Trascrizione eucarioti Flashcards

1
Q

Differenze trascrizione eucariotica - procariotica

A
Presenza dei fattori trascrizionali (senza i quali il processo non può avere inzio)
Tre diverse RNA polimerasi
Maggior numero di proteine accessorie
Presenza cromatina
No operoni policistronici
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Q

Caratteristiche RNA pol I?

A

Trascrizione rRNA; nucleolo; no sensibilità amanitina

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Q

Caratteristiche RNA pol II?

A

Più complessa; mRNA, snoRNA, snRNA e microRNA; nucleoplasma, sensibilità amanitina

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4
Q

Caratteristiche RNA pol III?

A

tRNA e altri piccoli RNA; nucleoplasma; amanitina

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5
Q

Caratteristica RNA pol in generale?

A

Proteine multimeriche, conservano subinità beta e beta ‘

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6
Q

Classificazione fattori trascrizionali

A

Generali (TfII etc)

Inducibili e a monte (coattivatori e corepressori)

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7
Q

Nomina tutte le sequenze regolatorie che conosci

A

Promotore; elementi prossimali al promotore (UAS); elementi regolatori a lungo raggio: enhancer, silencer, isolatori; boundary elements: LCR e MAR

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8
Q

Famiglie di fattori di regolazione per RNA pol II

A

Elementi di posizionamento o “basali”: BRE, TATA box, INR, DPE (TATA less) + elementi di regolazione (prossimali ed enhancer)

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9
Q

Cosa sono gli elementi isolatori?

A

Permettono di marcare il confine tra le regioni di eu- ed eterocromatina, bloccando l’azione di enhancer e di silenziatori in quelle regioni in cui non è necessario che la cromatina modifichi la sua trascrittività

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10
Q

Cosa sono i LCR?

A

Sono delle regioni analoghe agli enhancer, ma orientamento dipendenti, interagendo con specifici fattori di trascrizione permettono, ad es., di attivare i geni delle globine

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11
Q

Cosa sono le MAR?

A

Sequenze di controllo che legano i vari fattori proteici, ccontrollano l’associazione del DNA con la matrice e la formazione di domini a loop o anse di DNA

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12
Q

Quale caratteristica rende la RNA pol II diversa dalle altre?

A

La presenza di CTD, ricco in ser, thr, pro e tyr. Se non è fosforilato la trascrizione può avere inzio, se è fosforilato può avere la fase di allungamento

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13
Q

Qual è il promotore universale per RNA pol II?

A

TATA box (TATAAA)

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14
Q

Cosa rende possibile l’inizio della trascrizione?

A

L’interazione della RNA pol II con fattori basali generali per formare PIC

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15
Q

Qual è il primo fattore a legarsi a TATA?

A

Il fattore THIID; si lega nel solco minore del DNA attraverso un beta foglietto, distorcendo così il DNA (conformazione a “sella di cavallo”) e permettendo l’ingresso della RNA pol II e degli altri fattori di trascrizione. è costituito da TBP e TAF

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16
Q

Quali fattori intervengono dopo TFIID?

A

TFIIB e TFIIF

17
Q

Qual è il ruolo di TFIIF?

A

Favorire l’interazione di RNA pol II alla regione del promotore

18
Q

Qual è il ruolo di TFIIB?

A

Permette l’inserzione della RNA pol II sul sito d’inizio, attraverso il suo dominio N terminale costituito da un nastro di zinco ricco in Cys. Permette contatto tra TBP e sequenza ricca in G:C che seque TATA

19
Q

Quali fattori si legano dopo TFIIF e TFIIB?

A

TFIIE che richiama TFIIH

20
Q

Qual è il ruolo di TFIIH?

A

Ha una doppia attività: elicasica ATP dipendente, che permette la denaturazione del promotore, ed un’attività chinasica che permette la fosforilazione della cotda CTD della RNA pol II e quindi l’inizio della fase di allungamento

21
Q

Cosa è TFIIA? Perchè non è considerato un fattore generale per l’inizio della trascrizione?

A

Stabilizza complesso TBP-DNA impendendo ingresso di altri fattori che potrebbero destabilizzare PIC. Non interviene sempre.

22
Q

Cosa sono i mediatori?

A

Sono fattori proteici che fungono da “ponti” tra i fattori di trascrizione del PIC e gli elementi enhancer, di modo che gli elementi enhancer possano promuovere assemblaggio PIC e attività chinasica TFIIH

23
Q

Quali sono i principali enhancer?

A

GC box e CAAT box; le GC box sono legate da proteina SP1, attivatore che recluta TFIID

24
Q

Cosa è il fattore TFIIS?

A

Fattore che limita pause RNA pol II nell’allungamento e coadiuva attività proofreading

25
Q

Come avviene l’attività proofreading nell’allungamento?

A

Attraverso un meccanismo di sintesi inversa dell’ultima base

26
Q

Quale fattore permette la dissociazione dell’ottamero istonico?

A

FACT

27
Q

Cosa caratterizza la fase di allungamento?

A

Capping estremità 5’ RNA, splicing, poliadenilazione

28
Q

Decrivi il meccanismo di 5’ end capping

A

SI parte dalla rimozione del fosfato in gamma dell’RNA (es.con RNA) attraverso l’enzima RNA trifosfatasi. Successivamente la guanil transferasi catalizza l’attacco nucleofilo del fosfato in beta con il fosfato in alfa del GTP: si crea legame 5’-5’ trifosfato (situazione insolita, resiste all’azione delle esoribonucleasi.
A questo punto una metiltrasferasi aggiunge un gruppo metilico in posizione 7 della GTP (a volte OH 2’ ribosio è metiltato)

29
Q

A cosa serve il 5’ CAP?

A

Protegge mRNA da degradazione; aumenta efficienza traduzione; facilita trasposizione mRNA da nucleo a citoplasma; aumenta efficienza splicing

30
Q

Cosa è la poliadenilazione al 3’ terminale?

A

Meccanismo attarverso il quale il complesso costituitio da CPSF, CstF e CFII crea un taglio nell’estremità 3’, di modo da permettere all’enzima PAP di intervenire aggiungendo residui A; le proteine PABP legano la coda di poliA

31
Q

Dove non si trova coda poliA?

A

Negli istoni

32
Q

Quali sono le funzioni di poliA?

A

Protegge mRNA da degradazione; aumenta efficienza traduzione; facilita trasposizione mRNA da nucleo a citoplasma; aumenta efficienza splicing