Taxinomie Flashcards
Quelle est une définition simple de la taxinomie ?
La taxinomie est la science de la classification biologique des organismes vivants.
Quelles sont les trois composantes de la taxinomie microbienne ?
Classification : Regrouper les organismes selon leurs similitudes.
Nomenclature : Donner des noms selon des règles.
Identification : Déterminer à quel taxon appartient un isolat.
Qu’est-ce qu’une classification naturelle ?
C’est une méthode qui regroupe les organismes selon leurs caractéristiques naturelles, reflétant leur évolution et leurs relations génétiques.
Pourquoi la taxinomie est-elle importante en microbiologie ?
Organise les connaissances.
Aide à formuler des hypothèses.
Permet une communication précise entre microbiologistes.
Indispensable pour identifier les micro-organismes.
Quelle est une définition simple de la systématique ?
C’est l’étude scientifique des organismes pour les caractériser et les organiser de façon ordonnée. Elle est souvent synonyme de taxinomie.
Qu’est-ce que la taxinomie polyphasique ?
Qu’est-ce que la taxinomie polyphasique ?
Pourquoi utilise-t-on des noms communs en microbiologie, et quelles en sont les limites ?
Utilité : Simplifient la communication (ex. : bacilles, spirochètes, bactéries nitrifiantes).
Limite : Manque de rigueur ; non adaptés aux contextes scientifiques exigeant une identification précise.
Quelles sont les deux définitions principales d’une espèce bactérienne ?
Définition phénotypique : Groupe de souches partageant des propriétés stables, différentes des autres groupes.
Définition génétique : Groupe partageant au moins 70 % d’hybridation ADN ou >97 % d’identité dans le gène 16S rRNA.
Quels sont les types de souches et leur description ?
Biovars : Différences biochimiques/physiologiques
Morphovars : Différences morphologiques
Pathovars : Différences dans les hôtes infectés
Serovars : Différences antigéniques
Qu’est-ce qu’une souche type ?
La souche type est souvent la première étudiée et la mieux caractérisée, servant de référence pour nommer une espèce.
Quels sont les deux grands groupes de caractéristiques utilisées pour la détermination ?
Caractéristiques classiques : Morphologie, biochimie, écologie.
Caractéristiques moléculaires : ADN (GC, hybridation, séquençage), empreintes génomiques.
Comment détermine-t-on la composition en bases des acides nucléiques ?
Extraction et analyse de l’ADN.
Mesure de la température de fusion (Tm) liée au pourcentage de GC.
Plus l’ADN est riche en GC, plus Tm est élevé.
Que mesure l’hybridation des acides nucléiques ?
Elle mesure la similitude entre les génomes de deux organismes via la formation d’hybrides ADN.
Comment fonctionne le marquage à l’ADN radioactif ?
ADN non marqué fixé sur membrane.
Incubation avec ADN marqué.
Mesure de la radioactivité pour évaluer l’homologie.
Que mesure-t-on avec le séquençage des acides nucléiques ?
On mesure la séquence des bases nucléotidiques dans des gènes clés (ex. : 16S rRNA).
Pourquoi cette technique est-elle idéale pour établir des phylogénies ?
Gènes conservés, essentiels à la vie, peu soumis à mutation.
Pas de transfert horizontal.
Bonne résolution évolutive.
Comment procède-t-on, selon les articles vus en cours ?
Extraction de l’ADN.
Séquençage du gène 16S.
Comparaison avec des bases de données pour construire un arbre phylogénétique.
Quelles sont les deux techniques pour les empreintes génomiques ?
RFLP (Fragments de restriction) :
Amplification → Fragmentation → Électrophorèse
REP-PCR (séquences répétées) :
Primers spécifiques → Amplification → Électrophorèse
Quelle est la bonne façon d’écrire le nom d’une bactérie dans un rapport ?
Proteus vulgaris (italique, majuscule au genre, minuscule à l’espèce)
Quels sont les deux éléments constitutifs d’un arbre phylogénétique et leur signification ?
Nœuds : Ancêtres communs, points de divergence.
Branches : Relations évolutives ; plus elles sont courtes, plus les espèces sont proches.
