Transcription de l'ADN Flashcards

1
Q

Quel est le flux de l’Information génétique?

A

Réplication - ADN en ADN
Transcription - ADN en ARN
Traduction - ARN en Protéine

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Le mécanisme de transcription génère un polymère de _ ?

A

ribonucléotides

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Le polymère généré par le mécanisme de transcription est synthétisé par quoi?

A

par une ARN polymérase

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Quelle est la polarité de la synthèse de l’ARN par l’ARN polymérase?

A

L’ARN polymérase synthétise de 5’ à 3’

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

L’ARN fait la synthèse du brin d’ARN à partir de quel brin de l’ADN?

A

L’ARN est synthétisé sur le brin matrice (il en est une copie complémentaire)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Le brin matrice de l’ADN (celui qui est transcrit) est lu de quel côté à quel côté?

A

De 3’ à 5

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

La synthèse de l’ARN par l’ARN polymérase se fait sur le brin _ et est donc complémentaire avec le brin _, puis est une copie presque conforme au brin _ en raison de la complémentarité des brins d’ADN.

A
  • matrice
  • matrice
  • codant
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

L’ARN synthétisé a la séquence du brin d’ADN _, mais avec des _ au lieu de _, et des _ au lieu de T

A
  • codant
  • ribonucléotides
  • désoxyribonucléotides
  • U
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Quelle sont les 3 différences entre la structure de l’ARN vs celle de l’ADN?

A

ARN:

  • Possède un ribose (sucre, pentose) au lieu d’un désoxyribose
  • Il y a donc la présence d’un OH sur le deuxième carbone du cycle qui rend la molécule beaucoup moins stable que l’ADN
  • U au lieu de T
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Par convention, dans un schéma/dessin, quel brin de l’ADN est toujours représenté sur le dessus?

A

Le brin codant

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Quelles types de structures l’ARN a t-elle? Pour quelle(s) raison(s)?

A
  • Structure secondaire
  • Structure tertiaire

En raison des interactions entre ses bases (des ponts H formant des appariements, puis des boucles et des hélices)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Qu’est ce qu’un pseudoknot?

A

Appariement de bases entre deux régions simple-brin de boucles d’ARN

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

L’ARN possède t-elle des pseudoknot?

A

Oui

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Quelle est la molécule/protéine qui permet/qui fait la transcription de l’ADN en ARN?

A

L’ARN POLYMÉRASE

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Au fur et à mesure de la synthèse d’ARN par l’ARN polymérase on remarque quoi avec l’ADN et avec l’ARN?

A

Déroulement de l’ADN + polymérisation de l’ARN d’un côté de l’ARN polymérase (vers l’avant) et sortie de l’ARN nouvellement polymérisé de l’autre côté de l’ARN polymérase (vers l’arrière)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Après avoir effectué la transcription, que se passe-t-il avec l’ADN?

A

Reformation de la double hélice en arrière de l’ARN polymérase

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Quelle structure particulière retrouve-t-on à l’intérieur de l’ARN polymérase?

A

L’hétéroduplex

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Qu’est-ce que l’hétéroduplex?

A

Une courte région d’hélice hybride ADN/ARN formée transitoirement à l’intérieur de l’ARN polymérase lors de la transcription de l’ARN (~9 nucléotides)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Caractéristiques des ARN Polymérases (5)

A
  1. L’ARN polymérase synthétise l’ARN en copiant d’un brin matrice d’ADN
  2. Transcrit de 5’ à 3’ (brin matrice de l’ADN doit être lu de 3’ à 5’)
  3. Ne nécessite pas d’amorce (pas de besoin de bout 3’ -OH)
  4. La transcription n’a pas à être aussi précise que la réplication d’ADN
  5. Crée des liens phosphodiesters entre les nucléotides en son site actif
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

Pourquoi la transcription d’ARN faite par les ARN polymérases n’a pas à être aussi précise que la réplication d’ADN?

A

Puisque les erreurs ont une durée de vie limitée correspondant à la durée de vie du transcrit (ARN est synthétisé et dégradé juste après)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

Comment se nomme le point précis où commence la transcription de l’ADN en ARN (site d’initiation de la transcription SUR L’ADN)?

A

Promoteur

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

Comment se nomme le point précis où se termine la transcription de l’ADN en ARN (site terminaison de la transcription SUR L’ADN)?

