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mol final > Transcription de l'ADN > Flashcards

Transcription de l'ADN Flashcards

1
Q

En quoi est exprimer le matériel génétique

A

en ARNs et en protéine

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Q

Que permet l’expression du matériel génétique en ARNs et en protéine?

A

permet d’effectuer: -les fonctions cellulaires et de définir: -l’identité cellulaire

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3
Q

vrai ou faux la transcription est comme la réplication

A

faux, elle lui ressemble mais il y a des différences notables

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4
Q

vrai ou faux l’ARN polymérase catalyse la synthèse de l’ARN et nécessite une amorce

A

faux, contrairement à la réplication (ADN polymérase) l’ARN polymérase n’a pas besoin d’amorce

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5
Q

vrai ou faux l’ARN synthétiser ne demeure pas associé à la matrice d’ADN

A

vrai, à l’exception de localement lors de la transcription l’ADN du brin matrice est associé à l’ARN nouvellement synthétisé

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6
Q

vrai ou faux plusieurs ARN polymérase peuvent transcrire l’ADN en même temps

A

vrai, contrairement à la réplication

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7
Q

vrai ou faux la réplication est plus fidèle que la transcription

A

vrai, transcription = 1 erreur/1000 nucléotides

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8
Q

vrai ou faux toutes les régions du génome sont transcrites (les gènes)

A

faux, car à des moments différents de la vie il se passe des choses différentes (ex: poil à la puberté)

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9
Q

vrai ou faux la transcription est régulé

A

vrai, car à des moments différents de la vie il se passe des choses différentes (ex: poil à la puberté)

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10
Q

vrai ou faux il y a dissociation complète des brins d’ADN lors d cela transcription pour permettre la synthèse de l’ARN

A

faux, dissociation local des brins d’ADN

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11
Q

vrai ou faux l’ADN polymérase transcrit l’ADN

A

faux, l’ARN polymérase

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12
Q

Combien d’ARN polymérase chez les procaryotes?

A

1 seule

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13
Q

Combien d’ARN polymérase chez les eucaryotes?

A

3

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14
Q

Combien de sous-unités de l’ARN polymérase chez les procaryotes? nommez les

A

4 sous-unités beta prime, beta, alpha 1 et alpha 2, omega alpha 1 et alpha 2 sont 2 copies de la même sous-unité

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15
Q

Combien de sous-unités principales de l’ARN polymérase 2 chez les eucaryote? nommez les

A

4 sous-unités (+7 autres) RPB1, RPB2, RPB3 et RPB11, RPB6 RPB3 et RPB11 sont 2 copies de la même sous-unité

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16
Q

Quelle est la particularité entre l’ARN polymérase 2 chez les eucaryotes et l’ARN polymérase chez les procaryotes

A

elles ont des sous-unités homologues: Pro: Euc: beta prime RPB1 beta RPB2 alpha 1 et alpha 2 RPB3 et RPB11 omega RPB6

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17
Q

Dans quel organisme on retrouve pol 1 et quel est son rôle?

A

eucaryote - transcription des gènes de l’ARNr 45s (ARNr lourd)

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18
Q

Dans quel organisme on retrouve pol 2 et quel est son rôle?

A

eucaryote - transcription des gènes codant les protéines

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19
Q

Dans quel organisme on retrouve pol 3 et quel est son rôle?

A

eucaryote - transcription des gènes d’ARNt et d’ARNr 5s

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20
Q

Quels ARN polymérase on retrouve chez les plantes et quel est leur rôle?

A
  • ARN pol 4 et 5 -transcription d’ARN interférants (identifiés dans les dernières années)
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21
Q

Que permettent les différentes sous-unités de la polymérase 2 chez eucaryote

A

la reconnaissance de différents promoteurs

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22
Q

vrai ou faux la forme et l’organisation générales des ARN polymérase eucaryote et procaryote sont similaires

A

vrai, pince de crabe

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23
Q

vrai ou faux les sous-unités des ARN polymérase eucaryote et procaryote sont identique

A

faux, homologues

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24
Q

vrai ou faux il y a une similarité au niveau du centre catalytique des ARN polymérase eucaryote et procaryote

A

vrai

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25
Q

Quel est la similarité au niveau du centre catalytique des ARN polymérase eucaryote et procaryote

A

joue le même rôle avec les mêmes acteurs (ADN, rNTPs, ARN)

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26
Q

Où est-ce qu’il y a moins de similarité entre les ARN polymérase eucaryote et procaryote avec exemple

A

en périphérie interactions avec des protéines qui diffère dans ces types de cellules procarotye ( ARN polymérase de la levure Saccharomyces cerevisia et la bactérie thermes aquaticus)

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27
Q

Quel particularité on retrouve au centre catalytique des ARN polymérase eucaryote et procaryote

A

ion métallique fixe

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28
Q

Combien d’ions métalliques au niveau des ARN polymérase eucaryote et procaryote? Nommez en un. Particularité?

A

2 ions métallique mg++ Le 2e ion métallique n’est pas fixe, il est apporté avec chaque nouveau nucléotide.

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29
Q

vrai ou faux 2 ions catalyse la réaction au niveau du site actif atalytique des ARN polymérase eucaryote et procaryote

A

vrai (même si un n’est pas fixe il est tout de même apporté)

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30
Q

Nommez les 3 grandes étapes de la transcription

A

1- initiation 2-élongation 3-terminaison

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31
Q

Qu’est-ce qu’un promoteur?

A

une séquence où l’ARN polymérase et ses facteurs de transcription se lient DANS UNE ORIENTATION SPÉCIFIQUE

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32
Q

Que signifie complexe fermé?

A

brin d’ADN pas séparé

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33
Q

Quel est l’étape réversible de la transcription?

A

le complexe fermé (car pas encore séparé les brins d’ADN localement pour formé la bulle de transcription et donc la fusion)

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34
Q

Que signifie l’étape de fusion dans la transcription?

A

le complexe ouvert, donc la formation de la bulle de transcription où les brins d’ADN sont ouverts

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35
Q

vrai ou feux le creux de la pince de l’ARN polymérase fait face au sens dans laquelle elle va

A

vrai

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36
Q

Quel est le site de liaison de l’ARN polymérase, où est-il situé?

A

le promoteur sur le brin matrice de l’ADN

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37
Q

Quel est le sens de la transcription?

A

5’ vers 3’

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38
Q

Quand est-ce qu’on commence la phase d’élongation et pourquoi?

A

après avoir synthétiser 10 bases (ribonucléotides) car avant 10la transcription est peu efficace

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39
Q

Nommez les 5 caractéristiques clés de l’élongation

A

-séparation des brins de l’ADN devant elle -synthèse de l’ARN -détachement de l’ARN de la matrice d’ADN -réassocie les brins d’ADN en arrière -corrige ses erreurs potentielles

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40
Q

vrai ou faux lors de l’élongation de l’ARN, l’ARN polymérase réassocie les brins d’ADN en avant

A

faux en arrière

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41
Q

vrai ou faux l’ARN polymérase n’a pas besoin d’amorce

A

vrai

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42
Q

Décrire les grandes étapes de la transcription en détail

A

1- initiation -L’ARN polymérase et ses facteurs de transcription reconnaissent le promoteur et s’y lie dans une orientation définie (formation du complexe fermé) -Formation d’une bulle de transcription (brins d’ADN séparé sur une distance d’environ 13 pb autour du site d’initiation) = fusion (séparation des brins) -Transcription initiale du 5’ au 3’ peu efficace de 10pb à partir d’un seul brin d’ADN (brin matrice) 2-Élongation (après avoir synthétiser 10pb, l’ARN poly se détache du promoteur et passe à l’élongation) -séparation des brins de l’ADN devant elle -synthèse de l’ARN -détachement de l’ARN de la matrice d’ADN -réassocie les brins d’ADN en arrière -corrige ses erreurs potentielles 3-Terminaison (par des séquences qui provoquent la terminaison) -arrêt de la synthèse -libération de l’ARN produit -libération de l’ARN poly

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43
Q

Quel est l’enzyme ARN polymérase minimale pouvant initier la transcription à n’importe quel endroit?

