Bioinformática

Question 1

qué es la bioinformática

Answer 1

Área de la biología que conjunta a la informática con el objetivo de resolver problemas de interés biológico

Question 2

menciona algunas de sus funciones

Answer 2

• Ensamblar genomas
• Perfil de expresión génica
• Estudios evolutivos
• Biología sintética

Question 3

qué tipo de genomas puede ensamblar

Answer 3

• Humanos
• Bacterianos
• Virales
• DNA antiguo

Question 4

funciones de la bioinformática en relación al perfil de expresión génica

Answer 4

• Transcriptoma
• Expresión diferencial (la expresión de genes en dos o mas contextos)

Question 5

una aplicación de la biología sintética

Answer 5

Generar modelos biológicos teóricos para pasarlos a elementos en la vida real

Question 6

donde se encuentra presente el gen 16rRNA

Answer 6

en todas las bacterias

Question 7

utilización del 16rRNA en relación con la informática

Answer 7

Utilizado en estudios de filogenia y taxonomía bacteriana

Question 8

regiones del gen 16s rRNA

Answer 8

• Conservadas
• Hipervariables

Question 9

que son las regiones conservadas del gen 16s rRNA

Answer 9

son regiones idénticas en todas las bacterias

Question 10

número total de regiones hipervariables

Answer 10

n=9

Question 11

qué determina si las bacterias son filogenéticamente cercanas

Answer 11

si tienen las regiones hipervariables del gen parecidas

Question 12

pasos para secuenciar el gen 16s rRNA

Answer 12

• obtener la muestra microbiana
• amplificar y secuenciar el gen (por 2da o 3ra generación)
• se obtendrán los OTUS
• clasificarlos e identificarlos

Question 13

qué es un OTU

Answer 13

• Unidad operacional taxonómica
• Secuencia de amplicones iguales

Question 14

qué indica el número total de OTUs

Answer 14

Abundancia

Question 15

qué indica la presencia de diferentes OTUs

Answer 15

Diversidad

Question 16

renglones en los que se distribuye FASTQ

Answer 16

1. Identifier
2. Sequence
3. Sign and identifier
4. Quality scores

Question 17

qué indica el signo “+” del 3er renglón en FASTQ

Answer 17

que el siguiente renglón no son nucleótidos sino la calificación (calidad)

Question 18

qué significa “NNNNN” en el 2do renglón de FASTQ

Answer 18

Secuencia no identificada

Question 19

escala que se utliza para determinar la calidad de las secuencias en FASTQ

Answer 19

Escala Phred

Question 20

valor mínimo, en escala de Phred , para que una secuencia sea de calidad

Answer 20

30

Question 21

características del archivo de secuencia FASTA

Answer 21

• Solo tiene identificador seguido de la secuencia de nucleótidos
• se pone la secuencia completa y no tiene signos
• Se sustitiye el arroba por >

Question 22

qué es FASTQ

Answer 22

• formato de archivo que contiene y organiza datos de secuencias de NGS
• incluye su calidad de lectura