Virologie

Question 1

Quels sont les caractéristiques principales des agents infectieux?

Answer 1

Premièrement ils affectent tous les organismes et ils ont des implications dans de nombreuses pathologie.

Il y a la formation de nouveaux virus.

Lorsqu’ils infectent la cellule, ils l’obligent à produire d’autres copies du virus. Le virion est une structure acellulaire.

Aucun gène n’est commun à l’ensemble des virus c’est donc un grand défi.

Ce sont des parasites intracellulaires obligatoires.

Question 2

Les virus sont-ils vivant?

Answer 2

Les virus ne sont pas vivanst. À l’extérieur d’un hôte il ne peut pas se répliquer seul. Par contre lorsqu’il infecte une cellule sensible il est capable de se répliquer.

À l’extérieur d’une cellule, un virus n’a aucun métabolisme. Il est complètement inerte. C’est un amalgame de molécules organiques.

À l’intérieur d’une cellule, on peut observer des réactions ainsi que des molécules caractéristiques des organismes vivants. On peut observer la réplication d’acide nucléique, la composition protéique est différente.

C’est à la limite entre le vivant et le non-vivant.

Question 3

Comment expliquer que les virus sont des organismes intracellulaires obligatoires? Qu’est-ce qu’ils font dans la cellule?

Answer 3

Ce sont des parasite intracellulaire obligatoire puisqu’ils monopolisent les activités cellulaire afin de produire des particules virales. En absence d’un hôte il n’y aura pas de réplication du virus.

Question 4

Quelle est l’unité infectieuse de base de la virologie?

Answer 4

C’est le virion.

Question 5

Comment caractériser l’origine évolutive des virus?

Answer 5

Il n’y a aucun gène commun au développement des eucaryotes ou des procaryotes. C’est vraiment un groupe à part.

Plusieurs événements auraient générés des virus. C’est compliqué de faire un arbre phylogénique.

Question 6

Quels sont les constituants de base chez tous les virus? Quels sont les constituants obligatoire et facultatif?

Answer 6

Chez les virions, il y a un nombre limité d’espèces moléculaires.

L’acide nucléique ainsi que la capsule de son deux composants obligatoire.

Une enveloppe est très fréquentes chez les espèces virales par contre ce ne sont pas toutes les espèces virale qui sont enveloppés.

Question 7

Quelles sont les différences entre les virus et les cellules? Qu’est-ce que l’on retrouve dans la particule infectieuse à l’origine?

Answer 7

Chez les virus on retrouve soit de l’ADN ou de l’ARN mais pas les deux. Dans une cellule normale on retrouve les deux.

De plus l’ADN prend des formes complètement différentes selon les les les espèces virales. Par exemple il peut prendre la forme linéaire, circulaire, unique ou multiples selon les espèces virales.

L’ADN et l’ARN peuvent être sous forme monocaténaire bicaténaires.

Certaines molécules présentes dans les partiucles virales sont absentes de la cellule infectée. Cela a pour conséquence que les enzymes qui sont impliquées dans la réplication de l’ADN de différentes forme ne sont pas présentent d’emblée dans une cellule. Ce sont les virus qui possèdent les gènes qui codent pour ces enzymes, donc une infection de la cellule est nécessaire pour produire les enzymes de réplication de l’ADN des cellules virales.

Question 8

Vrai ou faux? Aucun gène n’est commun à l’ensemble des virus.

Answer 8

Vrai

Question 9

Quelles sont les caractéristiques de l’acide nucléique du SARS-CoV2?

Answer 9

C’est de l’ARN sous forme monocaténaire.

Question 10

Comment caractériser la taille des acides nucléiques chez les virus? Qu’est-ce que cela indique?

Answer 10

La taille varie entre 4 et 1200 kb. Un gène prend environ 1kb.

Par exemple, E. coli a 4x10^3 kb et les humains ont 10^6 kb.

Pour les plus petits virus, seulement quelques gènes peuvent prendre le monopole d’une cellule qui contient des milliers de gènes. C’est très efficace et démontre l’évolution au fil du temps.

