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Biología Molecular > Tema 1 > Flashcards

Tema 1 Flashcards

1
Q

Los nucleótidos son…

A

Unidades monoméricas de los ácidos nucleicos que se unen covalentemente en cadenas polinucleotídicas.

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Q

Un nucleótido está formado por…

A

Nucleósido + fosfato

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3
Q

Un nucleósido está formado por…

A

Una base nitrogenada + azúcar

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4
Q

¿Cuáles son las bases púricas?

A

Adenina y guanina

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5
Q

¿Cuáles son las bases pirimidínicas?

A

Citosina, timina y uracilo

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6
Q

Propiedades fisicoquímicas de las bases púricas y pirimidínicas

A
  1. Existencia de dipolos eléctricos
  2. Hidrofobicidad
  3. Basicidad
  4. Tautomería
  5. Absorción de luz UV
  6. Coplanariedad de los anillos
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7
Q

Los enlaces de H son un tipo de interacciones…

A

Débiles

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8
Q

Adenina y citosina tienen tautomerización…

A

Amino - imino

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9
Q

Guanina y timina tienen tautomerización…

A

Ceto- Enol

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10
Q

La citosina está usualmente en la forma…

A

Amino

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11
Q

La guanina está usualmente en la forma…

A

Ceto

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12
Q

Tautómeros del uracilo

A

Lactama, lactima y doble lactima

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13
Q

Los equilibrios tautoméricos afectan a las bases en…

A

Capacidad de ionización y de formación de enlaces de H

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14
Q

La tautomería ceto-enólica se puede producir en…

A

G, C, T y U

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15
Q

Lactama - lactima es una tautomerización…

A

Ceto-enólica

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16
Q

Las lactima imprimen un … a las bases

A

Fuerte carácter ácido

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17
Q

La tautomería imina-amina puede darse en…

A

G, A y C

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18
Q

¿Aparece el uracilo en el DNA?

A

Puede aparecer por desaminación de la citosina o por incorporación directa como dUTP

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19
Q

¿Qué es la 5-metil-citosina?

A

Metilación de la citosina que interviene en procesos de regulación génica en eucariotas y en procariotas en reparación de DNA o sistemas de restricción modificación para evitar el ataque del DNA por las nucleasas

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20
Q

¿Qué es la 6-metil-adenina?

A

Metilación de la adenina, exclusiva de DNA procariótico y mRNAs eucarióticos

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21
Q

¿Qué es la 5-hidroximetil-citosina?

A

Importante en fagos Tpar (virus de bacterias), protege el DNA fágico de las nucleasas bacterianas

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22
Q

¿Qué es el Br-uracilo?

A

Análogo estructural de la timina, se emplea en laboratorio para marcaje del DNA y como estabilizador de la estructura del DNA-Z

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23
Q

¿Qué emplean como coenzima las DMT metilasas?

A

S-adenosilmetionina (dona grupos metilo)

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24
Q

¿Dónde producen la metilación del DNA las DMT?

A

En la posición 5’ de la citosina

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25
Q

¿Qué hacen las enzimas DNA glucosilasas?

A

Reconocen bases inapropiadas en el DNA y escinden el enlace glucosilo

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26
Q

¿Qué es una despurinización?

A

Hidrólisis del enlace N-b-glucosilo entre la base y la pentosa
1. Crea un sitio AP
2. Más común con las purinas

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27
Q

Reacciones químicas espontáneas más frecuentes que causan daños graves en el DNA

A

Desaminaciones y despurinaciones

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28
Q

Principal reacción de la desaminación

A

Convertir la citosina en uracilo

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29
Q

¿La desaminación o despurinización rompen el esqueleto del fosfodiéster?

A

No

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30
Q

La despurinización puede eliminar… del DNA

A

La guanina o adenina

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31
Q

Las bases nitrogenadas de los nucleótidos y los ácidos nucleicos sufren transformaciones no enzimáticas:

A

Reacciones de desaminación

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32
Q

La desaminación es…

A

Pérdida espontánea de los grupos amino exocíclicos

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33
Q

¿La timina tiene grupo amino?

