tecnologías de secuenciación de ADN Flashcards
Proceso de determinar la secuencia de bases de nucleótidos (As, Ts, Cs y Gs) en un fragmento de ADN.
SECUENCIACIÓN
Hoy en día secuenciar un fragmento corto de ADN es relativamente sencilo. v/f
v
SECUENCIACIÓN SANGER
Material
-Dna template
-ddATP, ddTTP, ddGTP, ddCTP
-Polymerasa
-dNTPSs
-Primers
Secuenciación sanger
ventajas
- Muy precisa para secuenciar largas (más de 900pb), como los plásmidos o amplicones (productos de PCR punto final)
Secuenciación sanger
desventajas
- Costosa
- Ineficiente para secuenciación de genomas completos y metagenomas (microbioma)
NEXT GENERATION SEQUENCING TECHNOLOGIES
Plataformas:
- Síntesis (illumina)
- Molécula única
- Nanoporos
- Hibridación
NGS
Secuenciación por Síntesis-illumina
Principio y plataforma
Principio: Se detecta la incorpración de nucleótidos marcados con fluorescencia durante la síntesis de ADN.
Plataformas: ilumina
NGS
Secuenciación por Síntesis-ilumina
ventajas y desventajas
- Ventajas:
-alto rendimiento
-Bajo costo por base
-Ideal para estudios de re-secuenciación y análisis de variantes - Desventajas:
-Longitud de lectura limitada
-Errores de homopolímeros
-Sesgo en la amplificación
Workflow illumina
(funcionamiento)
-Preparación de bibliotecas
-Generación de clusters
-Secuenciación
-Análisis de datos (bioinformática)
Secuencias por síntesis (2 plataformas)
-Ilumina
-Ion torrent
Secuaniación por molécula única
plataformas
SMART (Secueniciación en tiempo real de molécula única)
Pac bio
SMART
-Mayor precisión
-Útil para secuenciar lecturas largas (2-50kb)
oxford nanopore
Secuenciación nanoporos
principio
Se detecta el paso de moléculas de ADN a través de un nanoporo.
oxford nanopore
Secuencia nanoporos
ventajas y desventajas
Ventajas:
-Lecturas largas (hasta Mb)
-Ideal para ensamblaje de genomas y estudios de variantes estructurales.
Desventajas:
-Menor precisión que SBS y SBL
-Mayor costo por base
