Cytogenetique moleculaire Flashcards
Quelle la variation du genome la plus frequente ?
SNV
Combien de SNV par rapport a la reference du genome typique d’apres le projet 1000 genomes ?
4M
Quelle genome est le plus diversifie ?
L’africain
Combien de variants structuraux du genome typique ?
2100 a 2500
Quelle est l’unite de base de compaction de l’adn?
Nucleosome
Quelles sont les proteines des nucleosomes ?
Octamere d’histone
2H2A
2H2B
2H3
2H4
Qu’est qu’un nucleosome ?
enroulement d’adn double brin autour d’un octamere d’histone
En combien s’organisent les domaines de la fibre de 0nm
1Mb
De quoi est constitue le domaine de fibres de 30 nm
sous domaines ou rosettes de 100kb
les 2 principales proteines de l’axe proteique du chromosome
Topoisomere 2
Condensines 1 et 2
role des topoisomeres 2
Supprime les surrenroulements de l’ADN
Role des condensines 1 et 2
Condensation des proteines
Role des cohesines
Cohesion des 2 chromatides
Quels sont les elements rendant le chrms fonctionnel ?
2 telomeres
1 centromere
Via quelle region le centromere est attache au fuseau mitotique ?
region centromerique
Qu’est ce qui s’occupe de la constriction du bras long q et court p?
centromere
De quoi est constituee la region centromerique ?
Satellites alpha constituees d’adn repetes
Comment le centromere faire aligner les chrms au niveau de la plaque equatoriale ?
Fixation des kinetochores et microtubules
Limite de resolution du caryotype
5Mb
Limite du caryotype
ne permet pas de visualiser les genes et les mutations ( les variations de nt ne sont pas visibles)
Type de cellules a visualiser dans un caryotype
cellule nuclees en division
Qu’est ce qui ets necessaire pour faire un caryotype ?
Culture cellulaire
Pour quelles cellules il n’est pas necessaire de faire une culture cellulaire pour un caryotype?
Trophoblastes
Nombre de paires autosomes et gonosomes dans un caryotype normal
22 paires d’autosomes
1 paire de gonosomes
Comment peut on qualifier la technique du caryotype ?
manuelle
Etapes de construction du caryotype
1)Stimulation de la division cellulaire
2)Synchronisation des cellules
3) Blocage au stade de la metaphase
4)Casser la mb cytoplasmique
5) Fixation + colorations Giemsa
Par quoi on stimule les cellules lors de la construction d’un caryotype ?
Phytohemagglutine
Par quoi on synchronise les cellules durant la construction d’un caryotype?
Synchroset
Par quoi on traite les cellules pour les bloquer au stade de metaphase
Colchicine
Poison du fuseau mitotique
Colchicine
Comment casser la mb cytoplasmique lors de la construction d’un caryotype?
Choc hyptonique a 37degres
Selon quels caracteristiques on classe les chrms dans un caryotype?
La taille
L’indice centromerique
3 categories selon les indices centromeriques
Metacentromerique
Subcentromerique
Acrocentromerique
Les grands chrms acrocentriques
13
14
15
Les petits chrms acrocentriques
21
22
Quelle est la technique de Banding ?
Technique permettant de visualiser les chrms de maniere plus precise
De quoi depend le nombre de bandes dans la technique de Banding ?
L’etat decondensation de la chromatine
Dans la technique de banding comment est obtenue la bande G?
Digestion proteolyque menagee a la trypsine
Dans la technique de banding comment est obtene la bande R?
denaturation thermique menagee
Nomenclature ISCN
Numerotation des bandes d’apres la distances au centromere
2 types d’heterochromatine
Facultative et constitutive
Heterochromatine constitutive
Portions de chrms apparement inactives , presentent dans toutes les cellules et jamais transcrites
En quels nt la bande R est riche ?
GC
En quels nt la bande G est riche ?
AT
Quelle bande est sensible a la DNAase?
Bande R
Condensation de la Band R au cours du cycle
Tardive
replication de la Bande R au cours du cycle
precoce
Quelle bande est pauvre en nt?
Bande G
Quelle bande est pauvre en repetitions LINE
Bande R
Quelle bande est rche en sequences ALU
R
Squelette proteique des Bandes G
Helicoidale => boucles d’adn de plus en plus petite
Squelette proteique des bandes R
Boucles lineaires => boucles d’adn de plus en plus grandes
Par quelles bandes sont marques l’euchromatine et heterochromatine ?