A

L’ARN polymérase (alpha2, beta, beta prime, omega) **lorsque l’on dit alpha 2 on inclus ses 2 sous-unités

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44
Q

Quel est l’enzyme ARN polymérase des procaryotes? Quel est la différence avec l’ARN poly générale (alpha2, beta, beta prime, omega) pouvant initier la transcription n’importe où

A

elle a un facteur d’initiation sigma

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45
Q

Dans quels régions est retrouvé le facteur d’initiation dans l’ARN poly?

A

région 2,3,4

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46
Q

Que permet le facteur d’initiation sigma sur l’ARN poly des procaryote?

A

sigma converti l’ARN poly minimale (alpha2, beta, beta prime, omega) dans la forme qui initie la transcription seulement au promoteurs

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47
Q

Quel est le sigma représenté sur l’holoenzyme d’ARN poly de Thermus aquaticus

A

sigma 70

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48
Q

Quel est le sigma prédominant de l’ARN poly chez E coli

A

sigma 70

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49
Q

Pourquoi disons nous holoenzyme ARN poly?

A

car il y a aussi un facteur sigma li au coeur de l’ARN poly

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50
Q

Qu’est-ce qu’une séquence consensus?

A

la séquence en nucléotides des éléments des promoteurs la plus fréquente (favorisé) même s’il y en a plusieurs possible

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51
Q

Vrai ou faux les éléments sont toujours les mêmes sur les promoteurs bactériens

A

faux, 4 différents types de promoteurs avec des éléments différents (placer différemment ou différent) et aussi la capacité de combiner des promoteurs

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52
Q

vrai ou faux les séquences consensus sont pas nécessairement pareil chez les procaryotes

A

vrai

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53
Q

vrai ou faux il y a différentes combinaison d’éléments possible des promoteurs bactériens

A

vrai

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54
Q

Décrire les promoteurs reconnus par les ARN pol contenant sigma 70

A

Ont 2 séquences conservés d’environ 6 nucléotides distancées de 17-19pb, les 2séquences sont centrés à environ -35pb et -10pb (sont alors nommé de cette façon)

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55
Q

Qu’est-ce qui peut faire qu’un promoteur est plus fort?

A

sa séquence se rapproche davantage des séquences consensus (donc plus fort)

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56
Q

Par quoi est influencé la force des promoteurs qui se rapproche des séquences consensus?

A

La force est influencé par l’efficacité: - de la liaison de l’ARN pol - de son isomérisation - de son détachement du promoteur

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57
Q

vrai ou faux si l’ARN pol a une difficulté à se détacher du promoteur cela accélère la vitesse de la transcription

A

faux, ralenti la vitesse

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58
Q

vrai ou faux plus un promoteur est fort plus son rythme d’initiation de la transcription est élevé

A

vrai

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59
Q

vrai au faux les promoteurs sont toujours en amont du site de départ de la transcription

A

vrai (connu comme +1)

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60
Q

Qu’est-ce qu’un UP élément (upstream élément), qu’est-ce que sa permet?

A

-une séquence additionnelle retrouvé dans certains promoteurs forts -fourni un site de liaison de plus à l’ARN pol (+ de siten(éléments) + de stabilité)

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61
Q

Qu’est-ce qu’un extension au niveau des promoteurs procaryotes?

A

en amont de l’élément -10, c’est une séquence supplémentaire qui remplace l’élément -35

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62
Q

Qu’est-ce qu’un discriminateur au niveau des promoteurs procaryotes? influence quoi?

A

retrouvé en aval de la région -10 la force entre l’ARN pol et le discriminateur influence la stabilité du complexe promoteur/ARN pol

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63
Q

Nommer les 4 exemples majeurs de promoteurs bactériens en détail chez procaryote

A

a. plus commun que reconnait sigma 70 -35 -10 - les 2 éléments de 6pb sont séparés de 17 à 19pb b. gènes ARNr UP-element -35 -10 c. gènes gal RIEN extension -10 d. -35 -10 discriminator

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64
Q

Quel est la moyenne d’espace entre l’élément -35 et -10? chez procaryote

A

15-19 nucléotides souvent: 17 nucléotides

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65
Q

Que signifie le fait qu’il y a des séquences consensus? chez procaryote

A

signifie qu’il y a des séquences préférentielles malgré que pleins de séquences peuvent être retrouvé

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66
Q

Quel est la séquence consensus préférentielle de l’élément -35? reconnu par?chez procaryote

A

TTGACA sigma 70

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67
Q

Quel est la séquence consensus préférentielle de l’élément -10? reconnu par? chez procaryote

A

TATAAT sigma 70

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68
Q

Est-ce qu’il y a une séquence consensus pour les 15-19 nucléotides entre les éléments -35 et -10? Si oui, c’est quoi? chez procaryote

A

non pas de préférence (car oui il y a quand même des nucléotides puisque c’est de l’ADN mais pas de préférentielle)

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69
Q

qu’influence les séquences consensus des éléments des promoteurs? chez procaryote

A

l’affinité

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70
Q

vrai ou faux les séquences d’ADN des sites de liaison d’une protéine ne sont pas toujours exactement identiques chez procaryote

A

vrai

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71
Q

vrai ou faux une séquence consensus est une version de la séquence ayant à chacune des positions le nucléotide le plus communément retrouvés chez procaryote

A

vrai

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72
Q

Que contrôle la liaison de la polymérase au promoteur? chez procaryote

A

le facteur sigma

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73
Q

le facteur sigma 70 peut être divisé en combien de régions?chez procaryote

A

4 régions sigma nommés région 1 à 4 (sigma1 à sigma4)

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74
Q

Quels régions de sigma reconnaissent quels éléments du promoteur?chez procaryote

A

sigma (région) 2 (2.4,2.3) = -10 sigma (région)4 (4.2)= -35

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75
Q

Quel région de sigma reconnait l’extension à -10 sur le promoteur de l’ADN? chez procaryote

A

une hélice alpha de la région 3.0 de sigma qui s’associe spécifiquement aux 2 pb de cet élément

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76
Q

Quel région de sigma reconnait le discriminator à -10 sur le promoteur de l’ADN? chez procaryote

A

région 1.2 de 1

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77
Q

Nommer les sous-sections des régions 1 à 4 de sigma de l’ARNpol chez procaryote

A

1: 1.1 1.2 2: 2.1 2.2 2.3 2.4 3: 3.0 3.1 3.2 4: 4.1 4.2

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78
Q

Quel région de sigma fait la fusion avec l’ADN, permet quoi? chez procaryote

A

région 2.3 de 2 une hélice alpha contenant plusieurs a.a aromatiques essentiels interagissent avec le brin sens ce qui stabilise la séparation des brins de l’ADN à cet endroit 2 bases du brin sens subissent un pivotement et sont inséré dans des cavités de la protéine sigma (favorisant le fusion de l’ADN)

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79
Q

De quoi est majoritairement composé les sous régions des régions de sigma?chez procaryote

A

hélice alpha

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80
Q

Nommez toutes les sous régions des régions du facteur d’initiation sigma de l’ARN poly du N au C chez procaryote

A

1.1 1.2 2.1 2.2 2.3 2.4 3.0 3.1 3.2 4.1 4.2

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81
Q

vrai ou faux le C du facteur d’initiation sigma fait face au côté de l’élément -35 de l’ADN chez procaryote

A

vrai

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82
Q

vrai ou faux c’est le brin antisens qui fusionne par pivotement dans des cavité de sigma chez les procaryote

A

faux brin sens

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83
Q

Décrire la composition de la région 4 de sigma chez procaryote

A

4.1 4.2 Motif hélice coude hélice: - 1 hélice alpha s’insère dans le grand sillon et interagit avec les bases de l’élément - 1 hélice alpha se place en travers, au dessus du sillon, et interagit avec le squelette de l’ADN

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84
Q

Quels sous unités recrutent les enzymes du coeur de l’ARN polymérase? chez procaryote

A

alpha et sigma

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85
Q

Combien de domaines de la sous-unités de l’enzyme de coeur alpha, situé où? chez procaryote

A

2= alpha NTD et alpha CTD NTD avec sigma CTD la queue

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86
Q

Comment sont reliés alpha NTD et alpha CTD chez procaryote

A

par un pont flexible

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87
Q

Par quoi est reconnu l’élément UP lorsque présent? chez procaryote

A

par une région (sous-unité) alpha par l’entremise de son domaine alpha CTD

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88
Q

UP se retrouve entre quel nucléotides chez procaryote

A

-59 à -38

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89
Q

Quel est la distance entre sigma 2 et sigma 4 dans l’holoenzyme ARNpoly chez procaryote? correspond à quoi?

