Virologie Flashcards
Quelles sont les caractéristiques générales des virus ?
•Taille: entre 40 et 400 nm (très petit)
•Organisation très simple
•Le virus est incapable de se répliquer sans une cellule-hôte
–Parasite intracellulaire obligatoire
–Utilise les constituants cellulaires pour se répliquer
–Possibilité d’introduire du matériel génétique viral dans les cellules et les transformer
• La forme libre du virus s’appelle virion ou particule virale
• Les virus peuvent infecter toutes formes de vie
Comment se nomme une virus ?
- Ordre= Suffixe virales
- Famille= Suffixe viridae
- Sous-famille= Suffixe virinae
- Genre = Suffixe virus
•Exemple: Herpes labial (VHS-1)
–Herpesvirales, herpesviridae, alphaherpesvirinae, simplexvirus, virus herpes humain 1
Quelles sont les appellations communes de certains virus ?
- Feu sauvage = VHS-1
- Pied-main-bouche = virus coxaskie
- 5ième maladie = Parvovirus B19
- Mononucléose =EBV
- Roséole, exanthème subit = VHH6, VHH7
- Rougeole = paramixovirus
- Rage = Rhabdoviridae
- …
Comment se fait la classification classique et moderne ?
Classique : premières classifications virologiques, faites sur des caractéristiques primaires et faciles à étudier
1- Le tropisme pour un organe ou un tissu
2- Le vecteur
Moderne : 1- Le type d’acide nucléique (+ ou -) 2- La stratégie de réplication 3- Type de capside 4- Absence ou présence d’une enveloppe lipidique
Quelle est la structure d’un virus ?
Capside :
Structure protéique qui entoure l’acide nucléique
L’ensemble est nommé nucléocapside
La capside contribue à la forme du virus (reconnaissance possible en microscopie électronique)
Attribue le tropisme du virus pour la cellule (récepteurs)
Enveloppe (lipidique) : certains seulement, d’autres sont nus, plus facile à détruire
L’enveloppe est constituée:
–D’éléments de la cellule hôte
–De protéines virales
Quels sont les particularité des virus enveloppés vs nus (ont tous une capside) ?
• Virus enveloppés
–Plus fragiles
–Ne résistent pas beaucoup aux détergents et aux conditions extérieures (température, humidité, etc..)
–Sont préférentiellement transmis par contact direct et intime (comme le virus de l’herpès ou du VIH, Coronaviridae)
•Virus nus
–Habituellement plus résistants
–Ex: les virus causant la diarrhée (norovirus (Norwalk), rotavirus)
Quels sont les acides nucléiques présents dans les virus ?
• Les virus contiennent SOIT de l’ADN ou de l’ARN
• Simple ou double brin (monocaténaire ou bicaténaire)
–ADN linéaire ou circulaire
–ARN peut être segmenté, de polarité + ou -
• Code de trois, à des centaines de gènes dépendant du type de virus
Comment fonctionne le cycle viral d’un virus/étapes de ce cycle ?
- Attachement (récepteurs spécifiques) = liaison d’une protéine de surface virale à son récepteur cellulaire spécifique, explique de tropisme
- Pénétration cellulaire = virus enveloppés fusionnent avec les membranes et endocytose, virus nus = pores ? pas illucidé
- Décapsidation = libération de l’acide nucléique
- Réplication du génome viral = transcription, traduction
- Synthèse des protéines virales
- Assemblage et encapsidation des particules virales produites = limité dans une portion de la cellule (inclusion virale), concentration élevée localisée et protège contre système immunitaire
- Libération des virions = par plusieurs mécanismes (mort cellulaire, exocytose, bourgeonnement)
Comment se produit la transcription et la traduction du virusdans la cellule infectée ?
