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Biomoleculaire > Techniques de base en biologie moleculaire > Flashcards

Techniques de base en biologie moleculaire Flashcards

1
Q

Est ce qu’une variation du genome est elle forcement pathologique ?

A

nope

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2
Q

Quelles analyses ne necessitent pas de consentement signe ?

A

Analyse pour variation genetique sur cellule somatique

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3
Q

Dans quelles classes y a t il la plupart des variation ?

A

1 et 2
Benigne et probablement begnine

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3
Q

A quoi servent les bases de donnees?

A

Localisation du variant dans une regio codante ou intronique

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4
Q

Classe 1 et 2 consequences

A

Sans consequence fonctionnelle

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5
Q

Quelles classes ont des criteres de pathogenecite ?

A

4 et 5

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6
Q

Quelles sont les categories de variations ?

A

Variation de petite taille
Macolesion ou macromutation de plus grande taille

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7
Q

Exemple de variation de petite taille

A

Petites insertions / deletions

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8
Q

Quelle technique d’analyse utilise t on pour les variations de petite taille?

A

Biologie moleculaire classique

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9
Q

Quelle technique pour les macrolesion ?

A

Cytogenetique classique
Cytogenetique moleculaire
Biologie moleculaire

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10
Q

Les 3 axes de ce cour

A

Extraction et dosage des acides nucleiques
Prinicpaux outils d’analyse
Principales techniques d’analyse

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11
Q

(plan) 2 parties dans les techniques d’extraction

A

Technique de ref au phenole chloroforme
Extraction des ARN totaux

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12
Q

(plan) 2 parties dans les techniques de dosage

A

Dosage par fluorimetrie
Dosage par spectrometrie

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13
Q

(plan) 3 parties dans les principaux outils d’analyse

A

Methodes separatives
Enzymes: Nucleases
Oligonucleotides

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14
Q

(plan) Parties dans les principales techniques d’analyse

A

Amplification PCR
Hybridation moleculaire
Sequencage
Illustrations

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15
Q

Pour quels cellules peut on faire une extraction ?

A

Toutes sauf les globules rouges

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16
Q

Pourquoi on ne peut pas faire d’extraction avec les globules rouges ?

A

Non nuclees

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17
Q

Quel est le critere pour faire une extraction ?

A

Qualite et quantite d’acides nucleiques extraits

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18
Q

Principales etapes d’une extraction

A

1) Lyse des cellules + dissociation nucleosomes
2)Denaturation des proteines
3)Inactivation des nucleases
4)Purification des acides nucleiques ADN ou ARN

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19
Q

Quelle est la technique d’extraction de reference ?

A

Celle au phenol-Chloroforme

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20
Q

Autres techniques d’extraction

A

Kits commercialises
Automates
FTA cards

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21
Q

Etapes d’extraction de technique de reference

A

1) Lyse des cellules

2) Extraction = deproteinisation

3) Precipitation alcoolique -> adn sous forme solide (pelote)

4)Dissolution dans l’eau

5)Dosage= verification de qualite

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22
Q

A quoi correspond l’extraction dans la technique de ref ?

A

2e etapes
deprotonoisation

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23
Q

Sous quelle forme est l’adn lors de la precipitation alcoolique dans la technique de ref d’extraction ?

A

Solide

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24
Q

Particularite de l’arn

A

Tres fragile

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24
Q

Comment on analyse la qualite de l’arn extrait?

A

Sur bioanalyseurs

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25
Q

Difference dans la technique au phenol chloroforme lors de l’extraction d’arn totaux

A

La dissolution dans l’eau est faite dans de l’eau depourvue de RNAases

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26
Q

Quels sont les 2 bioanalyseurs pour analyser la qualite de l’arn extrait ?

A

Rapport ARNr18S/ARNr28S

Score Rin

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27
Q

Marge de mesure du score rin

A

1 a 10

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28
Q

Pour de l’arn extrait de qualite quel est le score rin ?

A

Proche de 10

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29
Q

Le score Rin est utilise dans quels types d’analyses ?

A

Analyse de biologie moleculaire

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30
Q

Principe du dosage par fluorimetrie

A

Ajout d’un intercalant fluorecent -> mesure de la fluorecence -> mesure de la concentration en acides nucleiques -> dosage des proteines

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31
Q

Quelle est la technique de dosage la plus utilise ?

A

Par spectrophotometrie

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32
Q

Principe dosage par specrophotometrie

A

Concentration d’acide nucleique proportionelle a l’absorbance

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33
Q

Quel est le rapport utilise pour mesurer la qualite du dosage en spectrophometrie ?

