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UE4 Biochimie > Structure Primaire Oublis > Flashcards

Structure Primaire Oublis Flashcards

1
Q

PM cytochrome C humain

A

104AA = 13kDalton

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Q

Titine

A

30 000 AA
PM = 3 000 000 Da

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Q

1 AA = … ( PM)

A

110 Da

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4
Q

Enzyme qui transforme isomerie cis en trans

A

Prolyl cis transferase
Ex Pin 1

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5
Q

Alzheimer

A

Amyloid precurseur protein ( cerveau)
=> Peut être clivée selon conformation cis ou trans

  • trans: pas de clivage
  • cis: clivage peptide ABeta ( si agglomération de ce peptide = Alzheimer)

Thérapie possible : augmentation de l’activité Pin 1

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6
Q

Taille de la liaison peptidique

A

1,32

Plus grande qu’une double liaison
Plus petite qu’une liaison simple

C=O < C-C < C-N

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7
Q

Spectre IR liaison peptidique

A

Entre 1600 et 1700 cm-1
=> Pic l’absorbance ( proportionnel à quantité du peptide présent)

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8
Q

1ere étape obtention de la protéine pour le séquençage

A

Purification
Concentration de la protéine puis enlever les molécules non protéiques
Par dialyse, lyolysation ou ultrafiltration

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9
Q

2e étape obtention de la protéine pour le séquençage

A

Séparation, isolement

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10
Q

HPLC

A

Chromatographie sur colonne

=> Chromatographie liquide à haute performance/ pression

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11
Q

Chromato échangeuse d’ion

A

Sépare en fonction de la charge

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12
Q

2 types d’affinités différentes chromatographie

A

Anticorps antigène

Enzyme substrat

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13
Q

Quelles substances utilisées pour précipitation?

A

Sulfate d’ammonium ou sulfate de sodium

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14
Q

Ultracentrifugation

A

Séparation en fonction des constantes de sédimentation ( Svedberg)

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15
Q

Electrophorese monodimensionnelle migration selon la charge globale des protéines

A

Électrophorèse sur gel d’agarose

Si diminution de la surface d’albumine ( la + loin du dépôt) => dénutrition

Si continuité entre zones gamma et beta : bloc gamma-beta
=> Atteinte hépatique alcoolique

Si pic dans zone gamma => pic anticorps (Ig) monoclonaux

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16
Q

Ex monodimensionnelle+ efficace

A

Chromatographie PAGE + SDS

  • SDS: Docétyl sulfate de sodium, selon le PM des protéines

Les protéines sont déposées sur le SDS chargé négativement. Elles deviennent alors très fortement négatives, ont les mêmes charges électriques. Cela permet alors de séparer les protéines seulement en fonction du PM. Plus une molécule un poids moléculaire élevé, moins elle migrera loin. La vitesse est inversement proportionnelle au point moléculaire.

PAGE: Gel de polyacrylamide, plus efficace que l’agarose, permet de séparer d’autres composants (acide nucléique et cetera)

donc SDS-PAGE : électrophorèse sur gel polyacrylamide + SDS qui se base seulement sur le PM.

17
Q

Électrophorèse bidimensionnelle

A

Migration selon la charge naturelle de la protéine puis égalisation des charges par SDS enfin migration selon le poids moléculaire. Comme les protéines ont un poids moléculaire différent, elle se sépare dans un second temps.

18
Q

Obtention d’une protéine recombinante

A

Les protéines recombinantes sont produites par une bactérie à laquelle on a injecté de l’ADNc

=> + simple, + grande quantité, employée ++

19
Q

Edman

A

Phenylisothiocyanate (PITC)

Le mélange du PITC et de la protéine en milieu alcalin cherche à obtenir un complexe ensuite mélangé à un acide fort anhydre (acide tri fluoro-acétique), permettant de séparer l’AA N-term associé au PITC donnant un autre complexe dit AA-PTH (phényl thio hydantoïne)
Puis une extraction par un solvant organique est réalisée avant de procéder aux analyses.

intérêt : pas de dégradation protéique, réutilisation possible pour le séquençage.

