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Génétique moléculaire SBM-1004 > Traduction > Flashcards

Traduction Flashcards

1
Q

Qu’est ce que le cadre de lecture ouvert et que contient-il?

A

C’est une suite d’acide aminés sous la forme de codons de trois acides aminés qui comprend un codon d’initiation et un codon stop

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Q

Quelle est la séquence du codon d’initiation ? Et celles du codon stop?

A

Initiation: AUG
Stop: UAG, UGA ou UAA

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3
Q

Vrai ou faux. Chez les eucaryotes, un seul ARNm peut posséder plus d’un cadre de lecture ouvert (ORF)

A

Faux, c’est plutot chez les procaryotes

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4
Q

À quoi sert la coiffe 5’ dans la traduction?

A

Une coiffe 5’ possède une guanine méthylée qui permet de recruter le ribosome

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5
Q

Comment nomme-t-on les G/A en amont et en aval du codon d’initiation?

A

Séquence de Kozak

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6
Q

À quoi sert la queue poly-A dans la traduction?

A

à un recyclage efficace des ribosomes

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7
Q

Quelle est la séquence conservée à l’extrémité 3’ des ARNt?

A

CCA

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8
Q

Nommez et définissez les cinq parties d’un ARNt

A
  1. bras accepteur, avec CCA-3’
  2. Boucle psi-U, qui contient de la pseudouridine
  3. boucle de l’anticodon
  4. boucle D, qui contient de la dihydrouridine
  5. boucle variable
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9
Q

Quelle sont les deux structures d’un ARNt? Laquelle est la plus exacte?

A

En feuille de trèfle et en L (plus exacte)

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10
Q

Expliquez les deux étape du chargement d’un acide aminé sur un ARNt.

A
  1. Adénylylation: Un ATP est utilisé pour lier un AMP à l’acide aminé
  2. L’acide aminé-AMP est lié au 3’-OH du bras accepteur CCA de l’ARNt, ce qui libère l’AMP.
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11
Q

Vrai ou faux. Les aminoacyl-ARNt synthétases ne sont pas spécifiques.

A

Faux, il y en a une pour chaque acide aminé

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12
Q

Quelle est la différence structurale principale entre les aminoacyl-ARNt synthétases de classe 1 et 2?

A

Les aminoacyl-ARNt synthétases de classe 1 ont des feuillets beta pris en sandwich entre des hélices alpha.
Les aminoacyl-ARNt synthétases de classe 2 ont 7 feuillets beta, mais ne sont pas pris en sandwich

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13
Q

À quoi sert la base discriminante des aminoacyl-ARNt synthétases?

A

Elle sert aux aminoacyl-ARNt synthétases de reconnaitre leur ARNt spécifique

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14
Q

Dans la glutaminyl-ARNt synthétase, à quoi pourrait servir les nombreux points de contact?

A

à un second code génétique

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15
Q

Expliquez le fonctionnement de la poche d’édition de l’isoleucyl-ARNt synthétase.

A

Cette poche d’édition est à coté du site catalytique. L’AMP-valine peuty rentrer, mais pas l’AMP-isoleucine qui a un méthyle de plus. L’AMP-isoleucine peut entrer dans le site catalytique.

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16
Q

Vrai ou faux. Les ribosomes sont en mesure de distinguer les ARNt incorrectement chargés.

A

Faux, ils ne peuvent pas faire la différence

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17
Q

Qu’est ce qui joue le role majeur de la sélection du bon acide aminé par l’ARNt?

A

Les ARNt synthétases

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18
Q

Comment peut-on séparer les composants du ribosome? Quelle est l’unité de mesure?

A

Grâce à l’ultracentrifugation, où les sous-unités du ribosome migrent dans un gradient de sucrose en fonction de leur taille et de leur densité.
Les unités de Svedberg (S)

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19
Q

Vrai ou faux. Les ARN ribosomiaux représentent le tier de la masse des ribosomes.

