Virologie Flashcards

1
Q

Quelles sont les caractéristiques générales des virus ?

A

•Taille: entre 40 et 400 nm (très petit)
•Organisation très simple
•Le virus est incapable de se répliquer sans une cellule-hôte
–Parasite intracellulaire obligatoire
–Utilise les constituants cellulaires pour se répliquer
–Possibilité d’introduire du matériel génétique viral dans les cellules et les transformer
• La forme libre du virus s’appelle virion ou particule virale
• Les virus peuvent infecter toutes formes de vie

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2
Q

Comment se nomme une virus ?

A
  • Ordre= Suffixe virales
  • Famille= Suffixe viridae
  • Sous-famille= Suffixe virinae
  • Genre = Suffixe virus

•Exemple: Herpes labial (VHS-1)
–Herpesvirales, herpesviridae, alphaherpesvirinae, simplexvirus, virus herpes humain 1

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3
Q

Quelles sont les appellations communes de certains virus ?

A
  • Feu sauvage = VHS-1
  • Pied-main-bouche = virus coxaskie
  • 5ième maladie = Parvovirus B19
  • Mononucléose =EBV
  • Roséole, exanthème subit = VHH6, VHH7
  • Rougeole = paramixovirus
  • Rage = Rhabdoviridae
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4
Q

Comment se fait la classification classique et moderne ?

A

Classique : premières classifications virologiques, faites sur des caractéristiques primaires et faciles à étudier
1- Le tropisme pour un organe ou un tissu
2- Le vecteur

Moderne :
1- Le type d’acide nucléique (+ ou -)
2- La stratégie de réplication
3- Type de capside
4- Absence ou présence d’une enveloppe lipidique
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5
Q

Quelle est la structure d’un virus ?

A

Capside :
Structure protéique qui entoure l’acide nucléique
L’ensemble est nommé nucléocapside
La capside contribue à la forme du virus (reconnaissance possible en microscopie électronique)
Attribue le tropisme du virus pour la cellule (récepteurs)

Enveloppe (lipidique) : certains seulement, d’autres sont nus, plus facile à détruire
L’enveloppe est constituée:
–D’éléments de la cellule hôte
–De protéines virales

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6
Q

Quels sont les particularité des virus enveloppés vs nus (ont tous une capside) ?

A

• Virus enveloppés
–Plus fragiles
–Ne résistent pas beaucoup aux détergents et aux conditions extérieures (température, humidité, etc..)
–Sont préférentiellement transmis par contact direct et intime (comme le virus de l’herpès ou du VIH, Coronaviridae)

•Virus nus
–Habituellement plus résistants
–Ex: les virus causant la diarrhée (norovirus (Norwalk), rotavirus)

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7
Q

Quels sont les acides nucléiques présents dans les virus ?

A

• Les virus contiennent SOIT de l’ADN ou de l’ARN
• Simple ou double brin (monocaténaire ou bicaténaire)
–ADN linéaire ou circulaire
–ARN peut être segmenté, de polarité + ou -
• Code de trois, à des centaines de gènes dépendant du type de virus

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8
Q

Comment fonctionne le cycle viral d’un virus/étapes de ce cycle ?

A
  1. Attachement (récepteurs spécifiques) = liaison d’une protéine de surface virale à son récepteur cellulaire spécifique, explique de tropisme
  2. Pénétration cellulaire = virus enveloppés fusionnent avec les membranes et endocytose, virus nus = pores ? pas illucidé
  3. Décapsidation = libération de l’acide nucléique
  4. Réplication du génome viral = transcription, traduction
  5. Synthèse des protéines virales
  6. Assemblage et encapsidation des particules virales produites = limité dans une portion de la cellule (inclusion virale), concentration élevée localisée et protège contre système immunitaire
  7. Libération des virions = par plusieurs mécanismes (mort cellulaire, exocytose, bourgeonnement)
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9
Q

Comment se produit la transcription et la traduction du virusdans la cellule infectée ?

A

Réplication du génome viral et production ARNm:
– Virus à ARN
•Virion contient une enzyme virale essentielle (ARN-dépendant-ARN-polymerase)
•Production du brin d’ARN complémentaire qui sert de gabarit pour la production du génome viral
– Virus à ADN
•Réplication dans le noyau (sauf les poxvirus)
•Utilisation des enzymes cellulaires pour la transcription

Traduction :
ARN +
•Traduction de l’ARNm en un long polypeptide (clivé par une protéase virale)

Virus à ADN
–Contrôle important de la traduction virale
•ARNm précoce et tardif

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10
Q

Quelle est l’importance du cycle viral ?

