Technologies de l'ADN - Rokeach

Question 1

Qu’est-ce qu’une enzyme de restriction?

Answer 1

C’est une endonucléase qui clive l’ADN bicaténaire à des endroits qui comportent des séquences nucléotidiques spécifiques appelées sites de restriction.

Question 2

À compléter: Les enzymes de restriction clivent l’ADN à des 1)________ qui comportent souvent des séquences 2)___________, c’est-à-dire qui se lisent 3)____________.

Answer 2

1) Sites de restriction
2) Palindromiques
3) De la même façon dans les mêmes directions

Question 3

Les enzymes de restriction sont propres à quel type d’organisme? Pourquoi?

Answer 3

Les bactéries parce qu’elles agissent comme système de défense contre les virus des bactéries en coupant l’ADN étranger.

Question 4

Quels types de fragments d’ADN peuvent résulter d’une digestion par une enzyme de restriction? Lesquels sont plus difficiles à religuer?

Answer 4

1) Bouts collants

2) Bouts francs; plus difficiles à religuer

Question 5

À compléter: Les bactéries renferment des 1)______ qui leurs sont propres.

Answer 5

Enzyme de restriction

Question 6

Vrai ou faux. Les enzymes de restriction sont des exonucléases.

Answer 6

Faux.

Question 7

Expliquez le principe derrière l’électrophorèse sur gel.

Answer 7

D’abord, le gel d’agarose est doté d’un champ électrique. L’ADN chargé négativement va donc migrer vers le pôle positif du champ électrique. Puis, plus les fragments sont longs, plus ils migreront lentement, alors que plus les fragments sont courts, plus ils migreront rapidement. Ultimement, chaque fragment d’ADN sera représenté par une bande sur le gel d’agarose qui ne sera visible que lorsque l’ADN est mélangé à un agent intercalant (ex. bromure d’éthidium), puis placé sous une lumière UV.

Question 8

À compléter: Une fois coupés par des 1)______, les fragments d’ADN pourront être 2)_______ en fonction de leur 3)_______ par électrophorèse sur gel.

Answer 8

1) Enzymes de restriction
2) Séparés
3) Taille

Question 9

Que permet de former la ligation de l’ADN? Comment se fait-elle?

Answer 9

Elle permet de créer de l’ADN recombinant en liant 2 ou plusieurs fragments d’ADN via une ADN ligase qui utilise de l’ATP

Question 10

Qu’est-ce que le clonage?

Answer 10

Insertion d’un fragment d’ADN (= insert) dans un vecteur

Question 11

Qu’est-ce qu’un plasmide? Que contient-il?

Answer 11

ADN bicaténaire présent sous forme circulaire qui peut se répliquer de façon autonome dans un organisme hôte.
Il comporte une origine de réplication + des gènes codants pour des protéines nécessaires à sa réplication autonome dans l’organisme hôte.

Question 12

Qu’est-ce qu’un vecteur? Que contient-il?

Answer 12

Plasmique qui comporte:
1- Origine de réplication
2- Gène(s) de sélection (= gène(s) de résistance à des antibiotiques)
3- Site de multiclonage (facilite l’insertion des fragments d’ADN dans le vecteur, soit leur clonage)

Question 13

Vrai ou faux. Il est 100x plus difficile de lier des bouts collants que des bouts francs.

Answer 13

Faux.

Question 14

Comment appelle-t-on un fragment d’ADN qui sera inséré dans un vecteur?

Answer 14

Insert

Question 15

Qu’est-ce que la transformation? Quelle est la fréquence de réussite de la transformation?

Answer 15

Processus d’introduction d’un plasmide dans une bactérie ou une levure; est réussie chez 1/2000 bactéries.

Question 16

Comment vérifier l’efficacité de la transformation chez des bactéries?

Answer 16

On étale les bactéries dans un milieu présentant l’antibiotique. Ainsi, les colonies bactériennes qui ont reçu le plasmide pourront donc survivre puisqu’elle renferme le gène de résistance à cet antibiotique, tandis que les colonies bactériennes qui n’ont pas reçu le plasmide mourront puisqu’elles sont dépourvues du gène de résistance à l’antibiotique du milieu.

Question 17

Quel est le marqueur de sélection dans une transformation?

Answer 17

Le gène de résistance à l’antibiotique; permet de sélectionner les bactéries chez lesquelles la transformation est réussie.

Question 18

À compléter: Il est possible de produire des protéines 1)______ d’intérêt médical et biotechnologique par la méthode de 2)________ de l’ADN, et ce, en utilisant un 3)_________ d’4)_________.

Answer 18

1) Recombinantes
2) Recombinaison
3) Vecteur
4) Expression

Question 19

À partir de quelle méthode sont produites les protéines recombinantes?

Answer 19

Recombinaison de l’ADN en utilisant un vecteur d’expression

Question 20

Que permet d’étudier la GFP lorsque fusionnée à des gènes?

