Tema 5 Flashcards
¿Las proteínas adaptadoras suelen tener actividad enzimática?
No, solo permiten que una molécula diferente active a otra
Las interacciones ente moléculas son mayoritariamente…
No covalente (débiles)
Las interacciones débiles permiten la asociación fuerte entre proteínas que muestren…
Complementariedad molecular
La intensidad de las interacciones débiles depende del … y … de ellas
Número y fuerza
Las interacciones se producen entre proteínas señalizadoras y…
- Metabolitos
- Ácidos nucleicos: DNA y RNA
- Proteínas
- Lípidos
¿Qué interacciones producen los metabolitos?
- Interacciones alostéricas
- Cambios conformacionales
- Cambios de actividad
Las proteínas señalizadoras que se unen al DNA pueden unirse…
- A cualquier sitio
- Al esqueleto altamente cargado (-), partes con Lys y Arg
¿Qué función desempeñan las proteínas señalizadoras en el DNA?
- Mantener regiones monohebra
- Protección de degradación
¿Las interacciones entre las proteínas señalizadoras y el DNA son específicas o no?
Pueden ser las dos
¿Las interacciones entre las proteínas señalizadoras y el RNA son específicas o no?
Son específicas
¿Qué funciones suelen llevar a cabo los complejos RNA-proteínas?
Funciones catalíticas
¿Qué funciones suelen llevar a cabo los complejos DNA-proteínas?
Funciones reguladoras
Las interacciones proteína-proteína son…
No covalentes (débiles)
La unión entre proteínas se puede alterar por…
- Abundancia o distribución en la célula
- Cambios en sus modificaciones postraduccionales
- Cambios en la forma (conformación)
Las interacciones entre proteínas pueden afectar a su comportamiento permitiendo:
Formar estructuras multifuncionales con actividades más complejas a partir de componentes proteicos más simples.
¿Qué hacen las Scaffold proteins?
Incrementan la especificidad y eficiencia (evitan la unión de otro sustrato que puede ser más competitivo)
¿De qué depende la probabilidad de que ocurra una interacción?
De la afinidad y especificidad de unión
¿Qué es la afinidad?
La medida de la fuerza intrínseca de la interacción de unión
La unión entre proteínas puede ser medida por…
- Péptidos lineales cortos
- Amplias superficies de interacción
La base de la unión de una proteína a otra macromolécula es…
La especificidad de encaje (complementariedad entre las 2 superficies que interactúan
¿Mediante qué uniones se estabiliza la unión de proteínas?
- Uniones de H
- Interacciones hidrofóbicas
- Interacciones electrostáticas
Las interacciones entre lípidos y proteínas de señalización son…
No covalentes
¿Qué es un motivo?
Es un patrón de plegamiento reconocible que implica a 2 o más elementos de estructura secundaria conectados (estructura supersecundaria)
Una región de la cadena polpeptídica que tiene más elementos de la estructura secundaria se llama…
Motivo
Una región de la proteína que tiene una estructura tridimensional identificable se llama…
Dominio proteico
Ejemplo de proteína multidominio
Proteína Src
¿Qué es la proteína Src?
Una proteína multidominio tirosina kinasa citosólica anclada a la membrana
¿Qué partes tiene la proteína Src?
- Un ácido graso (unión a la membrana)
- Un sitio de reconocimiento
- Dominio kinasa (actividad catalítica –> Fosforilación)
Todos los dominios pueden sufrir modificaciones…
Covalentes
¿Qué reconocen los dominios 14-3-3?
p-Ser/p-Tre [FHA] en proteínas reguladoras 14-3-3 [WW]
¿Qué reconocen los bromodominios?
Lys acetiladas
¿Qué reconocen los cromodominios?
Lys metiladas
¿Qué reconocen los dominios Tudor?
Lys-Arg metiladas en histonas nucleosomales
¿Qué reconocen los dominios PH (plecstrina)?
Subgrupos que unen PIP2 y PIP3
¿Qué reconocen los dominios PTB?
Tyr fosforilada
Las Scaffold proteins pueden tener capacidad enzimática?
Sí
¿Qué forman las Scaffold proteins?
Un módulo ordenado que permite la activación secuencial de laca enzima
¿Qué hacen las proteínas de anclaje?
Localizan su complemento de enzima cerca de su lugar de acción
¿Dónde se localizan las proteínas de acoplamiento?
En la membrana plasmática
4 vías de actuación de las Scaffold proteins
- Anclar componentes de señalización
- Localizar en áreas específicas de la célula
- Regular la transducción de señales (retroalimentación + y -)
- Aislar de la interacción con otras proteínas o sustratos alternativos
Mecanismos de transmisión de la información de las Scaffold proteins
- Aproximan e incrementan la concentración efectiva de 2 enzimas
- Aislamiento
- Reguladores alostéricos
Hay dos grandes tipos de complejos de señalización…
- Complejos de señalización preformados sobre una Scaffold protein
- Complejos de señalización ensamblados sobre un receptor activado o sobre sitios de acoplamiento de fosfoinosítidos
Las proteínas pueden estar modificadas covalentemente con… después de la traducción
Lípidos
3 anclajes lipídicos son…
- Glucofosfatidilinositol
- Acilación
- Prenilación
¿Con qué no puede interactuar una proteína señalizadora que contiene un residuo de miristoilo inaccesible (escondido)?