A

7,5nm ce qui est a peu près la même distance qu’entre les éléments -10 et -35 d’un promoteur sigma 70 typique sigma 4 (4.2) 7,5nm sigma2 (2.4,2.3) -35 17 nucléotides -10

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90
Q

L’alpha CTD se lie préférentiellement à quel nucléotide sur l’élément UP?

A

A

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91
Q

Visualiser l’ARN poly avec le promoteur de l’ADN

A
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92
Q

Quelle région fusionne et grâce à quelle partie de sigma?

A

les éléments -10 et par la région 2 de sigma

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93
Q

Combien de cavités un niveau de sigma 2, leur/son rôle?

A

2 pour déstabiliser l’ADN au niveau de -10

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94
Q

Qu’est-ce que l’isomérisation?

A

la transition du complexe de la forme fermée à la forme ouverte en séparant les brins de l’ADN entre les positions -11 et +2

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95
Q

La séparation des brins lors de l’isomérisation se fait entre quels positions

A

-11 et +2

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96
Q

Par quoi est engendré l’isomérisation

A

le changement conformationnel de l’enzyme

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97
Q

Quels bases subissent un pivotement et où sont-elles insérés?

A

bases A-11 et T-7 et s’insérent dans des cavités de l région 2 de sigma

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98
Q

vrai ou faux l’isomération est l’étape irréebersible une fois effectué

A

vrai

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99
Q

Que signifie que l’isomérisation est une étape irréversible?

A

une fois effectué la transcription sera assurément initié

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100
Q

Vrai ou faux l’isomérisation mène à la bulle de transcription

A

vrai

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101
Q

vrai ou faux le pivotement des bases stabilise le duplexe d’ADN et engendre donc la séparation local des brins

A

faux, déstabilise

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102
Q

Combien de canaux le complexe d’ARN polymérase présente?

A

5 canaux

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103
Q

Nommer les 5 canaux d’entrée/sortie de l’ARN poly et leurs rôles

A
  • canal d’entrée de l’ADN en aval dans le centre catalytique (sit actif) sous forme de db
  • canal d’entrée des NTP vers le site actif
  • canal de sortie de l’ARN (permettant la croissance du brin d’ARN)
  • canal NT (non template = brin sens), sortie du centre actif du brin sens de l’ADN
  • canal T (template = brin anti sens) sortie du centre actif du brin matrice de l’ADN
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104
Q

Que permet le fait qu’il y a deux canaux de sortie pour chacun des brins d’ADN?

A

les garde séparer

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105
Q

Quels sont les 2 étapes qui se produisent lors de l’isomérisation du complexe fermé à sa forme ouverte?

A

1-les machoires se referment sur l’ADN

2-déplacement de la région sigma 1.1

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106
Q

L’entrée de l’ADN double brin se fait où dans l’ARN poly?

A

entre les machoires

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107
Q

vrai ou faux dans l’ARN poly la double hélice (ADN en amont) se reforme en avant de l’enzyme la position -11

A

faux, en arrière

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108
Q

Lorsqu’il n’y a pas d’ADN quelle région imite l’ADN dans l’ARN poly?

A

la région sigma 1.1 (bloque l’entrée du complexe actif)

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109
Q

Comment est la région sigma 1.1 de l’ARN poly?

A

fortement chargé négativement, tout comme l’ADN car l’espace du centre actif est fortement chargé positivement

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110
Q

Vrai ou faux l’espace du centre actif est fortement chargé positivement dans l’ARN poly

A

vrai

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111
Q

Que se passe-t-il avec sigma 1.1 lorsqu’il y a de l’ADN

A

il laisse sa place

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112
Q

Nommer les 3 modèles de translocation de l’enzyme pendant ces cycles de transcription avortés, chez les procaryotes

A
  • Excursions transitoires
  • Mouvement de la chenille arpenteuse
  • Compression
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113
Q

Vrai ou faux, chez les procaryotes, l’ARN poly peut initer la synthèse d’une nouvelle molécule d’ARN sur un ADN matrice avec amorce

A

faux, sans amorce

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114
Q

L’enzyme produit et relâche un transcrit d’ARN de combien de nucléotides avant de se libérer du promoteur chez les procaryotes? Quel est le nom de cette synthèse?

A

10 nucléotides

synthèse abortive

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115
Q

Décrire le modèle de l’initiation de la transcripition chez les procaryotes: excursion transitoire

A

L’ARN polymérase fait des mouvement de va et viens pour faire la bulle de transcription

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116
Q

Décrire le modèle de l’initiation de la transcripition chez les procaryotes: mouvement de la chenille arpenteuse

A

Suppose l’existence d’un élément flexible de la polymérase (donc une partie qui reste sur le promoteur et l’autre qui avance) retenu par un genre de “ressort”

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117
Q

Décrire le modèle de l’initiation de la transcripition chez les procaryotes: compression

A

Le modèle généralement accepté,

L’ARN pol demeure stationnaire

L’ADN en aval serait tiré et replié à l’intérieur de l’enzyme (tire ADN vers le site actif, la tension mène à la séparation des 2 brins (permet la lecture du brin matrice et la synthèse du transcrit)

118
Q

La libération du promoteur par l’ARN poly implique quoi?

A

implique le bris des:

  • interactions entre la polymérase et le promoteur
  • interactions entre le noyau de la polymérase et sigma
119
Q

vrai ou faux la libération du promoteur par l’ARN polymérase laisse derrière le facteur sigma

A

vrai

120
Q

Lors de la libération du promoteur l’empilement de l’ADN dans l’enzyme est inversé ce qui cause une réduction de la taille de transcription, quelle est cette réduction? Que permet-elle?

A

réduction de la taille de la bulle de transcription de 22-24 nucléotides à 12-14 nucléotides

fournit de l’énergie nécessaire à la séparation de la polymérase-promoteur et noyau de l’enzyme-facteur sigma

121
Q

Qu’est-ce que nécessite la libération du promoteur de l’ARN polymérase minimalement chez les procaryotes

A

Le transcrit d’au moins 10 nucléotides

122
Q

Pourquoi la libération du promoteur par l’ARN poly nécessite l’éjection de la région du linker 3/4 du canal de sortie de l’ARN?

A

car sa fragilise l’association entre sigma et le complexe d’élongation (le complexe d’association se dissocie alors des autres membres du complexe ouvert)

123
Q

Combien de sous-unité à l’ARN polymérase du bactériophage T7?

A

1 seule sous-unité

124
Q

Environ combien de kb est l’ARN poly du bactériophage T7?

A

100kb

125
Q

À quoi ressemble l’ARN poly du bactériophage T7

A

à une ADN poly en forme de main droite (avec paume, pouce et doigt) plus que uen ARN poly procaryote

126
Q

À quoi ressemble les ARN poly des mitochondries et chloroplastes

A

ARN poly du bactériophage T7 (qui ressemble plus à une ADN poly (paume, pouce,doigt))

127
Q

Vrai ou faux l’ARN poly du bactériophage T7 effectue les mêmes réactions que les ARN poly plus complexes

A

vrai même si elle a seulement une sous unité

128
Q

vrai ou faux l’ARN poly du bactériophage T7 possède un facteur sigma

A

faux

129
Q

Qu’est-ce qui remplace le facteur sigma dans l’ARN poly du bactériophage T7 pour quelle puisse effectuer les même réactions qu’une ARN poly plus complexe?

