Week 2 Flashcards

Question

regulatie vesicle transport

Answer 1

GTPases functioneren als aan- en uitschakelaar van eiwit transport via vesicles (bv. Rab en Ran) Small GTPases zijn vergelijkbaar met fosforylatie (met fosfaat actief, zonder inactief) Verwijdering van fosfaatgroep gebeurt door hydrolyse

Answer 2

GTPase uit schakelen gebeurt m.b.v. GAP (GTPase activated protein) In aanwezigheid van GAP, kan GTPase terug worden omgezet naar GDP (inactieve vorm)

Answer 3

GTPase aan schakelen gebeurt m.b.v. GEF (GTPase exchange Factor) In aanwezigheid van GEF, kan GDPase terug worden omgezet naar GTP (actieve vorm)

Answer 4

SNAREs! 1. Vesicle uit donor compartiment verplaatst zich met een v-SNARE naar buiten toe door GTPase (BUDDING) 2. De v-SNARE bindt zich aan de t-SNARE van de target compartiment (DOCKING) 3. Een Rab effector (vorm van GAP protein) op de target compartiment bindt zich aan de GTPase 4. Fusie van de vesicle en de target compartiment kan nu plaatsvinden (FUSION) (Eiwitten worden in de target compartiment geloosd) 5. Rab effector inactiveert GTPase (wordt GDP) 6. GDP & v-SNARE komen los van de target compartiment en worden gerecycled

Answer 5

1) De SNAREs wikkelen om elkaar heen 2) De wikkeling wordt steeds strakker en strakker 3) Watermoleculen die tussen de membranen zitten worden ‘eruit geperst’ 4) Fusie kan plaatsvinden

Answer 6

``` In het donor compartiment zit: a.Een v-SNARE (vesicle membrane) b.GEF (activeren van GTPase) In het target compartiment zit c.Een t-SNARE (target membrane) d. Rab-effector (GAP (inactiveren van GTPase) ```

Answer 7

1. COP-coated a. Vesicles tussen ER & golgi 2. Clathrin-coated a. Vesicles tussen golgi & plasma membraan of plasma membraan & golgi

Answer 8

1. Cargo eiwit (dat verplaatst moet worden) bindt aan receptor op membraan 2. Eenmaal eiwit en receptor gebonden: bindt extracellulair een adaptin 3. Eenmaal adaptin aan receptor(+eiwit): bindt clathrin molecuul 4. Hoe vaker stappen gebeuren 1,2 en 3 hoe meer clathrin moleculen aan elkaar gaan binden 5. Een soort voetbal van clathrin eiwitten vormt, omdat het membraan begint te bollen 6. GTPase (deze heet dynamin) snoert de voetbal van clathrin eiwitten af van het donorcompartiment 7. Na afsnoering is het een clathrin-coated vesicle 8. Clathrin moleculen laten los van de vesicle (recycled) 9. De ‘naked vesicle’ wordt getransporteerd naar eindbestemming

Answer 9

SAR1 GTPase! inactief: oplosbaar. 1. SAR1 wordt actief gemaakt door GEF aanwezig op membraan van het ER 2. Bij actieve vorm bindt de staart aan membraan van ER 3. Eenmaal gebonden aan ER bindt SAR1 allemaal COP-proteins om zich heen 4. De COP proteins vormen een soort ‘bal’ 5. De bal laat los van het donor compartiment (ER) en wordt getransporteerd naar eindbestemming

Answer 10

Eiwitten die zo worden verplaatst hebben te maken met specifieke receptoren en signalen. De eiwitten zullen door specifieke ‘kanalen’ in het membraan van het target compartiment heen gaan: Translocator Hierbij is het van belang dat het eiwit eerst ontvouwd wordt zodat het als een soort slang (keten van AA) door de kanalen heen kan

Answer 11

1) Mitochondriale eiwit wordt gebonden aan de cytoplasmatische zijde van het mitochondrion (OM): Eiwit wordt herkend aan zijn signaal peptide a. Bindt aan TOM b. Cytoplasmatische isoprotein ontvouwt het eiwit (Kost energie) 2) Komt terecht in inter membrane space (IM) a. Voor sommige eiwitten is dit het eindstation b. Andere eiwitten gaan verder naar matrix van het mitochondrion via TIM 3) Bindt aan TIM, gaat hier doorheen 4) Komt binnen aan de binnenkant van het mitochondrion (matrix) 5) Hsp70 (chaperones) vouwen eiwit naar originele staat (kost energie) 6) Signaal peptide eraf gecleaved 7) eiwit voert functie uit

Answer 12

1) Ribosoom leest het mRNA af en er wordt een eiwit keten gesynthetiseerd 2) De signaal peptide wordt al eerste gemaakt: altijd N-terminal! 3) Zodra het ribosoom die heeft gemaakt, wacht het ribosoom doordat SRP (Signal recognision particle) hieraan bindt: herkent sequentie signaal peptide 4) SRP bindt aan SRP-receptor: wordt naar een protein translocator verplaatst. 5) Als dat complex eenmaal is gevormd, zal het eiwit door de translocator geduwd worden en zal het verder gaan met synthetiseren van het eiwit. SRP is dan verdwenen en het ribosoom vervolgd zijn functie. Uiteindelijk wordt het signaal peptide weggeknipt

Answer 13

Als geheel is SRP een ribo-nuclear-protein particle (peptide en RNA) die de functie van een receptor uitoefent in de cel voor transport naar ER-lumen en sterk geconserveerd is binnen de natuur