Trans A Trad Flashcards
I est une base unique à l’ARN.
À quelles bases peut-elle se lier?
U
A
C
Dans l’ARN, G peut se lier à quelles bases?
C
U
Quelles sont les caractéristiques des ARNm:
Taille?
Rôle?
% des ARN totaux?
Taille très variable, jusqu’à plus de 10kb
Codent des protéines, pas de rôle sous forme d’ARN
5% des ARN totaux
Quelles sont les caractéristiques des ARNr:
Taille?
Rôle?
% des ARN totaux?
Taille de 120 à 5000 bases
Se lient à presque 100 prots pour former les ribosomes (ribo-nucléo-particules)
80% des ARN totaux
Quelles sont les caractéristiques des ARNt:
Taille?
Rôle?
% des ARN totaux?
70-90 bases
Transportent les acides aminés pour la traduction de prots
15% des ARN totaux
Les eucariotes ont d’autres RNP.
Nommez en 3 avec leur rôle
Ribo-Nucléo-Particules
SnARN (small nuclear)
~150 bases
Fonction variés
SnoARN (small nucleolard)
Dans le nucléole
Guide pour modification post-traductionnelles des ARN
MiARM (micro)
Régulent l’expression des gênes.
Où de fait la transcription?
Où se fait la maturation?
Où se fait la traduction des ARNm?
Noyau
Noyau
Cytoplasme
Qu’es-ce qui défini un gêne codant?
Quelles en sont les sections?
C’est un gêne transcrit en ARNm pour faire une protéine.
Il inclu: introns, exons, sections promotrices, séquences terminatrices
Sur l’ADN, comment se nomme le brin complémentaire à l’ARN formé?
Comment se nomme l’autre brin?
Brin matrice (complémentaire)
Brin codant (même code que l’ARN, mais T -> U)
Quelle est la base +1 de l’ADN?
Comment se nomme la section d’ADN devant/derrière (amond ou aval)?
La base +1 est la première retrouvé sur l’ARN transcrit
Les bases suivantes sont en aval, celles avant en amond
Comment sont nommés les sections d’ARNm avant AUG et après STOP?
5’UTR
3’UTR
L’extrémité 5’ de l’ARN correspond à l’extrémité NH2 ou COOH de la protéine?
NH2
Un promoteur eucariote peux diriger la transcription de combien de gènes?
1 seul!
Quel % des gênes procariotes sont regroupés en opérons?
50%
C’est quoi un opéron?
Un seul promoteur pour plusieurs gènes à la fonction lié.
Es-ce que tous les gènes eucariotes ont des introns?
Non
6% n’en ont pas
Dans quel sens, sur l’ADN matrice, avance la machinerie de transcription?
3’ -> 5’
Quelles sont les 3 étapes de la transcription et celle régulé?
Initiation régulé
Élongation
Terminaison
La bulle de transcription dénature l’ADN sur quelle longueur?
14-17 bases
L’ARN transcrit est lié à l’ADN sur quelle longueur?
8 pb
Quelles sont les caractéristiques majeures communes à toutes les ARN pol.?
- composés de 5 à 25 s.u protéiques
- ont besoins de facteurs accessoire pour savoir où se lier à l’ADN
- pas besoins d’amorce
Combien d’ARN pol. Ont les procariotes?
Et les eucariotes?
Pro: 1
Eu: 3
Comment est composé l’ARN pol. Procariote?
Coenzyme + facteur σ
Coenzyme = toujours pareil
- 2 s.u α
- 2 s.u β
- 1 s.u δ
Facteur σ (sigma) variables, il en existe 7 donc le plus fréquent est le 70.
Quel est le rôle du facteur sigma?
Placer l’enzyme au bon emdroit
Quelles sont les deux sections importantes du promoteur bactérien?
- 10
- 35
Quels sont les deux mécanismes de terminaison procariotes?
Rho indépendante
Rho dépendante
En quoi consiste une terminaison rho-indépendante?