Question 11

Outre la taille, quels sont les caractéristiques du génome des virus? Quel est son rôle?

Answer 11

Premièrement la majorité des virus ont un génome sous forme haploïde. Il existe tout de même quelques diploïdes.

De plus le génome peut être fragmenté. Des fois, plusieurs acides nucléiques comportent le même message viral. Par contre, il y arrive aussi que ce soit un génome unique donc un seul génome contient l’ensemble du message viral.

Le rôle du génome est de porter l’information génétique typique au virus. Cela va permettre au virus la production de protéines de structures ainsi que d’enzymes impliquées dans la reprogrammation cellulaire lors d’une infection.

Question 12

Vrai ou faux? Ce ne sont pas tous les virus qui ont de l’acide nucléique.

Answer 12

Faux, c’est présent chez tous les virus.

Question 13

La capside est une structure composée de quoi? Où se situe-t-elle?

Answer 13

Elle est composée d’une structure protéique et se situe de façon externe à l’acide nucléique.

Question 14

Quelle est la structure de la capside?

Answer 14

Les capsides sont constituées de capsomères qui sont les sous-unités structurales.

Ces sous-unités sont composées d’un assemblage de protomères qui sont les sous-unités protéiques.

Différentes protéines s’associent pour former un protomère. Les protomères s’associent pour former les capsomères. Les capsomères s’assemblent pour générer une capside.

Question 15

Qu’est-ce qui donne la forme au virion?

Answer 15

C’est l’assemblage des capsomères.

Question 16

Quelles sont les trois types de symétrie des capsides?

Answer 16

1. Polyèdrale
2. Hélicoïdale
3. Binaire (mixte, complexe, les deux types de symétries sont présentes dans la même particule virale)

Question 17

Quelles sont les caractéristiques de la symétrie polyèdrale des capsides?

Answer 17

C’est un isocaèdre (formé de 20 côtés). C’est un asemblage de triangles.

Il y a 3 types de capsomères : les faces, les arêtes et les sommets.

Les faces correspondent à un type de capsomère qui s’assemble pour former une structure plane.

Lorsque deux structures planes se rencontrent, il y a formation d’une arête.

Lorsque plusieurs arêtes se rencontrent, il y a formation d’un sommet.

Question 18

Quel est le type de symétrie polyèdrale la plus fréquente?

Answer 18

C’est l’isocaèdre.

Question 19

Vrai ou faux? La capside est une structure complètement hermétique.

Answer 19

Vrai.

Question 20

Les virus qui possèdent des capside en forme de polyèdre ont quel avantage? Donnez des exemples.

Answer 20

Ces virus ont un rapport surface volume très élevé ce qui permet beaucoup d’interaction avec les surface qu’ils rencontrent.

Les virus qui possèdent cette symétrie sont de tailles variées. Par exemple, le virus de la poliomyélite ou celui de la fièvre aphteuse.

Question 21

Quelles sont les caractéristiques de la structure des virus qui possèdent une capside hélicoïdale? Donnez des exemples de ces virus.

Answer 21

La capside est composée d’un seul type de capsomère qui s’assemble de façon hélicoïdal autour de l’acide nucléique. Cela a comme effet de créer un bâtonnet creux (comme un vide au centre).

Le virus de la mosaïque du tabac, de la rage, des oreillons, de la rougeole, du SARS-CoV2 ainsi que le bactériophage M13 possèdent tous cet arrangement.

Question 22

Quelles sont les caractéristiques des virus qui possèdent une capside avec une symétrie binaire? C’est exclusif à quel type de virus? Donnez des exemples.

Answer 22

La capside possède les deux types de symétrie. En effet, la tête est polyèdrale tandis que la queue est hélicoïdale.

Cet assemblage est complexe.

EXCLUSIF AUX BACTÉRIOPHAGES.

T paires (2,4,6,…) de E. coli et DT1 de Streptococcus themophilus.

