TPMT geno/fenotypning Flashcards
Vad är TPMT?
Ett läkemedelsmetaboliserande enzym som metaboliserar tiopuriner
vad är tiopuriner?
purinanaloger
cytotoxiska och immunsuppressiva egenskaper
används vil ALL, autoimmuna sjukdomar t.ex. reaumatism, IBD och efter organtransplantation
vad sker om det är polymorfism i TPMT-enzymet vid intag av tiopuriner?
Det bildas mer av den aktiva metaboliten TGN istället för den inaktiva metaboliten meMP
-> övervikt av aktiv metabolit, blir toxiskt och påverkar benmärgen samt utmognaden av blodceller
hur utreds TPMT polymorfism?
genotypning för att kunna se SNP mha pyrosekvensering. Sker innan behandling startar
fenotypning för att mäta aktiviteten av enzymet mha LC-MSMS. Mäter läkemedelsmetaboliter
varför är en av primerarna biotinylerad i pyrosekvenseringen?
för att kunna binda till streptavidin som finns på sepharosekulorna. Detta gör att den önskade enkelsträngade DNA-sekvensen fångas upp och isoleras på kulorna till analysen
Varför sitter biotinmolekylen i 5’ änden av primern?
polymeraset arbetar från 5’ till 3’, skulle annars blockera aktiviteten av enzymet (blockerar OH-gruppen)
Vad finns i reaktionslösningen till pyroskevenseringen?
DNA-polymeras
ATP-sulfurylas
luciferas
apyras
förklara reaktionen vid pyrosekvenseringen, hur kan nukleotiderna analyseras?
en nukleotid i taget sätts in i den växande komplementära DNA-strängen mha polymeras
när en nukleotid tillsätts så frisätts PPi (pyrofosfat)
ATP-sulfurylas omvandlar PPi till ATP
Luciferas använder ATP för att omvandla luciferin till oxyluciferin vilket genererar ett ljus proportionerligt till mängden ATP
toppen ses i ett pyrogram
apyras bryter ner nukleotider som inte inkorporerats
hur kan man särskilja ATP som används till inkorporeringen och ATP till luciferas?
Det ena ATP-molekylen till inkorporeringen är modifierat
vad finns det för felkällor vid analys av fenotypen på TPMT?
om patienten har leukemi så finns det en överrepresentation av gamla erytrocyter pga undantryckt hematopoes, dessa har en sämre TPMT-aktivitet
personer som har fått en blodtransfusion kan få en felaktig aktivitetsnivå då får en del av givarens TPMT-aktivitet
även vissa läkemedel som används vid ex. inflammatoriska tarmsjukdomar skulle kunna påverka aktiviteten
hur mäts TPMT-aktiviteten med LC-MSMS?
TPMT katalyserar metylgrupp från SAM till 6-MP
-> meMP
reaktionen avstannar mha acetonitril innehållande internstandard 6-MP-D3
genom kolonnerna så får man ut de segment man vill ha mha polaritet
fragmenten förs via en mobilfas via kolonner (fast fas) som är klädda med ämnen för att få ut sin önskade molekyl