A

No

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34
Q

La desaminación hidrolítica espontánea de la 5mC genera…

A

Timina, que no se repara

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35
Q

La timina que surge de la desaminación de la 5mC se empareja con…

A

Guanina, formando un par de bases no coincidentes

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36
Q

La desaminación de la C no metilada da lugar a…

A

Uracilo, que se repara fácilmente

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37
Q

¿Qué enzima repara el uracilo del DNA?

A

Uracilo DNA glucosidasa, que da lugar a una citosina

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38
Q

¿Qué enzima repara al uracilo en el DNA?

A

La uracilo DNA glucosidasa, y lo reemplaza por una citosina

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39
Q

¿Qué base inserta el DNA cuando se encuentra a un uracilo?

A

Una adenina

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40
Q

El virus cianofago S-2L qué base sustituye en su DNA y por qué la cambia

A

En lugar de A tiene 2-aminoadenina (Z)

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41
Q

Por cuántos enlaces está unido Z:T

A

3 enlaces de H

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42
Q

Propiedades del dZ-DNA

A
  1. Mayor rigidez
  2. Estabilidad térmica y de fuerza
  3. Propensión a adoptar una forma helicoidal no estándar
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43
Q

El azúcar (pentosa) es el componente…

A

Neutro

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44
Q

¿Qué tipos de pentosa hay?

A

Ribosa y 2’-desoxirribosa

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45
Q

La ribosa en solución qué formas tiene en equilibrio

A

La abierta (aldehído) y cerrada (b-furanosa)

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46
Q

Los anillos de ribofuranosa tienen 4C…

A

En el mismo plano casi

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47
Q

El 5C de la ribofuranosa puede estar…

A

En el mismo plano (endo) o en el lado opuesto (exo)

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48
Q

¿Dónde se establece la unión covalente en los nucleótidos?

A

En el enlace N-glucosídico entre la base y el C1 (anomérico) del azúcar

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49
Q

El fosfato es el componente…

A

Ácido

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50
Q

Normalmente a qué se une el fosfato

A

Al grupo hidroxilo del C5 de la pentosa

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51
Q

La unión covalente entre el nucleósido y el fosfato se establece a través de un enlace…

A

Éster, generando un nucleótido

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52
Q

A qué longitud de onda absorben luz UV los nucleótidos?

A

A 260 nm

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53
Q

Por qué muestran afinidad el NDP y el NTP?

A

Por cationes divalentes como el Mg, Mn o Ca y no existen como aniones libres sino en forma de complejos quelato 1:1

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54
Q

En qué interviene el ATP?

A

En el metabolismo energético

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55
Q

En qué interviene el GTP?

A

Síntesis de proteínas

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56
Q

En qué interviene el CTP?

A

Síntesis de lípidos

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57
Q

En qué interviene el UTP?

A

Metabolismo de carbohidratos

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58
Q

La hidrólisis alcalina rompe…

A

El enlace fosfodiéster

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59
Q

La hidrólisis ácida suave rompe…

A

El enlace N-glicosídico

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60
Q

El grupo fosfato se encuentra en posición…

A

5’

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61
Q

Las cadenas polinucleotídicas tienen carácter…

A

Hidrófilo

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62
Q

Los grupos fosfato a pH fisiológico están…

A

Ionizados completamente

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63
Q

Se hidrolizan los enlaces fosfodiéster en medio ácido débil?

A

No

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64
Q

Se hidrolizan los enlaces fosfodiéster en medio alcalino?

A

En el DNA no, en RNA sí

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65
Q

Qué enlaces se hidrolizan en medio ácido fuerte?

A

Todos

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66
Q

Los enlaces N-glicosídicos se hidrolizan en medio ácido débil?

A

Sí, todos o purinas

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67
Q

Cuál es más reactivo el DNA o el RNA?