Question 23

Quelles sont les conséquences de l’assemblage complexe d’une capside qui possède une symétrie binaire?

Answer 23

L’assemblage complexe fait en sorte que la progéniture formée après l’infection est moins importante que pour un virion qui a une structure plus simple. En effet, ça coûte plus cher énergétiquement de faire une structure complexe qu’une structure simple.

Question 24

Quelles sont les caractéristiques des capsides chez les bactériophages?

Answer 24

Tous les bactériophages n’ont pas une symétrie de type binaire mais si un virion a un assemblage de type binaire c’est sur que c’est un bactériophage.

Question 25

Quels sont les rôles de la capside?

Answer 25

1. Protection de l'acide nucléique (conservation de l'intégrité du message génétique pour pouvoir former d'autres particules virales). 2. Attachement à la cellule cible via les protéines de la capside ou dans le cas des bactériophages via les protéines de fibres ou de spicules de la queue.

Question 26

Vrai ou faux? La symétrie de la capside peut servir à la caractérisation de la particule virale.

Answer 26

Vrai.

Question 27

Vrai ou faux? Ce ne sont pas toutes les particules virales qui possèdent une capside.

Answer 27

Faux.

Question 28

Qu'est-ce que l'enveloppe? D'où provient-elle?

Answer 28

C'est une structure fréquente chez les particules virales. Par contre, elle n'est pas toujours présente. Elle est située à l'extérieur de la capside. Elle provient de la membrane cytoplasmique ou de la membrane nucléaire de la cellule infectée. Cela dépend du mécanisme de réplicaion de la particule virale et surtout du mécanisme de sortie de la particule virale. Certains virus vont tout simplement bourgeonner et sortir avec une partie de la membrane cytoplasmique ou nucléairede la cellule infectée.

Question 29

Quels sont les différents composants de l'enveloppe?

Answer 29

Elle est composée de phospholipides, de protéines cellulaires ainsi que de glycoprotéines virales (péplomères). C'est une portion de la membrane, donc la composition est la même que la membrane est la même à partir de laquelle elle s'est formée.

Question 30

Que sont les péplomères? Quelles sont leurs caractéristiques? Donnez un exemple.

Answer 30

Se sont des glycoprotéines virales qui sont codées par la particule virale et synthétisées par la cellule et intégrées dans la membrane. Le virion va choisir son endroit de sorti afin d'emporter de ces glycoprotéines virales avec lui. Le virus de l'influenza code pour la glycoprotéine virale : hémagglutinine. C'est une glycoprotéine qui a pour effet d'agglutiner les hématies ce qui permet un camouflage à la particule virale qui va se déplacer dans le sang. Cela empêche le système immunitaire de réagir contre la particule virale. De plus, ce virus code aussi pour la neuraminidase qui est une glycoprotéine qui digère l'acide neuraminique (sert à l'adhésion celluliare) ce qui facilite une étape de l'infection, soit à pénétrer dans les cellules.

Question 31

Comment les virus de l'influenza sont-ils classifiés? Donnez un exemple. En quoi c'est important pour les vaccins?

Answer 31

Ils sont classifiés en fonction de leur hémagglutinine (H) et de leur neuraminidase (N) présentes dans leur enveloppe. Par exemple, le virus H1N1 signifie un virus de la famille de l'influenza qui a la glycoprotéine H1 et la N1. Lors de la fabrication d'un vaccin, on injecte les H et les N spécifiques du virus afin qu'on puisse développer des anticorps contre ces glycoprotéines de l'enveloppe.

Question 32

Quels sont les rôles de l'enveloppe des virus?

Answer 32

1. Protection contre le système immunitaire (par exemple l'hémagglutinine) 2. Reconnaissance des récepteurs spécifiques des cellules hôtes 3. Pénétration et/ou sortie de la cellule hôte (par exemple neuraminidase).

Question 33

Vrai ou faux? Le SARS-CoV2 est un virus enveloppé.

Answer 33

Vrai.

