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MMD1042 - Examen 3 > Transcription > Flashcards

Transcription Flashcards

1
Q

Distinguer réplication, transcription et traduction

A
  • Réplication : ADN à ADN
  • Transcription : ADN à ARN
  • Traduction : ARN à protéine
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Q

Quel est le nom de l’enzyme qui permet la transcription ?

A

ARN polymérase

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Q

Dans quel sens est synthétisé l’ARN (via ARN polymérase)

A

Le brin matrice est lu de 3’ à 5’, ce qui donne une synthèse de 5’ à 3’

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Q

Donner des caractéristiques de l’ARN qui le différencie de l’ADN

A
  • Il a une séquence de ribonucléotides (au lieu de désoxyribonucléotides comme dans ADN)
  • Il a la base U au lieu de T (donc AUCG)
  • Il est simple brin
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3
Q

Définir “pseudoknot”

A

Appariement de base entre deux régions simple-brin de boucles

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4
Q

Quelles sont les différentes structures que peut prendre l’ARN dans l’espace ?

A

L’ARN a une structure secondaire et tertiaire

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5
Q

Définir “hétéroduplex”

A

Courte région d’hélice hybride ADN/ARN formée transitoirement (environ 9 nucléotides)

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6
Q

Quelles sont les différences entre l’ARN polymérase et l’ADN polymérase ?

A

ARN polymérase :
- Ne nécessite pas d’amorce
- Ne nécessite pas d’hélicase pour ouvrir l’ADN (le fait lui-même pour procaryote, utilise TFIIH pour eucaryote)
- Transcription moins précise que la réplication

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6
Q

Comment nomme-t-on les séquences qui signalent l’initiation de la transcription à l’ARN polymérase ?

A

Promoteur

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7
Q

Pourquoi la transcription peut être moins précise que la réplication de l’ADN ?

A

Les erreurs ont une durée de vie limitée (celle de la durée de vie de l’ARN)

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8
Q

Comment nomme-t-on les séquences qui signalent la fin (terminaison) de la transcription à l’ARN polymérase ?

A

Terminateur

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9
Q

À quels endroits trouve-t-on le promoteur procaryote ?

A
  • Région -35
  • Région -10

Cela signifie qu’ils sont 35 nucléotides/10 nucléotides avant l’initiation de la transcription

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9
Q

Donner un synonyme de “facteur” (en biochimie ou biologie moléculaire)

A

Protéine

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10
Q

Décrire le concept de séquence consensus

A

Séquence idéale obtenue par analyse statistique des fréquences des bases à chaque position

C’est le résultat d’alignement de plusieurs séquences qui sont comparées unes aux autres

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11
Q

Quelle séquence se retrouve à la région -35 du promoteur procaryote ?

A

5’- TTGACAT - 3’

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11
Q

Quelle séquence se retrouve à la région -10 du promoteur procaryote ?

A

5’-TATAAT-3’

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12
Q

Quel facteur est nécessaire à la transcription chez les procaryote ?

A

Facteur sigma s’associe à la polymérase pour former le complexe d’initiation de la transcription avant de se lier au promoteur

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12
Q

Quel est le point de repère pour l’assemblage du complexe d’initiation de la transcription chez le procaryote

A

La séquence TATAAT (-10)

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13
Q

Vrai ou faux ? Il existe plusieurs facteurs sigma différents

A

Vrai ! Chaque facteur sigma a sa propre spécificité de séquence

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14
Q

Quels sont les courtes séquences reconnues par les facteurs sigma ?

A

Boîtes (régions) -10 et -35

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15
Q

Quel est le lien entre la séquence du promoteur, la séquence consensus et la force du promoteur ?

A

Plus la séquence du promoteur ressemble à la séquence consensus, plus grande sera l’affinité du facteur sigma = promoteur plus fort

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15
Q

L’ARN polymérase avec le facteur sigma est recrutée a/n du promoteur : comment se fait cette reconnaissance moléculaire ?

A

Se fait par les liaisons chimiques faibles :
- Forces de Van de Waals
- Ponts H
- Liens ioniques
- Interactions hydrophobes

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16
Q

Décrire les étapes de la transcription chez le procaryote

A

1- Association du facteur sigma avec ADN avant la transcription
2- Ouverture locale de la double-hélice d’ADN suite à son contact avec ARN polymérase = bulle de transcription
3- Initiation de la synthèse d’ARN (50 nucléotides/seconde)
4- Relâchement du facteur sigma et élongation de l’ARN
5- Rencontre du signal de terminaison (forme que prend l’ARN)
6- ARN polymérase se détache, libère l’ARN

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16
Q

Est-ce que le facteur sigma reste lié avec l’ARN polymérase durant toute la transcription ?

