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MMD1042 > Transcription > Flashcards

Transcription Flashcards

1
Q

Que fait la transcription

A

Transforme l’ADN en ARN

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Q

Comment fonctionne l’ARN pol

A

Synthétise l’ARN de 5’ à 3’
Synthétise une copie complémentaire du brin matrice (qui est lu de3’ à 5’)
L’ARN a la séquence du brin d’ADN codant, mais avec des ribonucléotides au lieu de désoxyribonucléotides et des U au lieu de T

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Q

Quelle est la structure de l’ARN

A

À cause des intéractions entre bases, elle a une structure secondaire et tertiaire

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Q

Que sont les pseudoknot

A

Appariement de bases entre deux régions simple-brin de boucles dans la structure secondaire de l’ARN

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5
Q

Décrit l’Action de l’ARN pol

A

Déroulement de l’ADN au fur et à mesure de la synthèse d’ARN par l’ARN pol
Reformation de la double hélice en arrière de l’ARN pol
Courte région d’hélice hybride ADN/ARN formée transitoirement (hétéroduplex)

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6
Q

Caractéristiques de l’ARN pol

A

Synthétise l’ARN en copiant d’un brin matrice d’ADN
Transcrit de 5’ à 3’
PAs besoin d’Amorce
Transcription n’A pas à être aussi précise que la réplication puisque les erreurs ont une durée de vie limitée correspondant à la durée de vie du transcrit
Crée des liens phosphodiesters entre les nucléotides à son site actif

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7
Q

Comment l’ARN pol sait ou commencer

A

Séquences sur l’ADN signalent l’initiation et terminaison
Promoteur=initiation de la transcription
Terminateur=terminaison de la transcription

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8
Q

De quoi a besoin la polymérase pour initier et terminer la transcription

A

Facteurs protéiques et signaux dans l’ADN

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9
Q

Que fait le facteur sigma

A

Dans les procaryotes, s’associe à la polymérase pour former le complexe d’initiation de la transcription

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10
Q

Ou est recrutée et relachée l’ARN pol

A

Promoteur, avec le facteur sigma
Signal de stop

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11
Q

Quand est relaché le facteur sigma

A

10 nucléotides après l’initiation de la transcription

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12
Q

Quand est relachée l’ARN pol de l’ADN

A

Au niveau d’un signal de stop (arrêt de la transcription)

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13
Q

Qu’est-ce que la séquence consensus ou canonique

A

Ordre calculé des nucléotidiques ou aa trouvés à chaque position dans un alignement de séquences
Représente les résultats d’alignements de séquences multiples dans lesquels des séquences apparentées sont comparées les unes aux autres
Des pourcentages des motifs de séquences similaires sont ainsi calculés pour chaque position

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14
Q

Qu’est-ce que le facteur sigma

A

Nécessaire à l’initiation de la transcription qui permet la sélection du promoteur du gène à transcrire
Il y a plusieurs facteurs sigma chez les procaryotes
S’associe à la polymérase pour former le complexe d’initiation de la transcription avant de se lier au promoteur

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15
Q

Que reconnaissent les facteurs sigma

A

Une paire de courts motifs (séquences) conservés: appelés boites -10 et -35 à cause de leur distance du site d’initiation de la transcription
LA position de cette séquence consensus dicte le brin à utiliser ainsi que le sens de la transcription

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16
Q

Qu’est-ce que la séquence consensus des promoteurs

A

Séquence idéale obtenue par analyse statistique des fréquences des bases à chaque position

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17
Q

Qu’est-ce qu’un promoteur fort

A

Plus la séquence d’un promoteur est similaire à la séquence consensus (idéale) plus grande sera l’affinité du facteur sigma et plus grande sera l’efficacité d’initiation de la transcription

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18
Q

Ou est le point de repère de l’assemblage du complexe d’initiation de la transcription

A

La séquence TATAAT (-10)

19
Q

Comment se fait la reconnaissance du promoteur par l’ARN pol avec le facteur sigma

