ARN régulateurs Flashcards
Sur quels mécanismes génétiques les ARN régulateurs peuvent agir?
La transcription, la traduction et les deux en même temps
Quel est le premier ARN court identifié?
ARN 6S chez E. coli
Expliquez le fonctionnement et l’utilité de l’ARN 6S chez E. coli durant la phase stationnaire.
La phase stationnaire est la période où la bactérie manque de nutriments.
Ce manque augmente la quantité d’ARN 6S.
On se retrouve avec sigma s qui compétitionne avec sigma 70.
Que font les sARN?
Régulent la traduction et la dégradation de l’ARNm
Comment les sARN se lient aux ARNm?
Par complémentarité de séquence
Expliquez le fonctionnement du sARN RybB
RybB entraine la destruction de ses ARNm cibles. Ces ARNm codent pour la mise en réserve du fer. RybB régule donc le niveau de fer.
Comment le gène rpoS est-il régulé?
Réprimé par OxyS (sARN)
Activé par DsrA et RprA (sARN)
Comment se déroule la répression du gène rpoS par OxyS?
Sans le sARN, le site RBS est libre. L’appariement avec OxyS masque le site RBS
Comment se déroule l’activation du gène rpoS par DsrA et RprA?
Cest deux sARN s’apparient à la région qui masque le site RBS du gène rpoS
Quels genre d’appariement d’ARN est impliqué avec les ribocommutateurs?
C’est une régulation qui implique des appariements de l’ARN en cis
À quoi servent les ribocommutateurs?
À contrôler l’expression des gènes grâce à des concentrations de petites molécules
Comment se nomme la région qui reconnait les petits ligand d’un ribocommutateur? Où se situe-elle?
Une aptamère, dans la région 5’ non codante
Comment le ribocommutateur de B. subtilis permet de réguler la transcription et la traduction avec le ligand SAM?
Transcription: La liaison de SAM à l’aptamère permet de former la tige-boucle 3/4, qui est un terminateur Rho-indépendant
Traduction: La liaison de SAM à l’aptamère provoque la formation de la tige boucle 3/4, qui masque RBS et inhibe la traduction
Quels sont les deux conditions à satisfaire pour avoir un terminateur Rho-indépendant?
- Structures répétés inversés
- Séquence répété de U
Comment nomme-t-on le processus par lequel un terminateur Rho-indépendant termine la transcription?
Atténuation
L’opéron Trp est responsable de la synthèse de quel acide aminé?
Tryptophane
Comment se nomme le peptide formé grâce à l’opéron Trp?
le peptide leader
comment se déroule la transcription dans la région leader de l’opéron Trp en forte présence de Trp?
Il y a assez de Trp pour faire le peptide leader, les régions 1 et 2 ne peuvent pas s’hybrider car le ribosome y est assis. Les régions 3 et 4 forment un tige boucle terminateur Rho-indépendant.
comment se déroule la transcription dans la région leader de l’opéron Trp en faible présence de Trp?
Il y a pas assez de Trp pour faire le peptide leader. Seule la région 1 est cachée par le ribosome. La région 2 s’hybride avec la 3 pour former une tige-boucle. La région 4 n’est pas hybridée, et le site RBS est libre. Le gène Trp est transcrit.
Quels sont les trois types d’ARN courts?
siARN: ARN courts interférents
shARN: ARN courte tige boucle
miARN: micro ARN
Vrai ou faux. Les siARN et les shARN sont uniquement produits artificiellement.
Faux, les siARN peuvent aussi être synthétisés in vivo
Les ARN courts sont toujours dénaturés pour engendrer deux ARN. Quels sont-ils?
L’ARN guide et l’ARN support
Quels sont les deux premiers intermédiaires avant d’être un miARN?
Pri-miARN et pré-miARN
Vrai ou faux. Un seul pré-miARN peut produire deux miARN
Vrai
Vrai ou faux. Les pré-miARN peuvent seulement être codés dans les régions codantes exoniques.
Faux, ils peuvent être codé dans les régions codantes, non-codantes, introniques et exoniques
De quelle famille fait partie l’enzyme Drosha?
