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Biomol intra > Structure du génome > Flashcards

Structure du génome Flashcards

1
Q

Quels sont les deux formes que peuvent prendre un chromosome

A

circulaire et linéaire

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2
Q

Quel indice nous donne la taille du génome

A

généralement corrélé avec la complexité apparente de l’organisme

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3
Q

vrai ou faux la taille du génome est toujours corrélé avec la complexité apparente de l’organisme

A

faux ce n’est pas une relation parfaite

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4
Q

vrai ou faux les procaryotes ont généralement plusieurs copies de leurs chromosomes empaqueté dans la région nucléotide

A

faux 1 copie de leur(s) chromosome(s)

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Q

vrai ou faux les procaryotes peuvent avoir plusieurs chromosome

A

vrai

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6
Q

On se trouve la copie de leur(s) chromosome(s) du procaryote

A

dans la région nucléoide

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7
Q

vrai ou faux les eucaryotes peuvent avoir un ou des plasmides

A

faux les procaryotes

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8
Q

vrai ou faux les cellules eucaryotes sont majoritairement diploïde

A

vrai (2 copies de chaque chromosome)

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9
Q

est-ce que certains eucaryotes peuvent être haploïde ou même ployploide. Exemple?

A 
haploide= gamète
polypode = mégacaryocyte (28 copies de chaque chromosome) : plaquettes
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10
Q

Où sont comportés les chromosomes dans les cellules eucaryotes?

A

dans un organelle nommé noyau

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11
Q

Les copies du même chromosome sont des _____

A

homologues

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12
Q

Que signifie avoir plus de chromosome?

A

synthèse plus d’ARN = synthèse de plus de protéines

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13
Q

vrai ou faux la taille du génome est plus représentative que le nombre de gène pour la complexité de l’organisme

A

faux: nombre de gène plus représentatif

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14
Q

vrai ou faux la densité de gènes est différentes selon les organismes

A

vrai

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15
Q

vrai ou faux avoir une plus grande densité de gène signifie une moins grande complexité

A

vrai

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16
Q

entre les eucaryote et les virus qui a une plus grande densité de gène.

A

virus (E coli)

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17
Q

Pourquoi la densité de gène est plus grande chez les virus (2) ?

A
  • certains gènes se chevauchent (cadre de lecture alternatif)
  • peuvent contenir des segments ambisenses
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18
Q

Quels sont les 2 facteurs qui contribuent à la diminution de la densité de gènes chez les eucaryotes?

A
  • augmentation de la taille des gène par la présence d’introns
  • augmentation des séquences intergéniques
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19
Q

Quel est le pourcentage de gènes sans introns?

A

3%

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20
Q

Définir exons

A

séquence codante d’un gène

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21
Q

définir intron

A

séquence non-codante d’un gène

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22
Q

Quel est la séquence transcrite d’un gène par rapport à la région codante chex l’humain

A

transcrit: 27kb
codant: 1,3kb

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23
Q

qu’est-ce que l’épissage

A

le retrait des introns de l’ARNm et la soudure des exons

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24
Q

vrai ou faux les introns sont traduits mais non transcrit

A

faux contraire

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25
Q

quelle pourcentage du génome humain constitue les séquences intergéniques

A

environ 60%

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26
Q

vrai ou faux les séquences intergéniques codent pour des protéines et des structures d’ARN structuraux

A

faux les séquences intergéniques codent pour aucune protéines ni structures d’ARN structuraux

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27
Q

Quel est la fonction des séquences intergéniques

A

aucune fonction encore attribué à la majorité de ses séquences

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28
Q

Nommez un exemple de séquences intergéniques

A

introns, fragments de gènes, pseudogènes, microsatéllite

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29
Q

Qu’est-ce qu’un séquence répétitive? Nommez les 2 classes générales dans l’ADN

A

des séquences intergéniques

  • microsatellites
  • répétititons dispersés (dans tous le génome)
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30
Q

Parmis les 2 classes générales dans l’ADN de séquence répétitive quesqui est le plus commun?