A

elle subit un changement de conformation qui médie la transition du complexe d’initiation au complexe d’élongation (permet l’ouverture du canal de sortie de l’ARN)

130
Q

vrai ou faux lors de l’étape de l’élongation chez les procaryote on est détaché du promoteur

A

vrai

131
Q

Vrai ou faux lors de l’élongation chez les procaryotes il y a un facteur sigma

A

faux, il n’y a plus de facteur sigma

132
Q

Quelle protéine se joint à la polymérase à la phase d’élongation pour favoriser l’élongation et la terminaison chez les procaryotes? vs eucaryote?

A

procaryote: NusG
eucaryote: STP5

(ils sont homologues)

133
Q

L’ARN polymérase lors de l’élongatione chez les procaryotes est processive ou distributive? peut-elle effectuer des correction?

A

processive et oui

134
Q

Combien de nucléotides à la fois l’ARN poly avance lors de l’élongation chez les procaryotes

A

1 pb à la fois pour chaque nucléotide ajouté

135
Q

vrai ou faux lors de la phase de l’élongation la taille de la bulle de transcription augmente chez les procaryotes, pourquoi?

A

faux, la bulle de transcription reste constante

car lorsqu’‘une paire de base est dissocié en avant de l’enzyme une base est formé en arrière de celle-ci

136
Q

2 types de correction sur épreuve sont effectués par l’ARN pol nommez les et décrivez les

A

-Correction pyrophospolytique

retrait d’un ribonucléotide incorrect par incorporation de PPi (car quand on met on perd des PPi alors la pour en retirer on redonne PPi)

-Correction hydrolytique

L’ARN poly recule d’un ou plusieurs nucléotides et clive l’ARN enlevant la séquence qui contient l’erreur (cette correction est stimulé par le facteur Gre qui agit aussi comme facteur stimulant l’élongation)

137
Q

Que permet le facteur Gre (2)?

A
  • la correction hydrolytique
  • stimulation de l’élongation
138
Q

vrai ou faux, seulement 8-9 nucléotides de l’ARN en croissance demeure associés à la matrice d’ADN en tout temps alors que le reste est détaché de l’ADN et dirigé à l’extérieur de l’enzyme

A

vrai

139
Q

vrai ou faux, l’ARN polymérase peut être bloqué et doit alors être retiré de la matrice

A

vrai

140
Q

Quel est une cause courante d’arrêt de la transcription par l’ARN poly

A

un dommage dans un brin d’ADN

141
Q

Quels conséquences peuvent avoir l’arrêt de la trancription d’un brin de l’ADN

A
  • peut être catastrophique si le produit de la transcription de ce gène est essentiel
  • la polymérase pourrait causer un embouteillage pour les autres polymérases qui tentent de transcrire le même gène
142
Q

Comment est-ce possible de retirer la polymérase bloquée lors de la transcription de l’ADN et de réparer le brin d’ADN chez les procaryote?

A

TRCF (transcription-repare coupling factor) enlève la polymérase et recrute des enzymes de réparation de l’ADN (Uvr(A),BCD)

TRCF a une activité ATPase et s’associe à l’ADNdb en amont de la ploymérase bloqué et se déplace sur l’ADN jusqu’a ce qu’elle percute l’ARN poly bloqué

donc l’ARN poly continue sa route (trancription) ou se dissocie de l’ADN entrainant l’arrêt de la transcription (le plus souvent)

GOKART

143
Q

Que permettent les séquences importantes de la fin des gènes nommées terminateurs?

A

la dissociation de l’ARN pol de l’ADN et la relâche du transcript d’ARN

144
Q

Combien de types de terminateurs chez la bactérie, nommes le/les?

A

2 types

  • rho-dépendant
  • rho-indépendant
145
Q

Dans la terminaison de la transcription Rho-dépendante qu’est-ce qui induit la terminaison, chez les procaryotes? comment est-il fait?

A

Rho

protéine en forme d’anneau à 6 sous-unités identiques

146
Q

Quels sont les sites de reconnaissances de Rho? situé sur quel brin? sont-ils bien connus?

A

des éléments d’ARN appelés rut (rho utilisation sites)

  • sur la transcrit naissant d’ARN
  • mal définis (connus)
147
Q

Décrire rut

A

(le site de liaison sur l’ARN nouvellement synthétiser de rho (facteur de terminaison)

  • environ 40 nucléotides
  • sans structure secondaire
  • riche en C et pauvre en G
148
Q

Chez les procaryotes, où se fait la transcription et la traduction? sa engendre quoi?

A

dans le cytoplasme, donc rien empêche que les ribosomes peuvent commencer à traduire avant la fin de la transcription

149
Q

vrai ou faux rho ne peut se fixer aux transcripts en cours de traduction

A

vrai

150
Q

vrai ou faux chez les bactéries, la transcription et la traduction sont étroitement couplés

A

vrai

151
Q

Décrire le mécanisme de la terminaison rho dépendante chez les procaryotes

A

Rho induit la terminaison uniquement au niveau des transcripts en cours de synthèses au dela de la fin d’un gène ou d’un opéron

1-reconnaissance du rut par rho sur l’ARN naissant

(rho part du rut près du 5’ et va vers l’ARN poly qui lui est proche du 3’)

2- translocation de l’ARN par la protéine motrice rho

rho progresse vers l’ARN poly et tire sur le transcrit (l’ARN poly lui a ralenti ou s’est arreté permettant à rho de le rattraper)

3- pause du complexe d’élongation à un site de terminaison rho-dépendant

4- extraction du transcrit d’ARN par le canal de sortie de l’ARN (activité ARN:ADN hélicase)

5- effondrement de la bulle de transcription donc relachement de l’ARN poly

152
Q

Dans quel type de terminaison procaryote la séquence du terminateur est indépendante de rho?

A

la terminaison rho-indépendante

153
Q

Comment sont aussi appelé les terminateurs rho indépendant?

A

terminateurs intrinsèques

154
Q

Pourquoi les terminateurs rho-indépendants sont aussi appelés terminateurs intrinsèques?

A

car ils n’ont besoin d’aucun autre facteur pour fonctionner

155
Q

Que contient une séquence d’un terminateur indépendant de rho?

A
  • une courte séquence répétée inversé d’environ 20 nucléotides (symétrie diade)
  • une série d’environ 8 paires de bases A:T (poly A)
156
Q

Qu’est-ce qui doit se produire pour que la terminaison de la transcription rho-indépendante soit fait?

A

ces éléments n’affectent pas la polymérase avant d’être transcrit de l’ADN à l’ARN

157
Q

Que se passe-t-il pour que le terminateur sous forme d’ARN soit actif sans la terminaison de la transcription rho-indépendante?chez les procaryotes?

A

Les séquences d’ADN sont transcrit en ARNA, puis l’ARN se replie sous forme de structure secondaire tige-boucle (épingle a cheveux), grâce à la séquence répété inversé (puis sur le bas sur le côté il y a la queue poly u)

158
Q

Chez les procaryotes, comment se fait la terminaison rho-indépendante grâce à la séquence transcrit d’ARn sous forme d’épingle à cheveux?

A

L’épingle à cheveux formée induit la terminaison en:

faisant la désorganisation du complexe d’élongation et extraction du transcrit d’ARN

-la chaine d’ARN naissante est associé à la matrice d’ADN au centre actif uniquement par des paires de bases A:U soit les plus faibles des paires de bases (plus fauble que A:T) facilitant l’extraction de l’ARN

159
Q

Combien de pont H entre A:U? pourquoi est-ce la séquence favoriser dans la terminaison rho-indépendante chez les procaryotes?

A

2 pont h car elle est plus facile a briser donc pour faire l’extraction de l’ARN de l’ADN

160
Q

Dans quel type de terminaison entre rho indépendante et rho dépendante chez les procaryotes il y a une structure secondaire de l’ARN?

