Trascrizione eucarioti Flashcards
Differenze trascrizione eucariotica - procariotica
Presenza dei fattori trascrizionali (senza i quali il processo non può avere inzio) Tre diverse RNA polimerasi Maggior numero di proteine accessorie Presenza cromatina No operoni policistronici
Caratteristiche RNA pol I?
Trascrizione rRNA; nucleolo; no sensibilità amanitina
Caratteristiche RNA pol II?
Più complessa; mRNA, snoRNA, snRNA e microRNA; nucleoplasma, sensibilità amanitina
Caratteristiche RNA pol III?
tRNA e altri piccoli RNA; nucleoplasma; amanitina
Caratteristica RNA pol in generale?
Proteine multimeriche, conservano subinità beta e beta ‘
Classificazione fattori trascrizionali
Generali (TfII etc)
Inducibili e a monte (coattivatori e corepressori)
Nomina tutte le sequenze regolatorie che conosci
Promotore; elementi prossimali al promotore (UAS); elementi regolatori a lungo raggio: enhancer, silencer, isolatori; boundary elements: LCR e MAR
Famiglie di fattori di regolazione per RNA pol II
Elementi di posizionamento o “basali”: BRE, TATA box, INR, DPE (TATA less) + elementi di regolazione (prossimali ed enhancer)
Cosa sono gli elementi isolatori?
Permettono di marcare il confine tra le regioni di eu- ed eterocromatina, bloccando l’azione di enhancer e di silenziatori in quelle regioni in cui non è necessario che la cromatina modifichi la sua trascrittività
Cosa sono i LCR?
Sono delle regioni analoghe agli enhancer, ma orientamento dipendenti, interagendo con specifici fattori di trascrizione permettono, ad es., di attivare i geni delle globine
Cosa sono le MAR?
Sequenze di controllo che legano i vari fattori proteici, ccontrollano l’associazione del DNA con la matrice e la formazione di domini a loop o anse di DNA
Quale caratteristica rende la RNA pol II diversa dalle altre?
La presenza di CTD, ricco in ser, thr, pro e tyr. Se non è fosforilato la trascrizione può avere inzio, se è fosforilato può avere la fase di allungamento
Qual è il promotore universale per RNA pol II?
TATA box (TATAAA)
Cosa rende possibile l’inizio della trascrizione?
L’interazione della RNA pol II con fattori basali generali per formare PIC
Qual è il primo fattore a legarsi a TATA?
Il fattore THIID; si lega nel solco minore del DNA attraverso un beta foglietto, distorcendo così il DNA (conformazione a “sella di cavallo”) e permettendo l’ingresso della RNA pol II e degli altri fattori di trascrizione. è costituito da TBP e TAF
Quali fattori intervengono dopo TFIID?
TFIIB e TFIIF
Qual è il ruolo di TFIIF?
Favorire l’interazione di RNA pol II alla regione del promotore
Qual è il ruolo di TFIIB?
Permette l’inserzione della RNA pol II sul sito d’inizio, attraverso il suo dominio N terminale costituito da un nastro di zinco ricco in Cys. Permette contatto tra TBP e sequenza ricca in G:C che seque TATA
Quali fattori si legano dopo TFIIF e TFIIB?
TFIIE che richiama TFIIH
Qual è il ruolo di TFIIH?
Ha una doppia attività: elicasica ATP dipendente, che permette la denaturazione del promotore, ed un’attività chinasica che permette la fosforilazione della cotda CTD della RNA pol II e quindi l’inizio della fase di allungamento
Cosa è TFIIA? Perchè non è considerato un fattore generale per l’inizio della trascrizione?
Stabilizza complesso TBP-DNA impendendo ingresso di altri fattori che potrebbero destabilizzare PIC. Non interviene sempre.
Cosa sono i mediatori?
Sono fattori proteici che fungono da “ponti” tra i fattori di trascrizione del PIC e gli elementi enhancer, di modo che gli elementi enhancer possano promuovere assemblaggio PIC e attività chinasica TFIIH
Quali sono i principali enhancer?
GC box e CAAT box; le GC box sono legate da proteina SP1, attivatore che recluta TFIID
Cosa è il fattore TFIIS?
Fattore che limita pause RNA pol II nell’allungamento e coadiuva attività proofreading
