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Virology > Transcription, RNA-Processing > Flashcards

Transcription, RNA-Processing Flashcards

1
Q

Was ist Transkription?

A

dsDNA-> mRNA

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2
Q

Was muss zwischen dem Eintritt in den Nukleus und der Transkription oft passieren?

A

„Reparatur“ des Viralen Genoms zu dsDNA

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3
Q

Welche Polymerasen der Zelle werden bei der Transkription genutzt?

A

RNA Polymerase II und III

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4
Q

Was macht DNA Viren welche im Cytoplasma Replizieren aus?

A

Codieren gesamte nötige Proteine (z.B. Polymerase) für Transkription und Replikation

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5
Q

Zwei Beispiele für DNA Viren welche im Cytoplasma replizieren

A

Riesenviren, Poxviren

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6
Q

Beschreibe die 5’-Cap-Struktur

A

5‘ zu 5‘ Verbindung mit drei Phosphatgruppen dazwischen
dann Ribose
dann modifizierte Guanin-Base (methyliert an C7)

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7
Q

Wann geschieht das Capping?

A

Nach ca. 20-30 Basen Co-transriptional

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8
Q

Wann geschieht die Polyadenylierung des 3‘-Endes?

A

Direkt der Transkription der mRNA

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9
Q

Wie wird Polyadenyliert? (DNA-Viren)

A

Ein hinterer Teil der mRNA wird durch einen Proteinkomplex abgeschnitten

Unter ATP verbrauch wird der Proteinkomplex abseits der RNA-Polymerase entfernt welche die „slow adenylation“ durchführt

nach einigen Basen beginnt dann unter ATP verbrauch die „Rapid Polyadenylation“

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10
Q

Welche Abschnitte des Genoms gehören zur Transcriptional control unit?

A
  1. Distant regulatory Sequences (Enhancer, Silencer)
  2. Promoter
    • Local regulatory sequences
    • Core promoter
      • TATA Sequenz/Box
      • Initiator Sequenz
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11
Q

Wie regulieren “Distant regulatory sequences” die Genexpression?

A

Zwar weit weg codiert, DNA windet sich aber bildet bsps. Schleife

  • > befindet sich in räumlicher Nähe zum Core Promoter
    • > Darauf Proteinkomplexe welche bspw. mit Polymerase interagieren
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12
Q

Beschreibe kurz den allgemeinen Ablauf der Transkription bei Viren

A

Viele Proteine (auch Polymerase) bilden geschlossenen Makromolekularen Proteinkomplex
geöffnet durch ATP-> ADP+Pi
fällt anfangs immer wieder ab, da de novo
-> bildet “abortive Transcripts”
nach ca. 20-30 Basen fällt nicht mehr ab, transkripiert durch

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13
Q

Welche Domäne beinhaltet eine typische AS-Sequenz eines DNA-Bindeproteins?

A

Von Amino-Ende zu Carboxyl-Ende:
DNA-Bindung/Dimer-Formation/NLS/Aktivierung(Funktion)

NLS ist Nuclear localization signal -> muss in Nukleus kommen

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14
Q

Erkläre die beiden typischen Regulationsmechanismen der Transkription bei Viren

A

Kaskadenregulation: Die Synthese eines viralen Proteins ermöglicht die Expression eines anderen Gens

Autoregulatorische Loops: Die Expression eines Gens amplifiziert oder hemmt dieses selbst

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15
Q

Erkläre die Funktion des LT-Proteins beim SV40 Infektionsablauf

A
  1. early Phase wobei das LT-Antigen entsteht

Dieses Gen ist negativ autoregulatorisch

  1. startet die Genomreplikation
    - > Da Late-Gene nicht mehr durch ibp gehemmt: Late Phase startet (Capsid)
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16
Q

Welche Funktion hat das Einteilen der Proteinsynthese in verschiedene Phasen?

A

Proteine werden zu passendem Zeitpunkt gemacht

-> Zeit und Ressourceneffizient

17
Q

Erklären die Phasen der Adenovirusinfektion (bezogen auf Transkription)

A

IE (immerdiate early): E1A Protein wird Synthetisiert

Rb an E2f gebunden -> keine Transkription möglich

E1A bindet Rb, löst es ab ->Transkription

Early Phase: Synthese von E2 + mehr Proteinen
starten Genomreplikation (ibp mechanismus)
Late: Capsid Proteine, auch IVa2 -> positiver autoregulatorischer Loop
18
Q

Welche Besonderheit haben Herpesviren in Bezug auf die Phasen der Transkription?