A

rho-indépendante

161
Q

Nommez les polymérase eucaryotes et leurs fonctions?

A

-ARN pol 1

transcription des gènes de l’ARNr 45S (ARN lourd)

-ARN pol 2

transcription des gènes codant les protéines

-ARN pol 3

transcription des gènes d’ARNt et d’ARNr 5S

-Chez les plantes

ARN pol 4 et 5

(moins bien connu et transcription d’ARN interférants)

162
Q

Comparé le/les facteurs d’initiation chez eucaryotes vs procaryote

A

Les procaryote ont seulement un facteur d’initiation additionnel nécessaire soit sigma.

Alors que les eucaryotes ont besoins de plusieurs facteurs d’initiations pour une initiation efficace et spécifique à un promoteur en particulier

163
Q

Quels facteurs d’initiation sont nécessaires in vitro chez les eucaryotes

A

FGT (facteurs généraux de transcription)

-ils sont suffisant in vitro pour initier la trancription d’ADN dénudé d’histones

164
Q

Quels facteurs d’initiation sont nécessaires in vivo chez les eucaryotes

A

le complexe appelé médiateur et des enzymes de modification de la chromatine sont nécessaire en plus des FGT lorsque l’ADN est incorporé à des nucléosomes

  • médiateur
  • enzymes de modifications de la chromatine
  • FGT
165
Q

Qu’est-ce que signifie le promoteur minimal de l’ARN poly 2?

A

fait référence au plus petit ensemble d’éléments de séquence nécessaire pour assurer l’initiation de la transcription par l’ARN poly 2

166
Q

le promoteur minimal de l’ARN poly 2 est composé d’environ combien de nucléotides? où sont ils situés?

A

environ 40-60 nucléotides

peuvent être en aval ou en amont du site d’initiation de la transcription

(attention pas comme ça chez les procaryotes)

167
Q

De quoi est composé le promoteur minimal de l’ARN poly 2 chez les eucaryotes?

A

typiquement contient un sous-ensemble de ces éléments:

  • soit l’élément TATA (boite TATA) ou BRE (TF2B recognition element) (PAS LES DEUX)
  • si une boite TATA souvent aussi l’élément DCE (downstream core element/element en aval de la polymérase)
  • L’élément Inr (élément initiateur) est le plus commun et est combiné à DCE et TATA
  • peut aussi y avoir DPE (downstream promoteur element/élément en aval du promoteur)
168
Q

Nommez les 5 éléments pouvant être retrouvé dans le pormoteur minimal de l’ARN poly 2

A

BRE

TATA

Inr (combiné à Bre et TATA) + commun

DCE (en aval de la poly)

DPE (en aval du promoteur)

169
Q

Dans le promoteur minimal de l’ARN poly 2, est-ce qu’il peut y avoir des éléments au dessu de +1?

A

oui les éléments peuvent être en aval ou en amont du site d’initiation de la transcription

170
Q

Qu’est-ce qu’une séquence régulatrice chez les eucaryotes? Où se retrouve-t-elle?

A
  • autres séquences nécessaires que le promoteur (promoteur minimal) pour une transcription efficace
  • se retrouve typiquement en amont du promoteur minimal
171
Q

pour une transcription efficace chez les eucaryotes qu’est-ce qui est nécessaire?

A

séquence minimal

séquence régulatrice

172
Q

Selon quoi peuvent être regroupés les séquences régulatrices chez les eucaryotes? nommez des exemples de séquences régulatrices

A

selon:

  • leur position
  • leur fonction
  • l’organisme concerné

exemple:

  • enhancers (amplificateurs)
  • silencers
  • isolateurs
173
Q

Chez les eucaryotes, qu’est-ce qui joue la fonction de sigma dans l’initiation de la transcription bactérienne? comment?

A

les FGT:

  • aident la polymérase à s’associer au promoteur et la fusion de l’ADN (comparable à la transition complexe fermé vers complexe ouvert(chez procaryote)
  • aide la polymérase à se libérer du promoteur
174
Q

Qu’est-ce que le complexe de préinitiation chez les eucaryotes? où commence sa mise en place?

A

L’ensemble des FGT et de la polymérase associés au promoteur et prêts pour l’initiation, est nommé le complexe de préinitiation

au niveau de la boite TATA du promoteur de l’ARN poly 2 (c’est pour cela que la majorié des promoteurs de l’ARN poly 2 contiennent la boite TATA)

175
Q

De combien de pb est faites la boite TATA?

A

environ 30pb en amont du site d’initiation

176
Q

Décrire l’initiation de la transcription par l’ARN poly 2

A

1- la boite TATA est reconnue par TBP (TATA binding protein) une composante du complexe multimérique TF2D qui déforme profondément la séquence TAT ce qui permet le recrutement d’autre FGT et la polymérase

2- recrutement de TF2A

3- recrutement de TF2B

4- recrutement du complexe de TF2F avec l’ARN poly 2 (facteur critique de reconnaissance des promoteurs et d’assemblage du complexe de préinitiation)

5- recrutement de TF2E

6- recrutement de TF2H (activité hélicase avec ATP) une fois le complexe de préinitiation complété, il pousse l’ADN dans la cavité de l’ARN poly avec l’ATP, alors la bulle de transcription se fait par tension sur l’ADN grâce à ATP et TF2H

7- phosphorylation de la queue CTD de la polymérase grâce à l’hydrolyse de l’ATP

177
Q

Dans l’initiation de la transcription par l’ARN poly 2 quels sont les TAFS?

A

TAFS (TBP-associated factors)

des sous-unités complexes autres que TBP, qui peuvent s’associer avec moins de force à d’autres éléments du promoteur minimal comme Inr, DPE, DCE

178
Q

Quel est le facteur critique de reconnaissance des promoteurs et d’assemblage du complexe de préinitiation chez les eucaryotes?

A

assemble du complexe TF2F et de l’ARN poly aux autres FGT

179
Q

La période d’initiation abortive précédant la libération du promoteur, chez l’eucaryote, implique 2 étapes absentes chez la bactérie, nommez les

A
  • hydrolyse de l’ATP permettant
  • la phosphorylation de la queue CTD de la polymérase modulé par TF2H et d’autres kinases et phosphatases
180
Q

Nommez les rôles de TF2H chez eucaryotes lors de l’initiation de la transcription

A
  • activité hélicase ATP-dépendante permettant l’ouverture de la bulle de transcription par tension créer sur l’ADN
  • permet la phosphorylation de la queue CTD de la polymérase (avec d’autres kinases et phosphatase)
181
Q

Est-ce qu’il y a une inversion de base lors de l’initiation de la transcription chez e coli pour permettre la formation de la bulle de transcription?

A

non, c’est plutôt TF2H qui pousse l’ADN à l’intérieur

182
Q

Décrire la déformation de l’ADN par TBP à la boite TATA chez eucaryote au début de l’initiation

A
  • il y a reconnaissance du petit sillon de la boite TATA par une large région constitué d’un feuillet beta de TBP
  • TBP sélectionne la boite TATA à cause de sa capacité à subir une importante déformation structurelle (élargissement du petit sillon lui donnant une configuration presque plane, résultant en un pli de l’ADN d’un angle d’environ 80 degre (chez la levure) et 105 degre (chez l’humain)
183
Q

Les liaison entre TBP et TATA de l’ADN sont spécifiques ou non spécifiques

A

non spécifiques (même si reconnait TATA de manière spécifiques par les 2 phénylalanine sur les 2 côtés)

184
Q

Quoi de TBP intéragit avec quoi de l’ADN de la boite TATA lors de leur liaison non spécifique?

A

les a.a basiques de TBP avec le squelette phosphate de l’ADN de la boite TATA

185
Q

Pourquoi les paires de bases A:T sont préférées dans le complexe ADN:TBP?

