Tecnologías de secuenciación

Question 1

Primera clasificación de las tecnologías de secuenciación

Answer 1

• Sanger (1ra generación)
• Next generation sequencing technologies (NGS)

Question 2

Divisiones de las Next generation sequencing technologies

Answer 2

• Síntesis (2da generación)
• Molécula única (3ra generación)

Question 3

Tipos de secuenciación por síntesis

Answer 3

• Ilumina
• Detección de nucleótidos por iones (ion torrent)

Question 4

Tipos de secuenciación por molécula única

Answer 4

• Pac Bio
• Oxford nanopore

Question 5

qué son los ddNTPs

Answer 5

• Di-deoxinucleotidos
• Son formas mutantes de los desoxinucleotidos

Question 6

como actúan los ddNTPs

Answer 6

• Modifican los grupos funcionales
• Grupo hidroxilo en la dirección 3’ está afectado y ya no pueden continuar

Question 7

características de la secuenciación Sanger

Answer 7

1. Muy precisa
2. Secuenciar segmentos pequeños pero de un gen grande
3. Va leyendo de 900 pb

Question 8

Cómo se reportan los resultados de Sanger

Answer 8

Electroferogramas

Question 9

pasos de la secuenciación de Sanger

Answer 9

1. Se colocan dNTPs y ddNTPs en una concentración equimolar
2. Se unen a la cadena ddNTPs o dNTPs
3. Cuando entran a la cadena nueva aquí se para la replicación
4. ddNTP brilla cuando se une para saber hasta donde llega
5. Se mete a electroforesis capilar
6. Se obtiene el electroferograma

Question 10

tecnología de secuenciación que se utilizó para el proyecto de secuenciación del genoma humano

Answer 10

Sanger

Question 11

en qué año se secuenció por primera vez el genoma humano

Answer 11

en el año 2000

Question 12

qué es un transcriptoma

Answer 12

Todo el conjunto de genes que se expresan en la transcipción

Question 13

qué es un exoma

Answer 13

Conjunto de exones en el genoma

Question 14

características de las Next generation sequencing technologies

Answer 14

• No son tan precisas
• Son rápidas
• Secuencian desde 150pb- 300pb
• Abarataron el costo de la secuenciación

Question 15

características de ilumina

Answer 15

• Síntesis de nuevas cadenas DNA
• En lugar de ddNTPs se ponen flouróforos en el OH 3’

Question 16

pasos para la secuenciación por ilumina

Answer 16

• Se cortan segmentos de 150pb- 300pb
• Se agregan Bar codes ( como un ID)
• Colocar un adaptador para que los reconozca el aparato
• Se amplifica la biblioteca genómica
• Realizan ciclos de secuenciación y se colecta la data
• Análisis de variantes y ensamblaje de secuencia

Question 17

pasos para la detección de nucleótidos por iones (ion torrent)

Answer 17

• se fragmenta el ADN
• preparación de bibliotecas genómicas
• los segmentos tienen adaptadores que serán reconocidos por perlas
• se incorporan dNTPs que libera un H+ en el extremo 3´
• Cambia el pH de la solución (tiene que bajar el pH)
• Agregas la adenina y si sí se le pega si seguía una adenina

tienen que ir probando nucleótidos

Question 18

características de Pac Bio

Answer 18

• Ensamblaje de genomas nuevos
• Secuencia lecturas largas (2 - 50 Kb)
• Es más preciso

Question 19

funcionamiento característico de Pac Bio

Answer 19

• No realizan copias para inferir la secuencia del genoma, lo hacen al momento
• El aparato detecta los nucleótidos agregados a la par de que la pol está trabajando
• Los nucleótidos tienen flouróforos

Question 20

características de oxford nanopore

Answer 20

• Lecturas largas (Mb)
• Ensamblaje de genomas nuevos, sin genoma de referencia
• Se arma fácil
• Menor precisión

Question 21

concentración mínima de DNA que necesita una muestra para poder ser analizada

Answer 21

20 ng