L’ADN comporte une suite de G/C de 16-20 bases puis 4 à 8 A
Il y a formation d’une structure en tige-boucle dans l’ARN qui le détache
En quoi consiste la terminaison rho-dépendante?
Le facteur rho est un hexamère qui reconnais un séquence sur l’ARN.
Il s’y fixe et remonte vers l’ARN pol pour la décrocher.
Quel est l’adjectif décrivant l’ARN codé par un opéron?
Quel est sa caractéristique?
Polycistronique
Il contient plusieurs gènes (+ AUG et STOPS)
Comment quantifier l’activité de la β-galactosidase?
On utilise un mime du lactose qui, quand il est hydrolysé par l’enzyme, produit un composé jaune + galactose.
L’intensité de la coloration nous informe sur l’activité de l’enzyme.
Quelle et la forme la plus commune de la double hélice d’ADN?
Il existe A B Z
B est la plus fréquente
Quel sont les deux mécanismes pouvant expliquer que le lactose induit la transcription d’un gène?
Régulation positive: activation de la transcription par une molécule
Régulation négative: levé d’une inhibition
Qu’es-ce qu’une bactérie diploïde partielle?
Deux copies d’un gène:
- une sur le chromosome
- l’autre sur un plasmide
Une seule copie du gène est muté
À quoi sert la création d’un diploïde partiel?
Tester si un gène agis en cis (même brin) ou en tans (autre brin)
En quoi consiste la méthode du retard sur gel?
On fait une migration sur gel d’agarose en conditions non-dénaturantes
On mélange l’ADN avec des quantité croissantes d’un répresseur
Si le répresseur se lie à l’ADN la migration seras fortement réduite.
En quoi consiste l’allostérie?
Les propriétés et la forme d’une protéine allostérique changent a cause de la liaison d’un liguand
Quels sont les 5 étapes d’un foot-print?
1- marquer radioactivement un segment d’ADN à une extrémité
2- Digérer l’ADN avec DNase1 en faible [] et peu longtemps
3- migration des fragments produits sur gel d’agarose
4- révélation par rayon X des fragments marqués
5- recommencer en ajoutant, avant la DNase1, la polymérase qui se fixera à l’opérateur
6- la séquence opératrice n’aura pas de bande révélés au rayon-x
À quoi ressemble la courbe de croissance de bactéries dans un milieu avec du glucose (quantité limité) et lactose? Courbe de la quantité de glucose Courbe de la quantité de lactose Courbe de croissance bactérienne Courbe d'activité de la βgalactosidase
Le glucose est tout utilisé en premier. Il permet une bonne croissance bactérienne.
Pendant ce temps le lactose n’est pas touché et l’activité galactosidase est nulle.
Il y a un délais sans croissance
Quand l’activité de la galactosidase commence le lactose diminue et la croissance bactérienne reprend.
Pourquoi la répression catabolique est impossible sur un promoteur fort?
Car il ne serais pas 100% inhibé.
La polymérase pourrais se fixer pendant un bref détachement de l’inhibiteur
Quel est l’activateur de l’opéron lactose?
Quand est il acif?
CAP
Seulement actif en absence de glucose
Chez les procariotes comment est régulé l’activité de CAP?
1- La concentration en AMPc est inversement proportionnelle a celle de glucose.
2- Une carence de glucose active la production D’AMPc
3- l’AMPc se fixe à CAP et l’active
4- CAP se fixe au promoteur de l’opéron et aide au recrutement de la polymérase.
Quel est l’effet de la fixation de CAP au promoteur?
Il courbe l’ADN à 90 dégressivité
CAP peut se lier à différents promoteurs. Qu’es ce qui détermine celui “choisi”?
La concentration de glucose
Car il existe une séquence consensus de fixation, mais moins il y a de glucose plus la liaison de CAP est permissive.
Il y a de la transcription de l’opéron lactose en présence de glucose et de lactose?
En très faible quantité oui.
Comment sont régulés la majorité des gènes procariotes?