A

car elles sont plus facilement déformable (moins de pont H) ce qui permet l’élargissement du petit sillon mineur

186
Q

vrai ou faux il y a un nombre limité de liaisons H entre TBP et les côtés des bases

A

vrai! pour cela que plus de liaisons entre les a.a basiques de TBP et le squelette phosphate de l’ADN

187
Q

La spécifité de la reconnaissance de TBP avec l’ADN dépend de quoi?

A

2 paires de résidus phénylalanine dont les chaines latérales s’intercalent entre les paires de bases aux 2 extrémités de la boite TAT et entraine la courbure de l’ADN

188
Q

vrai ou faux les résidus phénylalanine de TBP qui s’intercalent au centre de la boite TATA cause la courbure de l’ADN

A

faux, s’intercalent aux extrémités de la boite TATA

189
Q

Nommez les rôles associés aux TAFs dans la transcription de l’ARN poly 2, et combien il y en a?

A
  • environ 10 TAFs qui s’associent à TBP (certains TAF forment des structures similaires à H3:H4)
  • 2 TAF lient des éléments d’ADN comme Inr et DPE
  • 1 TAF semble jouer un rôle de régulation de l’association de TBP à l’ADN puisqu’il a un rabat qui vient ,masquer la surface de liaison à l’ADN de TBP
190
Q

Nommez les rôles associés à TF2B dans la transcription de l’ARN poly 2

A
  • contacts TF2B-TBP et TF2B-Poly2
  • des segments de cette protéine s’insèrerait dans le canal de sortie de l’ARN et dans la gorge du site actif de poly 2 de façon semblable à la région linkler 3/4 de sigma chez le procaryote
  • aide à la formation du complexe ouvert en stabilisant les brins d’ADN séparés jusqu’à la mise en place de l’hybride ARN:ADN
191
Q

Nommez les rôles associés à TF2F dans la transcription de l’ARN poly 2

A
  • s’associe à poly 2 et est recruté au promoteur avec poly 2
  • pol 2-TF2F stabilise le complexe ADN-TBP-TF2B
192
Q

Nommez les rôles associés à TF2E dans la transcription de l’ARN poly 2

A

rôle dans le recrutement de tf2h

193
Q

Nommez les rôles associés à TF2H dans la transcription de l’ARN poly 2

A
  • 2 de 10 sous-unités ont des fonctions ATP-ase et une autre sous-unité a une fonction protéine kinase
  • contrôle la transition ATP-dépendante du complexe de préinitiation au complexe ouvert (force l’insertion d’ADN en aval de poly 2) dans la cavité de la polymérase à l’aide d’ATP .Comme l’ADN du promoteur est maintenue dans une position fixe la force généré sur l’ADN conduit à la fusion de l’ADN.
  • à un rôle dans la libération du promoteur
  • impliqué dans la réparation par excision de nucléotides
194
Q

Dire le nombre de sous-unités des FGT (general transcription factors)

TBP

TF2A

TF2B

TF2E

TF2F

TF2H

TAFs

A

TBP : 1

TF2A: 2 humain: 3

TF2B: 1

TF2E: 2

TF2F: 3 humain: 2

TF2H: 10

TAFs: 11

195
Q

Lors de l’assemblage du complexe de pré-initiation il y a présence de ..

A
  • du médiateur
  • des modificateurs de nucléosomes
  • des activateurs de transcription
196
Q

Pourquoi le médiateur, les modificateurs de nucléosomes et les activateurs de transcription sont nécessaires chez les eucaryotes?

A

car l’ADN est empaqueté dans la chromatine ce qui complique l’association au promoteur par les FGT et la poly 2

197
Q

En quoi aident les activateurs de transcription chez les eucaryotes?

A

aident au recrutement de la poly 2 au promoteur en stabilisant la position de la poly 2 au niveau du promoteur

198
Q

vrai ou faux l’ADN peut être replié lors du complexe de préinitiation

A

vrai

199
Q

Par quoi sont recrutés HAT et le chromatine remodeleur qui se lie au complexe de préinitiation?

A

par des activateurs liés à l’ADN ou par des ARN régulateurs

200
Q

À quoi s’associe le complexe médiateur dans le complexe de pré-initiation?

A

s’associe à la queue CTD de la poly 2 et aux activateurs liés à l’ADN

201
Q

De combien de sous-unités est composé le complexe médiateur?

A

typiquement composé de moins de 20 sous-untiés

202
Q

Dans le complexe médiateur, la délétion de sous-unités individuellement mène généralement à la réduction de l’expression d’un petit sous-groupe de gnes différents pour chaque sous-unités, qu’est-ce que ça laisse penser?

A

que différents activateurs interagissent avec différents sous-unités du médiateur pour amener poly 2 à différents gènes

donc si certaines sous-unités absente l’expression du gène peut être inhiber ou diminué

203
Q

Que régule le complexe médiateur?

A

régule la fonction CTD kinase de TF2H

204
Q

Quels sous-unités du complexe médiateurs ont été associées à des fonctions et que sont-elles?

A

Med17/Srb4 sont essentielles à la transcription de tous les gènes transcrits par poly 2

205
Q

vrai ou faux le complexe médiateurs est obligatoirement essentielle à la transcription

A

vrai

206
Q

vrai ou faux la phosphorylation de la queue CTD de poly 2 par TF2H médie la dissociation du médiateur de la poly 2 au cours de la libération du promoteur

A

vrai

207
Q

vrai ou faux la queue CTD de la polymérasee recrute des enzymes de modification de l’ARN

A

vrai

208
Q

vrai ou faux les enzymes associés à la queue CTD ne sont pas mises en contact avec l’ARN émergeant de l’enzyme puisqu’il doivent attendre la fin de la transcription

A

faux, ils ne sont pas oubliger d’attendre la fin de la transcription dès le début les enzymes peuvent s’installer sur l’ARN nouvellement synthétiser

209
Q

Quand est-ce que l’ARN poly passe à la phase d’élongation chez eucaryote? détail

A

dès qu’elle s’est détaché du promoteur

  • poly 2 se débarasse des FTGs et du médiateur
  • de nouveau facteurs vont les remplacer :

facteurs d’élongation (ex: tf2s et SPT5)

facteurs de maturation de l’ARN (recrutés au niveau de la queue phosphorylé CTD et la grosse sous-unité de poly 2)

210
Q

Qu’est-ce que TF2H phosphoryle au niveau de la queue CTD de la poly 2?

A

les sérines en position 5 et 7

211
Q

Nommez le noms des enzymes qui vont se mettre sur l’ARN nouvellement synthétiser lors de l’élongation dans l’ordre

A

1- la coiffe en 5’ de l’ARN

2- l’enzyme de l’épissage

3-la protéine de la polyadénylation de l’extrémité 3’ (poly A)

212
Q

Les P-TEFb (transcription elongation factors) stimule l’élongation de 3 façons chez les eucaryotes?

A
  • phosphorylation de la sérine (position 2) de la queue CTD de poly 2
  • activation (recrutement) de STP5 en la phosphorylant
  • recrutement de TAF-SF1, un autre facteur d’élongation

STP5 et TAF-SF1 (rende l’élongation plus rapide)

213
Q

Quelle est le seul facteur d’élongation conservé universellement chez les bactéries, les archeas et les eucaryotes? à quoi est-il compparable chez les procaryotes?

A

SPT5

comparable à NusG

214
Q

Comparer NusG et STP5

A

les deux s’associent à une région de leur ARN pol respective chevauchant les sites de liaisons de leur facteurs d’initiation

Nus G = sigma 4 (chez les bactéries)

STP5 = TF2B (chez les eucaryotes)

215
Q

Les facteurs d’élongation NusG (bactérie)/STP5 (eucaryotes) ont dans leur fonction?

A

-le déplacement de ces facteurs d’initiation favorisant la transition vers la phase d’élongation

216
Q

Nommer les facteurs stimulant le taux global d’élongation en réduisant le temps de pause de la polymérase sur des séquences qui ont tendance à ralentir sa progression?