A

répétititons dispersés (dans tous le génome) plus que microsatellites

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31
Q

Qu’est-ce qu’un microsatellite?
pb?
provient de ?
% du génome

A 
(des séquences intergéniques )
répétitions de <13pb, répété en tandem 
souvent des dinucléotides CACACACA 
provient d'erreur de réplication de l'ADN 
3% du génome
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32
Q

Qu’est-ce qu’une répétititons dispersés ?
pb?
où sont-ils?
% du génome

A

(des séquences intergéniques)
>100pb ou même >1000pb
dispersé dans le génome en séquence unique our regroupement de séquences (élément transposable)
44% du génome

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33
Q

vrai ou faux un pseudogènes est uniquement composé d’introns

A

FAUX uniquement d’exons

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34
Q

Comment apparaissent les pseudogènes?

A

par l’action d’une transcriptase inverse (une enzyme exprimée par certains type de virus)

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35
Q

vrai ou faux le taux d’intégration des pseudogènes dans le génome est bas

A

vrai

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36
Q

Pourquoi les pseudogènes ne sont pas exprimés?

A

car aucune séquence de régulation les précède (5’,3’, promoteur..)

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37
Q

vrai ou faux si un pseudogènes réeussient a être réintégré dans le génome celui-ci pourra être fonctionnel

A

FAUX

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38
Q

qu’est-ce qu’un origine de réplication?

A

site d’assemblage de la machinerie de la réplication de l’ADN

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39
Q

vrai ou faux l’origine de réplication se trouve généralement dans des régions non-codantes

A

vrai

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40
Q

1 origine de réplication tous les _________ le long de tous les chromosomes

A

30-40 kb

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41
Q

Combien d’origine de réplication pour le génome bactérien

A

1

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42
Q

Qu’est-ce qu’un centromère

A

site d’assemblage des kinétochore (liant les microtubules requis pour la ségrégation correcte des chromatines soeurs suite à la réplication de l’ADN)

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43
Q

Qu’est-ce qu’un télomère

A

séquence se retrouvant aux extrémités de chaque chromosome linéaire et qui servent d’origine de réplication permettant la réplication de la fin des chromosome par la télomérase

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44
Q

vrai ou faux un télomère est un site de réplication

A

vrai pour la télomérase

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45
Q

quel type d’enzyme est la télomérase ? que permet-elle?

A

ADN polymérase particulière, permet d’empêcher la dégradation ou la recombinaison des télomères

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46
Q

Combien de centromères par chromosomes? pourquoi?

A

1, car plusieurs engendrait des bris des chromosomes et aucun les chromosomes se répartirait n’importe où dans les cellules filles

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47
Q

En fonction de quoi varie la taille et la composition du centromère?

A

organisme

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48
Q

Donnez 3 exemples de composition du centromère

A

1- séquence non répétitive uniquement
2- mélange de non répétitive et répétitive
3- séquence répétitive uniquement (humain)

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49
Q

vrai ou faux la séquence des télomère est généralement une séquence non-répétitive

A

faux : séquence répétitive riche en T et G

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50
Q

la séquence des télomère est généralement une séquence répétitive riche en ____?

A

T et G

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51
Q

Nommez la séquence des télomères chex l’humain

A

5’-TTAGGG-3’

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52
Q

vrai ou faux il y a une région simple brin maintenue à la fin des télomères

A

vrai

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53
Q

vrai ou faux une région simple brin maintenue à la fin des télomères et reste ainsi

A

faux elle va s’insérer quelque part dans la séquence

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54
Q

Quelle technologie permet d’observer les chromosomes et leur structure

A

microscopie

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55
Q

À quel stade sont moins compacte les chromosomes

A

interphase

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56
Q

Quels sont les 2 états de la chromatine observés à l’interphase?

A

fibre 30 nm : plus compacte

fibre 10 nm : moins compacte, ressemble à un collier de perles (étant les nucléosomes)

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57
Q

où est empaqueté la majeur partie de l’ADN des cellules eucaryotes

A

nucléosomes

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58
Q

de combien d’histones est composé un nucléosome?

A

8 histones

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59
Q

histone est un glucide, un lipide ou une protéine?

A

protéine

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60
Q

combien de fois autour de l’histone est entouré l’ADN

A

1,65 x

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61
Q

comment sont reliés les nucléosomes entres eux

A

ADN linker

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62
Q

la taille de l’ADN linker est variable selon ?

A

l’organismes

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63
Q

le nucléosome est le combien niveau de compaction de l’ADN?

A

premier facteur de compaction (environ x4-x6)

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64
Q

Environ combien de pb entoure le coeur des nucléosomes chez les eucarytotes?