Réplication du génome viral et production ARNm:
– Virus à ARN
•Virion contient une enzyme virale essentielle (ARN-dépendant-ARN-polymerase)
•Production du brin d’ARN complémentaire qui sert de gabarit pour la production du génome viral
– Virus à ADN
•Réplication dans le noyau (sauf les poxvirus)
•Utilisation des enzymes cellulaires pour la transcription
Traduction :
ARN +
•Traduction de l’ARNm en un long polypeptide (clivé par une protéase virale)
Virus à ADN
–Contrôle important de la traduction virale
•ARNm précoce et tardif
Quelle est l’importance du cycle viral ?
•Cibles thérapeutiques
1- Polymérases (Acyclovir, cidofovir, foscarnet… (VHS, VZV…)), Entecavir(VHB: virus de l’hépatiteB), Zidovudine (VIH)
2- Protéases(agent puissant), Boceprevir, Sofosbuvir, Simeprevir… (VHC: virus de l’hépatiteC), Darunavir… (VIH)
3- Neuraminidase (influenza), Oseltamivir et Zanamivir
•Mécanismes beaucoup moins spécifiques
1- Interféron-alpha, imiquimod: stimule le système immunitaire à éliminer l’infection
2- Anticorps monoclonaux (SARS-Co-V2): interfère avec la signalisation et ou des récepteurs nécessaires à la réplication virale et ou à l’inflammation associée
Qu’est-ce que la pathogénèse ?
• Définition : interaction entre le virus et l’hôte dans une série d’étapes pour conduire à la maladie
• Tropisme viral :
–Dépend de récepteur qui permet l’attachement et d’élément génétique qui favorise l’expression des gènes viraux qui peuvent êtres spécifiques à certains tissus
• Facteurs de l’hôte : statut immunitaire: déficit congénital, VIH, traitements immunosuppresseurs, une infection peut-être banale pour un patient et mortelle pour un autre, femme enceinte et son foetus
Quels sont les étapes de la pathogénèse d’un virus ?
–Entrée (exposition d’un hôte susceptible au virus) par aérosols, gouttelettes, percutanée, fécale-orale, verticale(mère-foetus), muqueuse –Réplication locale –Dissémination –Tropisme tissulaire –2e réplication tissulaire –Dommage cellulaire –Réponse immunitaire
Quelles sont les contraintes au Dx des virus en laboratoire ?
– Microorganismes excessivement petits
– Impossible de les cultiver dans des milieux artificiels (petris)
– Nécessitent des cellules vivantes: expertise, coûts, risque de transmission
– Certains virus ne se cultivent pas (ex: hépatite C) ou sont trop virulents (Coronavirus, Ébola)
Quelles sont les contraintes des prélèvements ?
• Doit être effectué le plus tôt possible au début de la maladie
• Acheminé le plus rapidement possible au laboratoire
–Idéalement dans un milieu de transport (UTM (universal transport media), Hanks, Préserve la viabilité du virus, Eau moléculaire, saline encas de pénurie (TAAN))
•Les virus enveloppés (ex RSV, herpes) sont plus fragiles que les virus non-enveloppés (adenovirus, enterovirus, caliciviridae)
Comment fonctionne la microscopie électronique pour l’identification de virus ?
• Formes caractéristiques
Permettent une identification sommaire
•Technique de référence
Nécessite expertise
Pratiquement limitée au diagnostic de gastro-entérites car ces virus sont souvent difficilement, voir impossible à cultiver
La technique cède le pas graduellement à la biologie moléculaire
Qu’est-ce que la détection antigénique ?
•Techniques immunologiques directes
- Enzyme immunoassay(EIA) pour RSV, Influenza, Rotavirus, Coronavirus
- Immunofluorescence, nécessite expertise, pour herpes et virus respiratoires
Qu’est-ce que la culture cellulaire dans le Dx/identification des virus ?
• C’était la pierre angulaire dans les laboratoires de virologie
• Plusieurs lignées cellulaires
–Pas de lignée cellulaire universelle
–Inoculation sur plusieurs types de cellules
–Effets observés = tropisme cellulaire, vitesse de croissance, effet cytopathique caractéristique à un type de virus
–Identification finale par immunofluorescence
• Maintenant proscrit dans les laboratoires cliniques à cause du SARS-Co-V-2