Struttura RNA Flashcards
Quali sono le caratteristiche della struttura dell’RNA?
Ribosio con gruppo -OH in posizione 2’, conferisce impedimento sterico per cui l’unica conformazione possibile e` la forma A Uracile al posto della timina Il gruppo -OH può effettuare un attacco nucleofilo sul P, reazione di autodegradazione ed attività catalitica
Quali sono le possibili conformazioni che si possono assumere e perche`?
Anse, forcine, gemme Strutture secondarie locali, con complementarieta INTERcatena e non intra- come nel DNA. Le diverse conformazioni sono rese possibili grazie alla grande liberta di rotazione delle basi attorno al legame fosfodiesterico e glicosidico e dalla possibilita` di assumere appaiamenti non canonici (Hoogsteen etc.)
Da cosa è determinata la stabilita` della struttura secondaria? Cosa invece la diminuisce?
La stablita e dovuta al numero di coppie G-C, dal numero di coppie in uno stelo e dal numero di coppie di basi in un’ansa o una forcina Le basi non appaiate nelle anse ed i mismatch diminuiscono la stabilita In base alla stabilita viene rilasciata energia libera, che piu sara negativa, piu aumentera le probabilita` di formazione della struttura
Cosa sono gli pseudonodi?
Segmento di RNA con ansa si ripiega su se stesso, i nucleotidi interagiscono con nucleotidi del filamento vicino se vi sono le condizioni. Si crea una seconda regione a doppia elica che subisce una torsione, in questo modo la nuova doppia elica si impila sull’altra, dando vita a tripl eliche e formando sorta di “nodi” Es. telomerasi umana
Cosa e` il motivo A minore?
le A si posizionano a livello dei solchi minori, complementarieta sterica con C e G, maggiore stabilita tra eliche
Cosa e` la chiusura a lampo di ribosio?
Interazione che si instaura nel ripiegamento tra due solchi minori in una regione a doppia elica, l’ -OH in posizione 2’ del ribosio interagisce con l’O in pos. 2 pirimidinico o l’ N in pos. 3 purinico
Cosa sono i ribozimi?
Sono RNA a funzione catalitica, resa possibile dalle diverse strutture che possono formare i gruppi funzionali all’esterno
Cosa sono gli aptameri?
Sono molecole di RNA in grado di adattarsi e reagire con un gran numero di molecole diverse
Cosa e` la struttura a tetraansa?
Struttura terziaria dell’RNA, con anse ricche in A o U e steli ricchi in G-C
Cosa e` la struttura a trifoglio?
Struttura tipica degli t-RNA maturi, che presentano basi modificate come la diidrouridina e la pseudouridina. Abbiamo uno stelo accettore in cui l’estremita 3' e preposta al sito di attacco degli aa, 3 steli T a forma di L, nell’anticodone troviamo spesso l’inosina
Qual e la struttura dell'inosina? perche e` importante?
Base jolly, appaia con C, G e U
Cosa e` la famiglia hnRPP?
Sono proteine che regolano il corretto ripiegamento dell’RNA, favorendo la formazione delle strutture funzionali e impedendo la formazione delle strutture non funzionali importanti per la formazione delle due subunita` degli rRNA ione magnesio stabilizza RNA nel processo di ripiegamento