A

Terminateur

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

Le promoteur et le terminateur sont des séqueunces en _

A

ADN

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

Chez les procaryotes, lors de la transcription, de quoi a besoin la polymérase pour initier et terminer la transcription? (2)

A
  • Des facteurs protéiques
  • Des signaux dans l’ADN
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
Q

Qu’est ce que le facteur sigma chez les procaryotes?

A
  • Le facteur sigma s’associe à la polymérase avant de s’associer au promoteur pour former le complexe d’initiation de la transcription
  • Il aide à choisir le type de promoteur: facteur de spécificité
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
26
Q

Où est recrutée l’ARN polymérase lors de l’initiation de la transcription?

A

Au niveau du promoteur

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
27
Q

Où est relâchée l’ARN polymérase de l’ADN lors de la terminaison de la transcription?

A

Au niveau d’un signal de STOP

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
28
Q

Quelle est la fonction des facteurs sigmas chez les procaryotes?

A

Ils s’associent à la polymérase pour former le complexe d’initiation de la transcription et ainsi aider à trouver le bon promoteur

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
29
Q

L’ARN polymérase est recrutée au niveau du _ avec le facteur _

A
  • promoteur
  • sigma
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
30
Q

La transcription se fait dans quel sens?

A

5’ → 3’

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
31
Q

Quand est-ce que le facteur sigma est relâché?

A

Le facteur sigma est relâché quelques 10 nucléotides après initiation de la transcription

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
32
Q

Quand est-ce que l’ARN polymérase est relâchée?

A

L’ARN polymérase est relâchée de l’ADN au niveau d’un signal de stop (arrêt de la transcription)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
33
Q

Quelles sont les 3 grandes étapes de la transcription

A
  1. Initiation
  2. Élongation
  3. Terminaison
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
34
Q

Qu’est ce qu’une séquence consensus/séquence canonique?

A

Ordre calculé (%) des nucléotidiques (acides nucléiques) ou acides aminés (protéines), trouvés à chaque position dans un alignement de séquences (on aligne plusieurs gènes pour voir s’il y a une séquence qui se répète)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
35
Q

Pourquoi la séquence consensus/séquence canonique est elle pertinente et utile?

A
  • Elle permet de représenter les résultats d’alignements de séquences multiples dans lesquels des séquences apparentées sont comparées les unes aux autres
  • Des pourcentages des motifs de séquences similaires sont calculés
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
36
Q

Un exemple d’alignement de séquences et de séquence consensus important dans la transcription chez les procaryotes est…?

A

La région du promoteur des Procaryotes (+ on s’approche de cette séquence de promoteur, + le promoteur est fort)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
37
Q

Quelle est la conséquence du fait que le promotteur dans l’ADN s’approche physiquement de la séquence idéale (la séquence la plus fréquente)

A

Plus on s’approche de cette structure, plus le promotteur va être fort (et inversement)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
38
Q

Sigma est un facteur nécessaire à _ de la transcription qui permet
la _ du gène à transcrire

A
  • l’initiation
  • sélection du promoteur
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
39
Q

Combien y a t-il de facteur(s) sigma chez les procaryotes?

A

Plusieurs facteurs sigma

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
40
Q

Le facteur sigma chez les procaryotes s’associent à la polymérase pour former le complexe d’initiation de la transcription après ou avant de lier au promoteur?

A

Avant!

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
41
Q

Qu’est-ce que les facteurs sigma bactériens reconnaissent?

A

Une paire de courts motifs (séquences) conservés appelés boîtes -10 et -35

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
42
Q

Qu’est ce qui détermine les nom des boîtes -10 et -35?

A

Leur distance du site d’initiation de la transcription (le nombre de nucléotides qui les séparent)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
43
Q

La position de la séquence consensus (boîtes -10 et -35) dicte 2 choses, lesquelles?

A

1- Le brin à utiliser (sup ou inf)
2- Le sens de la transcription (droite ou gauche, convergente ou divergente)

44
Q

Qu’est ce que la séquence consensus des promoteurs?

A

Une séquence idéale de promoteur obtenue par analyse statistique des fréquences des bases à chaque position

45
Q

Plus la séquence d’un promoteur est _ à la séquence consensus (idéale) plus _ sera l’affinité du facteur sigma et plus _ sera l’efficacité _ de la transcription → promoteur plus _

A
  • similaire
  • grande
  • grande
  • d’initiation
  • fort
46
Q

Où est retrouvée la séquence TATAAT?

A

Environ 10 paires de bases en amont du site d’initiation de la transcription (promoteur procaryote)

47
Q

À quoi sert la séquence TATAAT?