A

El RNA, debido a los grupos 2’-OH

68
Q

La composición de bases del DNA (Chargaff)…

A
  1. Varía según la especie
  2. Es la misma en tejidos de la misma especie
  3. No varía con la edad, estado nutricional o variaciones ambientales

Todos los DNAs celulares contienen A=T y G=C
Siempre la suma de purinas es igual a la de pirimidinas

69
Q

Cuándo no se cumplen las reglas de Chargaff

A

En RNA o DNA monocatenario

70
Q

Relación entre purinas y pirimidinas de las reglas de Chargaff

A

A+G = T+C = 50%

71
Q

Diámetro del DNA-B

A

20 Å

72
Q

Las hebras del DNA son…

A

Antiparalelas

73
Q

Las bases nitrogenadas se unen en el DNA mediante…

A

Enlaces de H

74
Q

Cuantos pares de bases por vuelta tenía el DNA original de Watson y Crick?

A

10,5

75
Q

La hélice del ADN es…

A

Dextrógira

76
Q

El esqueleto exterior de fosfato y pentosa del DNA es…

A

Polar, hidrófilo

77
Q

Tamaño del surco menor en el DNA-B

A

12 Å

78
Q

Tamaño del surco mayor en el DNA-B

A

22Å

79
Q

Qué fuerzas actúan entre las bases nitrogenadas del DNA?

A

Fuerzas dipolo-dipolo y de Van der Waals

80
Q

Cuantos puentes de H unen una A y una T

A

Dos

81
Q

Qué fuerzas estabilizan la doble hélice del DNA?

A
  1. Fuerzas de unión por enlaces de H
  2. Interacciones con el agua “efecto hidrófobo”
  3. Apilamiento de las bases (fuerzas de Van der Waals)
82
Q

Los contactos entre DNA y proteínas son…

A

No covalentes

83
Q

Los contactos no covalentes entre DNA y proteínas se producen en…

A

El surco mayor y menor y en la superficie de la hélice

84
Q

La secuencia de DNA puede influenciar la unión de proteínas mediante…

A

Sus características conformacionales (lectura indirecta)

85
Q

Las DNA-BP pasan la mayor parte del tiempo unidas… al DNA

A

No específicamente

86
Q

La unión especifica de DNA-BP es … termodinámicamente

A

Más favorable

87
Q

En qué surco hay más contactos DNA-proteína?

A

En el mayor

88
Q

Las DNA-BP son…

A

Dímeros

89
Q

Los contactos en el surco mayor son mediante…

A

Uniones de H entre bases nucleotídicas y R-aa

90
Q

Los contactos en el surco menor son mediante…

A

Uniones de H e interacciones hidrofóbicas (más importantes)

91
Q

Los contactos en la superficie de la hélice son mediante…

A

Interacciones electrostáticas entre cargas - y cargas + de Lys y Arg y también algunas interacciones hidrofóbicas

92
Q

El DNA es una estructura estática?

A

No, es muy flexible

93
Q

¿De qué dependen las variantes estructurales del DNA?

A
  1. Capacidad de rotación
  2. Condiciones ambientales
  3. Secuencia de bases de ciertas regiones
94
Q

El DNA B tiene una vuelta helicoidal por cada…

A

10,5 pb (34 Å)

95
Q

El DNA en solución es más o menos retorcido?

A

Más retorcido (10,5 pb/vuelta)

96
Q

Qué 3 aspectos reflejan las variables estructurales del DNA?

A
  1. Diferentes conformaciones posibles de la desoxirribosa (endo; exo)
  2. Rotación de enlaces contiguos del esqueleto desoxirribosa- P
  3. Rotación libre sobre el C1-N-glucosídico
97
Q

Por cuántos enlaces está afectada la conformación de un nucleótido en el DNA?

A

Por 7

98
Q

Los nucleótidos de purina pueden presentar dos conformaciones, que son…

A

Anti (dextrógiro) y sin (levógiro)

99
Q

Las pirimidinas aparecen siempre en la conformación…

A

Anti

100
Q

Las purinas en el DNA dextrógiro aparecen en conformación…

A

Anti

101
Q

Las purinas en el DNA levógiro aparecen en conformación…

A

Sin

102
Q

Las pirimidinas en DNA levógiro aparecen en conformación…

A

Siempre anti, aunque sea también dextrógiro

103
Q

El DNA B está favorecido en qué condiciones?

