Transkription

Question 1

Hvad er definitionen af transkription?

Answer 1

RNA syntese danner RNA fra DNA

Question 2

Hvor mange forskellige RNA syntetiseres der?

Answer 2

• rRNA – ribosomalt RNA 80 %
• tRNA – transfer RNA 10 %
• mRNA – messenger RNA 5%
  Alle sammen kommer fra DNA

Question 3

Lokalisering af RNA i eukaryote celler?

Answer 3

transskription i eukaryoter foregår i kernen som kaldes nucelus.

Question 4

Lokalisering af RNA i prokaryote celler?

Answer 4

vigtigt adskillelse fordi hvis man snakker transskription i prokaryoter foregår den i cytosolen

Question 5

Hvad er og hvor kommer de Generelle transkriptionsfaktorer fra?

Answer 5

(faktorer der kommer til at bruges under transskription i alle celler og alle gener)
Alle faktorer der indgår i transskriptionen er proteiner som regulere transskription i alle celler og det skal indgå i alle slags gener.

Question 6

Giv eksempler på generelle transkriptionsfaktorer?

Answer 6

Fx følgende proteiner (der er generelt 3 RNA polymeraser 1, 2 og 3)
* RNA polymerase der laver mRNA hedder RNA polymerase II (generel transkiptionsfaktor skal bruges generelt i alle celler og gener)
Følgende hjælper vores RNA polymerase II
* Transkriptionsfaktor II D
* Transkriptionsfaktor II H

Histonmodificerende histoner ligger også herunder
* Histonmodificerende enzymer – er også proteiner

Question 7

Kromatin?

Answer 7

DNA med protein. Kan være foldet ud eller eller foldet ind

Question 8

eukromatin?

Answer 8

Når kromatin er foldet ud, DNA kan kun aflæses når kromatin er foldet ud

Question 9

Heterokromatin

Answer 9

Kromatin viklet rundt kaldet heterokromatin, DNA kan ikke aflæses

Question 10

Hvad gør enzymer der modificere kromatin?

Answer 10

Det er får kromatin til at gå fra lukket til åben så DNA kan aflæses og transkriptionen kan forkomme.

Question 11

Hvorfor er det vigtigt at DNA er foldet ud?

Answer 11

Så transkription kan forekomme og basesekvenserne kan aflæses

Question 12

Hva kaldes de specifikke proteiner for et enkelt gen?

Answer 12

De er ofte opkaldt efter genet.

Question 13

Hvad vil det sige hvis der i en opgave indgår en transkriptionsfaktor vi aldrig har hørt om?

Answer 13

Så må det være en specifik transkriptionsfaktor til et specifikt gen, fx vil transkriptionsfaktoren for interkeukin II være IL II

Question 14

Hvad er vigtigt at vide om transkriptionsfaktorer?

Answer 14

Nogle TF ejer stimulerende og andre inhibere transkriptionen

Question 15

Hvor starter initiering?

Answer 15

Det starter end at de specifikke transkriptionsfaktorer binder på enhancer sekvenserne, derefter kan de generelle transkriptionsfaktorer (proteiner) bindes på promoteren. Det starter med at det specifikke TF (activator) binder til enhancer sekvensen, hvilket initiere de at de generelle TF skal sættes på promoteren. Hermed starter transskriptionen.

Question 16

Hvordan fungere silencer- DNA sekvensen?

Answer 16

Det vigtigt at til at starte med i initiering, må TF ikke bindes til silencer endnu. Efter at enhancerne er blevet aktiveret kan de generelle transkriptionsfaktorer bindes promoteren og efter et stykke til fjeren det generelle TF fra promoteren via repressor proteiner kom binder til silencer.

Question 17

Hvad er vigtigt for at transkriptionen kan foregår/starte?

Answer 17

Det er vigtigt at aktivator er bundet enhancer men silencer SKAL være tomt.

Question 18

Hvad hed de 3 Transkriptionsfaktorer?

Answer 18

• TF II D
• TF II H (er et protein der har en kinase og helikase funktion)
• RNA-polymerase II

Question 19

Hva for en process starter helt præcist Transkriptionen?

Answer 19

Transskriptionen starter præcist via den proces der hedder at vores TF II H der sætter phosphat på RNA polymerase.

Question 20

Hva sker der når man har fået rekrutteret TF II H?

Answer 20

Når man har fået rekrutteret TF II H binder RNA-polymerasen II til promoteren den har en hale der hedder C-terminal, forkortet til CTD.