A

les facteurs de transcription:

TF2S et ELL

217
Q

Nommez les séquences qui ont tendance à ralentir la progression de l’ARN polymérase lors de l’élongation chez les eucaryotes

A

Des sites riches en C/G suivi par des séquences riches en A/T semblent induire la marche en arrière de l’ARN poly et des moments de pause en réduisant abruptement la température de fusion et donc la stabilité de l’hybride ADN-ARN qui se forme dans le complexe d’élongation

218
Q

À quoi contribue le facteur d’élongation TF2S et comment? chez les eucaryotes

A

Il contribue à la correction sur épreuve effectué par la polymérase en stimulant une activité ARNase de la polymérase à l’extérieur du site actif permettant une voie alternative pour enlever les nucléotides incorrects

219
Q

Quel est la similarité et différence entre TF2S et GreB?

A
  • les deux sont responsable de la correction sur épreuve de l’ARN poly (TF2S chez eucaryote et GreB chez procaryote) en intéragissant de manière semblable avec leurs polymérase respective pour stimuler les mêmes réactions
  • ils ne sont pas apparentés au niveau de la structure ni de la séquence
220
Q

vrai ou faux le TF2S chez les eucaryotes n’utilise pas un système comparable à la correction hydrolytique stimulé par le facteur Gre chez les bactéries

A

faux, il utilise un système semblable

221
Q

L’élongation de l’ARN passant par les nucléosomes est aidé par quoi chez les eucaryotes? comment?

A

par FACT (facilitates chromatine transcription) facilite la transcription en démentelant les nucléosomes en retirant un dimère H2A-H2B

222
Q

De quoi est composé FACT (facilitates chromatine transcription)?

A

c’est un hétérodimère composé de Spt16 et SSRP1:

Spt16: se lie à un dimère H2A-H2B (retiré)

SSRP1: se lie au tétramère H3:H4

223
Q

Avec quoi intéragit FACT?

A

il intéragit avec TF2S

224
Q

Nommer les 2 rôles de FACT

A
  • facilite la transcription en démentelant les nucléosomes en retirant un dimère H2A-H2B
  • peut réinsérer le dimère H2A-H2B dans l’hexamère d’histones immédiatement derrière la polymérase (fonction de chaperonne)
225
Q

vrai ou faux le rôle de chaperonne de FACT consiste à réinsérer le dimère H2A:H2B en avant de la polymèrase

A

faux en arrière de la polymérase

226
Q

vrai ou faux le structure et formation de la coiffe 5’ de l’ARN se fait en cours de transcription que l’ARN sort

A

vrai

227
Q

Quel est la première modification de l’ARN une fois qu’elle est synthétiser chez eucaryote?

A

l’ajout de la coiffe 5’

228
Q

Une fois transcrite la molécule d’ARN eucaryote doit subir des modifications:

A
  • ajout d’une coiffe à l’extrémité 5’
  • polyadénylation de l’extrémité 3’
  • épissage des introns
229
Q

Quel est l’autre nom de la coiffe 5’

A

une guanine modifiée (7-méthyl-guanine triphosphate)

230
Q

Plusieurs protéines participent aussi bien à l’élongation qu’aux modifications de l’ARN nommé les et détaillez les

A

STP5:

contribue au recrutement sur le CDT (sérine 5) de l’enzyme ajoutant la coiffe 5’ et stimule son activité

TAT-SF1:

recrute des composantes de la machinerie d’épissage sur la polymérase CDT sérine 2, après le déassemblage de la machinerie ajoutant la coiffe 5’

231
Q

Que permet le fait que l’élongation, la terminaison et la maturation de l’ARN sont interconnectées chez les eucaryotes?

A

une bonne coordination

232
Q

Décrire en détail la formation de la coiffe 5’ de l’ARN chez eucaryote (avec les enzymes impliqués)

A

1- retrait d’un groupement phosphate par l’ARN triphosphatase

2- ajout d’un nucléotide GMP à l’extrémité 5’ par la guanylyltransférase

3- méthylation à la position 7 de la guanine (coiffe: 7-méthyl-guanine triphosphate) par la méthyltransférase

233
Q

Vrai ou faux l’ajout de la coiffe s’effectue dès que l’extrémité 5’ émerge du canal de sortie de l’ARN poly lors de la transition de la phase d’initiation à la phase d’élongation

A

vrai

234
Q

Qu’est-ce qui permet le désassemblage de la machinerie d’assemblage de la coiffe?

A

la déphosphorylation de la sérine 5 du CTD après l’ajout de la coiffe

235
Q

vrai ou faux la polyadénylation et terminaison ce font pendant la synthèse de l’ARN

A

vrai

236
Q

vrai ou faux la polyadénylation de l’extrémité 5’ de l’ARN est intimement lié à la terminaison de la transcription

A

faux, extrémité 3’

237
Q

Qu’est-ce qui est impliqué dans le recrutement d’enzymes nécessaires à la polyadénylation

A

la queue CTD de la polymérase

238
Q

Où se situe les séquences signaux de polyadénylation (signaux poly-A) au niveau de l’ARN? début, milieu ou fin? quesqui les reconnait?

A

vers la fin du gène

la polymérase

239
Q

un fois que les séquences polyA sont transcrites par l’ARN polymérase qu’est-ce que ça stimule?

A

cela stimule le transfert des enzymes sur cette ARN (les enzymes étaient d’abord sur la queue CTD de la polymérase et là elles vont sur la séquence)

donc s’en suit la synthèse de la queue poly A

240
Q

Quelle est la différence entre une séquence poly A et une queue poly A?

A

la séquence poly A est la séquence de l’ADN traduite par la polymérase en ARN

alors que la queue poly A est l’accessoire ajouté par les enzymes qui était d’abord installé sur la queue CTD de la polymérase

241
Q

Nommer les 3 enzymes impliqués dans la synthèse de la queue polyA

A
  • CstF: cleavage stimulatory factor
  • CPSF: cleavage and polyadénylation specificity factor
  • PAP: polyA polymérase
242
Q

vrai ou faux lorsque l’ARN polymérase transcrit la séquence polyA elle arrête sa synthèse donc son chemin

A

faux elle continue son chemin puisque ce n’est pas une séquence de terminaison

243
Q

Décrire en détail la polyadénylation de l’ARN

A

1- synthèse de la séquence poly A par l’ARN polymérase

2- CstF et CPSF qui était sur la queue CTD de la polymérase vont s’associer à la séquence poly A sur l’ARN

3- CPSF forme un complexe instable avec la séquence polyA

4- CstF s’associe à la séquence riche en G/U puis CF1 et CF2 s’ajoute au complexe protéique

5-clivage de l’ARNm du coté 3’ des signaux polyA par CstF (donc en aval de la séquence polyA)

6- donc CstF, CF1, CF2 s’envont (CF= cleaving factor)

7- Ajout d’une queue de polyA (environ 200 adénines) par la PAP (se lie à l’extrémité 3’ et utilise de l’ATP comme précurseur et ajoute des nucléotides par un mécanisme enzymatique identique à l’ARN poly mais sans utiliser de matrice)

8- Ajout de PABP 2 (poly A binding protein), la longueur de la queue poly A est déterminé par les protéines qui s’associent spécifiquement à cette queue) LORSQUE PABP2 S’AJOUTE CPSF ET PAP S’ENVONT

9- arrêt dela synthèse de la queue poly A

10- l’ARNm est ensuite exporté du noyau

244
Q

De quoi dépend la longueur de la queue poly A

A

de la quantité de protéines PABP 2 qui se lie à la queue poly a

245
Q

Combien d’anénines dans la queue poly A

A

environ 200

246
Q

vrai ou faux la PAP ajoute de manière spontané les adénines de la queue poly A

A

faux, nécessite de l’ATP

247
Q

vrai ou faux la PAP n’utilise pas de matrice pour ajouté la queue poly A

A

vrai

248
Q

Quand est-ce que PAP et CPSF s’envont de l’ARN lors de la synthèse de la queue poly A

A

lorsque les PABP 2 (poly A binding proteine) arrive

249
Q

par qui est fait la polyadénylation lente

A

CStf, CF1, CF2

(nécessite ATP)

250
Q

par qui est fait la polyadénylation rapide

A

PABP2 grâce à PAP

(nécessite ATP)

251
Q

nommer les deux rôles des PABP 2

A
  • stimule l’activité de la PAP
  • signale d’arrêter la polyadénylation
252
Q

À quoi la queue poly A est essentielle?

