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PHA2131 > UA 1 > Flashcards

UA 1 Flashcards

1
Q

Virus definition

A

o Entité biologique la plus abondante
o Particule infectieuse la plus petite ? (pas vrai pour tous les virus)
o Parasite intracellulaire obligatoire
o Dépend de la cellule hôte pour la réplication virale
o Le matériel génétique viral est composé d’ARN ou d’ADN

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2
Q

Ce qui définit le mieux les virus:

A

○ Produits par l’assemblage de composantes préformées
○ Sont incapables de se diviser
○ Sont incapables de produire leur propre énergie métabolique ?

(ne peuvent pas faire leur propre machinerie pour faire leur énergie (n’ont pas les gènes pour…. sauf que nvx virus pourrait peut-être) pas de noyau ou mitochondrie)

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3
Q

virion

A

Particule virale infectieuse

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4
Q

Bactériophage

A

Virus qui infecte une bactérie

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5
Q

Viroïde

A

○ Microorganisme à ARNsb circulaire, sans capside protéique ou enveloppe (seulement ARN)
○ Réplication autonome
○ Infectent les plantes

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6
Q

Virusoïde

A

réplication requiert la présence d’un virus « helper »
(prend la capsule d’un autre virus)

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7
Q

Prion

A

○ Protéine au repliement anormal (sans matériel génétique)
○ Responsable d’encéphalopathies spongiformes chez les animaux et humains

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8
Q

Obélisques ???

A

des genre de viroides… serait possiblement capable de faire des protéines

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9
Q

Tailles des virus

A

différentes tailles et de génomes

20 nm (parvovirus) à 1.5 μm (pithovirus)

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10
Q

taille génomique virus

A

1,6 kb à 2.5 Mb

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11
Q

enveloppe virus

A

Virus avec enveloppe virale vs virus « nu »
○ Membrane lipidique (il a emprunter une bichouche PGL) avec protéines / glycoprotéines (c’est ça qui va s’attacher au virus)

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12
Q

Capsides

A

○ Structure protéique qui protège et protège le matériel génétique viral
○ 2 structures principales:
■ Sphérique/icosaèdrale
■ Cylindrique/hélicoïdale

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13
Q

Capside: architecture cylindrique

A

agencement de sous-unité protéine identique

c’est donc économique (1 gène de capsine mais peut faire de grande structure, c’est donc cool pour le virus

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14
Q

Architecture icosaèdrale

A

20 face, triangle équilatérale, chaque triangle a 3 protéine

T=1 quantité de sous unité protéique (3 protéine) par face, donc ici 1x

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15
Q

Fonctions des composantes virales Capside / nucléocapside

A

○ Protéger le matériel génétique
○ Condenser le matériel génétique

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16
Q

Fonctions des composantes virales enveloppe virale

A

○ Protège les enzymes requises pour les premières phases de la réplication virale
○ Participe à l’entrée du virus dans la cellule hôte

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17
Q

Fonctions des composantes virales Glycoprotéines à la surface de l’enveloppe

A

○ Liaison aux récepteurs sur les cellules hôtes
○ Participent à la fusion
○ Antigènes – reconnus par le système immunitaire

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18
Q

Génome viral, caractéristiques possibles

A

● ADN ou ARN
● Simple brin (monocaténaire) ou double-brin (bicaténaire)
● Linéaire (ARN ou ADN) ou circulaire (ADN)

● Virus à ARN
○ Polarité + (polarité + de l’ARNm)
○ Polarité - (polarité complémentaire / antisens)
○ Double brin
○ Génome ambisens: chaque brin code pour des protéines

● Segmenté
● Diploïde - 2 copies identiques du génome

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19
Q

Les principaux critères de classification des virus:

A

○ Type, nature et séquence des acides nucléiques
○ Stratégie de réplication
○ Structure des virions

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20
Q

Virus regroupés en (nomenclature):

A

○ Ordre (-virales)
○ Famille (-viridae)
○ Sous-famille (-virinae)
○ Genre (-virus)
○ Espèce

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21
Q

6 étapes de la réplication virale

A
  1. Attachement à la cellule hôte
  2. Pénétration dans la cellule hôte
  3. Libération du génome et enzymes dans le cytoplasme de la cellule hôte
  4. Production des composantes virales
  5. Assemblage
  6. Sortie du virus de la cellule hôte
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22
Q

Étape 1: attachement à la cellule hôte

A

● Liaison glycoprotéines virales aux récepteurs des cellules
hôtes
● Affinité pour certains récepteurs sur les cellules: tropisme