A

•Cibles thérapeutiques
1- Polymérases (Acyclovir, cidofovir, foscarnet… (VHS, VZV…)), Entecavir(VHB: virus de l’hépatiteB), Zidovudine (VIH)
2- Protéases(agent puissant), Boceprevir, Sofosbuvir, Simeprevir… (VHC: virus de l’hépatiteC), Darunavir… (VIH)
3- Neuraminidase (influenza), Oseltamivir et Zanamivir
•Mécanismes beaucoup moins spécifiques
1- Interféron-alpha, imiquimod: stimule le système immunitaire à éliminer l’infection
2- Anticorps monoclonaux (SARS-Co-V2): interfère avec la signalisation et ou des récepteurs nécessaires à la réplication virale et ou à l’inflammation associée

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11
Q

Qu’est-ce que la pathogénèse ?

A

• Définition : interaction entre le virus et l’hôte dans une série d’étapes pour conduire à la maladie
• Tropisme viral :
–Dépend de récepteur qui permet l’attachement et d’élément génétique qui favorise l’expression des gènes viraux qui peuvent êtres spécifiques à certains tissus
• Facteurs de l’hôte : statut immunitaire: déficit congénital, VIH, traitements immunosuppresseurs, une infection peut-être banale pour un patient et mortelle pour un autre, femme enceinte et son foetus

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12
Q

Quels sont les étapes de la pathogénèse d’un virus ?

A
–Entrée (exposition d’un hôte susceptible au virus) par aérosols, gouttelettes, percutanée, fécale-orale, verticale(mère-foetus), muqueuse
–Réplication locale
–Dissémination
–Tropisme tissulaire
–2e réplication tissulaire
–Dommage cellulaire
–Réponse immunitaire
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13
Q

Quelles sont les contraintes au Dx des virus en laboratoire ?

A

– Microorganismes excessivement petits
– Impossible de les cultiver dans des milieux artificiels (petris)
– Nécessitent des cellules vivantes: expertise, coûts, risque de transmission
– Certains virus ne se cultivent pas (ex: hépatite C) ou sont trop virulents (Coronavirus, Ébola)

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14
Q

Quelles sont les contraintes des prélèvements ?

A

• Doit être effectué le plus tôt possible au début de la maladie
• Acheminé le plus rapidement possible au laboratoire
–Idéalement dans un milieu de transport (UTM (universal transport media), Hanks, Préserve la viabilité du virus, Eau moléculaire, saline encas de pénurie (TAAN))
•Les virus enveloppés (ex RSV, herpes) sont plus fragiles que les virus non-enveloppés (adenovirus, enterovirus, caliciviridae)

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15
Q

Comment fonctionne la microscopie électronique pour l’identification de virus ?

A

• Formes caractéristiques
Permettent une identification sommaire
•Technique de référence
Nécessite expertise
Pratiquement limitée au diagnostic de gastro-entérites car ces virus sont souvent difficilement, voir impossible à cultiver
La technique cède le pas graduellement à la biologie moléculaire

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16
Q

Qu’est-ce que la détection antigénique ?

A

•Techniques immunologiques directes

  • Enzyme immunoassay(EIA) pour RSV, Influenza, Rotavirus, Coronavirus
  • Immunofluorescence, nécessite expertise, pour herpes et virus respiratoires
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17
Q

Qu’est-ce que la culture cellulaire dans le Dx/identification des virus ?

A

• C’était la pierre angulaire dans les laboratoires de virologie
• Plusieurs lignées cellulaires
–Pas de lignée cellulaire universelle
–Inoculation sur plusieurs types de cellules
–Effets observés = tropisme cellulaire, vitesse de croissance, effet cytopathique caractéristique à un type de virus
–Identification finale par immunofluorescence
• Maintenant proscrit dans les laboratoires cliniques à cause du SARS-Co-V-2

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18
Q

Qu’est-ce que la biologique moléculaire dans la détection de virus ?