Euchromatine-> R et G
Heterochromatine-> Constitutive C
Localisation de l’euchromatine
chromatide
Localisation de l’heterochromatine
Pericentrique et telomerique
Moment de replication de l’euchromatine
Phase S precoce et moyenne
Phase de replication de l’heterochromatine
Phase s tardive
richesse en genes de l’heterochromatine
faible
Recombinaison meiotique de l’heterochromatine
Abscente
Anomalie de caryotype de nombre
Trisomie 21
turner (seule monosomie viable)
Anomalies de structure equilibrees
Translocation reciproque (ex:Robertosienne)
Anomalie de caryotype desequilibre
Deletion
Quels sont les anomalies phenotypiques
Anomalies de structure desequilibrees
Anomalie de caryotype acquise
Homeopathies
Anomalies de caryotype constitutionelles
Homogene ou mosaique (anomalies de meiose)
technique plus resolutive et sensible que le caryotype
Cytogenetique moleculaire
Differences entre le caryotype et la cytogenetique moleculaire
Cytogenetique : pas de divison cellulaire recquise / mise en evidence des alterations genetiques discretes
A partir de combien on peut mettre en evidence des alterations genetiques discretes
5Mb
proportion d’anomalies genetiques visible sur carotype
10%
Proportion d’anomalies genetiques visible en cytogenetique moleculaire
90%
Prinicpe de la Cytogenetique moleculaire
Se denaturer puis se renaturer
Qu’est ce qu’on utilise en cyto moleculaire
Une sonde clonee dans une bacterie
Quelle technique necessite un marquage par fluorochrome ?
Cyto moleculaire
Ou est clonee la sonde en cyto mol
Dans une bacterie
Quelle technqiue necesite un systeme de revelation et capture ?
cyto mol
Adn en Cytogenetique
Adn de 150kb
Technique d’analyse ciblee du genome
Hybridation in situ en fluorescence
FISH
Support de FISH
Cellules en metaphase
Noyaux
On utilise les noyaux de quelles cellules en FISH ?
Amniocytes, lymphocytes et cellules buccales
Limite de resolution de FISH
150Kb
Les 2 types de sondes utilises en FISH
Specifique d’un lotus
Specifique de plusieurs lotus
Quelles anomalies ne sont pas visibles en caryotype mais le sont en FISH?
Syndromes microdeletionnels
Quelles sondes utilise t on pour detecter les syndromes microdeletionnels en FISH?
Specifique a un lotus
Quelle sonde utilise t on pour les centromere et telomeres en FISH?
Specifique de plusieurs lotus
Quelles sont les applications en interphase de FISH?
En prenatal pour la detection de a trisomie 21
En hematocancerologie -> translocations acquises dans les leucemies myeloides chroniques
Limite de la technique de FISH
Etude non globale du genome
Technique de caryotype moleculaire
CGH ARRAY / ACPAS
Principe du CGH ARRAY / ACPAS
Hybridation de quantites equivalentes de genomes temoin et a analyser sur une lame de verre comportant des milliers de sondes
Comment sont marques les genomes temoins et a analyser en CGH ARRAY / ACPAS?
Fluorochromes
Quelle technique ne permet pas d’identifier les anomalies equilibrees ?
CGH ARRAY / ACPAS
Quelle technique ne permet d’identifier uniquement les CNV?
CGH ARRAY / ACPAS
Quelle technique ne necessite pas de culture?
CGH ARRAY / ACPAS
Niveau de resolution de CGH ARRAY / ACPAS
5kb
A quel point CGH ARRAY / ACPAS est plus resolutive que le caryotype ?
100 fois plus
CGH ARRAY / ACPAS a une precision importante de …
La taille de variation
En quoi il y a eu diminuation des couts en sequencage des genomes en routine ?
Passage de 1 genome par Sanger en 13ans a 48 en une semaine
Pour faire un depistage t21 du bebe on prend…
Le sang de la mere
Avec de nouveaux outils on a la possibilite de…
voir des SNV/ CNV
Resolution de la cytogenetique conventionelle
5Mb
Les techniques en cytogenetique moleculaire
M fish
Fish
ACPA
Resolution en M fish
3Mb
Resolution en Fish
150Kb
Resolution en Acpa
50kb
Quelle est la technique d’analyse ciblee ?
Fish
Quelles sont les techniques d’analyse :
Globale
De nombre
De structures ?
Cytogenetique convontionelle
M-Fish
Qu’est ce qu’analyse ACPA ?
Analyse globale
Variation de copies (cnv)
Qu’est ce que Acpa n’est pas capable d’analyser ?
Anomalies equilibrees
Quelle technique n’a pas besoin de cultrure cellulaire ?
ACPA
Quelles techniques utilisent des sondes ?
M fish
Fish
Cellules analysees par fish
Tout type de tissus
Cellules analysees par cytogenetique convontionelle
Cellules vivantes
Bloquees en metaphase
Quelle technique utilise des fluorochromes ?
M fish
Syndrome Digoerge =
Microdeletion detectable avec Fish