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23
Q

Tropisme

A

Affinité d’un virus pour certaines cellules ou organes
○ Médiée par attachement via récepteurs / co-récepteurs
○ Expression gènes viraux parfois plus facile dans certains
types cellulaires

capacité à infecter

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24
Q

Pénétration dans la cellule hôte

A

○ Fusion directe: Entrée par fusion avec la membrane plasmique
○ Endocytose médiée par interaction avec un récepteur
(plusieurs mécanismes): par endocytose, plusieurs type de vacuole

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25
Étape 3 – Libération du génome
● Parfois étape simultanée à l’étape 2 ● Libération dans le cytoplasme: ○ matériel génétique ○ enzymes clés requises pour les premières étapes de réplication du matériel génétique ex: -injecte directement dans le cytoplasme -injecte de la vacuole -fusion avec la vacuole et libération (svt créer en changement le pH) -garde la capside et l'utilise pour la réplication virale
26
Étape 4 - Production des composantes virales
● Sites de réplication virale ○ Dans le cytoplasme ou noyau cellulaire
27
quels Virus produisent leurs composantes dans le cytoplasme
■ Majorité des virus à ARN (sauf rétrovirus et influenza) ■ Poxvirus
28
quels Virus produisent leurs composantes dans le noyau cellulaire
■ Virus à ADN (sauf poxvirus) ■ Rétrovirus (ex: VIH) ■ Influenza
29
Composantes à produire lors de la réplication du virus
○ Transcription (ARN messager) ○ Traduction (protéines) ○ Réplication matériel génétique
30
Synthèse d’ARNm : scénarios possibles
● Virus ADN double brin ● Virus ADN simple brin ● Virus ARN simple brin, polarité + ● Virus ARN simple brin, polarité –
31
fonctionnement ● Virus ADN double brin
Transcription en ARNm
32
fonctionnement ● Virus ADN simple brin
ADN polymérase de l’hôte produit de l’ADN = double brin à ARNm
33
fonctionnement ● Virus ARN simple brin, polarité +
ARN utilisé directement comme de l’ARNm
34
fonctionnement ● Virus ARN simple brin, polarité –
○ ARN polymérase ARN-dépendant (virale) ○ ARN polarité - devient à ARNm ARN polarité -: ARN qui a un sens de lecture inverse, donc a besoin d'être traduit ARNm = ARN +
35
Rétrovirus (ex: VIH): cas synthèse ARNm particulier
○ ARN simple brin + devient ADN simple brin - devient ADN double-brin devient intégration dans l’ADN de la cellule hôte devient ARNm ○ Enzymes virales impliquées: ■ transcriptase inverse, intégrase (c'est elle qui intègre adn)
36
Hépatite B: cas synthèse ARNm particulier
○ Double-brin ADN devient ARN simple brin devient ADN ○ Enzymes virale impliquée: ■ ADN polymérase (activité ADN polymérase et transcriptase inverse (donc une cible similaire avec VIH))
37
Production des protéines virales: optimisation
les virus on évoluer pour maximiser leur matériel codant pcq limite d'espace ex: un locus=plusieurs gènes= plusieurs protéines
38
Comment optimiser la production virale
-un différent n terminal (donc commence à lire à une différente place, mais même codon d'arrêt) -différent codon de départ et d'arrêt mais même locus -différent codon d'arrêt (codon stop qui peut être lu de facon alternative) -pour un même ARNm, le ribosome change de cadre de lecture durant la lecture, exemple, le ribosome recule d'une base et boom ca change la protéine produite -tu change ton cadre de lecture, tu changes la séquence de 3,3,3 tu shift de X base, ce qui change les codons
39
Interactions entre les virus et la cellule hôte
quand le virus rentre dans la cellule, la cellule a plein de façon de faire pour stopper le virus, le virus qui survit est capable de moduler plusieurs pathways pour son avantage et bypass les systèmes de défense ex: répons immune, apoptose, cycle cellulaire, interféron, expression des gènes
40
Mutations virales Aléatoire
○ Erreurs lors de la réplication du matériel génétique ○ Plus fréquentes avec virus ARN ■ Virus ADN: ≈ 10-8 to 10-6 substitutions/nucléotide/cellule infectée ■ Virus ARN: ≈ 10-6 to 10-4 substitutions/nucléotide/cellule infectée
41
Pression sélective mutation virale
