Alineamientos de secuencias Flashcards
qué es el alineamiento de secuencias
- organizar las secuencias de DNA, RNA o proteínas
- es un emparejamiento para comparar secuencias
qué es la secuencias query
la secuencia de consulta
mutaciones puntuales qué son
- desajustes entre 2 secuencias que tienen un ancestro en común
- son de 1 solo nucleótido
qué son las brechas (gap)
- desajustes entre 2 secuencias que tienen un ancestro en común
- indeles
qué es un indel
- posición donde ocurrió una deleción o inserción
qué es una alineación de secuencia por pares
- alineación comparando 2 secuencias biológicas
qué es una alineación de secuencia múltiple
- alineación que compara 3 o más secuencias biológicas
funciones del alineamiento de secuencias
- Estima similitud
- Infiere relaciones evolutivas
tipos de alineamiento de secuencias por pares
- global
- local
- dot plot (gráfico de puntos)
como funciona el alineamiento de secuencias global
- Se adapta al tamaño de las secuencias a las que se parece
- Hay deleciones
características de alineamiento de secuencias local
- Busca exactamente la secuencia con mayor similitud
- No se detectan gap
- Alineamiento de alta calidad
en qué se enfoca el alineamiento de secuencias Dot Plot
- En la secuencia más larga
métodos de optimización para Dot-plot
- algoritmo de Needleman-Wunch
- algoritmo Smith and Waterman
score obtenido en el algoritmo de Needleman-Wunch que demuestra que es la mejor solución
- score de 3
condiciones en las que se basan los métodos de optimización para asignar un valor a cada celda
- Match
- Mismatch
- Gap
que genera el algoritmo de Needleman-Wunch
una matriz de (m+1)(n+1)
- m= tamaño de la primera secuencia
- n= tamaño de la segunda secuencia
para qué se utiliza el algoritmo de Needleman-Wunch
- Alineamientos globales
para que se utiliza el algoritmo de Smith and Waterman
- Alineamientos locales
características de los métodos de optimización
- También hacen alineamientos para secuencias múltiples
- Detectan regiones de variabilidad o conservación en una familia de proteínas
- Análisis filogenético
funciones del alineamiento de secuencias global
- Compara si se parecen en cuanto a la evolución
- identifica el número total de mutaciones
qué hace el alineamiento dot plot con la secuencia más larga
- Le encuentra una solución (cual es el lugar de mejor emparejamiento)
- Descubre repeticiones
- identifica regiones para un alineamiento múltiple posterior
