test lab (4 chapitres) mardi

Question 1

la spécificité enzymatique peut être autant

Answer 1

étroite que large (diapo14-15)

large = utilie pour l’utilisation de substrats non naturel pour suivre les réactions enzymatiques en laboratoire

Question 2

parfois l’enzyme est seule et parfois elle a besoin d’un cofecteur/coenzyme (partie non protéique)
exemple de cofacteur et de coenzymes?

Answer 2

Cofacteur:
Ions métalliques
groupements prosthétiques (gr. lié fortement à l’apo-enzyme) ex; hème

coenzyme:
molécules organiques qui sont souvent dérivées des vitamines
certains sont labiles(se dissocient sous forme libre): NAD+, coA
d’autres sont liés:
FAD
FMN

Question 3

quel enzyme catalyse la formation d’un lien phosphodiester?

Answer 3

ligase

Question 4

dans la méthode d’extraction de plasmide, on peut renaturer lentement avec _____

Answer 4

acétate de potassium

Question 5

dans l’électrophorèse, l’ADN migre vers quelle électrode?

Answer 5

anode (électrode +)

Question 6

agarose est un extrait de quoi…

Answer 6

d’algues rouges

Question 7

dans un gel d’agarose, les petites molécules migrent plus ____ que les grosses molécules

Answer 7

rapidement

Question 8

caractéristiques de la molécules qui déterminent sa migration dans un gel d’électrophorèse…

on veut uniformiser ____ et _____ pour que les molécules migrent uniquement selon la ________

Answer 8

charge électrique
forme
masse moléculaire

on veut uniformiser les charge électrique et la forme pour que les molécules migrent uniquement selon la
MASSE MOLÉCULAIRE = le seul facteur déterminant

Question 9

le ratio charge/masse est-il constant?

Answer 9

oui

Question 10

quelle ets la charge de l’ADN à pH plus grand ou égal à 7

Answer 10

négative
(tampon pH 8 utiliser)

Question 11

on veut digérer l’ADN pour qu’Il soit toujours ______

Answer 11

linéaire
parce sinon, les différentes formes ne migrent pas au même endroit

Question 12

lorsqu’on augmente la concentration du gel d’agarose…

Answer 12

les molécules plus petites peuvent être mieux séparées

Question 13

l’agarose est une agent____

Answer 13

mutagène/intercalant , on met des gants

Question 14

alternative moins dangereuse à l’agarose

Answer 14

RedSafe (pas mutagène et carcinogène)

Question 15

si on augment elle voltage, les molécules migrent plus….

Answer 15

vite

Question 16

la distance de migration est inversement proportionnelle au

Answer 16

au logarithme de la taille de l’ADN

Question 17

si les bandes lumineuse sont plus foncé, ces fragments sont plus

Answer 17

abondants

Question 18

graphique de la distance de migration: (quoi en fonction de quoi)

Answer 18

taille en fonction de la distance de migration

Question 19

le SDS dénature ____
alors que le NaOH dénature_____

Answer 19

le SDS dénature protéine et fragilise la membrane
alors que le NaOH dénature la protéine et l’ADN

Question 20

Un facteur clé du succès du PCR:

Answer 20

utilisation de l’ADN polymérase Taq, enzyme résistante à la chaleur

Question 21

polymérase Taq permet de générer des fragments d’ADN ne dépassant généralement pas
____

Answer 21

4 kb

Question 22

dénaturation de l’ADN grâce à

Answer 22

chaleur (bris des liens H)
NaOH (dans un milieu fortement basique, neutralisation)

Question 23

renaturation de l’ADN grâce à

Answer 23

mettre dans le froid pour reformer les liens H ou abaisser le pH

Question 24

ADN polymérase Taq isolée à partir de la bactérie thermophile…

Answer 24

Thermus aquaticus

Question 25

température optimale de ADN polymérase Taq

Answer 25

72 degrés Celsius la résistance au température élevées (95 degrés Celsius a permis de développer le PCR)

Question 26

la dénaturation PCR à

Answer 26

95 degrés Celsius

Question 27

le nombre de copies de la séquence cible _____ à chaque cycle

Answer 27

double la séquence cible augmente de manière exponentielle (obtention d'un million de copies après 20 cycles)

Question 28

Y=x2^n

Answer 28

Y= nombre final de copies X= nombre initial de copies n=nombre de cycles

Question 29

PCR: qu'est ce qui est utilisé pour produire un changement de température à chaque cycle?

Answer 29

thermocycleur

Question 30

dénaturation:

Answer 30

95 degrés C pendant 30 à 60s

Question 31

hybridation (appariement) des amorces:

Answer 31

pendant 30 à 60 s température d'appariement: Tm-5 degrés C entre 40 et 65 degrés C Tm correspond à la température de fusion: température à laquelle 50% des molécules d'amorce sont associées à la matrice

Question 32

Tm correspond à la température de fusion: température à laquelle 50% des molécules d'amorce sont associées à la matrice la Tm dépend de quoi? comment on la calcule?

Answer 32

la Tm d'une amorce dépend de sa longueur et de son % G+C. Calcul de la Tm G-C (4 x nombre de G-C) + A-T (2 x nombre de A-T) 2 degrés pour A-T et 4 degrés pour G-C

Question 33

élongation :

Answer 33

72 degrés C pendant 30 à 60 s (durée dépend de la longueur de la séquence cible (1kb/min) nombre total de cycle : plus petit ou égal à 30 (au delà de 20-25 cycles, l'enzyme est de moins en moins efficace (passage successif à 95degrés C) et la réaction atteint un plateau.

Question 34

qu'est-ce qui détermine la spécificité de la PCR?

Answer 34

(les amorces) l'amplification spécifique de la séquence comprise en entre les extrémités 5' des deux amorces

Question 35

qu'est-ce qui détermine la longueur des amorces?

Answer 35

les points d'appariement

Question 36

vrai ou faux: les minisatellites VNTR sont composés d'unité de répétition de 16-25 nucléotides de longueur.

Answer 36

vrai

Question 37

plus l'amorce est longue, plus l'hybridation est___

Answer 37

spécifique

Question 38

pour le génome humain, il faut utiliser des amorces d'au moins ____ bases

Answer 38

au moins 17 bases

Question 39

nombre de séquences possibles pour un oligosaccharides de 17 bases :

Answer 39

4^n (4 pour 4 possibilités de base) n=17

Question 40

à éviter pour le choix des amorces:

Answer 40

-séquences complémentaires à l'intérieur d'une même amorce -Complémentarité des bases entre les 2 amorces dimères d'amorces: inutile (consommé très rapidement)

Question 41

applications de la PCR

Answer 41

VOIR P.28 des diapos - domaine médical/ microbiologie: détection d'organismes pathogène/ virus -analyse de l'expression de gènes spécifiques -en médecine légal, identifications d'individus par l'analyse de polymorphismes

Question 42

c'est quoi un polymorphisme génétique

Answer 42

variations de séquence parmi les individus d'un population (variation tous les 1000 nucléotides)

Question 43

chaque variant à un locus constitue une ___

Answer 43

allèle les allèles sont hérités de façon Mendélienne

Question 44

(rare) certaines allèles affectent le phénotype, provoque un changement visible des l'apparence d'un organisme ou d'une cellule

Answer 44

vrai

Question 45

variations ponctuelle dans PCR?

Answer 45

un nucléotide est remplacé par un autre (séquence de l'ADN pour pouvoir les détecter)