Épissage de l'ARN messager Flashcards
Pourquoi chez les procaryotes il n’y a pas d’épissage, au contraire des eucaryotes?
Car les ARN messagers des procaryotes ne possèdent pas d’introns
Comment nomme-t-on les séquences conservées et les séquences éliminées dans l’épissage de l’ARN?
Les exons et les introns (respectivement)
Vrai ou faux. Les introns peuvent parfois être reconnus par la machinerie de transcription et de traduction.
Faux, c’est seulement la machinerie spécifique d’épissage qui peut les reconnaitre.
Nommez et définissez les trois régions importantes pour la chimie de l’épissage de l’ARN.
- Le site donneur 5’: séquence GU
- Le site receveur 3’: séquence AG
- Le site de branchement: séquence conservée YNYURAY
La séquence conservée YNYURAY dans le site de branchement est suivi de quelle séquence particulière?
Une suite de pyrimidine (souvent 11)
Quelle est la réaction qui se fait en double pour éliminer un intron?
Réaction de transestérification
Quelle est la première réaction de transestérification dans l’élimination d’un intron?
Le OH de l’adénine de la séquence YNYURAY attaque le phosphate du site donneur 5’. Forme la boucle dans l’intron par la jonction triple
Quelle est la deuxième réaction de transestérification dans l’élimination d’un intron?
Le 3’ OH du site donneur 5’ de l’exon attaque le phosphate du site receveur 3’ de l’exon, ce qui joint les deux exons et sépare l’intron.
Qu’est ce que l’épissage en trans?
C’est lorsque la jonction entre le site donneur 5’ d’un pré-ARNm se fait avec le site receveur 3’ d’une autre pré-ARNm.
Dites pourquoi le spliceosome est similaire au ribosome.
Parce que les deux sont des complexes protéiques volumineux avec des ARN.
Vrai ou faux. L’épissage de l’ARN par le spliceosome est un processus économique en ce qui a trait aux besoins énergétiques.
Faux, c’est plutot un processus très couteux.
Nommez les 5 ARN nucléaires (snRNA) qui composent le spliceosome majeur
U1, U2, U4, U5 et U6
Expliquez la formation du complexe E avec le spliceosome majeur.
- Le site d’épissage 5’ est reconnu par U1 qui se lie par complémentarité
- U2AF65 se lie au site polyY (11 pyrimidines) et E2AF35 se lie au site d’épissage en 3’
- La sous-unité U2AF65 recrute BBP au site de branchement.
Expliquez la formation du complexe A avec le spliceosome majeur.
- U2 va remplacer BBP au site de branchement
Le A du site de branchement n’est pas apparié à U2, ce qui le fait sortir
Expliquez la formation du complexe B avec le spliceosome majeur.
-Le trisnRNP U6-U4-U5 vient s’assoir entre U1 et U2.
-En même temps, cela détache U2AF65-35
*U4 et U6 sont liés par séquence complémentaire, alors que U5 est lié par interaction prot-prot
- U6 va remplacer U1 au site d’épissage 5’
Expliquez la formation du complexe C avec le spliceosome majeur.
- U4 est libéré du complexe, ce qui permet le rapprochement de U6 et de U2, qui se lient par complémentarité.
- U5 facilite la liaison du site d’épissage 5’ avec le site d’épissage 3’
- L’intron est libéré sous forme de lasso
Qu’est ce que les introns auto-épissants?
Des introns qui peuvent s’épisser eux-mêmes sans ARN externes ou protéines. Très rare.
Pourquoi dit-on que l’épissage est très fiable?
Parce que le site d’épissage 5’ est reconnu par deux snRNP (U1 et U6) tout comme le site de branchement par BBP et U2
Quelles sont les deux erreurs possibles de l’épissage?
- le saut de site. La machinerie d’épissage ne reconnait pas une site receveur 5’ situé avant un exon, ce dernier est alors « skippé »
- La machinerie d’épissage trouve un site d’épissage directement dans un exon, un pseudo-site
Vrai ou faux. L’épissage ne se fait qu’après que la transcription soit terminée.
Faux, l’ARN est épissé au fur et à mesure qu’il est transcrit, évitant d’avoir un ARN très long à épisser.
Quelles sont les protéines qui reconnaissent les séquences amplificateurs d’épissage exonique ESE?
Les protéines SR
Comment fonctionnent les protéine SR dans la prévention des erreurs d’épissage?
Elle vont lier les ESE présents dans les exons. Ensuite, elles vont recruter U2AF au site d’épissage 3’ et U1 au site d’épissage 5’
Nommez les principales différences entre le spliceosome majeur et mineur.
Le mineur est plus rare. Dans le mineur, U1 est U11 et U2 est U12. Les sites d’épissage 5’/3’ sont différents; AUAC au lieu de GUAG. U4 se nomme U4-ATAC et U6 se nomme U6-ATAC.
