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Biologie moléculaire > Transcription > Flashcards

Transcription Flashcards

1
Q

Vrai ou Faux

L’ARN polymérase a besoin d’un promoteur et initiateur pour faire la transcription?

A

Faux

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Q

Nommez les trois types d’ARN correspondant aux 3 polymérases

A

Pol I : ARN ribosomique
Pol II : ARN messager
Pol III : ARN de transfert

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3
Q

Quel est le type d’ARN le plus diversifié?

A

L’ARN non-codant est plus diversifié.

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4
Q

Quel est la polymérase dans l’ARN codant?

A

Polymérase II

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5
Q

Quel est l’ion qui se lie au site catalytique dans l’ARN polymérase?

A

Mg 2+

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6
Q

Quels sont les étapes du cycle de transcription?

A

Initiation
Élongation
Terminaison

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7
Q

À quoi sert le promoteur?

A

Le promoteur reconnait l’ARN polymérase et permet son recrutement. Ça détermine également le brin matrice et l’endroit ou débute la transcription.
Important pour la régulation de l’expression génétique.

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8
Q

Vrai ou faux

La liaison à l’ADN entraine des changements de structure au niveau de la polymérase?

A

Vrai

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9
Q

Lors de la formation de la bulle de transcription, l’ADN est sous forme de simple brin ou double brin?

A

simple brin

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10
Q 
Quelle est la phase de ces actions : 
Synthèse d'ARN
Déroule d'ADN en aval
Dissocie l'hybride ADN:ARN de la matrice durant sa progression
Réassocie les brins d'ADN en arrière
Corrige les erreurs potentielles
A

Élongation

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11
Q

Pourquoi la terminaison est essentielle?

A

Pour la relâche de l’ARN, le recyclage des composantes transcriptionnelles et pour prévenir l’interférence transcriptionnelle

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12
Q

Vrai ou Faux

La Pol II peut fixer un promoteur sans la liaison préalable de certaines protéines essentielles?

A

Faux

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13
Q

Qu’est-ce que le complexe TFIID?

A

C’est un complexe de plusieurs sous-unités critique pour la reconnaissance du promoteur.
Le TATA-binding protein (TBP) est une sous-unité de TFIID.
Reconnaissance de TBP à la boite TATA favorise la liaison de TFIID au promoteur.
Les TBP-associated factors vont reconnaitre d’aitres éléments de séquences au promoteur.

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14
Q

Les TATA box sont riche en quoi?

A

A et T

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15
Q

Quelles sont les étapes pour l’initiation de la transcription?

A

Étape #1 Liaison des séquences promotrices par complexe TFIID
Étape #2 Recrutement des facteurs TFIIA et TFIIB
Étape #3 Recrutement de l’ARN polymérase II
Étape #4 Recrutement de TFIIE et TFIIH = complexe de préinitiation
Étape #5 Libération de la Pol II du promoteur et phosphorylation du CTD

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16
Q

TFIID attire quels facteurs d’initiation de la transcription?

A

TFIIA et TFIIB

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17
Q

Vrai ou faux

Le recrutement de TFIID entraine des changements de conformation dans l’ADN

A

Vrai

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18
Q

La liaison asymétrique de TFIIB contribue à quoi?

A

La liaison asymétrique de TFIIB contribue à la directionalité de la transcription à un promoteur (plusieurs promoteurs sont bi-directionnels)

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19
Q

Quelles intéractions stabilisent le recrutement stable de la polymérase en complexe avec le facteur TFIIF lors du recrutement de l’ARN polymérase II?

A

Intéractions entre TFIIB et Pol II

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20
Q

TFIIE contribue au recrutement et à la régulation de quel complexe?

A

TFIIH

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21
Q

En quoi consiste le complexe TFIIH?

A

TFIIH est un complexe de 10 sous-unités.
Ce complexe possède activités Hélicase/ATPases et kinases.
Essentiel pour l’initiation de la transcription

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22
Q

À quoi servent les activités hélicase et ATPase?

A

Ces activités servent à ouvrir la double hélice pour fomer la bulle de transcription en aval du promoteur.
L’hélicase dénature la double hélice pour former un simple brin.