A

environ 147pb

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65
Q

si l’ADN n’est pas empaqueté dans un nucléosome elle est lié à quoi et pourquoi?

A

lié à des protéines non histones et régulent l’expression génique, réplication, recombinaison ADN..

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66
Q

vrai ou faux la taille de l’ADN de coeur est pomal toujours constant entre chaque organisme

A

vrai

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67
Q

vrai ou faux la taille de l’ADN linker est pomal toujours constant entre chaque organisme

A

faux elle varie d’un organisme à l’aune dépendant des structures de plus haut niveau dans chaque organisme

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68
Q

de quelles histones est composé le coeur du nucléosomes?

A

2 copies de chaque: H2A, H2B, H3, H4

69
Q

quel est l’histone linker

A

H1

70
Q

combien de type différents d’histones au totale

A

5: H1, H2A, H2B, H3, H4

71
Q

Est-ce que les histones sont lourds?

A

non

72
Q

Est-ce que les histones sont chargés?

A

oui: positivement pour attiré l’ADN

73
Q

au moins 20% des a.a des histones sont ______ et _____

A

lysine et arginine

74
Q

Que se passe-t-il avec la structure des histones de coeur en absence d’ADN?

A

Reste sous forme d’intermédiaires :
H2A:H2B forment des digères
H3:H4 forment des dimères, puis 2 dimères s’assemblent en tétramères

75
Q

Par quoi est médié l’assemblage de l’état intermédiaire des histones de coeur?

A

par le domaine histone-fold (3 hélices alpha séparé par des boucles )

76
Q

de quoi est constitué le domaine histone-fold qui média l’assemblage de l’état intermédiaire des histones de coeur

A

3 hélices alpha séparé par des boucles

77
Q

Décrire l’assemblage d’un nucléosome

A

1- 2 dimères H3-H4 forment un tétramère
2-le tétramère h3-h4 se lient à l’ADN
3- deux dimères h2a-h2b se joignent au complexe formé par le tétramère h3-h4 avec l’ADN
4-formation de l’octamère

78
Q

vrai ou faux les queues N-terminales des histones de coeurs demeurent accessible aux enzymes

A

vrai

79
Q

Combien de queues N-terminales des histones de coeurs demeurent accessible aux enzymes

A

8

80
Q

qu’est-ce qui peux faire la digestion de queues N-terminales des histones de coeurs (appart enzyme)

A

trypsine

81
Q

vrai ou faux les queues N-terminales des histones de coeurs ne sont pas nécessaire à l’association des histones de coeur avec l’ADN

A

vrai

82
Q

Quelle est le rôle des queues N-terminales des histones de coeurs ?

A

des sites post-traductionnelles

83
Q

vrai ou faux le nucléosome est parfaitement symétrique

A

faux, il possède un pseudo-axe de symétrie: l’axe dryade

84
Q

Qu’est-ce que l’axe dryade? (quel sens)

A

un pseudo-axe de symétrie du nucléosome : de 12h à 6h vertical

85
Q

Où se situe par rapport à l’horloge et l’axe dryade les extrémités de l’ADN du nucléosome?

A

1h et 11h

86
Q

Rôle de la MNase?

A

clive l’ADN de manière non-spécifique (clive seulement l’ADN auquel elle a accès)

87
Q

Décrire une techniquement de détermination de la taille de l’ADN associé à un nucléosome

A
  • isolé ADN
  • digestion pas MNase (clive l’ADN de manière non-spécifique (clive seulement l’ADN auquel elle a accès) )
  • électrophorèse sur gel d’agarose : observe des sauts de 20pb environ : donc reste un peu d’ADNlinker qui n’était pas directement autour alors reste 147 + linker
  • remet de l’maase pour plus grande digestion et remet sur électrophorèse: reste juste un trait à 147pb car tout linker est digérer reste juste l’ADN de coeur car MNase n’y a pas accès
88
Q

vrai ou faux chaque histone de coeur interagit avec une région particulière de l’ADN

A

vrai

89
Q

Nommez les interactions précises des histones avec les parties de l’ADN (nbr de paires de bases)

A
  • les régions histones-fond du tétramère H3H4 interagit avec les 60pb centrales
  • sur chaque coté du tétramère H3H4, il y a un dimère de H2A-H2B (donc deux au total) qui s’associe à environ 30 pb chaque
  • à la fin (deux extrémités) H3 se lie à une des extrémités de l’ADN via sa région amine-terminale proche du domaine histone-fold de celui-ci et forme une quatrième hélice alpha pour lier 13pb supplémentaires
90
Q

Combien de sites de contacts des histones avec l’ADN. Pourquoi?

