Genetisk diagnostik Flashcards
vad orsakas KML av?
translokation av kromosom 22 och kromosom 9
- > BCR-ABL genen
- ligger nära varann i metafaslinjen efter duplicering
ger upphov till fusionsprotein= BCR-ABL
ABL=kinas
BCR-ABL- stabilt, alltid aktivt
vad innebär det att KML är en bifasisk sjukdom?
finns två faser av KML
en kronisk fas där den granulocytära cellinjen expanderas massivt
blastfas som beror på en akumulering av ytterligare mutationer och epigenetiska förändringar så kronisk fas övergår till blastfas
hur fungerar realtids-PCR?
fluorofor-märkta prober binder till PCR-produkten
fluoroscensen mäts för att se hur mycket PCR-produkt som skapats, jämför med standardkurva
mäter Ct-värde dvs där kurvan går över tröskelvärdet
förklara digital PCR
stort antal parallella PCR-reaktioner med primer och fluorescenstagg
DNA finns i vissa droppar-> PCR-rektion blir positiv eller negativ vilket ses mha fluorescens
fördelning sker enligt Poissons distrubition vilket beror på hur mycket DNA som finns från början dvs koncentrationen
hur kan dPCR appliceras?
kvantifiera hur mycket viralt material det finns
kvantifiering av nukleinsyror
sällsynta mutationer
har väldigt hög precision, behöver inte en standardkurva
förklara analysprincipen bakom microarray
en mängd kända DNA-fragment fästs i brunnar till vilka patientprov tillsätts
om patienten har komplementerande sekvens ger det upphov till en fluoroscerande signal
alla gener analyseras samtidigt
hur kan microarray användas?
genotypning (SNP)
genexpression- RNA
detection of copy number variations (CNVs)
förklara sangersekvensering
en gen analyseras i taget
sekvenseringen avslutas med en nukleotid som saknar OH-grupp, denna nukleotid har även en fluorofor beroende på vilken typ det är (AGTC)- ddNTP
fragmenten separeras sedan mha elektrofores från korta till långa fragment
i kapillärlektrofores så åker fragment genom en laserstråle för att se vilken fluorofor det är
vad NGS användas till?
sekvensera hela genom, målsekvenser, exom, transkriptom (RNA-sekvensering)
epigenetik
metagenomik
hur fungerar NGS i stora drag?
önskat DNA fångas upp och amplifieras
fragmentering
adapterligering- prob sätts på som kan användas för att fästa molekylen på en yta
indexering- prob som möjliggör att kunna se skillnad på prover
sekvensering- varje DNA-molekyl amplifieras i en klunga
varje inkorporering ger upphov till en signal
vad är p53? vilka verkningsområden har den?
p53=transkriptionsfaktor
p21: binder till CyklinD+CDK4-> G1-arrest
14-3-3sigma: CyklinB1+CDK1-> G2-arrest
FAS,BAX ->apoptos
GADD45-> DNA-reparering
mutation i p53 är den vanligaste mutationen hos tumörceller
vad för funktion har MDM2?
MDM2 kan binda till p53 vilket leder till att proteinet degraderas (ubiquinisering)
vad sker om det finns en mutation i MDM2?
om det finns mer MDM2 så påverkas inte p53 men om cellen är i ett stresat tillstånd så bildas mer p53 och detta kommer då påverkas av mutationen
-> p53 bryts ner snabbare -> mindre tumörsupression