A

Sert de point de repère pour l’assemblage du complexe d’initiation de la transcription chez les procaryotes

48
Q

Comment se fait la reconnaissance moléculaire entre l’ADN et le complexe d’initiation de la transcription?

A

Grâce aux forces faibles (liaisons chimiques faibles)
1- Forces de Van der Waals
2- Ponts hydrogène
3- Liens ioniques
4- Interactions hydrophobes

49
Q

Les procaryotes possèdent typiquement plusieurs facteurs sigmas, chacun ayant sa propre spécificité de séquence OU tous la même séquence?

A

Chacun ayant sa propre
spécificité de séquence

50
Q

Les facteurs sigma interagissent avec _(1)_ et sont responsables de _(2)_?

A
  1. L’ARN polymérase
  2. La reconnaissance de la séquence promotrice sur l’ADN
51
Q

L’ARN polymérase est relâchée de l’ADN au niveau d’un signal de terminaison ce qui induit…

A

… un arrêt de la transcription

52
Q

Où se trouve le signal de terminaison de la transcription encodé par l’ADN?

A

A l’extrémité 3’ de l’ARN néosynthétisée

53
Q

Que permet la séquence d’ARN transcrite du signal de terminaison?

A

La formation d’une tige-boucle
(hairpin, épingle à cheveux) qui crée une contrainte au niveau du complexe de l’ARN polymérase

54
Q

Que fait la formation d’une tige-boucle au niveau de l’ARN néosynthétisée?

A

Cela favorise le détachement de l’ARN polymérase

55
Q

La partie tige de la séquence en tige-boucle est riche en quoi et pourquoi?

A

Riche en G-C → plus solide

56
Q

La séquence en tige-boucle riche en G-C est suivie d’une série de quoi et pourquoi?

A

de U → se détache plus facilement des A (hétéroduplex) car la liaison est plus faible

57
Q

La séquence en tige-boucle qui est riche en G-C et qui est suivie d’une série de U cause quoi?

A

Elle cause la terminaison de la transcription chez les procaryotes

58
Q

Comment la tige-boucle G-C peut induire la fin de la transcription chez les procaryotes?

A

La tige va tirer sur l’ARN et comme la liaison U-A est faible, l’ARN et l’ARN polymérase se décrochent facilement et c’est la fin

59
Q

Combien d’ARN polymérases sont utilisés par les cellules eucaryotes pour produire différents types d’ARN?

A

3

60
Q

Quels sont les différents type d’ARN produits par les différentes ARN polymérases dans une cellule eucaryote? (4)

A

1- ARNm qui codent pour les protéines (ARN polymérase II)
(ARNnc ARN non-codants (miRNA, lncRNA))

2– ARNr qui composent les ribosomes (ARN polymérase I)

3- ARNt qui servent d’adaptateurs lors de la synthèse protéique (ARN polymérase III)

4- Petits ARN qui sont utilisés dans différents processus cellulaires (mais ne codent pour rien) (ARN polymérase III) –> ex: snRNA, snoRNA

61
Q

Qu’est ce que le signal d’initiation dans un promoteur eucaryote typique? (3 éléments)

A
  • La boîte TATA située environ 25 paires de bases en amont du site d’initiation de la transcription (la + importante)
  • La CAAT box à -80
  • La GC box à -100
62
Q

À quoi sert la boîte TATA chez les cellules eucaryotes?

A

Sert de point de repère pour l’assemblage du complexe d’initiation de la transcription

63
Q

Quelles structures reconnaissent la boîte TATA et que permettent-elles?

A

Des facteurs généraux de la transcription reconnaissent et se lient à ces séquences de la boite TATA pour qu’ARN polymérase puisse intimement s’y fixer

64
Q

Autre que la boîte TATA, quelles sont les autres structures impliquées dans la régulation des gènes chez les cellules eucaryotes? (3)

A

Des séquences d’ADN conservées (-80, -100, enhancers)

65
Q

Où sont transcrits et modifiés simultanément les ARN des eucaryotes?

A

Dans le noyau des cellules

66
Q

L’ARN est constamment _ et _ afin d’assurer une _

A
  • Synthéthisée (ARN polymérase)
  • Dégradée (ribonucléoses)
  • Régulation stricte de son abondance
67
Q

Qu’est ce qui régule l’abondance (quantité totale) d’ARN dans la cellule? (2)

A
  1. Régulée au niveau de l’initiation de la synthèse (transcription)
  2. Aussi régulation au niveau
    de sa dégradation
68
Q

Dans le cytoplasme des eucaryotes la demi-vie des ARNm est de _ ?