A

14, donc 1 site pour chaque fois qu’Un sillon mineur fait face à l’octamère d’histones

91
Q

Quel liaison relie les histones à l’ADN? combien de liaisons?

A

40 pont H

92
Q

Que permet les 40 pont H entre les histones et l’ADN? Où se forme-t-elle? les moins communes elles?

A
  • donne la force nécessaire à la courbure de l’ADN autour de l’octamère
  • se forme entre les histones et les atomes d’oxygène des liaisons phosphodiester à proximité des sillons mineurs de l’ADN
  • seulement 7 pont se forme entre les histones et les bases azotés
93
Q

vrai ou faux la majorité des ponts H entre l’ADN est les histones se font entre les liaisons phosphodiester à proximité des sillons mineurs de l’ADN et les histones

A

vrai ! seulement 7 histones- bases azotés

94
Q

que permet les charges + des histones?

A

masqué les charges négative de l’ADN = facilite la courbure de celui-ci autour de l’octamère et la juxtaposition des 2 hélices autour du même octamère

95
Q

vrai ou faux l’interaction de l’octamère avec l’ADN est séquence spécifique

A

faux

96
Q

vrai ou faux l’interaction de l’octamère avec l’ADN est s’établie au niveau des sillons majeurs

A

faux, sillon mineur car pas séquence spécifique

97
Q

où se fait la liaison des 7 pont H entre des bases azotés et l’octamère?

A

aucune se fait entre des parties de bases permettant la distinction entre A:T et G:C car PAS séquence spécifique

98
Q

Quelle est le rôle des queue des histones?

A

stabilisation et dirigent l’enroulement de l’ADN autour de l’octamère (supertour toroïdaux négatif)

99
Q

vrai ou faux l’ADN est enroulé positivement autour des histones

A

faux, négativement

100
Q

Pourquoi les nucléosomes emmagasinent et stabilise le surenroulement négatif?

A

pour avoir une possibilité d’ouverture local du brin d’ADN par l’emmagasinage d’énergie

101
Q

Comment se positionne les queues d’histones autour de l’octamère?

A

intervalle constant par un espace entre 2 sillons mineurs adjacents des hélices ADN voisines:
H3 (1h, 11h) et H2B (4h, 8h)
en dessus-en dessous des 2 hélices d’ADN
H2A (5h, 7h) et H4 (3h,9h)

102
Q

vrai ou faux les queues de l’octamère guide le surrenroulement

A

vrai

103
Q

vrai ou faux les procaryote ont des nucléosomes

A

faux

104
Q

Par quoi est assuré le surrenroulement négatif chez les procaryote s’ils n’ont pas d’histones donc pas de queues?

A

ADN gyrase (alors que le positif : ADN gyrase inverse)

105
Q

Les nucléosomes augmente ou diminue le l’enlacement? Impact?

A

diminue le Lk car augmente surrenroulement négatif. L’ADN doit compensé pour le surrenroulement négatif des nucléosomes en augmentant le Lk : mettant du surrenroulment positif ailleurs pour que le Lk demeure inchangé

106
Q

si supertours thoroidaux gauche par présence de nucléosome comment est le reste de la molécule d’ADN?

A

supertours thoroidaux gauche = surrenroulement négatif donc:
supertours plectonémique droit =surrenroulement positif

107
Q

si beaucoup de nucléosomes = beaucoup de supertours thoroidaux gauche = grand surrenroulement négatif , problème? solution? si retire les nuclosomes et inactive topoisomérase?

A

grande tension car la molécule veut avoir du surrenroulement positif alors topoisomèrase vient relâché en diminuant le surrenroulment positif
- plectonémique droit = surrenroulement négatif car vient compensé (c’était surrenroulé négatif avant? bin sa va être garder)

108
Q

comment se sépare les molécules d’ADN de même longueur sur un électrophorèse?

A

plus compact et plus surrenroulé va plus loins (passe mieux à travers le gel d’agarose)

109
Q

Quel est le paradoxe du nombre d’enlacement d’un nucléosome?