A

essentielle à l’exportation du noyau dans cytoplasme

253
Q

Noms des deux modèles d’arrêt de la transcription chez les eucaryotes

A
  • modèle de la torpille
  • modèle allostérique
254
Q

Décrire le modèle de la terminaison de la transcription:

modèle de la torpille

A

note: Rat1/Xnr2 est préalablement sur l’ARN polymérase mais non actif

1- chargement sur l’extrémité libre du second ARN (celui qui vient de commencer et qui n’est pas voulu (après le clivage en avant de la queue poly du premier ARN)) de Rat1X/Xrn2 par Rtt103

2-Rat1x/Xrn2 est une ARNase très processive qui dégrade rapidement l’ARN de 5’ à 3’ (vers la polymérase) jusqu’à ce qu’elle rattrape celle-ci

3-Rat1x/Xrn2 rattrape la polymérase et pousse celle-ci vers l’avant ou bien tire sur le reste du transcrit par d’autres facteurs et l’arrache (ressemble à rho chez procaryote)

4- relachement de l’ARNpoly et de Rat1x/Xrn2 appart

255
Q

Décrire le modèle de la terminaison de la transcription:

modèle allostérique

A

1- L’ARN poly rencontre la séquence poly A sur l’ADN

2- diminution de la processivité de la polymérase à cause d’un changement conformationnels (spontanné)

3- la baisse de processivité mène rapidement à une terminaison spontané

4- le second ARN est également dégradé par l’ARNase

256
Q

Est-ce qu’il y a Rat1/Xrn2 dans les deux modèles de terminaison chez les eucaryotes soit les modèles de la torpille et allostérique

A

non seulement le modèle de la torpille

257
Q

vrai ou faux les deux modèle de terminaison de la transcription chez les eucaryotes (torpille et allostérique) sont spontané

A

faux seulement celui allostérique

258
Q

vrai ou faux les deux modèle de terminaison de la transcription chez les eucaryotes ont une activité ARNase, si oui quand?

A

vrai pour dégradé le second ARN transcrit

259
Q

Quelle est la différence entre Rat1/Xrn2

A

Rat1= chez la levure

Xrn2= chez l’humain

260
Q

vrai ou faux l’ARN poly 1, 2, 3 initient la transcription à partir des mêmes promoteurs

A

faux, des promoteurs distincts

261
Q

vrai ou faux l’ARNpoly 1, 2, 3 transcrivent des gènes distincts

A

vrai

262
Q

vrai au faux les ARN poly 1 et 3 transcrivent des gènes encondant des ARN spécialisés plutôt que des protéines

A

vrai

263
Q

Quelle est le FGT universelle?

A

TBP

264
Q

vrai ou faux chaque enzyme (ARN poly 1,2,3) travaille en collaboration avec leurs propres sous-groupe de facteurs généraux de transcription

A

vrai faux sauf TBP qui est universelle

(ceux vu avant c’était pour poly 2: TF2B, TF2A …)

265
Q

combien d’éléments sur les promoteurs spécifique à l’ARN poly 1

A

2 éléments

  • UCE (upstream control élement ou élément de contrôle en amont)
  • promoteur central
266
Q

Où est situé le promoteur central (élément sur le promoteur spécifique à poly 1)

A

localisé autour du site de début de la transcription (-45 à +20)

267
Q

Où est situé UCE (élément sur le promoteur spécifique à poly 1)

A

en amont du site de transcription (-150 à -100)

268
Q

Qu’est-ce que la poly 1 transcrit?

A

que les copies du gène de l’ARNr (45s)

269
Q

qu’est-ce que l’ARNr45s

A

un précurseur des ARNr (à l’exception de l’ARNr 5s)

270
Q

vrai ou faux les gènes ARNr 45s sont exprimés à un niveau beaucoup plus élevé que tout autre gène dans la cellule

A

vrai c’est pour ça qu’une polymérase lui est dédié

271
Q

L’initiation de la transcription de l’ARN polymérase requiert quoi?

A

en plus de l’ARN poly 1:

-2 facteurs:

SL1 (selectivity factor 1) (qui comprend TBP et 3 TAF spécifique à poly 1)

UBF (upstream binding factor)

272
Q

Décrire les liaisons des facteurs d’initiations aux niveaux des éléments des promoteurs spécifique à la poly 1

A

UBF lie UCE

SL1 (TBP + 3TAF) lie le promoteur central

-besoin de UBF pour stabiliser SL1 au niveau du promoteur car UBF intéragit avec TBP pour stabiliser

donc si absence de UBF liaison non effixace de SL1

273
Q

vrai ou faux UBF et SL1 sont nécesseraire pour une bonne transcription de l’ADN spécifique de l’ARN poly 1

A

vrai

274
Q

Que vise l’ARN poly 3?

A

vise ARNt et arn 5S

275
Q

Où se retrouve généralement les promoteurs de poly 3 (en avl, dessus ou en amont du site de transcription)?

A

en aval (donc ils sont transcrits)

276
Q

vrai ou faux les promoteurs de poly 3 existe sous différentes formes

A

vrai

277
Q

Les promoteurs des gènes des ARNt se composent de combien d’éléments nommés les/le

A

2 régions en aval du site de transcription:

  • boite A
  • boite B

séparé par court élément

278
Q

Les promoteurs des gènes des ARNr5S se composent de combien d’éléments nommés les/le

A

deux éléments

boite A

boite C

comparé à ARNt:

boite A et boite B

279
Q

Quelle autre élément peut être présent sur les promoteurs des poly 3 (autant ARN 5S que ARNt)?

A

une boite TATA

280
Q

Nommer les facteurs d’initiation nécessaires pour l’initiation de la transcription des promoteurs de l’ARN poly3

A

TF3A

TF3B

TF3C

(dépendant des promoteurs)

en plus de poly 3

281
Q

Quelle complexe des facteurs d’initiations contient TBP pour l’ARN poly 3?

A

TF3B contient TBP

282
Q

Décrire l’initiation de la transcription chez poly 3

A
  • TF3C lie la région promotrice
  • TF3C recrute TF3B juste en amont du site de début de la transcription
  • TF3B recrute ensuite la poly 3 au site de début de la transcription
283
Q

Nommer les facteurs de transcription nécessaire selon les gènes en fonction des promoteurs pour poly 3

A

ARNt:

  • boite A
  • boite B
    facteurs: TF3B et TF3C

ARNr 5S

  • boite A
  • boite C
    facteurs: TF3B, TF3C et TF3A
284
Q

vrai ou faux au niveau de la transcription chez poly 3 soit que tu as la boite A ou le facteur de transcription A (arnt et arnr 5s)

A

vrai

arnt: boite

arnr 5s: facteur

285
Q

Quelle polymérase fait sa transcription au niveau du nucléole?

A

l’ARN poly 1

286
Q

vrai ou faux la synthèse des ARNr 45s se font au niveau du nucléole

A

vrai

287
Q

vrai ou faux la synthèse de l’ARNr 5s est le seul ARNr qui ne se fait pas au niveau du nucléole

A

vrai il va plutot rejoindre le nucléole après sa synthèse

288
Q

vrai ou faux autant l’ARNm, l’ARNr et l’ARNt ont des pré-messagé ensuite sont maturé puis envoyé dans le cytoplasme

A

vrai

289
Q

Où se fait la synthèse par les poly 2 et 3?

A

dans le noyau mais attention pas le nucléole

290
Q

vrai ou faux les ARN synthétisé par la poly 2 sont les seules à avoir une coiffe et une queue poly a

A

vrai (pas les ARNt et ARNr)

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