A

Non ! Il est relâché après environ 10 nucléotides

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17
Q

Quel est le rôle du signal de terminaison de la séquence d’ARN chez le procaryote?

A

Permet la formation d’une tige-boucle (hairpin) qui crée une contrainte a/n du complexe ARN polymérase, favorisant le détachement de celui-ci

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17
Q

Quels sont les trois principaux types d’ARN produits par les eucaryotes ? Par quelles enzymes sont-ils produits ?

A
  • ARNr par ARN polymérase I
  • ARNm par ARN polymérase II
  • ARNt et petits ARN (ex. snRNA) par ARN polymérase III
17
Q

Vrai ou faux ? La séquence en tige-boucle est riche en A-T

A

Faux ! Elle est riche en C-G, puis suivie d’une série de U

18
Q

Quel est le rôle de l’ARNr ?

A

Compose les ribosomes

19
Q

Quel est le rôle de l’ARNm ?

A

Codent pour les protéines

20
Q

Quel est le promoteur typique pour l’ARN polymérase II ?

A

Boîte TATA à -25

20
Q

Quel est le rôle de l’ARNt ?

A

Servent d’adaptateur lors de la synthèse protéique

21
Q

Définir ce que sont les facteurs généraux de la transcription (GTF)

A

Protéines qui reconnaissent et se lient aux séquences conservées des promoteurs eucaryotes d’ARN polymérase II

22
Q

Nommer les principaux GTF

A
  • TFIID, avec sous-unité TBP et TAF
  • TFIIB
  • TFIIF
  • TFIIE
  • TFIIH
23
Q

Quel est le rôle de TFIID ?

A
  • Sous-unité TBP : Reconnaît la boîte TATA
  • Sous-unité TAF : reconnait d’autres séquences près du promoteur + régule la TBP
24
Q

Quel est le rôle de TFIIB

A

Positionne adéquatement l’ARN polymérase au début du site de transcription

B = beginning, donc positionne ARN polymérase au début

25
Q

Quel est le rôle de TFIIF

A

Stabilise les intéractions entre l’ARN polymérase et TBP et TFIIB

TFIIF Facilite les interactions

26
Q

Quel est le rôle de TFIIE

A

Attire et régule TFIIH

27
Q

Quel est le rôle de TFIIH

A
  • Cause une séparation des deux brins de l’ADN (rôle hélicase)
  • Effectue une phosphorylation de la queue C-terminale de l’ARN polymérase (rôle kinase), ce qui cause la libération des autres facteurs de transcription = signal de départ
28
Q

Outre la TATA box, quelles autres séquences font parties du promoteur basal de la transcription chez les eucaryotes ?

A
  • CAAT Box (-80)
  • GC Box (-100)

Ces séquences sont impliquées dans la régulation de la transcription des gènes. Elles sont liées par des GTF

29
Q

Qu’est-ce qu’un “enhancer” ? Un “silencer” ?

A
  • Les facteurs spécifiques d’activation de la transcription se lient à des séquences enhancer = active la transcription
  • Les facteurs spécifiques de répression se lient à des séquences silencer = inhibe la transcription
30
Q

Vrai ou faux ? Les enhancer et les silencer sont toujours situées à environ 100 pb du promoteur

A

Faux, elles peuvent se trouver à des milliers de pb et ce, en amont ou en aval du promoteur

31
Q

Comment les séquences enhancer et silencer agissent-elles sur le promoteur si elles en sont très éloignées?

A

Se fait via le repliement de l’ADN (rapproche les sites éloignés)

32
Q

Décrire le processsus d’initiation de la transcription chez l’eucaryote

A

1- Reconnaissance de la boîte TATA (-25) par TFIID (qui comprend TBP, TATA binding protein)
2- Recrutement de TFIIB par TFIID
3- Recrutement de l’ARN polymérase II
4- Recrutement d’autres facteurs de transcription (TFIIF, TFIIE, TFIIH)

33
Q

Vrai ou faux ? L’ARN polymérase ne reconnaît pas le promoteur directement

A

Vrai : l’ARN polymérase n’est fixée à la boîte TATA que via les GTF

34
Q

Quel GTF continue avec l’ARN polymérase (n’est pas libéré suite à la phosphorylation de l’ARN polymérase II) ?

