomere vormen van nucleotiden kan bijv IPV een G een A gebonden worden aan C, als deze vervolgens weer verandert naar de normale vorm ontstaat er een mismatch. Deze mismatch wordt door exonuclease activiteit door polymerase eruit geknipt =proofreading. hierna kan DNA polymerase weer verder

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Wat houdt het mismatch systeem in?

A

vindt plaats als DNA polymerase al weg is. MSH2, MLH1, MSH6 en PMS2 vinden de mismatch en EXO1 eet de foute nucleotide en de nucleotide eromheen weg als een soort pacman waarna de nucleotides weer worden ingebouwd door DNA polymerase

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Wat is er aan de hand bij het Lynch syndroom? (HNPCC ook wel)

A
  • het mismatch reparatiemechanisme werkt niet goed
  • darmepitheel heeft bijv een hoog proliferatie activiteit dus veel DNA-replicatie
  • het foutenpercentage is dus hoger, dus meer poliepen
  • leidt tot microsateliete instabiliteit : - Microsatellieten bestaan uit korte repeterende sequenties die dan nu dus vaker of minder vaak aanwezig zijn dan normaal
  • lynch syndroom is autosomaal dominant overerfbaar ( dus 50% kans dat kind het ook heeft)
  • mensen vanaf 25 eens per 2 jaar een colonscopie en vrouwen jaarlijks ook nog endometriumcarcinoom screening (vanaf 40-60)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Wat is RER fenotype?

A

replicatiefouten in het DNA
- gevolg als mismatch systeem niet goed werkt
- aan te tonen door microsatelliet analyse

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Wat zijn de 5 bethesda criteria wanneer je kan denken aan colorectaal carcinoom

A
  1. coloncarcinoom <50 jaar
  2. Tweemaal coloncarcinoom bij een patient (gelijktijdig fo na elkaar
  3. coloncarcinoom en lynch syndroom tumor bij 1 patient
  4. coloncarcinoom bij patient met een of meer familieleden met coloncarinoom of een lynch syndroom geassocieerde tumor
  5. bovenstaand bij 2 of meer
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

wat is een kiembaanmutatie?

A

Een kiembaanmutatie is een genetische verandering die plaatsvindt in de kiemcellen, zoals eicellen of zaadcellen, en die van ouder op nakomeling kan worden doorgegeven. Deze mutaties zijn aanwezig in elke cel van het lichaam van het nageslacht vanaf de bevruchting.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Wat is het beleid bij lynch syndroom T.a.v. een coloncarcinoom?

A
  • totale colectomie
  • ileorectale anastomose
  • dit ipv segmentale colonresectie vanwege verhoogde risico op een metachroon coloncarcinoom (nieuwe primaire colon tumor, dus 2e)
  • bij patienten >60 wel partiële want overlevingswinst is gelijk aan totale
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

wat is het beleid bij familiar colorectaal carcinoom?

A
  • familiar voorkomen van coloncarcinoom
  • screenen vanwege verhoogde lifttime risk (>10%)
  • preventieve colonscopie eens in 5 jaar vanaf 50 jarige leeftijd
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Wat is Bleomycine?

A
  • maakt DNA dubbelstrengsbreuken
  • bijwerking: vermindering longfunctie
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Wat is Topoisomerase ll? Wat is topoisomerase 1

A

Maakt dubbelstrengs breuk en haalt andere DNA streng erdoorheen waarnaar de breuk wordt hersteld. Nu zijn ze los van elkaar.
- Topo 1 maakt enkel strand los

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Wat doet etoposide?

A
  • remt topoisomerase ll en zorgt dat de breuk erna niet meer hersteld wordt, maar dus wel nog wordt geknipt
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Wat is BEP?

A

behandel methode kanker: beomycine, etoposide en cisplatine

17
Q

Wat is cisplatine?

A
  • zorgt voor interstrand crosslinks
18
Q

Wat doet PARP1?

A

maakt reparatie van enkelstrengs DNA breuken efficiënter

19
Q

Welke mutaties hebben vrouwen met erfelijke borstkanker/ overiumkanker?

A

BRCA1 en BRCA2 mutaties (heterozygoot)

20
Q

Wat wordt er gegeven aan patiënten met het BRCA mutatie?

A
  • een PARP-remmer
  • zo kunnen enkelstrengs breuken niet meer worden gerepareerd
  • in cellen zonder mutatie (BRCA-proficiente cel) is homologe recombinatie werkzaam dus worden de dubbelstrengs breuken hersteld
  • in BRCA mutatie cel (BRCA-deficient) niet, dus cel gaat dood= synthetische lethaliteit
  • maar de PARP remmer werkt alleen bij ovariumtumor en niet bij borstkanker!
21
Q

Waarom werken PARP-remmers wel bij ovariumtumoren maar niet bij borstkanker?

A

waarschijnlijk omdat de borstkankercellen sneller resistent worden, en ook kunnen herstellen via POLQ. Daarom nu POLQ remmers

22
Q

Hoe wordt hyperthermie gebruikt als anti-tumor therapie?

A
  • radiotherapie is effectiever in combinatie met hyperthermie
  • werkt omdat hyperthermie invloed heeft op de homologe recombinatie van dubbelsterns DNA breukherstel
  • RAD51 gaat door hyperthermie niet meer op de streng zitten (RAD51 zorgt normaal voor dubbelstrengs breukherstel) omdat BRCA wordt afgebroken en die heeft normaal invloed op RAD51
  • hierdoor is de PARP-remmer nu ook effectief
23
Q

Wat is een missense mutatie?

A

Er wordt door de mutatie een ander eiwit gevormd omdat het codon verandert

24
Q

Wat is een nonsense mutatie?

A

Er wordt een stopcodon gevormd ipv een eiwit gevormd

25
Q

Wat zijn 5 dingen waarvoor DNA-sequencing in de oncologie wordt toegepast?

A
  • differentiaal diagnostiek (diagnose A of B)
  • therapiekeuze
  • clonaliteitsanalyse (metastase of 2e primaire tumor)
  • oncogenetica (erfelijke tumorsyndromen)
  • weefselidentificatie
26
Q

Wat is de uiting van een mutatie in KRAS p.G12D?

A
  • longtumoren
  • colontumoren
  • niet elke tumorcel heeft mutatie omdat mutatie vaak maar op 1 allel aanwezig is
27
Q

Wat wil coverage (deep sequencing) zeggen?

A
  • het aantal malen dat een base positie bepaald is met het sequensen
  • reference coverage: hoeveelheid niet gemuteerde read
  • variatie coverage: wel gemuteerde
28
Q

stel je vindt de KRAS-mutatie in 46% terug, wat is dat het tumorcelpercentage?

A

x2 dus 92%

29
Q

Wat is VAF (variant allel frequentie)?

A
  • hoe vaak een variant op een specifieke positie voorkomt ten opzichte van de referentie sequentie
  • afhankelijk van: -gen en -tumorpercentage
30
Q

Wat is coverage (deep sequencing)?

A
  • aantal malen dat een base-positie bepaald is. hoe hoger de coverage hoe deeper/beter gesequenced