23
Q

Quelle est la grande sous-unité de l’ARN polymérase II chez les eucaryotes qui possède un domaine carboxy-terminal?

A

C’est le domaine CTD.

24
Q

En quoi consiste le CTD?

A

Le CTD consiste en 52 répétitions de la séquence consensus Y-S-P-T-S-P-S
Généralement hypo-phosphorylé au promoteur d’un gène
La relâche de la Pol II du promoteur nécessite la phosphorylation du CTD de RPB1 par une protéine faisant partie du complexe TFIIH.
Phosphorylé et peut phosphorylé

25
Q

Vrai ou faux

L’ADN est généralement nu dans les cellules?

A

Faux

26
Q

Qu’est-ce qui complique la liaison des facteurs de transcription et de la polymérase au promoteur?

A

L’ADN est empaqueté sous forme de chromatine in vivo

27
Q

Quelles protéines régulatrices de la transcription aident au recrutement de la polymérase au promoteur?

A

Les activateurs

28
Q

Quel complexe est nécessaire pour l’activation de la transcription in vivo?

A

Le complexe Médiateur

29
Q

À quoi sert le complexe Médiateur?

A

Une face du complexe Médiateur s’associe à la Pol II via le CTD.
Différentes sous-unité du Médiateur interagissent avec différents activateurs afin d’attirer la Pol II à des gènes spécifiques.
Active l’expression de certains gènes, facilite le recrutement pour l’initiation de la transcription.

30
Q

Vrai ou faux

La majorité des promoteurs chez les cellules de mammifères n’ont pas de boite TATA?

A

Vrai

31
Q

Qu’es qui se passe lors d’une absence d’une boite TATA?

A

La TBP est recrutée via TFIID de manière moins spécifique et donc, des 2 côtés des activateurs pour former 2 pic indépendants.
La transcription divergente ne sera pas efficace au-delà du promoteur.

32
Q

Quelle technique permet de distinguer l’orientation de la transcription?

A

NET-seq

Native elongating transcript

33
Q

Quelle technique ne permet pas de déterminer la directionalité de la transcription?

A

ChIP-seq

Chromatin immunoprecipitation

34
Q

Quelles sont les 2 particularités de l’initiation de la transcription que NET-seq a permis d’observer?

A
  • Initiation bi-directionnelle

- Pause de la Pol II proximal au promoteur

35
Q

Quelles sont les étapes du mécanisme proposé pour la pause de la PolII?

A

Assemblage du PIC au promoteur
La pause se produit brièvement après l’initiation de la Pol II
La pause nécessite le recrutement des facteurs : NELF et DSIF
-Le recrutement de la kinase P-TEFb entraine la phosphorylation du complexe DSIF-NELF et du CTD de la Pol II
-La phosphorylation de DSIF permet sa dissociation de NELF et relache la polymérase en pause en élongation productive
-Dissociation du promoteur et des facteurs de transcription
-La fonction de la pause reste incertaine , elle pourrait :
Garder le promoteur ouvert
Activation rapide de la transcription

36
Q

La Pol II se déplace en quelle direction?

A

3’->5’ en dissociant le duplex d’ADN devant et en ajoutant des rNTPs à l’ARN naissant

37
Q

L’élongation de la Pol II se fait au travers de quelle structure?

A

Au travers le nucléosome

38
Q

Vrai ou faux

Le CTD est unique à la Pol II?

A

Vrai

39
Q

Le CTD est décoré par une grande variété de modifications co-traductionnelle ou post-traductionnelle?

A

Post-traductionnelles

40
Q

À quoi sert en particulier la terminaison?

A

La terminaison est la dissociation de la Pol II de la matrice d’ADN.
Relié à l’étape de maturation en 3’ de l’ARNm = polyadénylation
-La majorité des gènes montrent une accumlation de Pol II en 3’
-Cette accumulation est interprété comme une pause de la Pol II en 3’ des gènes codant pour des ARNm
-Cette pause faciliterait le transfert de la machinerie de clivage et polyadénylation du CTD à des séquences spécifiques sur l’ARN naissant

40
Q

À quoi sert en particulier la terminaison?