A

Liens chimiques faibles

20
Q

Décrit la transcription procaryotee

A

1) le facteur sigma s’associe à l’ARN polymérase avant la transcription. Ce complexe ira se fixer sur le promoteur.
2) Le contact de l’ARN polymérase avec le promoteur entraine l’ouverture locale de la double hélice d’ADN : bulle de transcription
3) Initiation de la synthèse d’ARN à 50 ribonucléotides/seconde
4-5) Relachement du facteur sigma après la synthèse d’une chaine de +/- 10 ribonucléotides ET élongation
6) Rencontre du signal de terminaison: il s’agit de la forme que prend l’ARN grâce aux appariements locaux intramoléculaires. Lorsque l’ARN se met sous cette forme, cela indique à l’ARN polymérase qu’elle doit être relâchée
7) L’ARN pol se détache, libérant l’ARN. L’ARN pol peut ensuite aller retrouver un facteur sigma pour enclencher une nouvelle transcription

21
Q

De quoi est composé le signal de terminaison eucaryote

A

2 boites riches en G et C
À l’extrémité de l’ARN néo-synthétisé se trouve le signal de terminaison de la transcription encodée par l’ADN. La séquence d’ARN transcrite du signal de terminaison permet la formation d’une tige-boucle riche en G-C (hairpin, épingle à cheveux) suivi d’une série de U qui crée une contrainte au niveau du complexe de l’ARN polymérase
Cela favorise le détachement de l’ARN polymérase

22
Q

Combien d’ARN pol chez les eucaryotes

A

3 et produisent plusieurs types d’ARN
ARNm qui codent pour les protéines (ARN pol II)
ARNr qui composent les ribosomes (ARN pol I)
ARNt qui servent d’adaptateur lors de la synthèse protéique (ARN pol III)
Petits ARN qui sont utilisés dans différents processus cellulaires (ARN pol III) comme les snRNA et snoRNA

23
Q

Décrit le promoteur pour l’ARN pol II dans les eucaryotes

A

Beaucoup plus complexe que pour les procaryotes
LA boite TATA située 25 pb en amont du site d’initiation de la transcription sert de point de repère pour l’assemblage du complexe d’initiation de la transcription
Des facteurs généraux de la transcription recnnaissent et se lient à la boite pour former le complexe d’initiation de la transcription avec l’ARN pol II
D’autres séquences d’ADN conservées à -80 pb (la CAAT box) et à -100 pb (la GC box) font partie du promoteur basal et augmentent son efficacité. Ces séquences sont impliquées dans la régulation de la transcription des gènes et sont liées par des GTF et par des facteurs (protéines) activateurs spécifiques

24
Q

Quels sont les basal transcription factors

A

GTF (facteurs de transcription généraux)
TFIID: composé de la sous-unité TBP qui reconnait la boite TATA et de la sous-unité TAF qui reconnait les autres séquences d’ADN près de l’origine de transcription et régule la liaison à l’ADN pour la TBP
TFIIB: positionne correctement l’ARN pol au site de début de transcription
TFIIF: stabilise les interactions de l’ARN pol avec TBP et TFIIB, aide à attirer TFIIE et TFIIH (la régule aussi)
TFIIE: attire et régule TFIIH
TFIIH: sépare les brins d’ADN au site de début de transcription, phosphoryle Ser5 de l’ARN pol CTD; libère ARN pol du promoteur

25
Q

Que sont les autres séquences d’ADN impliquées dans la régulation des gènes

A

Des facteurs spécifiques d’activation se lient à des séquences enhancers, haussant la puissance du promoteur
Des facteurs spécifiques de répression se lient à des séquences silencer, baissant la puissance du promoteur

26
Q

Ou sont les enhancers/silencers

A

Pevent être à des milliers de pb en amont ou aval du promoteur

27
Q

Comment agissent les enhancers/silencers

A

Peuvent agir car la molécule d’ADN peut se courber, ils peuvent donc être proches même si linéairement loin du promoteur