A

ADN est enroulé 1,65x donc on s’attend à une modification de Wr de -1,65 et Lk équivalent mais non
Lk =-1,2, car le nombre de paires de bases/tour d’ADN associé à un nucléosome est diminué à 10,2 plutôt que 10,5 donc AUGMENTE LE LK DU NUCLÉOSOME

110
Q

vrai ou faux le Lk de l’ADN linéaire est le même que sur un nucléosome

A

faux : paradoxe du nombre d’enlacement
ADN est enroulé 1,65x donc on s’attend à une modification de Wr de -1,65 et Lk équivalent mais non
Lk =1,2, car le nombre de paires de bases/tour d’ADN associé à un nucléosome est diminué à 10,2 plutôt que 10,5 donc AUGMENTE LE LK DU NUCLÉOSOME

111
Q

vrai ou faux l’histone H1 se lie à une seule extrémité du nucléosome

A

vrai

112
Q

vrai ou faux l’histone H1 se lie à l’ADN de coeur du nucléosome

A

faux ADN linker

113
Q

Où se lie l’histone H1? que change-t-elle?

A

se lie à une extrémité du nucléosome par l’ADN linke, change l’angle de sortie ou d’entrée de l’ADN dans le nucléosome = permet compaction

114
Q

vrai ou faux l’histone H1 a aussi un rôle de stabilisation

A

vrai stabilise 20 pb supplémentaire

115
Q

que permet l’histone h1?

A

passage au deuxième niveau de compaction de l’ADN : la chromatine

116
Q

Quels sont les 2 modèles de fibre de 30 nm de l’ADN?

A
  • modèle du solénoïde

- modèle en zigzag

117
Q

Pour, le modèle du solénoïde de fibre de 30 nm de l’ADN (chromatine).
quelle est sa formation? (3)
long ou court?

A

-formation d’une super-hélice composé de 6 nucléosomes/tour
-les surfaces planes des octaèdres sont adjacentes
-ADN linker est enfoui au centre de la superhélic et encercle l’axe longitudinal de la fibre de 30 nm
ADN linker plus court (trou au centre)

118
Q

Pour, le modèle du zigzag de fibre de 30 nm de l’ADN (chromatine).
quelle est sa formation? (3)
long ou court?

A
  • formation plus compacte de rangées de nucléosomes en zigzag
  • ADN linker enfoui au centre de la superhélice et travers l’axe longitudinal de la fibre de 30 nm
  • ADN linker plus long
119
Q

Entre le modèle du zigzag de fibre de 30 nm de l’ADN et le modèle du solénoïde de fibre de 30 nm de l’ADN, lequel est plus compact et lequel a un ADN linker plus long?

A

compacte: zigzag

plus long: zigzag

120
Q

Quel est le facteur de compaction que donne la fibre de 30nm au total? (chromatine)

A

x40

121
Q

vrai ou faux les histones sans queues sont capable de former la fibre de 30 nm

A

faux incapable

122
Q

Comment les queues des histones sont capable de former la fibre de 30 nm

A

par stabilisation de la structure par l’interaction des queues d’histones avec les octaèdres d’histones des nucléosomes adjacents
ex: a.a positifs des N-terminaux de H4 avec les a.a négatifs du domaine de repliement histone fond de H2A

123
Q

Quelles est le troisième niveau de compactage de l’ADN?

A

fibre de 30nm forment des boucles de 40-90kb maintenus ensemble à leur base par une armature protéique nommée : armature central

124
Q

de quoi est composé l’armature centrale du troisième niveau de compactage de l’ADN? (boucles)

A
  • topoisomérase 2

- protéines SMC (protéines de maintenance structurelle des chromosomes): condensine et cohésine

125
Q

la condensine et cohésine sont nécessaire à quoi dans la composition de l’armature centrale du troisième niveau de compactage de l’ADN? (boucles)

A
  • contribuent à l’organisation des fibres de 30nm et au maintient des boucles
  • maintient les boucles isolés les unes des autres
126
Q

la topoisomérase est nécessaire à quoi dans la composition de l’armature centrale du troisième niveau de compactage de l’ADN? (boucles)

A

si pleins de nucléosome = beaucoup de surrenroulement négatif = tension (car veut mettre du positif) donc permet de relâcher la tension

127
Q

vrai ou faux dans le troisième niveau de compactage de l’ADN, les boucles ont retrouve de la fibre de 30nm

A

vrai mais aussi de la 10 nm ou même nu

128
Q

comment on peut altérer la fonction des nucléosomes?