A

La terminaison est la dissociation de la Pol II de la matrice d’ADN.
Relié à l’étape de maturation en 3’ de l’ARNm = polyadénylation
-La majorité des gènes montrent une accumlation de Pol II en 3’
-Cette accumulation est interprété comme une pause de la Pol II en 3’ des gènes codant pour des ARNm
-Cette pause faciliterait le transfert de la machinerie de clivage et polyadénylation du CTD à des séquences spécifiques sur l’ARN naissant

41
Q

En quoi consiste le modèle de transcription par du gene looping?

A

Rapprochement des extrémités 5’ et 3’ du gène pour faciliter la ré-initiation de la transcription.
Certains gènes fortement exprimés semblent transcrit à proximité du pore nucléaire ( faciliterait également l’export des ARNm)

42
Q

Qu’est-ce qu’un R-loop?

A

Une structure d’acides nucléiques à 3 brins formées par un hybride ARN:ADN avec l’ADN simple brin non matrice déplacé.
Sa formation est importante pour la commutation de classe des gènes codant pour les immunoglobulines. Ils permettent au complexe AID d’agir sur le simple brin d’ADN et de convertir les dC pour des dU, ce qui provoquerait des évènements de recombinaisons.
Accumulation de R-loop = Instabilité génomique

43
Q

Transcription par l’ARN polymérase I sur quel type d’ARN?

A

rRNA représente 75-80% de l’ARN total d’une cellule

Copies actives et non-actives (transcription)

44
Q

Quelles sont les deux parties du promoteur RNA Pol I?

A
  • Promoteur central

- Éléments de contrôle en amont qui est localisé 100-150 pb en amont

45
Q

À quoi ressemble l’ADN ribosomal durant la transcription par l’ARN polymérase I?

A

Un sapin de Noel

46
Q

Quelles sont les étapes de la terminaison lors de la transcription de l’ARN polymérase?

A

Les éléments de séquences importants situés en 3’ du rDNA avec région A-T riche et boites SaI.
Une protéine TTF-1 reconnait les boites SaI
La présence de TTF-1 aux boite SaI induirait une pause transcriptionnelle
Cette pause permettrait le recrutement d’un facteur de relache, PTRF, qui déstabiliserait l’hybride A-U rich dans le site actif de la Pol I, libérant ainsi la pre-rRNA 47S et la Pol I.

47
Q

La transcription par l’ARN polymérase III transcrit quels ARN?

A

La Pol III transcrit des petits ARN non-codants qui interviennent dans des processus cellulaires essentiels, incluant la régulation de la transcription, l’épissage et la traduction. La Pol III est la plus grosse des 3 polymérases.
Pas de CTD

48
Q

Vrai ou faux

TFIIB comprend la TBP : Utilisée par les 3 polymérases

A

Vrai

49
Q

Quelles sont les étapes de la terminaison de la transcription par l’ARN polymérase III?

A

Pol III peut terminer en absence de facteurs auxiliaire in vitro
Une région A-T riche est présente en 3’ des gènes transcrits par la Pol III
Cette région A-T est nécessaire pour la terminaison de la Pol III in vitro&in vivo
Le modèle suggère que le stretch de A-U dans la polymérase III entraine la pause de la transcription, ce qui favoriserait le Backtracking
Le backtracking est le glissement de la polymérase vers l’arrière
Comme les tRNA sont très structurés, l’entrée d’une tige-boucle dans le canal de sortie de l’ARN polymérase entraine sa dissociation de la matrice d’ADN

50
Q

Vrai ou Faux

La synthèse des tRNA par la Pol III n’est pas reliée aux conditions environnementales de la cellule?

A

Faux

51
Q

Vrai ou faux

La régulation de l’ARN polymérase I et III est importante dans le contrôle de la croissance cellulaire.

A

Vrai

52
Q

Les ARNm sont principalement cytosolique ou nucléaire?

Les ARN non-codants sont majoritairement cytosolique ou nucléaire?

A

Les ARNm sont cytosoliques.

Les ARN non-codants sont nucléaires.

53
Q

Combien de copies d’ARN par cellule?

A

La majorité des ARN sont entre 1-5 copies par cellule.

Biologie moléculaire (4 decks)

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