Levé d’une répression
Et non activation
Que synthétisent respectivement l’ARN polymérase 1, 2 et 3 des peocariotes?
1- ARNr
2- ARNm (snARN, sno ARN, miARN)
3- ARNt (ARNr 5S, snARN U6…)
Qu’ont en commun et quelles sont les différences entre l’ARN pol. Procariote et les 3 ARN pol eucariotes?
s.u β et β´ procariote devient 1 et 2 eucariote
s. u αI et αII copiés (pol 2 différente de 1 et 3)
s. u ω copié
Eucariotes: Ont en plus 4 s.u communes \+ quelques s.u spécifiques: 1- +5 2- +3 (+QCT sur s.u 1) 3- +7
À quoi sert la QCT?
Est-elle spécifique à une ARN pol?
Elle sert à recruter et interagir certains complexes enzymatiques servant à la modification des extrémités des ARNm
Seulement retrouvé sur l’ARN pol II
Qu’es ce qui dirige l’activité de la QCT?
Elle comporte beaucoup d’a.a phosphorylables.
Cela permet de modifier son affinité pour certaines enzymes.
Quel est le promoteur minimal eucariote pour l’ARN pol II?
TATA box en -25
Plus certaines séquences régulatrices variables.
Saur la TATA, nommez 2 éléments de réponse proximaux fréquents?
GC box en -100
CAAT box en -80
Qu’es ce que les enhancers ou silencers de gènes?
Où les retrouve-t-on?
Quelle est leur longueur?
Enhancers: activateur
Silencer: inhibiteur
Retrouvé jusqu’à 50 kbases du gène où à l’intérieur d’un intron.
Longs de 50 à 200 pb. Ce sont des pts de fixation de facteurs de régulation.
Quels sont les 2 classes de facteurs de transcription?
Juste nom et nature
Facteurs généraux
Facteurs régulateurs
Ce sont des complexes protéiques
Quelles sont les caractéristiques des facteurs de transcription généraux?
Ils aident au recrutement de l’ARN polymérase.
Présents dans tous les gènes, ils varient selon le type de Polymérase: tf1 pour pol 1 tf2 pour pol 2 tf3 pour pol 3
De quoi est composé le complexe de transcription pol II?
ARN pol II + facteurs généraux de transcription
Quelles sont les caracteristiques des facteurs régulateurs de transcription?
Ils peuvent êtres activateurs ou inhibiteurs.
Ils varient selon le gène et le type de polymérase.
Souvent formés de 3 domaines:
- domaine de liaison à l’ADN
- domaine régulateur (activateur ou inhibiteur)
- domaine de signal sensing (pour son recrutement.
Quelles sont les étapes de l’initiation pol II?
1- reconnaissane de la TATA box par tf2A et tf2D 2- Courbure de l'ADN 3- recrutement de tf2B 4- tf2B recrute la polymérase lié à tf2F 5- recrutement de tf2E et tf2H
Nous avons le complexe de pré-initiation
6- Phosphorilation de la QCT par tf2H
7- dissociation de tous les facteurs de transcription (tf2…)
8- début de la transcription
Quels ARN n’ont pas besoins de maturation?
Aucun eucariotes!
Ils serons tous maturés dans le noyau
Les ARN procariotes ne subissent pas de maturation.
Quels sont les types d’ARNases?
5’ exonucléase
3’ exonucléase
Certaines sont spécifiques et reconnaissent une séquence, d’autres non.
Quand et comment se mets la coiffe en 5’?
Événement co-transcriptionnel exclusif à la pol II. Après 25-30 nucléotides.
Ajout d’une méthyl guanine en 5’ de l’ARNm.
Lien 5’-5’ et non 5’-3’ normal. On a donc un lien avec 3 grpmt phosphate et un 3’-OH lié à une méthyle.
Quand et comment se mets en place la queue poly-A?
Post transcriptionnel car pas de suite de T sur ADN.
Longue de 100-300 A et présene sur tous les ARN, sauf les histones.
La PAP n’as pas besoins de matrice, mais ajoute juste des A.