A

par des variantes d’histones

129
Q

Nommez les variantes d’histones possible et les décrire.

A

H2A.X = variable de H2A, il y en a beaucoup chez les eucaryotes
- possède un résidu sérine (qui n’est pas présent sur H2A), qui est phosphoré lorsque H2A.X est situé à un site de bris des 2 brins de l’ADN = reconnus par les enzymes de réparation de l’ADN
CENP-A : variante de H3 (incorporé dans de l’ADN centromérique)
possède une queue n-terminale plus longue que H3, ayant un site de liaison pour CENP-C un site de liaison du complexe du kinétochore permettant l’assemblage des autres composantes du kinétochore

130
Q

quel est le rôle de l’histone H2A.X

A

possède un résidu sérine (qui n’est pas présent sur H2A), qui est phosphoré lorsque H2A.X est situé à un site de bris des 2 brins de l’ADN
= reconnus par les enzymes de réparation de l’ADN

131
Q

quel est le rôle de l’histone CENP-A

A

CENP-A : variante de H3 (incorporé dans de l’ADN centromérique)
possède une queue n-terminale plus longue que H3, ayant un site de liaison pour CENP-C un site de liaison du complexe du kinétochore

=permettant l’assemblage des autres composantes du kinétochore

132
Q

vrai ou faux l’interaction de l’ADN avec l’octamère est dynamique

A

vrai

133
Q

pourquoi l’octamère d’histones doit permettre de l’accessibilité

A

pour permettre l’expression de gènes

134
Q

vrai ou faux il y a des dissociations spontané de l’ADN avec la particule du coeur

A

vrai (car pont H = liaison faible)

135
Q

De quoi dépend la probabilité qu’un site de liaison à une protéine soit libérée spontanément?

A

-sa position sur l’octamère
(plus en périphérie plus de chances alors que plus tu es en position central: 73 sur 147 moins c’est probable) : 1 sur 50 chance à 1 sur 100 000 (très centrale)

136
Q

vrai ou faux les histones sont interchangeables

A

vrai

137
Q

comment favoriser le remodelage des nucléosomes pour avoir accès à un site de liaison protéique?

A

utiliser l’ATP

138
Q

Quels sont les 3 types de changements dédiés par des complexes protéiques permettant l’accès au site de liaison protéique sur ADN? décrire

A 
-glissement 
le long de la surface de l'octamère
-transfert 
d'un nucléosome d'une hélice d'ADN à une autre 
-échange du dimère 
H2B/H2A pour H2B/H2A.X au site de bris
139
Q

Décrire le glissement de l’ADN le long d’un nucléosome

A

un complexe de remodelage des nucléosomoes se lie fermement aux histones de l’octamère et tire l’ADN (pb à la position 52 sur 147) via un domaine de translocation de l’ADN-ATP-dépendant . Il s’en suit un glissement de l’ADN qui se propage ensuite comme une vague jusqu’à la fin de l’ADN du nucléosome:
14 points de contact entre l’ADN et les histones (7 en avant et 7 en arrière)
-domaine ADN-ATP
-glissement de l’ADN se propage en vague en brisant le contact entre l’ADN et l’octamère 1-5 (pont H) causant un repliement (en utilisant l’ATP)
-au site 6 bris de pont H
-continue au site 7 et ainsi de suite le repliement se déplace pour glisser jusqu’à 14

140
Q

Les nucléosomes peuvent avoir des positions spécifiques ce qui est bénéfique car?

A

peut garder ou restreindre l’accès aux sites de liaison de l’ADN pour des protéines de régulation

141
Q

Le positionnement des nucléosomes peut être dirigé par quoi? (3)

A
  • compétition entre les nucléosomes et les protéines de liaison de l’ADN (il faut environ 150pb de distance minimale pour avoir un nucléosome)
  • positionnement d’une protéine spécifique liée à l’ADN qui interagit avec le nucléosome (le nucléosome va se mettre a coté puisqu’il veut interagir avec ce site)
  • séquences ADN spécifique ayant une affinité particulièrement grande pour les nucléosomes (nucléosomes aime l’ADN qui se courbe facilement : ADN riche en AT tendance à se courber vers le sillon mineur alors que CG courber dans le sens opposé) MAIS d, autres protéines peuvent déplacer de ses structures préférentielles
142
Q

Les séquences d’ADN spécifique ayant une affinité particulièrement grande pour les nucléosomes se courbe comment lorsque l’ADN est riche en AT comparé à CG ?

