Épitranscriptomique

Question 1

Quel concept réfère à toutes les modifications chimiques sur les ARN dans une cellule?

Answer 1

Épitranscriptomique

Question 2

Qu’est-ce que l’épigénétique?

Answer 2

L’épigénétique décrit les changements réversibles, transmissibles et adaptatifs du génome qui n’impliquent pas de changement dans la séquence nuclotidique.

Question 3

Quels sont les types de modifications des histones?

Answer 3

Acétylation
Méthylation
Phosphorylation
Ubiquitination
\+++

Question 4

Quels sont les régulateurs épigénétiques?

Answer 4

Writer : Acétyltransférase, méthyltransférase, kinases
Eraser : Déacétylases, deméthylases, phosphatases
Reader : Proteins avec des bromo-domaines, chromo-domaines

Question 5

Qu’est-ce que l’épitranscriptomique?

Answer 5

L’épitranscriptomique implique tous les changements réversibles du transcriptome qui n’impliquent pas un changement dans la séquence ribonucléotidique.

Question 6

Quels nucléosides sont les purines?

Quels nucléosides sont les pyrimidines?

Answer 6

Purine : Adénosine et Guanosine

Pyrimidine : Cytidine et Uridine

Question 7

Nommez les modifications d’ARN les plus conservés

Answer 7

m6A
m1A
m7G
m5C
m2,2G
hm5C
ac4C
pseudouridine

Question 8

Quels sont les étapes du Dot blotting?

Answer 8

1-ARN sur membrane
2-Ajout d’un anticorps
3-Signal

Question 9

Quels sont les avantages et limitations du Dot Blotting?

Answer 9

\+ Pas cher
\+ Haute sélectivité
\+ Addition de contrôles
- Fort de bruit de fond observé
- Pas de résolution
- Identification des modifications limitées (Pas de localisation)

Question 10

Quelles sont les étapes du RIP-Seq?

Answer 10

1-Fragmentation 
2-Anticorps reconnait
3-Immunoprécipitation
4-Librairie en préparation
5-Élution
6-Séquencage

Question 11

Quels sont les avantages et limitations du RIP-Seq?

Answer 11

+ Haute séléctivité
+ Taux de faux positifs bas
+ Localisation
- Résolution de pic
- Fiabilité des anticorps peut être un problème
- Application pour de nouvelles modifications

Question 12

Quelles sont les étapes de la digestion avec l’enzyme MazF?

Answer 12

L’endoribonucléase MazF est sensible à la modification m6A et clive les séquences ACA, mais pas les séquences m6ACA.
L’oligonucléotide a un fluorophore 6-FAM à l’extrémité 5’ et un extincteur BHQ1 à l’extrémité 3’.
Le clivage MazF entraine une augmentation du signal de fluorescence due à la séparation du fluorophore et de l’extincteur.

Question 13

Quelles sont les limitations de la digestion avec l’enzyme MazF?

Answer 13

• Limitée à un type d’expériences spécifiques
• MazF sensible à m1A mais ne convient pas pour distinguer la position de méthylation
• MazF ne clive pas les ARN double brin = pas de détection dans un ARN structuré

Question 14

Quelles sont les étapes pour la technique Mismatch error signature?

Answer 14

1-Traitement avec modification
2-Reverse transcription
3-Reverse transcription erreur
4-Librairie
5-Séquencage
6-Mismatch démontre une ligne qui représente une modification d'ARN

Question 15

Quels sont les avantages et limitations avec la technique de Mismatch error signature?

Answer 15

+ Résolution au nucléotide près

• Limité aux modifications qui produisent cette signature mismatch
• Requiert une forte couverture
• Limité aux ARNs fortement exprimés

Question 16

Quelles sont les étapes du Chem-Seq?

Answer 16

Traitement chimique
Reverse transcription
Reverse transcriptase s’arrête lors d’une modification

Question 17

Quels sont les avantages et limitations du Chem-Seq?

Answer 17

+ Résolution au nucléotide près

• Haut taux de faux positifs du au drop-off de la RT
• Application a d’autres modifications

Question 18

Quels sont les avantages et limitations au séquencage Nanopore?

Answer 18

+ Résolution au nucléotide près
+ Quantitative
- Limité à des modifications prédéfinies
*Signal pour chaque base

Question 19

Quelles sont les étapes du séquencage Nanopore?

Answer 19

Extrait d’ARN polyA
Adaptateur lié
Reverse transcriptase
Adaptateur moteur lié

Question 20

Quel type d’ARN est le plus modifié?

Answer 20

ARNt

Question 21

À quoi servent les modifications de l’ARNt?

Answer 21

Les modifications de l’ARNt jouent un rôle crucial dans le maintien de l’efficacité de la traduction et les intéractions anticodon-codon.

Question 22

À quelle position se trouve la pseudouridine dans les ARNt?

Answer 22

Position 55

Question 23

Vrai ou faux

La position des modifications sur les ARNm sont aléatoires?

Answer 23

Faux, souvent à la même position

Question 24

Quelles sont les molécules Writers et Erasers dans la régulation de la modification m6A?

Answer 24

Writers : KIAA1429, METTL3, METTL14, WTAP

Erasers : FTO ou ALKBH5

Question 25

Quel modèle catalyse la méthylation de la base d’adénosine dans le motif RRACH? Dans la modification m6A

Answer 25

METTL3

Question 26

Quel modèle n’est pas catalytique mais coordone et stabilise la liaison de l’ARN?
Modification m6A

Answer 26

METTL14

Question 27

Le Super Complexe de Méthylation comprend quelles protéines?

Answer 27

WTAP, RBM15, ZC3H13 et VIRMA sont présentes dans le SMc pour améliorer l’activité de méthylation

Question 28

À quoi servent les readers?

Answer 28

Les readers produisent une réponse celullaire en reconnaissant des modifications d’ARN spécifiques.
Ils se lient sur l’emplacement préférentiel de chaque modification dans la séquence d’ARNm,

Question 29

Qu’est-ce que YTHDF2 fait?

Answer 29

YTHDF2 déstabilise l’ARN contenant m6A en recrutant le complexe CCR4-CNO1 qui va déadenyler l’ARNm.
dégradation ARN

Question 30

Qu’est-ce que YTHDF1 fait?

Answer 30

YTHDF1 recrute des transcrits modifiés par m6A pour faciliter l’initiation de la traduction. L’association dépend de la structure de la boucle médiée par eIF4G et de l’intéraction de YTHDF1 avec eIF3.

Question 31

Quand est-ce que les modifications sont déposés?

Answer 31

LEs modifications des ARN sont modifiées par de nombreux stimuli de stress.
Cytokines inflammatoires, UV, chocs thermiques affectent m6A
Drogues cytotoxiques affectent m5C

Question 32

Ou se fait le dépot de m6A en réponse au choc thermique?

Answer 32

Le dépot de m6A se fait sur le 5’UTR des transcrits et recrute YTHDF2 qui favorise l’initiation de la traduction indépendante de la coifffe.
Aide à la traduction si YTHDF2 est au début