Ensuite la PABP, une prot. Se lie à la queue et la protège.
Quelle est la longueur des introns? Et les exons?
Introns: 3500 bases en moyenne
(Max 500kbases)
Exons: 150 bases
Combien d’intron par gène?
0 à une centaine
En quoi consiste la structure conservé des introns?
GU en 5’
AG en 3’
A à 20-50 bases du 3’
Comment de fait l'épissage? enzyme? Nom de la réaction? Produit? Moment?
- le spliceosome est l’enzyme d’épissage
- il y a 2 réactions de trans-estérification
- l’intron est relâché en lasso avec le G en 5’ lié au A conservé. Il seras dégradé par les ARNases.
- normalement post-transcriptionnel, mais parfois il commence avant la fin.
Comment sont organisés et transcrits les gènes d’ARNr?
Plusieurs copies du même gène sont répétés en tandem dans une section d’ADN.
Tous activés en même temps et traduits massivement quand on en a besoins.
ETS?
ITS?
NTS?
External transcribed spacer
Internal transcribed spacer
tous deux éliminés par maturation. Ils séparent les s.u du ribosome.
Non transcribed spacer:
Entre les gènes sur l’ADN
Quelles sont les s.u d’un ribosome complet?
S.u 40S = 18S + prots
S.u 60S = 5S + 5,8S + 28S + prots
Quel est le promoteur minimal pour l’ARN pol I?
Core element chevauche la position +1
UCE (upstream core element) en position -100
Quel est le promoteur typique de l’ARN pol III?
Interne à la section codante.
Composé d’une boite C ou de deux boites (A + B)
Quel est la s.u importante de tf2D? Pourquoi?
Tf2D a une s.u TBP
(TATA binding protein) qui lui permet de le lier à la TATA box
Pourquoi tf3D a une s.u TBP?
On me sais pas.
Les promoteur de l’ARN pol III n’ont pas de TATA box.
Quelle est la longueur des ARNt avant maturation?
75-80 nt
Expliquer les modifications faites au ARNt.
- élimination d’une séquence en 5’ par la RNase-P
- liaison de CAA en 3’
- parfois élimination de cours introns
- modification de bases:
- métylation
- U -> pseudo-U
- U -> dihydro-U
- U -> ribothymidines
- autres…
Quells sont les 3 boucles de l’ARNt?
- boucle D
- boucle anticodon
- boucle TΨCG
Quelle section du ribosome est responsable de son activité catalytique?
Les sections d’ARN
Quel est l’a.a lié en premier pour former chaque protéine et le codon corespondant
AUG = metionine = start
Quels sont les codons stop? Et l’a.a. Associé?
UAA
UAG
UGA
PAS d’a.a associé, des protéines les reconnaissent.
Combien existe t’il de cadre de lectures en général sur un gène?
Toujours juste 3 et pas moins pas plus
Qu’inc’u l’ORF?
Open Reading frame
La base +1 (A de AUG) à la dernière du codon STOP inclusivement
Quelles sont les 2 caractéristique faisant qu’un lien est un hybridation?
Il doit être antiparallèle et complémentaire
AAA ne se lie à UUU que dans un sens, même si ils sont complémentaires dans les 2.
Combien d’ARNt possèdent les eucariotes?
Les procariotes?
Eu: 50-100
Pro: 30
Combien existe t’il de protéine liant les a.a aux ARNt?
Comment s’appel cette protéine?
Aminoacyl-ARNt-synthétase
Il en existe 20, une par a.a
Quel est le lien entre l’ARNt est son a.a?
Comment est-il fait?
L’aminoacyl-ARNt-synthétase se lie à l’a.a et à l’ARNt puis consomme un ATP pour former un lien ester entre l’extrémité COOH de l’a.a et OH de l’ARNt
Comment est faite la numérotation des positions des bases du codon et de l’anti-codon?
Les deux dans le sens 5’ -> 3’
Donc la base 1 du codon se lie à la base 3 de l’anti-codon
Quelle est la position de wooble?