A

• Techniques de biologie moléculaire
–Techniques d’amplification d’acides nucléiques (TAAN): ex: PCR (polymerase chain reaction)
–Sondes, micropuces, etc…
• Diagnostic viral rapide
• Méthodes spécifiques
• Multiplex
–Possibilité de détecter plusieurs virus dans un même prélèvement et une même réaction
• Quantitatif vs qualitatif
– Quantitatif: lorsque la charge virale est requise pour le suivi du traitement Ex: charge virale VIH, VHB, VHC, CMV, EBV
– Qualitatif: Ex: Influenza, SARS-CoV-2, RSV

19
Q

Quels sont les désavantages de biologique moléculaire ?

A

• Très sensible à la contamination
–Exemple: un technicien avec une grippe pourrait sortir de nombreux tests positifs pour la grippe si il contamine les réactifs
–Peut demeurer positif après un traitement efficace: détection de matériel génétique viable ou non
• Personnel avec expertise
• Couteux

20
Q

Qu’est-ce que la sérologie ?

A
  • Détecte la réponse immunitaire suite à une infection
  • Les tests sérologiques consistent à identifier les anticorps du patient dirigés contre des virus connus
  • Les IgM = infection récente et IgG = ancienne
21
Q

Quelles sont les avantages et désavantages des tests sérologique ?

A

• Avantages
–Seule méthode pour diagnostiquer certaines infections
–Assez simple à instaurer
–Trace les infections antérieures du patient et permet un traitement prophylactique dans certains cas (VZV, CMV…)
• Désavantages
–Expertise nécessaire
–Diagnostic tardif (patient souvent traité avant l’obtention du résultat)
–Interférence possible avec d’autres infections (flavivirus: VNO, Dengue…)
–Demeure positive même si le patient a été traité

22
Q

Que ce passe-t-il en pratique ?

A
  1. Diagnostic clinique
  2. Si nécessaire et si traitement antiviral requis: confirmation du diagnostic
    Test rapide en cabinet (Influenza, RSV, SARS-CoV-2?)
    Laboratoire milieu hospitalier: biologie moléculaire, culture virale, sérologie
  3. Début/modification du traitement (si nécessaire)
23
Q

Quelles sont les manifestations cliniques ?

A

• Asymptomatique
• Syndrome viral : fièvre ± prolongée et diminution de l’état général
• Atteintes d’organes
– Système nerveux central (SNC): ex: arbovirus (virus du Nil occidental), VHS-1…
– Voies respiratoires: ex: influenza, VRS, adénovirus, rhinovirus, coronavirus
– Foie: virus de l’hépatite: VHB, VHC, VHA, VHE
– Gastro-intestinaux: adénovirus, norovirus
– Peau: VHS, VZV…
• Syndrome de l’immunodéficience humaine acquise (SIDA) : Effet indirect causé par l’atteinte du système immunitaire (lymphocyte CD4): infections opportunistes

24
Q

Quand faut-il consulter ?

A
  • Dépend de l’état général du patient
  • Caractéristiques de l’hôte infecté: patients immunosupprimés: réactivation de certains virus: CMV, EBV, BK, JC, infection normalement banale peut être fatale (RSV, influenza…), femmes enceintes, nouveau-nés
  • Symptômes prolongés (durée usuelle: ~7-14j)
  • Risque de transmission/santé-publique/surveillance environnementale pour la rougeole, VNO, encéphalites virales, SARS-CoV-2
25
Q

Comment se fait un diagnostic pour un virus (pas tjrs nécessaire surtout si pas de Tx) ?

A
1- Clinique
2- Détection antigénique
–Commerciaux: influenza/RSV
3- Culture cellulaire
–Facile: Influenza, parainfluenza, RSV, rhinovirus
–Spécialisée: hMPV
–Niveau 3: coronavirus, virus aviaire
4- TAAN, multiplex
–Influenza A/B et RSV, Coronavirus
–Jusqu’à 21 pathogènes respiratoire: Milieu hospitaliser pour les patients à risque de complication
5- Sérologie
–Peu utile
–Études épidémiologiques
26
Q

Qu’est-ce que l’influenza ?

A

• Famille: Orthomyxoviridae
–Influenza A, B, C,
• ARN ss, segmenté, polarité négative
• Capside sphérique et pléomorphe, 80-120 nm
• Enveloppe lipidique dérivée de la membrane cellulaire
• Hémagglutinine A (sur l’enveloppe)
–Utile à l’identification des virus
–H1, H2, H3 retrouvées chez l’humain
• Neuraminidase (sur l’enveloppe)
–N1 et N2 retrouvées chez l’humain
–Cible antivirale (Oseltamivir, Zanamivir)

27
Q

Quelle est la pathogénèse de l’influenza ?