○ Induit par présence d’antiviraux (ex: lorsque adhésion sous-optimale/ dose) ○ Seules les souches résistantes persistent
42
Lien entre erreur et taille du génome
plus le génome est grand, moins on fait d'erreur pourquoi: un virus qui a petit génome peu se permettre d'avoir bcp de mutation pcq ratio mutation/génome reste viable on gagne de l'activité exonucléase (protéine qui peut aller corriger des erreurs, changer une base), alors là ont peut aller chercher un plus grand génome
43
Assemblage virus
Formation de la nucléocapside / capside et assemblage du génome ○ Peut survenir dans le noyau, à la membrane plasmique où au niveau d’autres membranes cellulaires (selon le virus) si encapsuler, vole une bicouche à une structure
44
Maturation virus
modifications qui permettent la formation d’une particule infectieuse à partir des virions immatures ○ Impliquent souvent des changements structuraux de la capside ○ Action de protéases virales ou cellulaires
45
Étape 6 – sortie du virus
● Virus sans enveloppe ○ Libération du virus lors de la lyse de la cellule hôte ○ Exocytose ● Virus enveloppé: ○ Bourgeonnement au niveau d’une membrane cellulaire
46
VIH caractéristiques
● Famille Retroviridae ● Diploïde: 2 brins d’ARN identiques 9.2 kb à polarité positive ● Virus enveloppé ● Capside icosaèdrale ● Tropisme lymphocytes T CD4+
47
Cibles médicamenteuses du VIH
-Protéase -Transcriptase inverse (elle se trouve dans la capsule pour que la réplication fonctionne) -Intégrine donc 3 enzymes spécifiques au VIH et des étapes critiques de la réplication
48
VIH: pathogénèse
1-première infection 2- syndrome de l'infection aigue par le VIH, vaste dissemination du virus dans l'organisme et duplication du VIH dans les organes lymphoides 3- période de latence 4-symptomes généraux (SIDA) 5-mladie opportuniste et mort
49
Rétrovirus endogènes
il y a des millions d'années, les cellule germinale a été infectée, puis ça a passé d'une génération à une autre. Elles font maintenant partie de notre génome Il faut que le génome soit aller dans les cellules germinale
50
Virus de l’hépatite B caractéristiques
● Famille Hepadnaviridae ● Génome ADN circulaire 3.2 kb partiellement à double-brin -(lorsqu'il rentre dans la cellule, c'est là ou le double-brin va être complété) -petit génome ● Virus enveloppé ● Capside icosaèdrale ● Affinité pour le foie -ADN va rester dans le foie
51
Enzyme clé Hep B
-utilise l'ARN pour faire l'ADN ○ ADN polymérase virale: ■ Activité ADN polymérase et transcriptase inverse
52
Virus de l’hépatite C caractéristique
● Famille des Flaviviridae ● Génome ARNsb+ linéaire 9.6 kb ● Virus enveloppé ● Capside icosahédrale ● Affinité pour le foie ● 6 principaux génotypes
53
Traduction médiée par un IRES
augmente la capcité à faire des protéine de VHC, le IRES: va chercher/recruter le ribosme, bypass le besoin de structure cap, donc bypass la machinerie
54
Virus de l’hépatite C: cibles thérapeutiques
NS5B: co facteur ARN polymérase NS5A: arn polymérase NS3: protéase
55
virus qui font la majorité des infections respiratoires (6)
Influenza ○ Parainfluenza ○ Rhinovirus ○ Adénovirus ○ Virus respiratoire syncytial ○ Coronavirus
56
Influenza caractéristique
● Famille Orthomixoviridae ● Génome ARN segmenté (-) ● Sérotypes A,B,C A va être classé par les H et N ● 18 sous-types d’hémagglutinine et 11 sous-types de neuraminidase ● Ex: H1N1, H1N2, H3N2
57
Hémagglutinine (HA) rôle
Attachement du virus influenza à la cellule respiratoire via l’acide sialique
58
Neuraminidase (NA):
Clivage du lien entre la membrane cellulaire (acide sialique) et le virus de l'influenza lors du bourgeonnement
59
Dérive antigénique dans le virus de l'influenza
une ou quelques mutations de l’ARN viral de l'influenza produisant des légères modifications des antigènes de surface (H et/ou N) ou autres protéines
60
Shift antigénique dans le virus de l'influenza
○ Réassortiment / Recombinaison ■ modification majeure des gènes codant pour l’HA et/ou NA puisque A a plusieurs hôtes, une cellule est infecté par 2 virus différents. Puisque ARN segmenté, lorsque recombine, peut créer des chimères vrm différentes
61
SRAS-CoV-2 caractéristique