A

De alta humedad (92%)

104
Q

El DNA A se da en condiciones de…

A

Baja humedad < 75%

105
Q

Cuántos pb/vuelta tiene el DNA A?

A

11 pb

106
Q

Características del DNA A

A
  1. Más compacto (11 pb/vuelta)
  2. Gran inclinación de los pb con respecto al eje
  3. Tiene un agujero central
  4. Aparece con baja humedad
107
Q

La desoxirribosa del DNA A está en conformación…

A

C3-endo

108
Q

Qué previene estéricamente la formación de estructura B en el RNA?

A

El C2’-OH de la ribosa del RNA

109
Q

La conformación DNA A puede ser inducida por…

A

Proteínas que forman complejos DNA-proteína

110
Q

In vivo, las 3 formas del DNA se Inter convierten libremente?

A

No, solo bajo ciertas condiciones

111
Q

Cuántos pb/vuelta tiene el DNA-Z?

A

12

112
Q

Características del DNA Z

A
  1. Más esbelto y elongado
  2. 12 pb/vuelta
  3. Giro levógiro
  4. Apariencia en zig-zag
113
Q

Dónde aparece el DNA Z?

A

En tramos cortos del DNA con regiones de secuencia alterna de pirimidinas-purinas o en secuencias con residuos de C y G

114
Q

Qué favorece el tránsito de DNA B a DNA Z?

A

La Metilación de la C y el estrés torsional

115
Q

A qué se debe el giro levógiro del DNA Z?

A

A la conformación sin de los anillos de purina

116
Q

Cómo se produce la apariencia en zig-zag del DNA Z?

A

Por la alternación de los anillos de purina en conformación sin con los de pirimidina en conformación anti

117
Q

Qué enlace cambia de rotación en los anillos de purina del DNA Z?

A

El enlace glucosídico guanina-desoxirribosa

118
Q

Qué pb tienen una tendencia intrínseca a curvarse hacia el surco menor?

A

Las A=T

119
Q

El DNA doblado aparece en…

A

El origen de replicación de algunos virus y cromosomas de levaduras

120
Q

Las proteínas que se unen al surco mayor también pueden causar curvatura/flexión del DNA?

A

Sí, cuando es una proteína dimérica u oligomérica y se une a sitios adyacentes en el DNA

121
Q

En qué lado de los tramos de adenina ocurre el doblamiento de la hélice?

A

En el lado 3’

122
Q

Es posible la lectura directa sin rotura de los pb y apertura de la molécula de DNA?

A

Sí es posible

123
Q

En el DNA A el surco mayor es…

A

Profundo y estrecho, menos fácilmente penetrable por cualquier proteína

124
Q

En el DNA A el surco menor es…

A

Poco profundo, papel sustancial en la lectura directa

125
Q

En el DNA Z el surco mayor es…

A

Prácticamente inexistente

126
Q

Las posibilidades rotacionales están influenciadas por…

A
  1. Interacciones de apilamiento de bases
  2. Identidades de los pb vecinas
127
Q

La secuencia de nucleótidos afecta … a la conformación general de la hélice

A

Indirectamente

128
Q

Tienen la 2 hebras de un palíndromo la misma secuencia?

A

Sí

129
Q

Las secuencias palindrómicas son…

A

Autocomplementarias

130
Q

Qué tipo de simetría posee un palíndromo?

A

Simetría rotacional binaria

131
Q

Los palíndromos en Ácidos nucleicos monocatenarios pueden producir la formación de…

A

Horquillas

132
Q

Los palíndromos en ácidos nucleicos bicatenarios pueden producir…

A

Estructuras cruciformes o de doble horquilla por apareamiento de bases intracatenarias

133
Q

Con qué se incrementa la probabilidad de formar estructuras cruciformes?

A

La longitud de la repetición invertida
El nivel de superenrollamiento negativo

134
Q

Las regiones palindrómicas son sitios reconocidos por…

A
  1. Enzimas de restricción
  2. Proteínas reguladoras génicas (FT)
  3. Transposasa
135
Q

Qué es la transposasa?