Question 34

Quelles sont les caractéristiques des protéines internes de la capside? Quelles sont ces protéines? Dans quelles cellules on les retrouve? Quelles sont les conséquences de leurs actions?

Answer 34

Chez plusieurs particules virales, il y a la présence de protéines qui sont présentes dans la capside. Le virion apporte avec lui certaines protéines qui vont faciliter la reprogrammation de la cellule et faciliter la réplication des acides nucléiques viraux de façon à le faire le plus vite possible. Certaines de ces protéines sont nommées les nucléoprotéines (d'origine virales) et servent à empaqueter de façon efficace l'acide nucléique viral. De plus, ces protéines permettent la réplication et la lecture de l'acide nucléique viral. Certains virus contiennent des ARN polymérases ARN dépendantes ainsi que des ADN polymérases ARN dépendantes. La deuxième est une transcriptase inverse qui génère une molécule d'ADN grâce à de l'ARN. Dand certains cet ADN peut s'intégrer dans le génome de l'hôte. Ces protéines sont absentes de la cellules infectée.

Question 35

Qu'est-ce que le nucléocapside?

Answer 35

C'est l'acide nucléique avec la capside et les nucléoprotéines.

Question 36

Qu'est-ce qu'un mimivirus?

Answer 36

C'est un microbe mimicking qui sont des virus géants de 1mm de diamètre. Ils peuvent même se faire infecter par d'autres virus (virophages).

Question 37

Quelles sont les caractéristiques de la réplication virale?

Answer 37

La réplication n'équivaut pas à la reproduction. En effet, lors de la réplication, il n'y a pas de croissance. C'est seulement la production de répliques de la particule virale d'origine (assemblage de constituants vitaux).

Question 38

Quelles sont les différentes étapes du cycle viral?

Answer 38

1. Adsorption à la surface de la cellue 2. Pénétration de la cellule infectée 3. Réplication des constituants vitaux 4. Assemblage des constituants vitaux 5. Sortie des virus

Question 39

Vrai ou faux? Les étapes du cycle viral sont toujours les mêmes.

Answer 39

Faux. Il y a quelques exceptions.

Question 40

Comment se fait la première étape du cycle viral (adsorption à la surface de la cellule)? Donnez des exemples.

Answer 40

1. En premier lieu, il y a la reconnaissance de la cellule cible. Ceci fait intervenir des collisions au hasard ainsi que des forces électrostatiques. C'est une étape réversible, car s'il n'y a pas de complémentarité entre la particule virale et la surface de la cellule, la particule va se détacher. 2. Lorsqu'il y a une complémentarité entre la surface de la cellule et celle du virus, il y a un attachement qui est irréversible. Les récepteurs de la cellule vont dicter la spécificité d'infection (tropisme) le fait que certaines particules peuvent seulement infecter certaines cellules. Le virus lambda peut seulement infecter les cellules qui portent le récepteur LamB, sinon l'attachement ne va pas se faire. Pareil pour le VIH qui reconnait CD4/CCD5. Le virus de la rage reconnaît les récepteurs de l'acétylcholine c'est pourquoi il infecte seulement les cellules nerveuses. Si le récepteur n'est pas présent, l'attachement ne peut pas se faire.

Question 41

Quelles sont les exceptions à la première étape du cycle cellulaire? Comment se font les infections?Expliquez.

Answer 41

Les virus des plantes ne possèdent pas de récepteurs connus. La reconnaissance et l'attachement se fait en même temps ainsi que la pénétration. Les deux premières étapes du cycle viral sont fusionnées. Les infections peuvent se faire par piqûre d'insecte ou abrasion mécanique de la cellule.

Question 42

Quelles sont les caractéristiques de la deuxième étape du cycle viral (pénétration de la cellule) du cycle viral chez les bactériophages?

Answer 42

Chez les bactériophages, c'est seulement l'acide nucléique qui pénètre dans la cellule. La capside reste à l'extérieur. En effet, une structure traverse la paroi jusqu'au cytoplasme et permet l'injection de l'acide nucléique directement dans le cytoplasme.

