Transcription Flashcards
Que fait la transcription
Transforme l’ADN en ARN
Comment fonctionne l’ARN pol
Synthétise l’ARN de 5’ à 3’
Synthétise une copie complémentaire du brin matrice (qui est lu de3’ à 5’)
L’ARN a la séquence du brin d’ADN codant, mais avec des ribonucléotides au lieu de désoxyribonucléotides et des U au lieu de T
Quelle est la structure de l’ARN
À cause des intéractions entre bases, elle a une structure secondaire et tertiaire
Que sont les pseudoknot
Appariement de bases entre deux régions simple-brin de boucles dans la structure secondaire de l’ARN
Décrit l’Action de l’ARN pol
Déroulement de l’ADN au fur et à mesure de la synthèse d’ARN par l’ARN pol
Reformation de la double hélice en arrière de l’ARN pol
Courte région d’hélice hybride ADN/ARN formée transitoirement (hétéroduplex)
Caractéristiques de l’ARN pol
Synthétise l’ARN en copiant d’un brin matrice d’ADN
Transcrit de 5’ à 3’
PAs besoin d’Amorce
Transcription n’A pas à être aussi précise que la réplication puisque les erreurs ont une durée de vie limitée correspondant à la durée de vie du transcrit
Crée des liens phosphodiesters entre les nucléotides à son site actif
Comment l’ARN pol sait ou commencer
Séquences sur l’ADN signalent l’initiation et terminaison
Promoteur=initiation de la transcription
Terminateur=terminaison de la transcription
De quoi a besoin la polymérase pour initier et terminer la transcription
Facteurs protéiques et signaux dans l’ADN
Que fait le facteur sigma
Dans les procaryotes, s’associe à la polymérase pour former le complexe d’initiation de la transcription
Ou est recrutée et relachée l’ARN pol
Promoteur, avec le facteur sigma
Signal de stop
Quand est relaché le facteur sigma
10 nucléotides après l’initiation de la transcription
Quand est relachée l’ARN pol de l’ADN
Au niveau d’un signal de stop (arrêt de la transcription)
Qu’est-ce que la séquence consensus ou canonique
Ordre calculé des nucléotidiques ou aa trouvés à chaque position dans un alignement de séquences
Représente les résultats d’alignements de séquences multiples dans lesquels des séquences apparentées sont comparées les unes aux autres
Des pourcentages des motifs de séquences similaires sont ainsi calculés pour chaque position
Qu’est-ce que le facteur sigma
Nécessaire à l’initiation de la transcription qui permet la sélection du promoteur du gène à transcrire
Il y a plusieurs facteurs sigma chez les procaryotes
S’associe à la polymérase pour former le complexe d’initiation de la transcription avant de se lier au promoteur
Que reconnaissent les facteurs sigma
Une paire de courts motifs (séquences) conservés: appelés boites -10 et -35 à cause de leur distance du site d’initiation de la transcription
LA position de cette séquence consensus dicte le brin à utiliser ainsi que le sens de la transcription
Qu’est-ce que la séquence consensus des promoteurs
Séquence idéale obtenue par analyse statistique des fréquences des bases à chaque position
Qu’est-ce qu’un promoteur fort
Plus la séquence d’un promoteur est similaire à la séquence consensus (idéale) plus grande sera l’affinité du facteur sigma et plus grande sera l’efficacité d’initiation de la transcription
Ou est le point de repère de l’assemblage du complexe d’initiation de la transcription
La séquence TATAAT (-10)
Comment se fait la reconnaissance du promoteur par l’ARN pol avec le facteur sigma
Liens chimiques faibles
Décrit la transcription procaryotee
1) le facteur sigma s’associe à l’ARN polymérase avant la transcription. Ce complexe ira se fixer sur le promoteur.
2) Le contact de l’ARN polymérase avec le promoteur entraine l’ouverture locale de la double hélice d’ADN : bulle de transcription
3) Initiation de la synthèse d’ARN à 50 ribonucléotides/seconde
4-5) Relachement du facteur sigma après la synthèse d’une chaine de +/- 10 ribonucléotides ET élongation
6) Rencontre du signal de terminaison: il s’agit de la forme que prend l’ARN grâce aux appariements locaux intramoléculaires. Lorsque l’ARN se met sous cette forme, cela indique à l’ARN polymérase qu’elle doit être relâchée
7) L’ARN pol se détache, libérant l’ARN. L’ARN pol peut ensuite aller retrouver un facteur sigma pour enclencher une nouvelle transcription
De quoi est composé le signal de terminaison eucaryote
2 boites riches en G et C
À l’extrémité de l’ARN néo-synthétisé se trouve le signal de terminaison de la transcription encodée par l’ADN. La séquence d’ARN transcrite du signal de terminaison permet la formation d’une tige-boucle riche en G-C (hairpin, épingle à cheveux) suivi d’une série de U qui crée une contrainte au niveau du complexe de l’ARN polymérase
Cela favorise le détachement de l’ARN polymérase
Combien d’ARN pol chez les eucaryotes
3 et produisent plusieurs types d’ARN
ARNm qui codent pour les protéines (ARN pol II)
ARNr qui composent les ribosomes (ARN pol I)
ARNt qui servent d’adaptateur lors de la synthèse protéique (ARN pol III)
Petits ARN qui sont utilisés dans différents processus cellulaires (ARN pol III) comme les snRNA et snoRNA
Décrit le promoteur pour l’ARN pol II dans les eucaryotes
Beaucoup plus complexe que pour les procaryotes
LA boite TATA située 25 pb en amont du site d’initiation de la transcription sert de point de repère pour l’assemblage du complexe d’initiation de la transcription