A

quelques minutes à quelques heures

69
Q

En moyenne, la demi-vie de la plupart des ARNm est _ ?

A

N’est pas très longue (4.8 min)

70
Q

Qu’est ce que la demi-vie?

A

Le temps que ça prend pour arriver à 50% d’abondance

71
Q

Qu’est ce que la régulation de l’expression génique et pourquoi est-ce important?

A

Le contrôle de la transcription, car les cellules et les organismes doivent s’adapter aux conditions changeantes
de leur environnement.

72
Q

L’adaptation des cellules à leur environnement implique quoi?

A

Des changement des patrons d’expression des gènes (de leur transcription)

73
Q

Quels sont les changements des patrons d’expression des gènes possibles? (2)

A
  • Certains gènes sont induits
  • Certains gènes sont réprimés
74
Q

Que permet la régulation de la transcription (quel est le but principal)?

A

Elle permet l’expression d’un gène au « bon moment », selon les besoins de la cellule

75
Q

L’efficacité de la transcription détermine quoi et a donc un effet sur quoi?

A
  • détermine la quantité d’ARN produit
  • a un impact sur la quantité de protéines traduites
76
Q

Est ce que tous les gènes sont transcrits (exprimés) avec la même efficacité?

A

Non!!!

77
Q

Qu’est ce qui détermine le niveau de ARNm synthétisé?

A

Le taux de transcription (et non la vitesse, car l’ARN polymérase synthétise toujours à la même vitesse)

78
Q

Qu’est ce qui détermine combien de protéine seront synthétisées?

A

Le taux de transcription (et non la vitesse, car l’ARN polymérase synthétise toujours à la même vitesse)

79
Q

Qu’est ce qui régule le taux de transcription d’un gène?

A

Le taux de transcription est régulé au niveau de l’initiation par la séquence du promoteur et les facteurs de transcription spécifiques que s’y attachent

80
Q

Que pouvons-nous dire sur la vitesse d’élongation de la transcription (ARN polymérase avance comment)?

A

La vitesse reste toujours la même

81
Q

Par quoi l’initiation de la transcription est-elle contrôlée?

A

Des facteurs protéiques

82
Q

Certaines protéines se liant aux séquences de régulation sont des _ de la transcription et d’autres facteurs, sont des _ de la transcription

A
  • activateurs
  • répresseurs (inhibiteurs)
83
Q

Rôle des facteurs activateurs de la transcription

A

Ils facilitent l’assemblage des
facteurs généraux de transcription et de la polymérase sur le promoteur

84
Q

Rôle des facteurs répresseurs (inhibiteurs) de la transcription

A

Ils empêchent l’assemblage des facteurs généraux de transcription et de la polymérase sur le promoteur (séquences qui inhibent la formation du complexe d’initiation)

85
Q

La régulation de la transcription se fait par des facteurs protéiques _ qui _
ou _ la transcription (il en déterminent donc la _)

A
  • spécifiques
  • stimulent
  • inhibent
  • force
86
Q

Les facteurs qui régulent la transcription de l’ADN en ARN se lient où?

A

Ces facteurs se lient à des régions de contrôle spécifiques de la transcription sur l’ADN en amont du promoteur (et même en aval)

87
Q

Comment appelle-t-on les séquences qui activent la transcription?

A

Enhancers

88
Q

Comment appelle-t-on les séquences qui inhibent la transcription?

A

Silencers

89
Q

Quel est le mécanisme (quelques étapes très simples) des séquences régulatrices? (intro + 2 étapes)

A

En se liant l’ADN, les facteurs activateurs ou répresseurs favorisent ou empêchent l’assemblage de l’ARN
polymérase et des protéines de transcription au niveau du promoteur:
1. Des protéines spécifiques reconnaissent les séquences spécifiques de nucléotides (enhancers ou silencers) et s’y lient
2. Leur liaison à l’ADN entraine un changement de conformation de ces complexes et de l’ADN, résultant en activation ou inhibition de la transcription

90
Q

Que peuvent faire les facteurs d’activation de la transcription pour encourager la traduction? (3)

A
  1. Peuvent recruter des facteurs généraux de la transcription
  2. Peuvent recruter l’ARN polymérase
  3. Peuvent attirer des complexes du remodelage de la chromatine (pour exposer les gènes à transcrire)
91
Q

Qu’est-ce qu’un facteur spécifique de transcription?