Question 43

Quelles sont les caractéristiques de la deuxième étape du cycle viral (pénétration de la cellule) du cycle viral chez les virus animaux?

Answer 43

Il y a une fusion directe qui est propre aux virus enveloppés. La fusion directe est spécifique aux virus enveloppés. Certains des virus enveloppés vont pénétrer la cellule en fusionnant leur membrane avec la membrane cytoplasmique de la cellule cible. Il y aura fusion des membranes et libération de la capside et de l'acide nucléique dans le cytoplasme. Un virus à capside nu ne peut pas faire ce type de fusion. La pénétration peut aussi se faire par endocytose (viropexie) qui ressemble beaucoup à la phagocytose. Les virus enveloppés et nus peuvent faire ça, il n'y a pas de spécificité. Il n'y a pas de fusion avec la membrane cytoplasmique, mais avec la membrane de l'endosome.

Question 44

Qu'est-ce qu'un organe de fructification?

Answer 44

C'est une structure qui porte les exospores asexués.

Question 45

Quelles sont les caractéristiques générales de la pénétration de la cellule infectée?

Answer 45

Il y a libération de la nucléocapside. Il y a décapsidation : libération de l'acide nucléique dans le cytoplasme ou dans le noyau. C'est le début de la phase d'éclipse (on ne voit plus le virus en microscopie électronique).

Question 46

Expliquez la troisième étape du cycle viral (réplication des constituants viraux).

Answer 46

1. Première période : il y a des événements précoces où il y a l'utilisation des enzymes de réplication ou de lecture de l'acide nucléique pour produire une grande quantité d'acides nucléiques. 2. Deuxième étape (tardive) : il y a production d'une grande quantité de protéines de structures qui vont former les capsomères, les glycoprotéines d'enveloppe, les protéines de queue ainsi que les enzymes de lyse.

Question 47

Que sont les enzymes de lyse?

Answer 47

Plusieurs virus sont libérés de la cellule par lyse, donc à la fin de la période tardive de la réplication des constituants viraux, ces protéines sont produites afin que les virus soient libérés de la cellule.

Question 48

Que se passe-t-il si les enzymes de lyse sont produites avant qu'elles sont supposées?

Answer 48

La cellule sera détruite, il ne pourra pas y avoir d'infection puisque la cellule se brisera avant que tous les constituants viraux soient assemblés.

Question 49

Expliquez la phase d'assemblage des constituants viraux du cycle viral. C’est la fin de quelle phase?

Answer 49

C'est l'encapsidation. Pour les virus qui possèdent une capside polyèdrale, il y aura des interactions entre les capsomères et l'acide nucléique ce qui va entraîner un changement de conformation et éventuellement la fermeture de la capside. Pour les virus qui possèdent une capside hélicoïdale, il y a des interactions entre les capsomères et l'acide nucléique ce qui va causer l'empilemet hélicoïdale autour de l'acide nucléique. Pour les virus qui ont une capside bianaire, il va y avoir un assemblage de la tête et de la queue de façon indépendante. C'est un assemblage subséquent qui se passe pour assembler les deux structures ensembles. C'est un assemblage beaucoup plus complexe que les autres. On aperçoit aussi la fin de la phase d'éclipse (on peut apercevoir les virus en microscopie électronique).

Question 50

Donnez des exemples de la phase d'éclipse chez différentes espèces.

Answer 50

Chez les virus animaux, cette phase peut durer de 1 à 10 heures tandis que les phages peuvent avoir une phase d'éclipse de quelques minutes seulement.

Question 51

Expliquez l'étape de la sortie des virus du cycle viral.