A

• Transmission
–Gouttelettes (toux, éternuements, parole), aérosols, contacts humains et surfaces inanimées
– Taux d’attaque variable (10-40%)
• Réplication muqueuses respiratoires supérieures
–Incubation: 1-4j
• Contagiosité:
–24h avant les symptômes➝durant la période symptomatique➝24h après le dernier jour de fièvre ou 7j total
–Prolongée chez les jeunes enfants non immuns et immunosupprimés

28
Q

Quels sont les symptômes de l’influenza ?

A
• Syndrome d’allure grippale (SAG): Début abrupt, fièvre + toux + 1 de:
–Mal de gorge
–Arthralgie/myalgie
–ou prostration/fatigue extrême
• Présentations atypiques: Personnes âgées et jeunes enfants
• Durée des symptômes: 5 à 7 jours
–Toux : jusqu’à 2 semaines
–Fatigue : jusqu’à 1 mois
29
Q

Quelles sont les complications possibles de l’influenza ?

A
•Pneumonie virale
•Surinfection bactérienne
•Complications cardiaques
•Myocardite, péricardite
•Myosite
•Atteinte SNC
–SGB, encéphalopathie
•Décès
30
Q

Quels sont les Tx de l’influenza ?

A
1- Inhibiteurs de la neuraminidase: 
–Oseltamivir(Tamiflu©): PO
–Zanamivir(Relenza©): inhalations(5mg/dose), IV (Rxde compassion)
–PeramivirIV (Rapivab©)
2- Dérivés de l’adamantane:
–Amantadine©, Rimantadine©
–Efficace uniquement contre l’influenza A
–Résistance importante x 2005
3- À venir:
–Baloxavir(po),Favipiravir(po)
–Laninamivir(Inhalation)
31
Q

Qui devrait-être traité ?

A

• Infection nécessitant hospitalisation
• Maladie progressive, sévère, ou compliquée sans égard à la condition de santé sous-jacente
• Patients à risque de complication
–Femme enceinte et ad 2 sem post partum
• <48h suivant le début des symptômes idéalement

32
Q

Pourquoi la vaccination annuelle contre l’influenza ?

A

• Fardeau associé à l’influenza
–Par année: 6 194 hospitalisations attribuables dont 80% chez des personnes avec maladie chronique (enquête sur le fardeau de l’influenza au Québec, CIQ 2018)
– 418 décès (90% chez ≥75 ans)
• Variations dans les sous types d’influenza circulant
• Variations antigéniques HA et NA (Influenza A)
• Faible durée de l’immunité vaccinale (diminution de 7%/mois post vaccination)
• souches variantes ou non p/r à l’année précédente
• évidement pas efficace contre le rhume

33
Q

Quand faudrait-il qu’un individu consulte pour une infection des voies respiratoires supérieures (IVRS) ?

A

Test covid neg ?, Greffé, immunosupprimé,

34
Q

Comment diagnostiquer un virus causant des diarrhées (gastro-entérite virales) ?

A

Peut être toxines des aliments ou virus.
Diagnostic :
• Clinique
• Microscopie électronique: Peu disponible
• Détection Ag directe:
–Commerciaux: Rotavirus(A), Astrovirus, Adénovirus
–Autres: norovirus (Norwalk G1 et II), sapovirus
–Non disponibles: picobirnavirus, Aichi, coronavirus, torovirus
• TAAN détection et typage: tous
• Culture cellulaire:
–Non disponible: Norovirus, sapovirus, picobirnavirus, coronavirus, Torovirus
–Difficile: Rotavirus, astrovirus (cx adaptée)
–Usuelle: Aichi

35
Q

Qu’est-ce que le norovirus ?

A
• Famille: Caliciviridae
• Virus 30-38 nm, non enveloppé, ssARN +
• Épidémiologie
–90% des gastroentérites virales
–Principalement l’hiver
• Transmission
–Personne-à-personne (fécale-orale), possiblement aérosols lors de vomissements
• Survit très bien dans l’environnement
–Contact avec aliments/eau contaminés, fruits de mer (moules, huîtres)
–Excrétion virale peut continuer quelques semaines après les symptômes
–Haut taux d’attaque secondaire…
•Traitement: hydratation…
36
Q

Quelles sont les caractéristiques des virus Herpesviridae ?