20
Q

Hydrolyse avec une solution acide ( sol, concentration, température, conditions et temps)

A

HCL

Concentration 6mol/L

Temperature 100-120 C

Temps: 10-100h

Sous vide ! ( Contre oxydation des AA)

21
Q

Hydrolyse avec une solution basique ( sol, concentration, température et temps)

A

Basique NaOH

Concentration: 2-4 mol/L

Temperature ambiante

Temps: 4-8h

22
Q

Hydrolyse avec une solution enzymatique

Compo + exemple

A

Mélange d’endopeptidase et d’exopeptidases

Ex: pronase
=> Ensemble de protéases de la bactérie Strepmocytes Griseus, <1% du poids de la protéine à cliver pour éviter une contamination par auto dégradation

23
Q

Déterminer la composition en AA etapes ( + sous catégories)

A

1) hydrolyse totale
=> Chimique acide, basique ou enzymatique

2) analyse des AA
-> dérivation ( on marque les AA) : Sanger, Dansyle, Edman ou O-phtalaldehyde + 2 mercapto-ethanol

-> séparation: chromatographie CLHP ou échangeuse d’ions
Pic: tps d’elution ( identité AA), surface du pic = quantité d’AA

24
Q

Séquencage direct

A

Si <100 AA ( = oligopeptide ou polypeptide)
Grâce à la technique d’Edman

Si > 100 AA, il faut couper au préalable la protéine

Elle peut néanmoins être bloquée par la glycosylation ou l’acetylation, il y a donc besoin de glycosylates et acetylases au préalable pour faire sauter ces groupements bloqueurs

25
Q

Séquençage après hydrolyse (ciblé)

A

> 100 AA ( = protéine)

  • Fragmentation avec différents types de coupures
  • séquençage des fragments obtenus
    ( Edman)
  • analyse informatique et croisement des différentes séquences obtenues
26
Q

Hydrolyse chimique

A
  • Bromure de cyanogène (NCBr)
    HCl 0.1 N/ acide formique 70 %
    rupture spécifique côté carboxy terminal du résidus méthionine
  • hydroxylamine (NH2-OH) coupure spécifique entre l’asparagine et la glycine.
27
Q

Hydrolyse enzymatique

A

Endopéptidase/endoprotéase, d’origine pancréatique ou bactérienne

28
Q

Trypsine

A

Coupure si AAn-1 = Arg/Lys et AAn ≠ Pro

Voyage, il faut de l’argent et un lit mais nous n’avons pas besoin d’être un pro

29
Q

Chymotrypsine

A

Coupure si AAN-1= résidu hydrophobe encombrant ( Phe/Trp/Tyr) et si AAn ≠ Pro

Personne n’être un pro, on peut tous avoir le cancer

30
Q

Pepsine

A

Coupure si AAN-1 ≠ Pro et AAn = Phe/Trp/Tyr

Les pros ne boivent pas de Pepsi car ils sont sportifs ils font attention à leur régime

31
Q

Clostripaïne

A

Coupe liaisons Arg-X ( = autre AA)

Un clos c’est fermé, il faut protéger l’argent de tout le monde X

32
Q

Lys-endopepidase ( achromobacter)

A

Coupe la liaison lys - pro

La fleur de lys est une pro, elle est trop belle

Où : il faut lire pour être un pro attention à l’ordre

33
Q

Carte peptidique ou fingerprint

A

Électrophorèse SDS-PAGE ou chromatographie sur papier / silice, pour comparer deux protéines dont une connue et une inconnue, on ne séquence que les peptides différents.

34
Q

Application du fingerprint

A

Recherche des AA différents dans l’hémoglobine anormale provoquant la drépanocytose c’est-à-dire une anémie falciforme avec des globules rouges en forme de faucille et une thrombose

Les globules rouges (érythrocyte) portent l’hémoglobine HB

Hb normale majoritaire HBA (alpha 2 beta 2)

Hb anormale mutée HbS: drépanocytose
- solubilité réduite en absence d’oxygène
- précipitation du globule rouge
- destruction plus rapide du globule rouge = anémie

Screening: un sujet heterozygote à des signes cliniques - important qu’un sujet homozygote

35
Q

Coupure HbS et BhA en … Peptides par…

A

En 28 peptides par trypsine

36
Q

Drépanocytose, focalisation sur le peptide potentiellement anormal => mutation ou?

A

On a une mutation du 6e codon GAG (glu) en un codon CTC (Val) au sein de la chaîne beta

37
Q

Interaction valine pathologie d’une chaîne beta

A

Interagit anormalement avec la Phe 85 et la Leu 88 d’une autre chaîne beta point on a alors des interactions hydrophobe entre molécules de désoxy- HbS qui ne se ferait pas s’il y avait de l’acide glutamique.

La solubilité du désoxy HbS est très mauvaise par rapport à la désoxy HbA: elle précipite ce qui va entrainer la dégradation des érythrocytes ( anemie falciformel, une obstruction des capillaires et éventuellement formation de bouchon qu’on appelle les thrombose.

38
Q

Proteomique/peptidomique

A

C’est une technique bidimentionnelle qui associe une électrophorèse bidimensionnelle à une analyse par spectroscopie de masse

UE4 Biochimie (12 decks)

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