A

Una enzima que se une al final de un transposón y cataliza su movimiento a otra parte del genoma

136
Q

Qué es un transposón?

A

Elemento génico transponible, secuencia de DNA que puede moverse de manera autosuficiente a diferentes partes del genoma.

137
Q

Las secuencias iguales si se leen en sentidos opuestos son…

A

Repeticiones invertidas o palíndromos

138
Q

Las repeticiones iguales si se leen en el mismo sentido son…

A

Repeticiones directas, NO palíndromos

139
Q

Cuando la secuencia se repite de forma invertida es una…

A

Repetición especular, NO palíndromo

140
Q

Qué es el H-DNA?

A

Estructura poco habitual formada por 3 hebras

141
Q

En qué regiones se forma el H-DNA?

A

En regiones ricas en pirimidinas en una hebra y rica en purinas en la hebra complementaria

142
Q

Qué se requiere para que se forme la triple hélice de DNA?

A

Altas concentraciones de H+

143
Q

Dónde aparece el H-DNA?

A

En regiones implicadas en la regulación de la expresión de algunos genes eucarióticos

144
Q

Dónde ocurre el DNA cuádruplex?

A

Sólo ocurre en DNAs con secuencias con muy alta proporción de guanosinas

145
Q

Dónde se ha encontrado el DNA cuádruplex?

A
  1. Telómeros
  2. Regiones reguladoras de genes
  3. Reordenamientos de genes de inmunoglobulinas (diversidad de anticuerpos)
  4. Secuencias asociadas a enfermedades humanas
146
Q

El RNA exhibe un carácter…

A

Doble helicoidal por apareamientos de pb intracatenarios

147
Q

Algunas moléculas de RNA son…

A

Enzimas (ribozimas)

148
Q

3 diferencias entre RNA y DNA

A
  1. Contiene ribosa en lugar de 2-desoxirribosa
  2. RNA es mucho menos estable debido a la reactividad del O del OH
  3. Estructura tridimensional, el RNA sólo puede adoptar la conformación tipo-A
149
Q

Por qué el RNA solo puede adoptar la conformación tipo A?

A
  1. El OH de la ribosa podría chocar con el esqueleto de azúcar-P
  2. Provoca que el anillo de azúcar adopte una conformación distinta (C3-endo)
150
Q

La pseudouridina es una modificación del RNA y es…

A

Irreversible

151
Q

El mRNA siempre es…

A

Monocatenario

152
Q

La conformación helicoidal del mRNA es…

A

Dextrógira

153
Q

Las interacciones más fuertes del mRNA son…

A

Apilamiento de bases entre dos purinas

154
Q

Con qué se puede aparear el mRNA?

A

Con regiones complementarias de DNA o RNA

155
Q

Las secuencias no complementarias del RNA pueden formar…

A

Bultos o protuberancias, lazos internos, o un bucle en horquilla

156
Q

Los fragmentos no complementarios del RNA son causados por…

A

Bases desapareadas o mal apareadas

157
Q

Las monohebras de RNA tienden a adoptar una conformación helicoidal…

A

Dextrógira

158
Q

Cuántos nucleótidos puede tener el bucle de una sola hebra entre el tallo helicoidal apareado por las bases?

A

Cientos o miles

159
Q

Cuántos nucleótidos puede tener una horquilla de RNA?

A

Pocos, o solamente 4

160
Q

Cómo se forman los pseudonudos en el DNA?

A

Por interacción de bucles secundarios por medio de apareamiento de bases complementarias

161
Q

Cual es el tipo más común de estructura secundaria del RNA?

A

Las horquillas

162
Q

Los tetralazos del RNA aumentan…

A

La estabilidad

163
Q

Qué enlaces forman la estructura terciaria compleja en el RNA?

A

Los enlaces de H intracatenarios

164
Q

De qué surge el tRNA?

A

Del emparejamiento de bases entre bucles e implica apareamientos no habituales

165
Q

Algunos apareamientos no habituales el tRNA

A
  1. Unión de H con el grupo 2’-OH
  2. Unión de H con el O de una ribosa fosfodiéster

Biología Molecular (7 decks)

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