Question 21

Hvad er ansvarlig for at syntetisere det modne mRNA?

Answer 21

Phosphorylering af C-terminalen gør at RNA polymerase II løsriver sig, da dt er bundet sammen med mange andre ting eksmp. proteiner ect.

Efter det er har løsrevet sig, begynder det med at kører og det rekrutterer nogle proteiner der hedder RNA processering proteiner (splicening proteiner, 5’capping proteiner, poly A adenylering proteiner)

Question 22

Hvad er kinases funktion?

Answer 22

Det er et enzym eller protein som sætter phosphat på andre, TF II H kan derfor blive kaldt for en kinase.

Question 23

Hvad er det der begynder med at syntetisere det modne mRNA?

Answer 23

Ved at “tænde” RNA-polymerasen II starter det med at læse på genet - basesekvensern - på denne måde syntetiseres der mRNA ud fra DNA, og det der kickstarter det hele er phosphoryleringen af C-terminalen.

Question 24

Hvad vil der ske når phosphat sætter sig på proteiner?

Answer 24

Da phosphat har en negativ ladning, så når den sætter sig på proteiner, vil proteinerne indgår en konformationsændring fordi aminosyrerne enten har en negativ eller positiv ladning

Question 25

Hvad sker der når phosphat sætter sig på RNA polymerase II?

Answer 25

Når phosphat som har en negativ ladning sætter sig på RNA polymerase II så vil det aminosyrer der har en negativ ladning fjerne sig og det aminosyre der har en positiv ladning vil tiltrækkes af phosphaten som leder til en konformationsændring af RNA polymerase II

Question 26

Hvad leder konformationsændring af RNA-polymerase II til?

Answer 26

1. RNA polymerase II starter med at “kører”
2. Den skal derefter løsrive sig fra de andre generelle transkriptionsfaktorer
3. Den rekruttere proteiner der hopper på RNA-polymerase som skal danne det mode mRNA (RNA proccesering proteiner; splicening, capping, 3’ poly A hale, poly adenylering)

Question 27

Terminering, hvad er det?

Answer 27

RNA polymerasen II kommer til et region der hedder terminator, så stoppe transkriptionen

Question 28

Hvad er definitionen af en enhancer?

Answer 28

Det er en DNA-sekvens/DNA-element, og derfor en faktor fordi det binder til et protein. Det protein der binder til enhancer ladles en aktivator, som er en specifik transkriptionsfaktor

Question 29

Hvad er definitionen af en silencer

Answer 29

Det er en DNA-sekvens, en faktor da den binder til et protein. Det protein der binder til silencer, hedder repressor som er en specifik transkriptionsfaktor.

Question 30

Hvad er definition af en promotor?

Answer 30

Det er en DNA-sekvens, en faktor da den binder til et protein. En masse proteiner binder til promoteren, herefter vil genert starte som hedder +1, +1 som betyder at ligepræcis her starter det første nukleotid. Alt det der ligger før +1 er noget der ligge før starten af nukleotiden som ikke har noget at gøre med syntesen af mRNA. De proteiner der binder til promoter kaldes generelle transkriptionsfaktorer.

Question 31

Hvordan er TATA-boks og promoter tilknyttet hinanden?

Answer 31

I promoteren ligger en bestemt sekvens som hedder TATA-boks. TATA er en del af promoteren, en del af DNA sekvens som ligger i promoteren. Det er TATA boksen de generelle transkriptionsfaktorer binder til

Question 32

Faktor

Answer 32

En faktor er når et protein der binder til DNA. Fx skelnes der mellem specifikke og generelle transkriptionsfaktorer. Repressor proteiner vil være en specifik transkriptionsfaktor da det binder specifikt til silencer hvorimod de generelle transkriptionsfaktorer er de proteiner der binder til promoteren.

Question 33

Hvad er hydrogenbindinger?

Answer 33

Her har vi at gøre med 2 DNA-strenge som er bundet sammen via hydrogenbindinger.

Question 34

Hvordan brydes hydrogenbindingerne?

Answer 34

Måden på at nedbryde hydrogenbindinger gøres via helikase som varmes op. Det ikke muligt for os at opvarme til 94 grader også nedbryde igen, det gøres via enzymet helikase som klipper hydrogen bindingerne.

Question 35

Hvordan slutter initiering?

