Trascrizione eucarioti Flashcards
Differenze trascrizione eucariotica - procariotica
Presenza dei fattori trascrizionali (senza i quali il processo non può avere inzio) Tre diverse RNA polimerasi Maggior numero di proteine accessorie Presenza cromatina No operoni policistronici
Caratteristiche RNA pol I?
Trascrizione rRNA; nucleolo; no sensibilità amanitina
Caratteristiche RNA pol II?
Più complessa; mRNA, snoRNA, snRNA e microRNA; nucleoplasma, sensibilità amanitina
Caratteristiche RNA pol III?
tRNA e altri piccoli RNA; nucleoplasma; amanitina
Caratteristica RNA pol in generale?
Proteine multimeriche, conservano subinità beta e beta ‘
Classificazione fattori trascrizionali
Generali (TfII etc)
Inducibili e a monte (coattivatori e corepressori)
Nomina tutte le sequenze regolatorie che conosci
Promotore; elementi prossimali al promotore (UAS); elementi regolatori a lungo raggio: enhancer, silencer, isolatori; boundary elements: LCR e MAR
Famiglie di fattori di regolazione per RNA pol II
Elementi di posizionamento o “basali”: BRE, TATA box, INR, DPE (TATA less) + elementi di regolazione (prossimali ed enhancer)
Cosa sono gli elementi isolatori?
Permettono di marcare il confine tra le regioni di eu- ed eterocromatina, bloccando l’azione di enhancer e di silenziatori in quelle regioni in cui non è necessario che la cromatina modifichi la sua trascrittività
Cosa sono i LCR?
Sono delle regioni analoghe agli enhancer, ma orientamento dipendenti, interagendo con specifici fattori di trascrizione permettono, ad es., di attivare i geni delle globine
Cosa sono le MAR?
Sequenze di controllo che legano i vari fattori proteici, ccontrollano l’associazione del DNA con la matrice e la formazione di domini a loop o anse di DNA
Quale caratteristica rende la RNA pol II diversa dalle altre?
La presenza di CTD, ricco in ser, thr, pro e tyr. Se non è fosforilato la trascrizione può avere inzio, se è fosforilato può avere la fase di allungamento
Qual è il promotore universale per RNA pol II?
TATA box (TATAAA)
Cosa rende possibile l’inizio della trascrizione?
L’interazione della RNA pol II con fattori basali generali per formare PIC
Qual è il primo fattore a legarsi a TATA?
Il fattore THIID; si lega nel solco minore del DNA attraverso un beta foglietto, distorcendo così il DNA (conformazione a “sella di cavallo”) e permettendo l’ingresso della RNA pol II e degli altri fattori di trascrizione. è costituito da TBP e TAF
Quali fattori intervengono dopo TFIID?
TFIIB e TFIIF
Qual è il ruolo di TFIIF?
Favorire l’interazione di RNA pol II alla regione del promotore
Qual è il ruolo di TFIIB?
Permette l’inserzione della RNA pol II sul sito d’inizio, attraverso il suo dominio N terminale costituito da un nastro di zinco ricco in Cys. Permette contatto tra TBP e sequenza ricca in G:C che seque TATA
Quali fattori si legano dopo TFIIF e TFIIB?
TFIIE che richiama TFIIH
Qual è il ruolo di TFIIH?
Ha una doppia attività: elicasica ATP dipendente, che permette la denaturazione del promotore, ed un’attività chinasica che permette la fosforilazione della cotda CTD della RNA pol II e quindi l’inizio della fase di allungamento
Cosa è TFIIA? Perchè non è considerato un fattore generale per l’inizio della trascrizione?
Stabilizza complesso TBP-DNA impendendo ingresso di altri fattori che potrebbero destabilizzare PIC. Non interviene sempre.
Cosa sono i mediatori?
Sono fattori proteici che fungono da “ponti” tra i fattori di trascrizione del PIC e gli elementi enhancer, di modo che gli elementi enhancer possano promuovere assemblaggio PIC e attività chinasica TFIIH
Quali sono i principali enhancer?
GC box e CAAT box; le GC box sono legate da proteina SP1, attivatore che recluta TFIID
Cosa è il fattore TFIIS?
Fattore che limita pause RNA pol II nell’allungamento e coadiuva attività proofreading
Come avviene l’attività proofreading nell’allungamento?
Attraverso un meccanismo di sintesi inversa dell’ultima base
Quale fattore permette la dissociazione dell’ottamero istonico?
FACT
Cosa caratterizza la fase di allungamento?
Capping estremità 5’ RNA, splicing, poliadenilazione
Decrivi il meccanismo di 5’ end capping
SI parte dalla rimozione del fosfato in gamma dell’RNA (es.con RNA) attraverso l’enzima RNA trifosfatasi. Successivamente la guanil transferasi catalizza l’attacco nucleofilo del fosfato in beta con il fosfato in alfa del GTP: si crea legame 5’-5’ trifosfato (situazione insolita, resiste all’azione delle esoribonucleasi.
A questo punto una metiltrasferasi aggiunge un gruppo metilico in posizione 7 della GTP (a volte OH 2’ ribosio è metiltato)
A cosa serve il 5’ CAP?
Protegge mRNA da degradazione; aumenta efficienza traduzione; facilita trasposizione mRNA da nucleo a citoplasma; aumenta efficienza splicing
Cosa è la poliadenilazione al 3’ terminale?
Meccanismo attarverso il quale il complesso costituitio da CPSF, CstF e CFII crea un taglio nell’estremità 3’, di modo da permettere all’enzima PAP di intervenire aggiungendo residui A; le proteine PABP legano la coda di poliA
Dove non si trova coda poliA?
Negli istoni
Quali sono le funzioni di poliA?
Protegge mRNA da degradazione; aumenta efficienza traduzione; facilita trasposizione mRNA da nucleo a citoplasma; aumenta efficienza splicing