A
• 8 espèces (VHH-1 à 8)
–1: Herpes labial
–2: Herpes génital
–3: Varicelle et zona
–4: EBV, mononucléose infectieuse
–5: CMV
–6 et 7: Roséole
–8: Sarcome de Kaposi
• Virus à ADN
• Enveloppés
• Capacité à entrer en latence→réactivation possible
37
Q

Qu’est-ce que l’Herpes simplex (VHS) ?

A
• 2 types: VHS-1 et VHS-2
• Séropositivité adultes
–VHS-1 : 60%
–VHS-2 : 20% (90% ignorent leur statut)
• Présentation
–Labiale (feu sauvage)
–Génitale
–Occasionnellement (Infections disséminées (adulte ou néonatale), Oculaires, Méningées (VHS-2), Encéphalite (VHS-1)
•Ces infections peuvent être cliniques ou asymptomatiques 
•Primaire (première infection d’un VHS)
38
Q

Comment se transmet et se traite l’Herpes Simplex ?

A
• Transmission
–70% lorsque le partenaire source est asymptomatique
• Incubation moyenne 4 jours
• Durée des lésions
–20 jours en primo-infection
–10 jours lors des récidives
• Traitements: 
Valacyclovir-famciclovirPO
Acyclovir IV
Topiques…
39
Q

Comment se manifeste le Varicellazostervirus (VZV, VHH-3) ?

A

• Épidémiologie-Transmission
–90% cas de varicelle surviennent <13 ans et 10% des >15 ans sont susceptibles
• Transmission aérienne et infection via la muqueuse respiratoire suivie d’une virémie
• Manifestations cliniques
–Fièvre, diminution de l’état général (DEG), anorexie
–Rash maculopapulaire, vésicules sur base érythémateuse
• Présence de lésions d’âges différents est caractéristique
–Croûtes apparaissent en 2-4 jrs et se résorbent complètement en 1-2 semaines

40
Q

Quelles sont les complications de la varicelles ?

A

• Infection du système nerveux central (SNC)
•Pneumonie
–1/400 chez adultes
–Ad 10-15% d’atteinte asymptomatique
–Peut être mortelle en grossesse (2ième-3ièmetrimestre)
• Surinfection bactérienne
–Facteurde risque important d’infection à Streptocoque du groupeA invasif avant la vaccination
•Syndrome de Reye (Association Aspirine et varicelle, encéphalite et insuffisance hépatique)

41
Q

Comment se réactive le zona ?

A

C’est la réactivation de ton propre virus (varicelle)
• Latence au niveau des ganglions sensitifs
–Réactivation le long du nerf (unilatérale)
• Réactivation locale
• Dissémination possible
• Vésicule sur base érythémateuse sur le trajetd’un nerf

42
Q

Qu’est-ce qu’un arbovirose ?

A

• Virus transmis par l’intermédiaire d’arthropodes (moustiques, tiques et phlébotomes)
• Groupe de virus sans valeur taxonomique
• Comprend des virus de plusieurs familles distinctes (Flaviviridae, Togaviridae, Rhabdoviridae, Reoviridae et Bunyaviridae [sauf les Hantavirus])
• La plupart des espèces connues pour être pathogènes chez l’humain=famille des Flaviviridae
–Ex: Virus du Nil Occidental (VNO), Dengue, Fièvre jaune
• Généraux: Fièvre, myalgie, malaise, éruption cutanée ex: Dengue, Chikungunya, Zika
• Encéphalite: ex: virus du Nil Occidental (VNO)
• Atteinte néonatale: Zika

43
Q

D’où vient le virus Zika ?

A

• Le virus Zikaa été découvert initialement dans la forêt de Zikaen Ouganda en 1947
Transmission par des piqûres de moustiques, néonatale, péripartum, sexuelle, transfusion ?, lait maternel?

44
Q

Quelles sont les manifestations cliniques du virus zika ?

A

• Incubation ? Possiblement <1 semaine
• Fièvre, conjonctivite, rash, arthralgie, myalgie céphalées, douleur rétro-orbitaire, oedème, vomissements: Durée: 3-10 jours
• Complications neurologiques:
–Syndrome de Guillain-Barré, méningoencéphalite, myélite aigue
–Microcéphalie suite à transmission néonatale