A

Une protéine qui lie l’ADN et qui influence la transcription positivement (activateur) ou négativement (répresseur)

92
Q

Les facteurs spécifiques de transcription comprennent tous quoi? (2)

A

1- Un domaine de liaison à l’ADN
2- Un domaine d’activation (protéine d’activation) ou un domaine de répression (protéine de répression)

93
Q

Qu’est ce qui arrive lorsque la protéine activatrice se lie à la séquence enhancer pouvant se trouver à des milliers de pb du site d’initiation de la transcription? (2)

A
  • Cela cause une boucle d’ADN
    permettant l’interaction malgré la distance de la protéine activatrice à l’ARN polymérase
  • Cela favorise aussi la formation d’un complexe d’initiation de la transcription:
    (Facteur généraux de
    transcription + ARN polymérase)
94
Q

Comment appelle-t-on le domaine spécifique de liaison à l’ADN pour les facteurs de transcription?

A

DBD

95
Q

Comment appelle-t-on le domaine spécifique d’activation à l’ADN dans les facteurs de transcription?

A

TAD (pour les protéines d’activation)

96
Q

Quel est l’exemple commun d’une cellule qui doit s’adapter aux conditions changeantes de son environnement

A

Hormones glucocorticoïde

(Dans le cas d’effort physique, il y a production de glucocorticoïdes. Cela favorise la transformation du glycogène (réserve énergétique) en glucose)

97
Q

La transformation du glycogène (réserve énergétique) en glucose est possible grâce à quoi?

A

grâce à la présence de l’enzyme convertissant le glycogène qui n’est pas constamment présente dans la cellule, elle est synthétisée seulement au besoin

** Sa synthèse est modulée par la présence de glucocorticoïdes **

98
Q

Les facteurs spécifiques de transcription agissent en _ protéiques qui s’associent aux _ (des séquences d’ADN),
à _ ou à _ du site d’initiation de la transcription

A
  • complexes
  • régions régulatrices du gène
  • proximité
  • distance
99
Q

Les facteurs de transcription (TF) qui se lient à l’ADN et les complexes protéiques qui se lient à ces facteurs déterminent quoi?

A

Ils déterminent l’efficacité/la vitesse d’initiation de la transcription qui varie d’un gène à l’autre et d’une condition à une autre (la somme des signaux fait une résultante, soit le différentiel entre le nombre d’activateurs VS de répresseurs)

100
Q

Le complexe d’initiation de la transcription (ARN polymérase + facteurs généraux de la transcription) est-il identique pour la transcription de tous les gènes ou est-il unique à chaque cellule?

A

Le complexe d’initiation de la transcription est identique pour la transcription de tous les gènes

101
Q

Qu’est ce qui permet de rendre chacun de nos gènes spécifiques et uniques si le complexe d’initiation de la transcription est identique pour tous les gènes?

A

Les facteurs de transcription et complexes protéiques se liant aux régions régulatrices des gènes

102
Q

EXEMPLE POUR L’ACTIVATION DE LA TRANSCRIPTION

Dans le cas du remodelement de la chromatine, quel est l’activateur? (2 choix)

A

Soit:
1. Recrutement d’acétylase d’histone par facteur de transcription activateur de queues d’histones acétylées, pour ainsi donner une meilleure accessibilité à l’ADN
2. Recrutement du complexe de remodelage de la chromatine pour faire glisser nucléosomes masquant le
promoteur)

103
Q

EXEMPLE POUR L’ACTIVATION DE LA TRANSCRIPTION

Après le remodelage de la chromatine pour accessibilité du promoteur que se passe-t-il?

A

Recrutement des facteurs généraux de la transcription + ARN polymérasE

104
Q

EXEMPLE POUR L’ACTIVATION DE LA TRANSCRIPTION

Dans le cas du remodelement de la chromatine, quel est le répresseur?

A

Déacétylases d’histones: effet inverse des activateurs (referment la chromatine)

105
Q

Qu’est-ce qu’un facteur spécifique de transcription?

A

Une protéine qui lie l’ADN et qui influence la transcription positivement (activateur) ou négativement (répresseur)

106
Q

En plus d’un domaine spécifique de liaison à l’ADN (DBD) et un domaine d’activation (TD)/de répression, les facteurs spécifiques de transcription peuvent contenir…

A

… un domaine de réponse à un signal (SSD)