RNase 3
Quelle est la structure associée à l’enzyme Drosha et sa fonction?
Pasha, qui stabilise le complexe enzyme-pri-miARN
Dans quel compartiment cellulaire est effectué la première réaction de clivage dans le processus de formation des miARN?
Dans le noyau
Quelle est la spécificité de la structure du pri-miARN pour que Drosha puisse fonctionner?
Il doit avoir des « bulles » simple brins (des bases non-appariées) pour qu’elle puissent les cliver.
À quoi sert l’extrémité 3’ sortante du pré-miARN qui résulte du clivage de Drosha?
La reconnaissance par Dicer
Dans quel compartiment cellulaire se produit la deuxième réaction de clivage dans le processus de formation des miARN?
Dans le cytoplasme
Quels sont les trois modules de Dicer?
- 2 domaines RNase 3
- 1 domaine de liaison à ARNdb PAZ
À quoi sert le domaine PAZ de Dicer?
La reconnaissance de l’ARNdb, particulièrement de l’extrémité 3’ sortante.
À quoi servent les deux domaines RNase 3 de Dicer?
Chacun permet le clivage d’un des deux brins de l’ARNdb
Quelle est la particularité du domaine intermédiaire de Dicer?
Il est chargé positivement, ce qui stabilise les liens entre Dicer et l’ARN
Quel ARN est incorporé dans le complexe RISC?
L’ARNdb
Quel effet le complexe RISC a-t-il sur l’ARNdb qui y est incorporé?
Il le transforme en ARN guide (sb) et en ARN support (sb). L’ARN support est ultérieurement dégradé.
Qu’est ce qui compose le RISC mature?
Le complexe RISC qui contient l’ARN guide et qui peut reconnaitre et exciser l’ARN cible
Expliquez le fonctionnement de la protéine argonaute sur l’excision d’un ARN cible.
Argonaute possède un domaine PAZ pour reconnaitre l’ARN guide.
- L’ARN guide est apparié à l’ARN cible
- Permet à argonaute de cliver l’ARN cible, au milieu.
Si l’appariement entre l’ARN guide et l’ARN cible n’est pas presque parfait, que se passe-t-il?
L’ARN cible n’est pas clivé par argonaute et demeure ainsi séquestré dans argonaute. Le résultat est donc le même
Comment sont organisé les centromères?
Une région centrale unique encadrée par des répétitions communes à tous les centromères.
Qu’est ce qui est formé grâce aux séquences répétées des centromères?
L’hétérochromatine
Expliquez les étapes du recrutement du RITS et de l’extinction des centromères.
- les séquences répétés des centromères transcrites permettent de générer de l’ARNdb. Dicer les transforme en siARN
- Ces siARN sont chargés dans RITS (similaire à RISC)
- les siARN se lient à l’ARN en transcription au centromère
- Le complexe recrute Clr4 et Swi6. Clr4 méthyle les lysine 9 (H3K9)
- Chp1 et Swi6 contiennent des chromodomaines qui reconnaissent les groupements acétyl.
- Ils lient les nucléosomes méthylés et stabilisent la liaison du RITS à la chromatine
Pourquoi peut-on avoir des générations de femelles mosaïques?
Puisque les femelles ont deux chromosomes X, un des deux doit être inactivé. On se retrouve donc avec des cellules qui expriment la copie du père et d’autre la copie de la mère.
Quel est l’ARN qui permet d’inactiver un des deux chromosome X chez la femelle?
Xist
Quelles sont les deux régions de Xist?
Régions A et C
Quelles sont les fonctions des deux régions de Xist?
Région A: recrutement de Suz12, qui pourrait être impliquée dans le sliencing de la chromatine par compaction
Région C: Permettrait de diriger Xist vers le chromosome à inactiver
Qu’est ce qui dicte le choix du chromosome X à inactiver?
L’équilibre entre Xist et Tsix
Qu’est ce que Tsix?
C’est un autre ARN régulateur sur le même locus que Xist
Quel est l’effet de Tsix?
C’est un régulateur positif de Xist. Si Tsix est muté sur un chromosome, c’est ce chromosome qui sera choisi pour être inactivé