Answer 51

Il y a plusieurs types de sorties pour différents types de cellules. 1. La lyse cellulaire va se faire pour les virus nus. Cela entraîne la destruction complète de l'intégrité de la cellule. La cellule éclate pour libérer les virions. La cellule meure. 2. Le bourgeonnement peut se faire pour les virus enveloppés. Ils partent avec une partie de la membrane plamsmique ou nucléaire dépendamment du virus. Avec ce mécanisme, la cellule hôte peut survivre même si elle se retrouve affaiblit. Par contre, la particule virale ne bourgeonne pas n'importe où. Il doit avoir des glycoprotéines virales dans l'endroit de la membrane choisie pour le bourgeonnement pour que le virion puisse infecter d'autres cellules. 3. Les canaux cellulaires est un mécanisme exclusif aux virus à réplication nucléaire. Les virions vont utiliser l'appareil de Golgi, le RE, etc... Ils sortent de façon progressiveLa cellule va pouvoir survivre.

Question 52

Pourquoi les virus à capside hélicoïdale ont une apparence de sphère?

Answer 52

C'est à cause du bourgeonnement. Même si la structure est en forme hélicoïdale, par contre la vésicule formée avec l'enveloppe est de forme sphérique.

Question 53

Comment caractériser le nombre de virus produit par cellule? Qu'est-ce que cela démontre?

Answer 53

10^3 à 10^6 pour certains types de virus Les types T paires font de 10^2 à 10^3 copies. Cela démontre une augmentation très importante lors d'une infection.

Question 54

Quelles sont les caractéristiques qui permettent de classifier les virus?

Answer 54

1. Le type d'ADN nucléique dans le virion mature (ADN ou ARN mono ou bicaténaire). 2. Présence d'une enveloppe. On fait le test au chloroforme pour déterminer si le virus possède une enveloppe. Le chloroforme détruit l'enveloppe d'un virus. Pour un virus enveloppé, son enveloppe représente sa capacité à provoquer une infection. Le chloroforme entraînera une perte de l'enveloppe et ainsi la perte de la capacité d'infection. 3. Le processus de réplication des acides nucléiques. 4. La taille 5. le nombre de capsomères 6. Les propritété immunologiques (réaction avec un anticoprs qui reconnait un certain type de virion : observation par IF). 7. Nombre de gènes/carte génomique. On peut séquencer le génome complet d'un virus afin de le comparer à des espèces connues.

Question 55

Quelles sont les caractéristiques de la nomenclature des virus?

Answer 55

Ça fonctionne selon la nomenclature linéenne. L'odre se termine par virales tandis que la famille se termine par viridae. PicoRNAvirus (petit et virus à ANR) HepaDNAvirus (s'attaque aux cellules hépatiques et un virus à ADN) Tobamovirus (tabac mosaïque)

Question 56

Comment peut-on isoler une espèce virale?

Answer 56

Pour cultiver un virus, il faut trouver des cellules sensibles à ces virions parce qu'ils ne se répliquent pas seuls. Il faut des cellules qui sont metaboliquement active (pas en phase stationnaire) pour permettre l'assemblage des sous unités virales. Les bactériophages infectent un tapis de cellules bactériennes ce qui forme des plages de lyse.

Question 57

Pourquoi les plages de lyse ne prennent pas tout le milieu de culture?

Answer 57

Après un bout de temps, les cellules bactériennes arrivent en phase stationnaire et la plage de lyse arrête de croître puisque les cellules ne sont plus metaboliquement actives.

Question 58

Que se passe-t-il dans une culture liquide lorsqu'on cultive des bactériophages?

Answer 58

Il y a augmentation de la croissance des bactériophages, retour à un milieu transparent lorsqu'ils auront lysés l'ensemble de la population

Question 59

Comment on utilise les oeufs fécondés pour faire des vaccins?

Answer 59

Des virus animaux peuvent être injectés dans des embryons de poulet afin qu'ils puissent se répliquer et qu'on puisse obtenir une grande quantité de virions. On peut déposer des particules virales à différents endroits dans certains tissus pour après aller chercher et purifier ce virus. On peut ensuite en faire des vaccins grâce à la purification des glycoprotéines virales (comme l'influenza).

Question 60

Pourquoi certaines personnes allergiques aux oeufs peuvent faire une réaction à un vaccin?