A

DO260/DO280

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34
Q

Pour que l’extraction en dosage (?) soit de qualite le rapport DO260/DO280 doit etre compris entre …

A

1,7 et 2

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35
Q

2 methodes separatives

A

Electrophorese
Electrophorese capillaire

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36
Q

Principe de l’electrophorese

A

Separation des fragments sous l’effet d’un champ elecrique

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37
Q

Principe de l’electrophorese capillaire

A

Gel inclus dans des capillaires fins

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38
Q

Avantages de l’electrophorese capillaire

A

Sequenceurs
Consommation minimale d’echantillons

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39
Q

Quelle methode de separation est pratique pour les personnes a adn peu isolables (immunodeprimes et adn tumoral circulant)? Et pourquoi?

A

Electrophorese capillaire
Car consommation minimale d’echantillons

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40
Q

Quel est le role des nucleases?

A

Coupure des liaisons phosphodiesthers

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41
Q

Action des endonucleases (nucleases)

A

Coupure des liaisons phosphodiesthers a l’interieur des sequences

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42
Q

Quels sont les endonucleases pour l’adn?

A

DNases

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43
Q

Quels sont les endonucleases pour l’arn ?

A

RNases

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44
Q

Quelles endonucleases sont des enzymes de restrictions ?

A

DNases

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45
Q

Caracteristiques des enzymes de restriction

A

Produites par les bacteries

Coupent au niveau des sites de restrictions= sequences palindromiques

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46
Q

C’est quoi les sites de restrictions pour les enzymes de restriction ?

A

Sequences palindromiques

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47
Q

Quelle est la nuclease utilise dans le sysreme crispr cas9?

A

Nuclease CA9

48
Q

Principaux outils d’analyse

A

Methodes separatives -> Electrophoreses

Nucleases

Oligonucleotides

49
Q

Quelle methode est une technique d’edition du genome ?

A

Crispr cas9

50
Q

Action de crispr cas9

A

Modif sequence/ regulation d’expression => de n’importe quelle cellule

51
Q

Caracteristiques de nuclease cas9

A

Systeme de defense immunitaire de la bacterie

Outil precis

52
Q

Par quoi est guidee cas9 ?

A

Fragment d’aRn

53
Q

Cas 9 peut faire quelle type de cassure ?

A

Simple ou double

54
Q

Action de cas9 precisement

A

Deletion de gene
Insertion de gene

55
Q

En quoi cas9 est pratique pour la reactivation d’une fonction ?

A

Insertion d’un gene

56
Q

En quoi cas9 est pratique pour les maladies genetiques ?

A

Deletion de gene

57
Q

Oligonucleotide de synthese

A

Petite molecule simple brin
d’adn ou ou arn de synthese

58
Q

2 utilisations des oligonucleotides

A

Sous forme de sondes
Sous forme d’amorces

59
Q

Les 2 techniques utilisants des oligonucleotides sous forme de sondes

A

Hybridation moleculaire
Librairies pour NGS

60
Q

3 techniques utilisants des oligonucleotides sous forme d’amorces

A

PCR
RT-PCR
Techniques de sequencage

61
Q

Principales techniques d’analyse

A

Amplification des ac nu. in vitro : PCR

Hybridation nucleaire

Sequencage des ac nu

62
Q

Principe du PCR

A

amplification exponentielle d’une sequence d’adn nucleaire

63
Q

Comment il est l’adn dans le pcr ?

A

Double brin

64
Q

Ou est effectue le pcr ?

A

in vitro

65
Q

A l’aide de quelle adn poly on fait le truc pcr?

A

Adn polymerase thermostable

66
Q

Comment on fait une amplification d’une sequence d’adn double brin ?

A

Par extension de 2 amorces

67
Q

Quel est le cycle de 3 etapes du pcr?

A

1) Denaturation de l’adn
2) Hybridation des amorces
3) Elongation

68
Q

Comment on hybride les amorces lors du pcr ?

A

Fixation des amorces de part et d’autre de la region a amplifier

69
Q

Qu’est ce qu’on utilise dans l’elongation des amorces dans le cycle du pcr ?

A

des dNTPs

70
Q

Qu’est ce qu’on fait pour l’enlongation des amorces dans le cycle pcr ?

A

Synthese d’un brin complementaire par Adn polymerase thermostable

71
Q

Qu’est ce qu’on utilise en pcr ?

A

2 amorces
dNTP
ADN poly thermostable

72
Q

Qu’est ce qu’on utilise en Rt-pcr ?

A

ADN poly retroscriptase ARN dependante
Amorce

73
Q

Quel est le but du Rt-pcr? Principe ?

A

Obtenir un adn a partir d’un arn
Transcriptase inverse

74
Q

Rendement theorique du pcr

A

2**n
n etant le nombre de cycles

75
Q

2 types de pcr

A

en point final
Real time pcr

76
Q

Types de quantifications en real time pcr

A

absolue-> Charge virale
relative-> Niveau d’expression d’un gene

77
Q

Par quoi est catalyse le rt pcr ?