28
Q

Décrit l’iitiation dans les eucaryotes

A

Promoteur est caractérisé par la boite TATA en -25, à laquelle des GTF s’associent. GTF+ARN pol II forment le complexe d’initiation de la transcription

29
Q

À quoi se fixe l’ARN polymérase

A

Au niveau du promoteur, mais elle est fixée à la boite TATA que via les GTF et ne reconnait pas le promoteur directement
C’est les TFIID et TFIIB qui s’associent à l’ADN du promoteur

30
Q

Décrit l’assemblage du complexe d’initiation de la transcription au promoteur

A

Reconnaissance de la boite TATA par TFIID (complexe contenant TBP)
Recrutement de TFIIB par TFIID qui est lié à L’ADN
Recrutement de l’ARN pol II
+ de facteurs généraux de transcription TFIIF, TFIIE, TFIIH
TFIIH cause une séparation des deux brins de l’ADN (fonction hélicase)
TFIIH effectue une phosphorylation de la queue C-terminale de l’ARN pol, ce qui cause la libération des autres facteurs de transcription TFIIB TFIIE TFIIF TFIIH, ce qui annonce à l’ARN pol que tout est en place pour commencer la transcription et l’élongation de la chaîne d’ARN
C’est le signal de départ

31
Q

Est-ce que TFIID est libéré par la transcription

A

Non. continuent dans le processus d’élongation

32
Q

Qu’est-ce qui se lie à la queue C-terminale phosphorylée de l’ARN pol

A

Facteurs de maturation de pré-ARNm comme capping factors, polyadenylation factors, splicing factors

33
Q

Comment se fait la terminaison chez eucaryotes

A

Est couplée à la polyadénylation

34
Q

Comment se fait la terminaison chez eucaryotes

A

Est couplée à la polyadénylation
Terminateur est une séquence dans le pré-ARNm transcrit qui est aussi le signal de polyadénylation: AAUAAA
Pré-ARNm clivé et polyadénylé
La polymérase se détache

35
Q

Comment est controlée l’abondance d’ARN

A

Au niveau de l’initiation de la synthèse (transcription) et il y a aussi régulation au niveau de la dégradation

36
Q

Demi-vie moyenne de la plupart des ARNm

A

4,8 min

37
Q

Pourquoi réguler la transcription

A

Pour s’Adapter aux conditions changeantes de l’environnement, ce qui implique les changements des patrons d’expression des gènes, certains étant induits, d’autres réprimés

38
Q

Quel est l’effet de l’efficacité de la transcription

A

Détermine qté d’ARN produit, donc qté de protéines traduites

39
Q

Comment est régulé le taux de transcription d’un gène

A

Au niveau de l’initiation par la séquence du promoteur et les facteus de transcription spécifiques qui s’y attachent

40
Q

Que font les répresseurs

A

Empeche assemblage des GTF et de la polymérase sur le promoteur

41
Q

Comment transcription est activée ou inhibée

A

Facteurs d’Activation peuvent recruter des facteurs généraux de la transcription et l’ARN pol II, attirer des complexes de remodelage de la chromatine qui décondensent ou attirer des modificateurs de la chromatine
Répresseurs font le contraire

42
Q

Quels domaines comprennent les facteurs spécifiques de transcription

A

Un domaine de liaison à l’ADN
Un domaine d’activation (protéine d’activation) ou un domaine de répression (protéine de répression)

43
Q

Décrit les hormones glucocorticoïdes

A

Dans le cas d’effort physique, il y a production de glucocorticoïdes, favorisant la transformation du glycogène (réserve énergétique) en glucose.
Cette transformation est possible grâce à la présence de l’enzyme convertissant le glycogène
Cette enzyme n’est pas constamment présente dans la cellule, elle est synthétisée seulement a besoin. Sa synthèse est modulée par la présence de glucocorticoïdes

44
Q

Comment est le complexe d’initiation pour les gènes

A

Identique pour tous les gènes
Facteurs de transcription et complexes protéiques spécifiques se liant aux régions régulatrices des gènes sont dans des combinaisons sépcifiques pour chaque gène

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