Answer 60

Si un vaccin est fabriqué à partir de la culture de virons dans un oeuf fécondé, certaines protéines de l'œuf peuvent suivre. C'est pourquoi certaines personnes allergiques aux œufs peuvent faire des réactions allergiques au vaccin.

Question 61

Quand et comment on isole un virus dans des tissus (cultures cellulaires)? Donnez un exemple.

Answer 61

C'est surtout en présence de virus fastidieux qui se répliquent seulement dans des cellules particulières. On prend des cultures de cellules immortalisées et on l'infecte avec des virions choisis. Cela va causer l'augmentation de la population des virions et éventuellement mener à des effets cytopathiques caractéristiques des virions choisis. Parmi ces effets cytopathiques, il y a l'arrondiessment des cellules, l'augmentation ou la diminution du volume de la cellule ainsi que la formation de syncithia. Les virions seront ensuite extraits et purifiés pour en faire des vaccins. Par exemple, on a cultivé des virus dans des cellules de rein de singe pour faire un vaccin (Salk) contre la Polio

Question 62

Qu'est-ce qu'un syncithia? Quand est-ce qu'il se forme?

Answer 62

C'est lorsque des cellules adjacentes voient leurs membranes fusionner pour créer une cellule géante avec plusieurs noyaux. Cela est un effet cytopathique de l'infection de cellules par des virions.

Question 63

Quels sont les différents moyens pour identifier les virus? Quels sont les principaux désavantages?

Answer 63

1. Par microscopie électronique il est possible de voir l'enveloppe, la capside, le site de réplication, etc... 2. Il est aussi possible de faire des réactions avec des anticorps spécifiques à une protéine produite par une espèce virale spécifique. Cela nous permet ensuite d'aller visualiser en IF pour déterminer si l'espèce d'intérêt est présente dans les cellules. 3. Par infection expérimentale pour obtenir une quantité de virions plus élevée et ensuite pouvoir les identifier. 4. Séquençage de l'acide nucléique peut aider à l'identification. Par contre, cela ne fonctionne pas si c'est un organisme inconnu parce qu'il faut absolument connaître une séquence afin de l'amplifier. Ça prend beaucoup de temps et d'argent pour identifier un virus.

Question 64

Quelle est l'hypothèse concernant l'origine des virus? Quelle serait leur fonction selon cette hypothèse?

Answer 64

L'origine des virus est une origine multiple puisqu'il n'y a pas de séquences communes à deux particules virales différentes. Or, toutes les espèces vivantes sont infectées par des virus. L'hypothèse est que les virus contiennent de l'ADN égoïste qui se serait spécialisé qui aurait comme seule fonction de base l'autopropagation. Cet ADN ne coderait pas pour aucune protéine ni aucune fonction. Leur spécialisation impliquerait l'acquisition de gènes leur permettant de se créer une capside afin de pouvoir infecter d'autres cellules. À l'origine, leur but n'était que de croître dans l'organisme d'intérêt et d'être transmis durant la réplication de la cellule hôte.

Question 65

Comment expliquer l'évolution rapide des virus? Donnez un exemple.

Answer 65

Cette évolution rapide est due au nombre élevé d'erreur que les polymérases effectuent. Cela mène donc à une évolution rapide et à la création de variants. Par exemple, le VIH présente de la variation intrapatient. En effet, la séquence change énormément entre les patients et peut même mener au fait que les virus n'ont pas le même comportement.

Question 66

Expliquez la place que prend les virus dans les océans.

Answer 66

On compte environ 10^6 jusqu'à 10^9 virions par mL. Si on considère 1mm de surface, l'estimation se rend jusqu'à 3x10^30-31 ce qui est énorme.

Question 67

Vrai ou faux? Les virus sont les entités les plus abondantes et diversifiées de la biosphère.

Answer 67

Vrai.

Question 68

Comment caractériser la quantité de virus dans le microbiote?

Answer 68

Il y a 10 fois plus de virus que tous les autres microorganismes.

Question 69

Comment considère t-on qu'il y a de virus par rapport aux autres organismes?

