Alineamientos de secuencias Flashcards
1
Q
qué es el alineamiento de secuencias
A
- organizar las secuencias de DNA, RNA o proteínas
- es un emparejamiento para comparar secuencias
2
Q
qué es la secuencias query
A
la secuencia de consulta
3
Q
mutaciones puntuales qué son
A
- desajustes entre 2 secuencias que tienen un ancestro en común
- son de 1 solo nucleótido
4
Q
qué son las brechas (gap
A
- desajustes entre 2 secuencias que tienen un ancestro en común
- indeles
5
Q
qué es un indel
A
- posición donde ocurrió una deleción o inserción
6
Q
qué es una alineación de secuencia por pares
A
- alineación comparando 2 secuencias biológicas
7
Q
qué es una alineación de secuencia múltiple
A
- alineación que compara 3 o más secuencias biológicas
8
Q
funciones del alineamiento de secuencias
A
- Estima similitud
- Infiere relaciones evolutivas
9
Q
tipos de alineamiento de secuencias por pares
A
- global
- local
- dot plot (gráfico de puntos)
10
Q
como funciona el alineamiento de secuencias global
A
- Se adapta al tamaño de las secuencias a las que se parece
- Hay deleciones
11
Q
características de alineamiento de secuencias local
A
- Busca exactamente la secuencia con mayor similitud
- No se detectan gap
- Alineamiento de alta calidad
12
Q
en qué se enfoca el alineamiento de secuencias Dot Plot
A
- En la secuencia más larga
13
Q
métodos de optimización para Dot-plot
A
- algoritmo de Needleman-Wunch
- algoritmo Smith and Waterman
14
Q
score obtenido en el algoritmo de Needleman-Wunch que demuestra que es la mejor solución
A
- score de 3
14
Q
condiciones en las que se basan los métodos de optimización para asignar un valor a cada celda
A
- Match
- Mismatch
- Gap