A

Faux, c’est le deux tiers

20
Q

Comment appele-t-on la traduction d’un même ARNm par plusieurs ribosomes différents à la fois?

A

un polyribosome ou polysome

21
Q

Les ribosomes sont retrouvés à quelle fréquence sur l’ARNm en traduction?

A

Environ à tous les 80 nucléotides

22
Q

Expliquez pourquoi on dit que les protéines du ribosome ne participent pas à l’activité peptidyltransférase.

A

Car elle sont trop éloignées du centre peptidyltransférase

23
Q

Nommez et définissez les trois sites de liaison pour les ARNt dans le ribosome.

A

Site A: aminoacyl-ARNt
Site P:peptidyl-ARNt
Site E: exit, site de sortie

24
Q

Quelle sont les deux fonctions du centre de décodage?

A

Le passage de l’ARNm
La liaison codon-anticodon

25
Q

Qu’est ce qui est caractéristique du centre de décodage en ce qui a trait à la forme de l’ARNm qui y circule?

A

Le centre de décodage permet seulement le passage d’ARNm simple brin

26
Q

L’angle entre les deux sites de liaison A et P a quelle fonction?

A

Empêcher l’accès de l’ARNt aux codons de l’ARNm des autres sites

27
Q

Le tunnel de sortie à une configuration particulière. Qu’est ce que cette dernière implique quant à la forme des peptides qui en sortent?

A

La taille du tunnel permet seulement la formation d’hélices alpha. La structure 3D de la protéine peut seulement être acquise lors de la sortie du ribosome

28
Q

Où se trouve le centre peptidyltransférase?

A

Dans la grande sous-unité du ribosome

29
Q

Où se trouve le centre de décodage?

A

Dans la petite sous-unité du ribosome

30
Q

Donnez les étapes et les effecteurs de la préparation de l’ARNm pour la formation du complexe 48S.

A
  1. la coiffe de l’ARNm est reconnue par eIF4E qui s’y lie
  2. eIF4G et eIF4A viennent se lier à l’ARNm. eIF4G fait comme un pont entre eIF4E et eIF4A
  3. eIF4B vient se lier et stimule l’activité hélicase de eIF4A.
31
Q

Donnez les étapes de la préparation de la petite sous-unité du ribosome pour la formation du complexe 43S.

A
  1. Les facteurs eIF1, eIF1A, eIF3 et eIF5 se lient à la petite sous-unité. eIF1 et eIF3 sont placé au site E, et eIF5 lie ces deux derniers facteurs. eIF1A bloque le site A.
  2. L’ARNt initiateur est convoyé par eIF2-GTP dans le site P (le seule site de disponible à ce moment)
  3. Le complexe 43S est formé
32
Q

Qu’est ce qui compose le complexe 48S?

A

La petite sous unité et l’ARNm « préparés » se lient ensemble

33
Q

Donnez les étapes pour passer du complexe 48S au complexe 80S où le ribosome est prêt à recevoir un ARNt chargé (prêt pour la phase d’élongation).

A
  1. L’activité hélicase de eIF4A stimule le balayage de l’ARNm pour trouver le codon d’Initiation
  2. La liaison du codon d’Initiation implique une modification conformationelle de eIF5, qui stimule par la suite l’hydrolyse du GTP de eIF2
  3. eIF1, eIF2, eIF3, eIF4B et eIF5 se dissocient. C’est seulement eIF1A qui demeurent dans le site A
  4. eIF5B-GTP vient se lier à l’ARNt initiateur, ce qui stimule l’association de la grande sous-unité
  5. La liaison de la grande sous-unité stimule l’hydrolyse du GTP, ce qui dissocie eIF5B et eIF1A.
  6. Formation du complexe 80S
34
Q

Comment la queue poly-A contribue à l’efficacité de la traduction?

A

Elle permet de bien positionner la petite sous-unité du ribosome pour ré-initier la traduction

35
Q

Donnez les étapes de la première étape de l’élongation chez les procaryotes.