Answer 69

On considère toujours qu'il y en a 10 fois plus.

Question 70

En quoi les virus sont importants dans les océans?

Answer 70

Ils sont importants pour le cycle du C et du N. Ils sont aussi important pour la répartition des sources de nutriments.

Question 71

Comment caractériser la fonction écologique des virus? Donnez des exemples.

Answer 71

Leur fonction écologique est le contrôle de populations formées d'une seule espèce (mono-espèce). Par exemple, dans les marées d'algues rouges, si on met un virus spécifique à cette espèce d'algue, il y aura la disparition de celle-ci. C'est pour ça qu'on dit que ça contrôle les populations. Lorsqu'on fait du yogourt, on fait fermenter le lait. Une fermentation sur 10 ne fonctionne pas à cause de l'infection par un bactériophage qui fait chuter la population de bactéries et qui empêche la fermentation. De plus, les virus effectuent un court-circuit dans le cycle de la matière organique. La matière organique des virus fait la boucle microbienne. Normalement, la chaîne alimentaire commence par des organismes photosynthétiques et des protistes autotrophes qui sont ingérés par des brouteurs. Les brouteurs servent de proie pour les plus gros carnivores qui vont refaire de la matière organique et recommencer le cycle. Les bactériophages libèrent beaucoup plus rapidement la matière organique en lysant les autotrophes/hétérotrophes ainsi que les brouteurs. Les virus vont faire des courts circuits, car au lieu d'attendre un cycle complet avant de générer de la matière organique, ils la libère tout de suite.

Question 72

Comment caractériser les impacts des agents viraux?

Answer 72

8% du génome humain est constitué de génome viral. Certains de ces ADN rétroviraux sont endogènes et sont présents depuis extrêmement longtemps (dans le génome d'Homo neanderthalis). Ils ont des répercussions sur la santé et sur le développement cellulaire et embryologique. En effet, ils peuvent réguler des hormones qui dictent le temps de gestation. Par exemple, un virus stimule la production d'hormones qui diminue le temps de gestation.

Question 73

Quelles sont les caractéristiques des viroïdes?

Answer 73

Ce sont des agents infectieux composés uniquement d'ARN. Ils provoquent de nombreuses maladies végétales.

Question 74

Quelles sont les caractéristiques des prions? Dans quelles maladies interviennent-ils?

Answer 74

Ce sont des agents infectieux composés uniquement de protéines, qui interviennent dans diverses dans encéphalopathies spongiformes comme la tremblante ou la maladie de la vache folle.

Question 75

Quelles sont les caractéristiques des virophages?

Answer 75

Un virophage est un virus qui infecte un autre virus pour se répliquer. Ce mode de réplication est étonnant car jusqu'à leur découverte les virologues pensaient que les virus infectant les cellules pour en exploiter la machinerie cellulaire ne pouvaient être qu'exclusivement parasites et non pas eux-mêmes hôtes d'autres parasites. L'exemple des virophages montre qu'en réalité, les gros virus peuvent être eux-mêmes « infectés » par d'autres virus plus petits. Les virophages utilisent des enzymes encodés par les mégavirus pour complété leur cycle de multiplication. Le génome d'un virophage est intégré dans le mégavirus hôte.

Question 76

Quelles sont les caractéristiques des ARN satellites?

Answer 76

Ils sont semblables aux viroïdes parce que ce sont également des acides nucléiques (ADN ou ARN). Leur acide nucléique est enfermé dans une capside. Ils ont besoin d'un virus auxiliaire pour se répliquer. La plupart utilisent des virus végétaux comme auxiliaire. Il n'y a peut ou pas d'homologie entre l'acide nucléique du satellite et celui de son auxiliaire. 3 groupes : ADN satellite, ARN satellite et les virus satellites. Seuls les virus satellite encodent leurs propres protéines de la capside. ARN qui peut accompagner certains virus. L'ARN satellite, encapsidé, est spécifique de chaque virus, et ne peut se répliquer sans lui.