Position?
Rôle?
1 base de l’anticodon
Lien très permissif
Dans l’ARN, à quelles bases peut de lier une iosine?
Et une ganine?
I = C-A-U G = C-U
Quel % du poids du ribosome représente ses prots?
50%
L’autre 50% = ARN
Quels sont les facteurs d’initiation procariote et eucariote?
Pro:
IF1
IF2
IF3
Eu:
eIF1A
eIF2, 3, 4, 5, 6
Quels sont les facteurs d’élongagtion procariote et eucariote?
Pro:
EF-Tu
EF-G
Eu:
EF1α
EF2
Quels sont les facteurs d’terminaison procariote et eucariote?
Pro:
RF1 et RF2
RF3
Eu:
eRF1
eRF3
Quels sont les 3 sites sur le ribosome et leur rôle?
A = arrivé des ARNt P = ARNt lié au peptide E = sorie des ARNt (exit)
L’ARNt d’initiation entre au site P directement
Quelle est la différence entre l’a.a d’initiation Eucariote et procariote?
Pro: met
Eu: formyl-métionine
Où se trouve le site de liaison des ribosomes sur l’ARNm?
Juste avant AUG, sur la séquence RBS chez les procariotes.
Le ribosome eucariote reconnais la coiffe 5’
Quelles sont les étapes de l’initiation de la traduction procariote?
1- la petite s.u du ribosome avec IF1 et IF3
2- le premier ARNt chargé de la métionine et lié à If2 se lie à RBS
3- IF3 quitte le complexe
4- l’ARNt s’hybride à AUG
5- la grosse s.u se lie à la petite
6- IF2 hydrolyse son GTP pour lier les 2 s.u
7- IF1 et IF2 quittent le complexe
8- la traduction commence
À quoi sont liés les s.u ribosomales eucariotes dans le cytoplasme?
Grande: eIF6
Petite: eIF3
Quelles sont les étapes de l’initiation de la traduction eucariote?
1- formation du complexe de pré-initiation:
Petite s.u + eIF1A + eIF2 + ARNt met.
2- eIF4 reconnais la coiffe de l’ARNm et s’y lie
3- eIF4 recrute le complexe de pré-initiation
4- Hydrolyse d’ATP pour scanner l’ADN
5- quand le complexe croise un complexe de kozak il arrête en hydrolysant un GTP (eIF2)
6- Toutes les prots se détachent. Il reste la petite s.u ribosomale lié à l’ARNm et l’ARNt
7- La grande s.u lié à eIF5 et eIF6 se place sur la petite
8- eIF5 hydrolyse un GTP pour lier les 2 s.u du ribosome
9- eIF5 et eIF6 quittent le ribosome.
10- la traduction commence
Comment se fait l’élongation procariote?
Pareil que eucariote sauf nom de prots
1- Des ARNt entrent tour à tour au site A.
Ils sont liés à EFα.GTP
2- Hydrolyse du GTP scelle le lien quand le bon ARNt entre.
(Modification de conformation du ribosome)
3- l’ARNt en position E est expulsé par la modification de conformation
4- l’ARNr 28S catalyse la formation du lien peptidique
5- translocation du ribosome de 3 bases par hydrolyse d’un GTP par EF2
(A->P et P->E)
6- ouverture du site A du ribosome
Comment se fait la terminaison de la traduction?
Eucariotes et procariotes pareil, prots eucariotes utilisés dans le texte
1- le site A se retrouve sur un codon STOP
2- eRF1 lié à eRF3.GTP entre au site A
3- Hydrolyse de l’ATP pour couper le lien ester entre le peptide et le dernier ARNt.
4- séparation en même temps des 2 s.u du ribosome
A la fin de la traduction, quels sont les “morceaux” qui diffusent séparément?
La protéine formé
Les ARNt sans a.a
Les 2 s.u ribosomales séparés (sans eIF3 ou 6 p l’instant)
L’ARNm libre qui peux se lier à un autre complexe de traduction.