Con una proteína efectora
¿Qué es la miristoilación?
Modificación estable catalizada por la N-miristoil transferasa, es cotraduccional y también postraduccional y es un proceso constitutivo y permanente.
¿Qué permite la miristoilación?
Permite a las proteínas localizarse en la membrana o en el citosol
¿Qué subunidad de la PKA está miristoilada?
La subunidad C
La subunidad C de la PKA está…
Miristoilada
¿Qué son los Rafts?
Son microdominios fluidos de membranas variables en tamaño
En las balsas de membrana se concentran muchas proteínas con anclajes…
GPI
Muchas proteínas de las balsas citoplasmáticas están…
Miristoiladas o palmitoiladas
Las Rafts están enriquecidas con más…
Glucoesfingolípidos (cerebrósidos y gangliósidos)
Características comunes de las enzimas señalizadoras:
- Aparecen como pares complementarios catalizando rutas opuestas.
- Capacidad de amplificación
¿Qué son los cambios conformacionales alostéricos?
Son cambios en la estructura de la proteína inducidos por ligando.
¿Cuáles son las superfamilias de las Proteínas G monoméricas?
- Superfamilia Ras
- GTPasas de síntesis proteica y traslocación
¿Qué regulan las RGS?
Proteínas G3
¿Qué son los GEF?
Factores de intercambio de nucleótidos de guanina
¿Qué son las GDI?
Inhibidoras de disociación del nucleótido GDP o la actividad GTPasa
¿Qué son las GAP?
Proteínas activadoras de la actividad GTPasa, regulan G monoméricas
¿Qué tipo de proteínas G regulan las RGS?
G heteroméricas
¿Qué tipo de proteínas G regulan las GAP?
G monoméricas
¿Cuántas cargas negativas aporta la fosforilación de proteínas?
2
La fosforilación permite interacciones específicas con…
- Grupos amida libres sucesivos en N-ter de una hélice alpha
- 2 N en grupo guanidino de Arg
Sitios de unión de la fosforilación:
- Tyr
- Ser
- Tre
¿PTEN es una proteína kinasa o fosfatasa?
Fosfatasa
¿Qué dominio del RPTP tiene actividad catalítica?
El dominio citosólico
¿Qué inactiva el dominio fosfatasa en las RPTP?
La unión del ligando
La actividad de las RPTP puede ser inhibida por … del receptor.
Dimerización
Las PTP son…
Tirosina fosfatasas
A través del complejo del poro nuclear (CPN) pueden pasar moléculas por…
- Difusión facilitada
- Transporte activo
La clase más prominente de proteínas de transporte nuclear son las…
Karioferinas
¿Qué significa NLS?
Secuencia de localización nuclear
El transporte nuclear se controla por…
- Proteínas lanzadera
- Proteína G Ran
¿Dónde hay más proporción de Ran-GTP?
En el núcleo
¿Dónde hay más Ran-GDP?
En el citosol
Algunos sitios de reconocimiento palindrómico unen…
Dímeros
La forma activa de un TF típico es un…
Dímero
La dimerización de las proteínas reguladoras transcripcionales reduce las posibilidades de…
Apareamientos aleatorios e incrementa la especificidad y la afinidad de unión del regulador
Las repeticiones directas son regiones de reconocimiento del DNA…
Específicas
Las proteínas que unen DNA como dímeros u oligómeros pueden formar…
Lazos en el DNA
Los complejos de reordenamiento de la cromatina contienen siempre…
ATPasa
Indica 3 dominios de unión al DNA:
- HTH (hélice-giro-hélice)
- Dedos de Zinc
- Cremallera de leucina
Las proteínas que se unen al surco menor causan…
Una curvatura (doblamiento) en el DNA
¿Todos los factores de transcripción son proteínas reguladoras génicas?
No
¿Pueden los TF regular la expresión génica por sí mismos?
No. Precisan la asistencia de coactivadores/correpresores
¿Los elementos promotores basales son específicos o generales?
Generales
Hay 3 tipos de secuencias promotoras:
- Elementos promotores basales
- Elementos promotores proximales
- Elementos promotores distales
Los factores de transcripción pueden ser fosforilados por:
- RTK
- PK activadas por 2 mensajeros
- Cascadas de múltiples PK
Cuando veo un elemento de respuesta pienso en…
Una secuencia CIS reguladora que une un factor específico
Los TF contienen por lo menos 3 dominios:
- RB
- DBD
- TAD
El RD es el dominio…
Regulador
El BDB es el dominio…
De unión al ligando
El TAD es el dominio…
Transactivante
Las secuencias de DBD suelen contener motivos estructurales como…
Dedos de Zinc o Cremalleras de Leucina