Answer 20

1- Niveaux de transcription d’un gène
2- Niveaux de traduction
3- Localisation cellulaire de protéines
4- Co-localisation cellulaire

Question 21

Qu’est-ce qui agit en tant qu’amorce et en tant que brin matrice d’ADN lors de la polymérisation d’ADN in vitro?

Answer 21

• Amorces: oligonucléotides d’ARN ou d’ADN
• Brin matrice d’ADN: obtenu artificiellement suite à la dénaturation d’un ADN bicaténaire, c’est-à-dire en détruisant les ponts H de la double hélice sous l’effet de la chaleur de sorte à obtenir de l’ADN simple brin synthétique

Question 22

Quand est-ce que l’absorbance de l’ADN est plus élevée: lorsqu’il est bicaténaire ou monocaténaire? Pourquoi?

Answer 22

Lorsque l’ADN a été dénaturé, c’est-à-dire qu’il passe d’une double hélice à de l’ADN simple brin, son absorbance est plus élevée parce que les bases sont exposées au solvant.

Question 23

Quels facteurs peuvent dénaturer l’ADN? Qu’arrive-t-il à son absorbance lorsque dénaturé?

Answer 23

1. Augmentation de la température
2. Augmentation du pH
   Absorbance de l’ADN simple brin (donc, dénaturé) augmente.

Question 24

Classer, selon l’ordre décroissant de vitesse de dénaturation, l’ADN poly A-T, l’ADN poly C-G et l’ADN ordinaire (A-T et C-G).

Answer 24

1. ADN poly A-T
2. ADN ordinaire (A-T et C-G)
3. ADN poly C-G

Question 25

À compléter: L’ADN simple brin synthétique obtenu in vitro s’effectue par_____ ______ de l’ADN bicaténaire.

Answer 25

Dénaturation thermique

Question 26

Qu’est-ce que l’hybridation?

Answer 26

Consiste à obtenir de l’ADN renaturé (double brin) en plaçant l’ADN dénaturé (simple brin) dans les bonnes conditions initiales.

Question 27

Expliquez la méthode de Sanger.

Answer 27

1) Séparation des deux brins d’ADN
2) Dans chaque tube, ajout des amorces (oligonucléotides d’ADN ou d’ARN), de l’ADN polymérase, de tous les types de désoxyribonucléotides (dA, dT, dC et dG) et d’un seul type de di-désoxyribonucléotides (ddNTP) pouvant terminer la chaîne
3) Séparation des fragments d’ADN selon leur taille par électrophorèse sur gel
4) Lecture de la séquence d’ADN sur le gel

Question 28

À compléter: La méthode de Sanger consiste en une 1)______ ______ in vitro permettant d’identifier les 2)_______.

Answer 28

1) Réplication d’ADN

2) Mutations

Question 29

Quelle est la différence entre un désoxyribonucléotide (dNTP) et un di-désoxyribonucléotide (ddNTP)?

Answer 29

dNTP: pourvu d’un OH en 3’, ce qui permet l’élongation de la chaîne
ddNTP: dépourvu d’un OH en 3’, ce qui permet la terminaison de la chaîne, sachant que l’ADN polymérase a toujours besoin d’une extrémité 3’ OH libre pour synthétiser ses nucléotides.

Question 30

Pourquoi est-ce que la chaîne d’ADN ne peut pas s’allonger en présence de ddNTP?

Answer 30

Parce qu’un ddNTP est dépourvu d’un OH en 3’. En effet, l’ADN polymérase peut uniquement synthétiser ses nucléotides à partir d’une extrémité 3’ OH libre, ce qui fait que la chaîne sera terminée.

Question 31

What does PCR stand for in French?

Answer 31

Réaction de polymérisation en chaîne

Question 32

Que permet d’obtenir la réaction de polymérisation en chaîne?

Answer 32

Plusieurs molécules filles d’ADN à partir d’un petit échantillon d’ADN

Question 33

Décrivez les étapes du PCR.

Answer 33

1) Séparation des deux brins d’ADN par dénaturation thermique
2) Hybridation des amorces en retournant aux conditions initiales
3) Synthèse de l’ADN par TaqI ADN polymérase

Question 34

Pourquoi utilise-t-on la TaqI ADN polymérase, plutôt que E. coli ADN polymérase?

Answer 34

Parce que TaqI ADN polymérase ne se dénature pas sous l’effet de la chaleur, contrairement à E. coli ADN polymérase.

Question 35

Combien y a-t-il de molécules filles obtenues à la fin de chaque cycle de PCR (donnez une formule)?

Answer 35

2^#cycles = # molécules filles

Question 36

Combien y aurait-il de molécules filles d’ADN résultant du 6e cycle de PCR?

Answer 36

2^6 = 64 molécules filles d’ADN