A

TFIID (qui comprend TBP)

35
Q

Vrai ou faux ? La synthèse de l’ARN eucaryote débute uniquement lorsque les GTFs sont libérés de l’ARN polymérase II

A

Vrai (sauf TFIID qui reste lié)

36
Q

Décrire comment l’ARN eucaryote peut être transcrit et modifié simultanément dans le noyau

A

Des facteurs de maturation du pré-ARNm se lient à la queue C-terminales de l’ARN polymérase II

37
Q

Quelle est la séquence de terminaison chez les eucaryotes ?

A

AAUAAA (ne forme PAS une tige-boucle)

38
Q

Comment se produit la terminaison de la transcription chez les eucaryotes ?

A
  • Le terminateur est une séquence dans le pré-ARNm transcrit (AAUAAA)
  • Le pré-ARNm est clivé et polyadénylé
  • La polymérase se détache
38
Q

Comment est régulé la quantité totale d’ARN dans une cellule ?

A

Régulée a/n de l’initiation de sa syntèse (transcription) et de sa dégradation

39
Q

Quelle est la demi-vie des ARNm ?

A

De quelques minutes à quelques heures, en moyenne 4.8 minutes

40
Q

Définir ce qu’est une demie-vie ?

A

Temps que ça prend pour arriver à 50% de la quantité initiale d’un produit X

Demi-vie x2 n’est pas équivalent à la durée de vie du produit

41
Q

À quoi sert la régulation de la transcription (rôle plus général) ?

A

Expression d’un gène au “bon moment”

42
Q

Comment est régulé le taux de transcription d’un gène ?

A

Régulé a/n de l’initiation par la séquence du promoteur et les facteurs de transcription spécifiques qui s’y attachent

  • La régulation se fait par des facteurs protéiques spécifiques qui stimulent ou inhibent la transcription
43
Q

Vrai ou faux ? La vitesse d’élongation de la transcription varie selon l’affinité du promoteur

A

FAUX, la vitesse d’élongation de la transcription reste toujours la même

43
Q

Comment agissent les activateurs de la transcription ?

A

Les activateurs de la transcription sont des protéines qui se lient aux séquences de régulation et qui facilitent l’assemblage des GTFs et de la polymérase sur le promoteur
- Se lient à des séquences enhancer

44
Q

Comment agissent les répresseurs de la transcription ?

A

Les répresseurs sont des protéines qui se lient aux séquences de régulation et qui empêchent l’assemblage des GTFs et de la polymérase sur le promoteur
- Se lient à des séquences silencer

45
Q

Si un facteur de transcription recrute des acétylases d’histone, est-il activateur ou répresseur ?

A

Activateur, car l’acétylation des histones décondense la chromatine = meilleur accès à l’ADN

45
Q

Par quels mécanismes les facteurs d’activation peuvent-ils stimuler la transcription?

A
  • Recruter des GTFs et l’ARN polymérase II
  • Attirer des complexes de remodelage de la chromatine, qui vont décondenser cette dernière
  • Attirer des modificateurs de la chromatine

Les répresseurs font le contraire

46
Q

Quels sont les deux domaines que contiennent les facteurs spécifiques de la transcription ?

A
  • Domaine de liaison à l’ADN
  • Domaine d’activation ou de répression (selon le type de protéine)
47
Q

Vrai ou faux ? Les facteurs de transcription qui se lient à l’ADN déterminent la vitesse d’élongation dans la transcription

A

Faux, ils déterminent la vitesse d’initiation de la transcription qui varie d’un gène à l’autre et d’une condition à l’autre

47
Q

De quoi est composé le complexe d’initiation de la transcription ?

A

ARN polymérase + GTFs = identique pour tous les gènes

48
Q

Les facteurs de transcription et les complexes protéiques sont-ils identiques dans tous les gènes ?

A

Non.. ce sont les mêmes, mais dans des combinaisons spécifiques pour chaque gène

49
Q

Donner un exemple de la modulation de l’expression des gènes avec les hormones glucocorticoides

A

L’enzyme qui convertit le glycogène en glucose est seulement présente lors de la présence de glucocorticoides (par exemple lors d’un effort physique)

MMD1042 - Examen 3 (9 decks)

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