Des facteurs généraux de la transcription recnnaissent et se lient à la boite pour former le complexe d’initiation de la transcription avec l’ARN pol II
D’autres séquences d’ADN conservées à -80 pb (la CAAT box) et à -100 pb (la GC box) font partie du promoteur basal et augmentent son efficacité. Ces séquences sont impliquées dans la régulation de la transcription des gènes et sont liées par des GTF et par des facteurs (protéines) activateurs spécifiques
Quels sont les basal transcription factors
GTF (facteurs de transcription généraux)
TFIID: composé de la sous-unité TBP qui reconnait la boite TATA et de la sous-unité TAF qui reconnait les autres séquences d’ADN près de l’origine de transcription et régule la liaison à l’ADN pour la TBP
TFIIB: positionne correctement l’ARN pol au site de début de transcription
TFIIF: stabilise les interactions de l’ARN pol avec TBP et TFIIB, aide à attirer TFIIE et TFIIH (la régule aussi)
TFIIE: attire et régule TFIIH
TFIIH: sépare les brins d’ADN au site de début de transcription, phosphoryle Ser5 de l’ARN pol CTD; libère ARN pol du promoteur
Que sont les autres séquences d’ADN impliquées dans la régulation des gènes
Des facteurs spécifiques d’activation se lient à des séquences enhancers, haussant la puissance du promoteur
Des facteurs spécifiques de répression se lient à des séquences silencer, baissant la puissance du promoteur
Ou sont les enhancers/silencers
Pevent être à des milliers de pb en amont ou aval du promoteur
Comment agissent les enhancers/silencers
Peuvent agir car la molécule d’ADN peut se courber, ils peuvent donc être proches même si linéairement loin du promoteur
Décrit l’iitiation dans les eucaryotes
Promoteur est caractérisé par la boite TATA en -25, à laquelle des GTF s’associent. GTF+ARN pol II forment le complexe d’initiation de la transcription
À quoi se fixe l’ARN polymérase
Au niveau du promoteur, mais elle est fixée à la boite TATA que via les GTF et ne reconnait pas le promoteur directement
C’est les TFIID et TFIIB qui s’associent à l’ADN du promoteur
Décrit l’assemblage du complexe d’initiation de la transcription au promoteur
Reconnaissance de la boite TATA par TFIID (complexe contenant TBP)
Recrutement de TFIIB par TFIID qui est lié à L’ADN
Recrutement de l’ARN pol II
+ de facteurs généraux de transcription TFIIF, TFIIE, TFIIH
TFIIH cause une séparation des deux brins de l’ADN (fonction hélicase)
TFIIH effectue une phosphorylation de la queue C-terminale de l’ARN pol, ce qui cause la libération des autres facteurs de transcription TFIIB TFIIE TFIIF TFIIH, ce qui annonce à l’ARN pol que tout est en place pour commencer la transcription et l’élongation de la chaîne d’ARN
C’est le signal de départ
Est-ce que TFIID est libéré par la transcription
Non. continuent dans le processus d’élongation
Qu’est-ce qui se lie à la queue C-terminale phosphorylée de l’ARN pol
Facteurs de maturation de pré-ARNm comme capping factors, polyadenylation factors, splicing factors
Comment se fait la terminaison chez eucaryotes
Est couplée à la polyadénylation
Comment se fait la terminaison chez eucaryotes
Est couplée à la polyadénylation
Terminateur est une séquence dans le pré-ARNm transcrit qui est aussi le signal de polyadénylation: AAUAAA
Pré-ARNm clivé et polyadénylé
La polymérase se détache
Comment est controlée l’abondance d’ARN
Au niveau de l’initiation de la synthèse (transcription) et il y a aussi régulation au niveau de la dégradation
Demi-vie moyenne de la plupart des ARNm
4,8 min
Pourquoi réguler la transcription
Pour s’Adapter aux conditions changeantes de l’environnement, ce qui implique les changements des patrons d’expression des gènes, certains étant induits, d’autres réprimés
Quel est l’effet de l’efficacité de la transcription
Détermine qté d’ARN produit, donc qté de protéines traduites
Comment est régulé le taux de transcription d’un gène
Au niveau de l’initiation par la séquence du promoteur et les facteus de transcription spécifiques qui s’y attachent
Que font les répresseurs
Empeche assemblage des GTF et de la polymérase sur le promoteur
Comment transcription est activée ou inhibée
Facteurs d’Activation peuvent recruter des facteurs généraux de la transcription et l’ARN pol II, attirer des complexes de remodelage de la chromatine qui décondensent ou attirer des modificateurs de la chromatine
Répresseurs font le contraire
Quels domaines comprennent les facteurs spécifiques de transcription
Un domaine de liaison à l’ADN
Un domaine d’activation (protéine d’activation) ou un domaine de répression (protéine de répression)
Décrit les hormones glucocorticoïdes
Dans le cas d’effort physique, il y a production de glucocorticoïdes, favorisant la transformation du glycogène (réserve énergétique) en glucose.
Cette transformation est possible grâce à la présence de l’enzyme convertissant le glycogène
Cette enzyme n’est pas constamment présente dans la cellule, elle est synthétisée seulement a besoin. Sa synthèse est modulée par la présence de glucocorticoïdes
Comment est le complexe d’initiation pour les gènes
Identique pour tous les gènes
Facteurs de transcription et complexes protéiques spécifiques se liant aux régions régulatrices des gènes sont dans des combinaisons sépcifiques pour chaque gène