A

Transcriptase inverse

78
Q

But du pcr digital

A

Quantification absolue

79
Q

Sur quelle adn on peut faire du pcr digital ?

A

Foetal

80
Q

La technique de Beaming c quel pcr ?

A

pcr digital

81
Q

Interet du pcr digital

A

Sensibilite accrue

82
Q

Quel pcr utilise en cas de faible franction allelique d’un variant ?

A

pcr digital

83
Q

Types de sondes en Hybridation mol

A

ADNc
Ribosondes aRn
Oligonucleotides

84
Q

Principe de l’hybridation mol

A

Reperer specifiquement une ou qlq sequences dans un melange complexe d’ac nucleique ?

85
Q

Quel est le type d’hybridation (en milieu liquide?) sur membranes ?

A

Southern Blot
Northern Blot
Western Blot

86
Q

Southern Blot->Hybridation sur quoi ?

A

Sur membrane
Complexe adn/adn cible

87
Q

Northern Blot->Hybridation sur quoi ?

A

Sur membrane
Complexe adn/arn cible

88
Q

Westhern Blot->Hybridation sur quoi ?

A

Sur membrane
Complexe Acide nucleique/ proteine cible

89
Q

Etapes d’un southern/ northern blot

A

1)Clivage adn genomique
2)Depot de Fragments sur un gel d’agarose
3)Transfert de fragments sur membrane
4)Incubation avec sonde marquee
5)Revelation

90
Q

Quelle technique pour trouver le risque de maladie chez un enfant en comparant avec le genome de ses parents ?

A

Southern blot

91
Q

Interet des puces adn

A

Analyse de l’expression genique
Detection d’anomalies genetiques

92
Q

Fonctionnement puces a adn

A

Extraction a partir d’un echantillon
Puis amplification
Marquage
Incubation avec la puce
Presence de sondes hybrides avec le support

93
Q

Technique de ref en sequencage des ac nucleiques

A

Sequncage de Sanger

94
Q

Sur quoi repose le sequencage de Sanger ?

A

Electrophorese capillaire

95
Q

Etapes du sequencage de Sanger

A

1) Amorcage
2) Polymerisation
3) Obtention de Fragments de longueur variable

96
Q

Qu’est ce que permet l’electrophorese capillaire dans le sequencage de Sanger ?

A

Reconstitution de la sequence recherchee

97
Q

Autre technique de sequencage

A

NGS (haut debit )

98
Q

Si 2 pics de couleurs dans l’analyse par electrophorese capillaire durant le sequencage de Sanger =>

A

Heterozygote avec mutation

99
Q

A quoi correspond l’etape d’amorcage dans le sequancage de Sanger ?

A

= Hybridation de l’amorce apres denaturation

100
Q

A quoi correspond l’etape de polymerisation dans le sequancage de Sanger ?

A

Elongation de l’amorce
Par and poly + dNTPs

Ou arret d’incorporation d’un didesoxynucleotide

101
Q

Principales techniques illustrees

A

Southern Blot
HRM (High resolution Melling)= Genotypage
RELP=Polymorphisme de restriction
Digital pcr et Adn tumoral / foetal circulant
Puces a ADN

102
Q

Caracteristiques de l’adn mt

A

Circulaire double brin (brin lourd et leger )

103
Q

1 mitochondrie = combien de mol d’ADN mt

A

2 a 10

104
Q

Ou est l’adn mt?

A

Matrice mitochondriale

105
Q

Quelle techniques peut on utiliser pour les etudes familiales ?

A

Southern Blot

106
Q

Quelle technique pour analyse de l’adn Mt?

A

Southern blot

107
Q

Sur quoi repose le HRM ?

A

Techniques de PCR en temps reel

108
Q

Quelle technique pour la recherche de variations au niveau des cytochromes en pharmacogenetique ?

A

HMR

109
Q

Quelle technique utilise la discrimination allelique?

A

HRM (genotypage)

110
Q

Sur quoi repose le polymorphisme de restriction RELP?

A

Sites de restrictions enzymatiques et utilisation de sondes

111
Q

Ou est retrouve l’adn circulant ?

A

Circulation sanguine

112
Q

Origine de l’adn circulant

A

Cellule ayant relarguer leur contenu par necrose ou apoptose

113
Q

Digital pcr et adn foetal -> prise de quoi ?

A

Sang plasmatique chez la mere

114
Q

Quelle technique pour depistage non invasif d’une trisomie 21 foetal ?

A

Digital PCR sur adn foetal

115
Q

Quelle technique pour detection des SNPs?

A

Puces a ADN

116
Q

Technique de genotypage ?

A

HRM (Hight resolution melling)

117
Q

Pour la recherche de predisposition de cancer on effectue un digital pcr sur quelles cellules ?

A

Lymphocytes

118
Q

Sur quoi on peut faire une analyse genetique somatique en digital pcr ?

A

Adn tumoral

119
Q
A

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