Donnez un synonyme pour le spliceosome mineur
Le spliceosome AT-AC
Qu’est-ce que l’épissage alternatif?
C’est lorsque l’épissage d’un pré-ARNm peut donner des ARNm différents.
La troponine T est un bon exemple d’épissage alternatif. Ce pré-ARNm contient 5 exons (1, 2, 3, 4 et 5) et 4 introns. Quels sont les deux ARNm alternatifs qui peuvent en résulter?
Deux ARNm avec les exons 1, 2 et 5 qui sont communs. C’est l’exon 3 ou le 4 qui sera présent, mais pas les deux
Quels sont les quatre types d’épissage alternatif?
- Exon éliminé: un exon est sauté
- Exon allongé: un bout d’intron est «ajouté » dans l’ARNm épissé
- Intron retenu: Un intron complet est « ajouté » dans l’ARNm épissé
- Épissage trans alternatif: Un ARNm épissé qui contient deux exons provenant de deux pré-ARNm différents
Dans l’antigène T de SV40, qu’est ce qui cause la traduction de la protéine « antigène petit t » ?
C’est le codon stop du pré-ARNm qui est conservé dans l’ARNm épissé par allongement d’exon.
Vrai ou faux. L’antigène T de SV40 possède 2 splice-sites receveurs 5’
Vrai
Qu’est ce qui favorise la production de l’antigène petit t dans l’antigène T de SV40?
L’accumulation de la protéine SR (SF2/ASF) dans l’exon 2 qui favorise l’épissage au site 5’ sst
Vrai ou faux. Un intron peut être trop petit pour permettre à la machinerie d’épissage de s’y assoir.
Vrai, c’est de l’encombrement stérique entre U1 et U2 (ou plutot BBP)
Vrai ou faux. Il existe une machinerie d’épissage spécifique pour enlever les introns qui contiennent une combinaison de sites majeurs et mineurs.
Faux, aucun spliceosome (majeur ou mineur) n’est capable d’enlever une combinaison de site majeurs et mineurs.
Comment se nomme les répresseurs exoniques d’épissage?
La famille des hnRNP
Donnez les deux façons de hnRNP1 de réprimer l’épissage
- Deux hnRNP1 se lient aux extrémités des deux exons (proche des sites d’épissage 5’/3’). Ils se lient ensuite ensemble et masquent l’intron
- Un hnRNP1 se lie au site polypyrimidique ( 11 pyrimidines…) et fait de la liaison coopérative avec d’autres hnRNP1 pour encombrer l’intron
À quoi sert l’édition de l’ARN?
Il sert à modifier la séquence de l’ARN après son épissage, donc entre sa transcription et sa traduction.
Vrai ou faux. Pour l’apolipoprotéine B, l’édition de l’ARN est une désamination du U dans le codon stop UAA de l’ARN pour donner un C et donc le codon CAA.
Faux, c’est le C qui es désaminé pour donner un U et donc un codon stop UAA.
Quelle est la désaminase spécifique à la désamination de l’adénine? Quelle est la base ainsi formée? Comme quelle autre base cette dernière est-elle reconnue?
ADAR, adénosine desaminase acting on RNA, inosine qui est reconnue comme une guanine
Où se produit l’édition de l’ARN par insertion de U?
Dans les mitochondries des trypanosomes
Les ARNg (guides) de l’édition d’ARN par insertion de U comportent trois régions. Quelles sont-elles? Quels sont leurs rôles?
- Bout 5’: ancrage qui dirige l’ARNg vers la région de l’ARNm à éditer
- Région d’édition, qui détermine la position des U à insérer
- Bout 3’: région poly-U, rôle inconnu
Expliquez comment les ARNg insèrent les U dans les ARNm.
- L’ARNg se lie à l’ARNm par sa région d’ancrage.
- La région d’édition se lie aussi, sauf les A à l’endroit où les U seront insérés
- Une endonucléase vient couper l’ARNm à l’endroit où les A de l’ARNg ne sont pas liées
- Les brèches ainsi formés dans l’ARNm sont remplies avec des U
- Une ligase vient refermer les brèches.
Vrai ou faux. Le transport des ARNm matures vers le noyau est un processus vestigial, qui n’a pas vraiment d’utilité.
Faux, son exportation vers le cytoplasme est primordiale pour sa traduction en protéine
Vrai ou faux. L’épissage de l’ARNm peut se terminer dans le cytoplasme avant la traduction de cet ARNm. Expliquez votre réponse.
Faux. Les ARNm doivent être complètement épissés et mature pour sortir du noyau, puisque les pores spéciales qui leur permet de sortir du noyau sont limitées à 50 KDa. La machinerie d’épissage est beaucoup trop grosse pour y passer.
