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session 1 et corps humain 2 > test lab (4 chapitres) mardi > Flashcards

test lab (4 chapitres) mardi Flashcards

1
Q

la spécificité enzymatique peut être autant

A

étroite que large (diapo14-15)

large = utilie pour l’utilisation de substrats non naturel pour suivre les réactions enzymatiques en laboratoire

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2
Q

parfois l’enzyme est seule et parfois elle a besoin d’un cofecteur/coenzyme (partie non protéique)
exemple de cofacteur et de coenzymes?

A

Cofacteur:
Ions métalliques
groupements prosthétiques (gr. lié fortement à l’apo-enzyme) ex; hème

coenzyme:
molécules organiques qui sont souvent dérivées des vitamines
certains sont labiles(se dissocient sous forme libre): NAD+, coA
d’autres sont liés:
FAD
FMN

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3
Q

quel enzyme catalyse la formation d’un lien phosphodiester?

A

ligase

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4
Q

dans la méthode d’extraction de plasmide, on peut renaturer lentement avec _____

A

acétate de potassium

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5
Q

dans l’électrophorèse, l’ADN migre vers quelle électrode?

A

anode (électrode +)

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6
Q

agarose est un extrait de quoi…

A

d’algues rouges

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7
Q

dans un gel d’agarose, les petites molécules migrent plus ____ que les grosses molécules

A

rapidement

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8
Q

caractéristiques de la molécules qui déterminent sa migration dans un gel d’électrophorèse…

on veut uniformiser ____ et _____ pour que les molécules migrent uniquement selon la ________

A

charge électrique
forme
masse moléculaire

on veut uniformiser les charge électrique et la forme pour que les molécules migrent uniquement selon la
MASSE MOLÉCULAIRE = le seul facteur déterminant

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9
Q

le ratio charge/masse est-il constant?

A

oui

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10
Q

quelle ets la charge de l’ADN à pH plus grand ou égal à 7

A

négative
(tampon pH 8 utiliser)

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11
Q

on veut digérer l’ADN pour qu’Il soit toujours ______

A

linéaire
parce sinon, les différentes formes ne migrent pas au même endroit

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12
Q

lorsqu’on augmente la concentration du gel d’agarose…

A

les molécules plus petites peuvent être mieux séparées

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13
Q

l’agarose est une agent____

A

mutagène/intercalant , on met des gants

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14
Q

alternative moins dangereuse à l’agarose

A

RedSafe (pas mutagène et carcinogène)

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15
Q

si on augment elle voltage, les molécules migrent plus….

A

vite

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16
Q

la distance de migration est inversement proportionnelle au

A

au logarithme de la taille de l’ADN

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17
Q

si les bandes lumineuse sont plus foncé, ces fragments sont plus

A

abondants

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18
Q

graphique de la distance de migration: (quoi en fonction de quoi)

A

taille en fonction de la distance de migration

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19
Q

le SDS dénature ____
alors que le NaOH dénature_____

A

le SDS dénature protéine et fragilise la membrane
alors que le NaOH dénature la protéine et l’ADN

20
Q

Un facteur clé du succès du PCR:

A

utilisation de l’ADN polymérase Taq, enzyme résistante à la chaleur

21
Q

polymérase Taq permet de générer des fragments d’ADN ne dépassant généralement pas
____

A

4 kb

22
Q

dénaturation de l’ADN grâce à

A

chaleur (bris des liens H)
NaOH (dans un milieu fortement basique, neutralisation)

23
Q

renaturation de l’ADN grâce à

A

mettre dans le froid pour reformer les liens H ou abaisser le pH

24
Q

ADN polymérase Taq isolée à partir de la bactérie thermophile…

A

Thermus aquaticus

25
Q

température optimale de ADN polymérase Taq

A

72 degrés Celsius
la résistance au température élevées (95 degrés Celsius a permis de développer le PCR)

26
Q

la dénaturation PCR à

A

95 degrés Celsius

27
Q

le nombre de copies de la séquence cible _____ à chaque cycle

A

double
la séquence cible augmente de manière exponentielle (obtention d’un million de copies après 20 cycles)

28
Q

Y=x2^n

A

Y= nombre final de copies
X= nombre initial de copies
n=nombre de cycles

29
Q

PCR: qu’est ce qui est utilisé pour produire un changement de température à chaque cycle?

A

thermocycleur

30
Q

dénaturation:

A

95 degrés C pendant 30 à 60s

31
Q

hybridation (appariement) des amorces:

A

pendant 30 à 60 s

température d’appariement: Tm-5 degrés C
entre 40 et 65 degrés C

Tm correspond à la température de fusion: température à laquelle 50% des molécules d’amorce sont associées à la matrice

32
Q

Tm correspond à la température de fusion: température à laquelle 50% des molécules d’amorce sont associées à la matrice

la Tm dépend de quoi? comment on la calcule?

A

la Tm d’une amorce dépend de sa longueur et de son % G+C.

Calcul de la Tm
G-C (4 x nombre de G-C) +
A-T (2 x nombre de A-T)

2 degrés pour A-T et 4 degrés pour G-C

33
Q

élongation :

A

72 degrés C pendant 30 à 60 s (durée dépend de la longueur de la séquence cible (1kb/min)

nombre total de cycle : plus petit ou égal à 30
(au delà de 20-25 cycles, l’enzyme est de moins en moins efficace (passage successif à 95degrés C) et la réaction atteint un plateau.

34
Q

qu’est-ce qui détermine la spécificité de la PCR?

A

(les amorces)
l’amplification spécifique de la séquence comprise en entre les extrémités 5’ des deux amorces

35
Q

qu’est-ce qui détermine la longueur des amorces?

A

les points d’appariement

36
Q

vrai ou faux: les minisatellites VNTR sont composés d’unité de répétition de 16-25 nucléotides de longueur.

A

vrai

37
Q

plus l’amorce est longue, plus l’hybridation est___

A

spécifique

38
Q

pour le génome humain, il faut utiliser des amorces d’au moins ____ bases

A

au moins 17 bases

39
Q

nombre de séquences possibles pour un oligosaccharides de 17 bases :

A

4^n (4 pour 4 possibilités de base)
n=17

40
Q

à éviter pour le choix des amorces:

A

-séquences complémentaires à l’intérieur d’une même amorce

-Complémentarité des bases entre les 2 amorces
dimères d’amorces: inutile (consommé très rapidement)

41
Q

applications de la PCR

A

VOIR P.28 des diapos

  • domaine médical/ microbiologie: détection d’organismes pathogène/ virus

-analyse de l’expression de gènes spécifiques

-en médecine légal, identifications d’individus par l’analyse de polymorphismes

42
Q

c’est quoi un polymorphisme génétique

A

variations de séquence parmi les individus d’un population (variation tous les 1000 nucléotides)

43
Q

chaque variant à un locus constitue une ___

A

allèle
les allèles sont hérités de façon Mendélienne

44
Q

(rare) certaines allèles affectent le phénotype, provoque un changement visible des l’apparence d’un organisme ou d’une cellule

A

vrai

45
Q

variations ponctuelle dans PCR?

A

un nucléotide est remplacé par un autre (séquence de l’ADN pour pouvoir les détecter)

session 1 et corps humain 2 (23 decks)

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