o Famille Coronaviridae ○ Virus enveloppé ○ Nucléocapside hélicoïdale ○ ARN linéaire simple brin polarité positive ≈ 30 kb ○ Tropisme: ■ Cellules de l’épithélium alvéolaire ■ Récepteur: ACE2
62
2 façon de entrer dans la cellule pour la covid
cliver la protéine spike et fusion de virus ou si pas la protéase, endocytose du virus
63
SRAS-CoV-2: traitement
inhibiteur ARN polymerase (remdesivir) paxlovid (nirmatrelvir boosté à la ritonavir): inhibiteur de la protéase virale la ritonavir crée une interaction qui augmente les concentration du nirmatrelvir
64
Endémie
présence d’une maladie à un taux constant au sein d’une population ou d’une région
65
Épidémie
augmentation du taux d’une maladie sein d’une population ou d’une région
66
Pandémie
grand nombre d’infections à travers le monde
67
Taux d’attaque
Proportion des personnes vulnérables qui deviennent infectées au cours d’un intervalle donné
68
Pathogénicité
Habileté d’un agent infectieux à causer une maladie chez l’hôte
69
Virulence
○ Capacité relative d’un agent infectieux à cause une maladie chez l’hôte (ex: virus A est davantage virulent que le virus B)
70
R0: taux de reproduction de base
Correspond au nombre de personnes infectées à partir d’un cas dans une population entièrement susceptible ■ Estimé en prenant en compte principalement de: ● Durée de contagiosité ● Probabilité de transmission lors d’un contact entre une personne infectée et une personne susceptible ● Le taux de contact quand commence à avoir de l'immunité, on dit R au temps T
71
transmission horizontale vs verticale
H: d'une personne à l'autre` V: mère à enfant
72
zoonose
transmission d'un virus d'un animal à l'humain
73
Infection localisée vs disséminée
localisée: une zone du corps diss: plusieurs organe
74
Schémas – Pathogénèse virale
-infection aigue puis rien -infection aigue importante puis réactivation (ex: herpes) -infection aigue puis infection chronique (hep B) -Infection aigue, infection persistance puis surpopulation virale (VIH) -infection chronique lente (augmentation lente) (prions)
75
Facteurs influençant la présentation clinique d'une onfection par un virus
● Virus, virulence ● Facteurs associés à l’hôte: ○ Réponse immune ○ Prédisposition génétique ○ Âge ○ Grossesse ○ Habitudes de vie (ex. tabagisme et influenza) ○ Comorbidités
76
Réponse innée:
en premier neutrophiles, macrophages, cellules dendritiques, cellules NK, interférons et autres cytokines
77
réponse acquise
2e lymphocytes T, lymphocytes B, anticorps
78
Interférons fonctionnement
● Activité antivirale: Expression de gènes capables d’interférer avec la réplication virale à de nombreuses étapes ● Activité immunomodulatrice: ○ Augmentation présentation antigénique ○ Activation cellules immunitaires ○ Augmentation de l’expression du CMH
79
Inhibition de la traduction par la protéine kinase R
on met un frein de la machinerie de production de protéines
80
réponse antivirale intrinsèque
des protéines présente dans les cellules qui ont des activités antivirales (aller lire diapo 75 ua 1 au moins 1x)
81
caractéristiques influenza A
- présence de neuraminidase - protéine M2 - 8 segments ARN - infection potentiellement sévère - potentiel de faire des épidémies et pandémie
82
caractéristiques influenza B
- présence de neuraminidase - protéine NB - 8 segments ARN - infection potentiellement sévère - potentiel de faire des épidémies
83
caractéristiques influenza C
- absence de neuraminidase - protéine HEF - 7 segments ARN - infection potentiellement sévère chez les enfants - potentiel de faire des épidémies mineures/localisées
84
hôtes influenza A (6)
- humains, - porc, - oiseaux, - animaux marins, - chevaux, - chauve-souris
85
hôtes influenza B
- humain - phoque
86
hôtes influenza C
- humains - porcs
87
transmission influenza
Inhalation gouttelettes dans l’air
88
transmission Adénovirus, rhinovirus, coronavirus
Contact sécrétions buccales / nasales
89
transmission VIH, VHB, VHC, cytomégalovirus, herpès simplex
- Sang, - sécrétions génitales, - transmission verticale mère-enfant

PHA2131 (4 decks)

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