A

VP16 (Protein in Capsid) wird bei Entry freigesetzt, gelangt dank NLS (AS-Sequenz) in Nukleus -> ermöglicht IE-Phase

19
Q

Erkläre die Funktion von Rb

A

Bindet an DNA-Bindeproteine -> rekrutiert Histone-deacetylase

DNA wird Chromatinisiert -> Hemmt Replikation+Transkription

20
Q

Erkläre die vier großen Splicing-Formen

A

Constitutive Splicing: Introns werden entfernt
Exon Skipping: Exon zwischen Introns wird auch entfernt
Alternative 3‘ und Alternative 5‘ Splicing

21
Q

Wozu dient Splicing?

A

Proteine welche Teils dieselben AS-Sequenzen haben, können von einem Abschnitt auf dem Genom codiert werden, indem durch Splicing noch etwas dazukommt/weggenommen wird
Weitere Regulationsmöglichkeiten

22
Q

Wie gelangt mRNA aus dem Nukleus?

A

Die durch das Splicing assoziierten Proteine ermöglichen dies

23
Q

Welche beiden Möglichkeiten haben Viren um das Genom aus dem Nukleus zu schleusen?

A

Porenassoziierte Proteine binden an CTE Sequenz des Genoms

Durch Viren codierte Proteine binden an Genom und ermöglichen dies

24
Q

Erkläre RNA-Editing bei -RNA Genomen

A

Das Genom wird zu +mRNA (small delta antigen) und vollständige +RNA transkripiert
Aus der +RNA kann wieder vollständige -RNA gemacht werden (Replikation) oder es wird eine Base verändert, wodurch bei der Transkription dieser veränderten +mRNA eine modifizierte -RNA entsteht. Diese dient einer +mRNA als Matrix bei welcher ein Stoppcodon zu einer anderen AS verändert wurde.
Das entstehende Large delta antigen hemmt nun die RNA deaminase vom editieren der mRNA -> Das Genom wird repliziert

Die Produktion von Large delta Antigen wird damit reguliert, welches indem es die Replikation ermöglicht, dann die Late-Phase aktiviert

25
Q

Nenne fünf noncoding-RNA

A

rRNA, tRNA, miRNA, circRNA, lncRNA

26
Q

Erkläre die Synthese von miRNA

A
  1. pri-miRNA (längere mRNA Sequenz) wird von Proteinen zu pre-miRNA geschnitten
  2. Diese wird aus dem Nucleus exportiert, von Dicer geschnitten, wodurch aus der an sich selbst hybridisierten ssRNA eine dsRNA wird
  3. Die beiden Stränge werden getrennt und einer der beiden (die miRNA) mit GW182 assoziiert
27
Q

Welchen Nutzen hat miRNA in der Zelle?

A

Nach der Assoziation mit einem Proteinkomplex, kann es an mRNA Sequenzen binden um sie zu unterdrücken, oder zu schneiden

28
Q

Warum infiziert Hepatitic c nur Leberzellen?

A

Da nur dort die miR-122 vorhanden ist

Zwei davon binden das Genom und schützen es vor Degradierung

29
Q

Inwiefern dienen miRNAs Polyomaviren?

A

pre-miRNA aus late-mRNA

  • > 2 verschiedene miRNA
  • > binden Sequenz in early mRNA
  • > hemmen Produktion von LT
30
Q

Was ist lncRNA

A

Lange, nicht kodierende RNA

31
Q

Wozu können lncRNAs Viren dienen?

A

Veränderung des Metabolismus der Zelle
Immunantwort unterdrücken
Regulieren
etc

32
Q

Wie werden circRNAs hergestellt?

A

Backsplicing

33
Q

Wozu dienen circRNAs möglicherweise?

A

Zum lagern von miRNA oder RNA Bindeprotein

34
Q

Was ist die „Reversible N6 methylation von inneren Adenosin Nukleotiden?

A

Immunantwort!
N6A Writer, Reader, Eraser beeinflussen methylierung von Adenosin zu N6-Methyladenosin

Kann nicht als Genom verpackt werden

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