A
  1. On a la peptidyl-ARNt avec le peptide en croissance au site P. L’aminoacyl-ARNt est convoyée au site A par EF-Tu-GTP, qui masque l’acide aminé chargé sur l’aminoacyl-ARNt.
  2. Une fois l’aminoacyl-ARNt correctement appariée avec l’ARNm, EF-Tu-GTP se lie au centre de liaison des facteurs
  3. Cette liaison au centre de liaison provoque l’hydrolyse du GTP et EF-Tu-GDP se dissocie
36
Q

Donnez un des trois mécanisme pour garantir un appariement correct entre les ARNt et les ARNm.

A

En plus des liaisons entre les codons et les anticondons, il y a des liens H entre la boucle anticodon de l’ARNt et des adénines de l’ARN ribosomial

37
Q

Donnez un des trois mécanisme pour garantir un appariement correct entre les ARNt et les ARNm.

A

L’hydrolyse du GTP de EF-Tu se fait seulement si EF-Tu-GTP est adéquatement lié au centre de liaison des facteurs.

38
Q

Donnez un des trois mécanisme pour garantir un appariement correct entre les ARNt et les ARNm.

A

L’ARNt doit pivoter vers le centre peptidyltransférase. Seuls les codons-anticodons correctement appariés peuvent résister à ce pivotement.

39
Q

Quel est le mécanisme proposé pour expliquer la formation des liens peptidiques par l’ARN ribosomial de la grande sous-unité?

A

La navette à protons

40
Q

Qu’est ce qui catalyse la formation du lien peptidique?

A

L’ARNr de la grande sous-unité du ribosome

41
Q

Donnez les étapes de la translocation des ARNt et de l’ARNm.

A
  1. Les extrémités des ARNt des sites A et P dépassent respectivement dans les sites P et E.
  2. EF-G-GTP vient se lier au centre de liaison des facteurs et encombre une partie du site A. Ce contact avec le centre de liaison stimule l’hydrolyse du GTP.
  3. EF-G-GDP encombre l’entièreté du site A, ce qui pousse l’ARNt qui était dans le site A dans le site P et l’ARNt du site P dans le site E.
  4. EF-G-GDP et l’ARNt dans le site E se dissocient
42
Q

Quel est le lien entre EF-Tu-GTP-ARNt et EF-G-GDP?

A

Ce sont deux structures très semblables; EF-G-GDP joue le rôle de mime moléculaire

43
Q

Quel est le facteur de terminaison de la transcription?

A

eRF1

44
Q

Quel sont les deux élément structuraux importants de RF1?

A

Un anticodon peptidique
Motif gly-gly-gln (GGQ) près du centre peptidytransférase

45
Q

La séquence conservée GGQ de RF1 est proche de quelle séquence précise d’un ARNt quelconque?

A

La séquence CCA du bras accepteur

46
Q

Donnez les étapes du fonctionnement des facteurs de terminaison (eRF1)

A
  1. eRF1 se lie au codon stop dans le site A et libère le polypeptide
  2. eRF3-GDP vient se lier à eRF1. Le GDP de eRF3 est changé pour du GTP suite à des changements de conformation de eFR1 et du ribosome
  3. eRF1 se dissocie car eRF3 a une plus forte affinité pour le ribosome (GTP)
  4. eRF3-GTP se lie au centre de liaison des facteurs et hydrolyse son GTP et se dissocie du ribosome sous forme de eRF3-GDP
47
Q

Donnez les étapes de recyclage du ribosome.

A
  1. le ribosome est lié à l’ARNm et deux ARNt désacylés. RRF (ribosome recycling factor) se lie au site A et imite l’ARNt.
  2. RRF recrute EF-G-GTP. Centre de liaison des facteurs, changement de conformation–> hydrolyse du GTP et dissociation des ARNt
  3. EF-G déplace RRF dans le site P (car EF-G-GDP prend toute la place du site A)
  4. RRF, EF-G-GDP et l’ARNm sont relâchés du ribosome grâce à IF3

Génétique moléculaire SBM-1004 (5 decks)

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