Answer 35

Efter de specifikke transkriptionsfaktorer rekruteret det generelle transkriptionsfaktorer, herunder RNA-polymerase som bliver phosphoryleret som gør at syntesen af mRNA er startet.

Question 36

Hvordan starter Elongering

Answer 36

RNA polymerase II starter
Når vi har fået phosphoryleret RNA polymerase II, gør phosphat molekylet som har sat sig på C-terminalen at RNA polymerasen II løsrives og starter med at køre. Yderligere har phosphatet rekrutteret proteiner som står får RNA processering og som giver 5’ capping og splicening og poly A adenylering

Question 37

Hvordan kan de specifikke transkriptionsfaktorer rekruttere de generelle transkriptionsfaktorer og tillade at transkriptionen sker?

Answer 37

Selvom at de specifikke transkriptionsfaktorer ligge flere nukleotider væk fra de generelle transkriptionsfaktorer tillader DNA loop at de specifikke transkriptionsfaktorer kommer i tæt kontakt med de generelle transkriptionsfaktorer, plus via en lille mediator protein, som skal mediere kontakten mellem de specifikke og generelle transkriptionsfaktorer.

Question 38

Hvor nedbryder helikase hydrogenbindingerne?

Answer 38

Før transkriptionen da vi gerne vil åbne genen før det læses så når det læses kan genet starte så før +1. Helikase nedbryder hydrogenbindinger mellem T og A da der er færre hydrogenbindinger her, kun 2, hvor i mod ved C og G er der 3 hydrogenbindinger i mellem.

Question 39

Hvad er altafgørende for polymeraser?

Answer 39

Alle porymeraser selvom det er RNA eller DNA- polymerase, læser fra 3 til 5 mærke. Dermed danner de et nyt DNA eller RNA fra 5’ til 3’, da det er komplementært skal det læses omvendt. Efter det får vi det umodne mRNA, som er det der kommer ener fra RNA-polymerasen.

Question 40

Hvorfor hedder det umodent mRNA?

Answer 40

Fordi det indeholder exons og introns

Question 41

Hvad er exons og introns?

Answer 41

Exons er det der koder for noget og introns er det der ikke koder for noget. Man starter altid med exons og slutter altid af med introns, der vil derfor altid være 1 antal exons mere end introns.

Question 42

Hvilken vej læses Template?

Answer 42

Template læses fra 3’ til 5’

Question 43

Hvorfor hedder genet mRNA-ligende streng?

Answer 43

Når man læser templatestrengen får man noget der ligner DNA som starter fra 1+.

Question 44

Hvorfor hedder det ikke mRNA identisk streng?

Answer 44

Fordi at DNA starter med nukleotiderne ACGT, hvor den slutter med thymidin DNA har altid thymidine. Det umodne mRNA streng/template starter med ACGU, altså hvor det slutter med uracil. Alle salgs RNA’er indeholder uracil.

Question 45

Hvad går jeg ud fa hvis opgaven stiller et spørgsmål om 1 DNA streng?

Answer 45

Jeg går ud fra det er den kodende streng, mRNA legenden streng. Og hvis spørgsmålet lyder således at vi skal fremvise tilsvarende mRNA udskifter vi T thymidine med U uracil. Hvis der også er en TATA boks ved vi yderligere at det er den kodende streng

Question 46

Hvorfor er processering nødvendig?

Answer 46

For at gå fra et umodent mRNA til modent mRNA, og for at markere at det er mRNA og ikke fx tRNA. Også for at gøre det klart til at komme ud i cytosolen da der sker meget så det skal kunne overleve indtil ribosomet genkender det.

Question 47

Hvad består 5’cap af?

Answer 47

G, som står for guanosin, med en methylgruppe giver appen.

Question 48

Hvad er det der kickstarter processering?

Answer 48

Når RNA polymerase II phosphoryleres sætter phophor sig på C terminalen hvor nogle specifikke proteiner binder og det og det initiere processering. Når mRNA starter læser den fra 5’ til 3’ men den danner mRNA laver den cap og fjerne introns og sætter en masse A på ved vejs ende.

Question 49

Hvor mange RNA kan man få fra et enkelt transkriptionsenhed?

Answer 49

Jeg kan få forskellige kombinationer af exons, hvor det skal starte med E1 og slutte med E4 som koder for forskellige proteiner.

Question 50

Hvordan foregår terminator?

Answer 50

Når RNA-polymerase når til terminator sekvensen på DNA så stopper transkriptionen og RNA processering.