A

tendance à se courber vers le sillon mineur CG courber dans le sens opposé

143
Q

Nommez 4 modifications possibles des queues N-terminales

A
  • résidus lésines modifiés avec un groupement méthyle ou acétyl
  • résidus arginine modifié 1, 2, 3 groupement méthyle
  • résidus séries et thréonine modifiés avec un groupement phosphate
  • ubiquitinylation, sumolyation ..
144
Q

Nommez et décrire les 3 rôles associés à la modification des quels d’histones

A

-favorise l’expression génique
acétylation des lysines en position 8 et 16 de H4 = perte de l’association H2A-H4 alors plus de 10nm que 30 nm, favorise l’expression génique (interfère dans l’incorporation au nucléosome)
méthylation des lésines 4, 36 ou 79 de H3 = associé avec des gènes réprimés
-inhibe l’expression génique
méthylation des lysines 9 ou 27 de h3 = répression de la transcription des gènes
-marque les histones nouvellement synthétiser
acétylation des lysines en position 5 et 12 de H4 indique que la molécule est nouvellement synthétisé et prête à assembler dans un nucléosome

145
Q

vrai ou faux les queues n terminales sont fréquemment modifiés

A

vrai

146
Q

Lorsque l’on dit une queue non-modifié = acétylé ou méthylé? plus ou moins stable? pourquoi?

A

méthylé (plus stable: associé plus fermement à l’ADN)

147
Q

Lorsque l’on dit une queue modifié = acétylé ou méthylé?plus ou moins stable? pourquoi?

A

acétyl (moins stable: neutralise les charges + donc diminue l’affinité pour l’ADN)

148
Q

vrai ou faux les queue méthylé s’associe plus fermement à l’ADN que les acétyles

A

vrai

149
Q

vrai ou faux l’acétylation/phosphorylation stabilise les charges positives des queues des histones et augmente l’affinité pour l’ADN

A

faux, diminue l’affinité pour l’ADN

150
Q

La modification des queues crée des sites de liaisons pour des enzymes modifiant la chromatine (exemples (3))

A

queue acétylé:
-protéine contenant un bromodomaine (interagit avec)
queue méthylé:
-protéines contenant un chromo domaine et domaine PHD (interagit avec)
-protéines contenant un domaine SANT interagit préférentiellement avec eux

151
Q

différence structurel entre un groupement acétyl et méthyle?

A

acétyl: liaison double entre c et o et électrons libre à o

méthyl: juste C et H

152
Q

Nommez un enzyme capable de modifier les histones

A

HAT: ajout d’un groupement acétyl par la sous-unité catalytique : reconnaissance de l’histone acétylé par son bromodomaine : facilite la modification des histones de nucléosomes adjacents

153
Q

Qu’est-ce que HAT? rôle?

A

histone acétyle transférase:
HAT: ajout d’un groupement acétyl par la sous-unité catalytique : reconnaissance de l’histone acétylé par son bromodomaine : facilite la modification des histones de nucléosomes adjacents

154
Q

Comment faire la détermination de la position des nucléosomes à un site d’intérêt?

A

isole noyau, induit bris dans l’ADN linker ave MNase, fait un expérience avec nucléosomes aligner et un autre pas aligner et on remarque que quand position identique seulement des traits précis sur le gel alors que lorsque el positionnement est aléatoires plusieurs traits sur le gel car pleins de différentes longueurs, peut pas retracer les nucléosomes (leur positionnement car pas de positionnement précis)

155
Q

Comment peut-il y avoir conversion local de fibre de 30 nm en fibre de 10nm ?

A

-à cause de l’acétylation

156
Q

Donnez un exemple d’une altération de la structure de la chromatine par une action combiné des complexes de modification de la chromatine celui des histones.

A

histon acetyl-transférase se lie au nucléosome, engendre alors l’acétylation (donc la conversion de la fibre 30nm à 10nm: groupement acétylé empêche la liaison H2A-H4 donc moins compacte), rend alors accessible un site de liaison de protéine qui peut s’associé, ensuite un complexe de remodelage de nucléosome peut se lier à la protéine déjà insrtaller , engendrant un glissement, puis rendant disponible un autre site de liaison pour une deuxième protéine

157
Q

vrai ou faux au moins la moitié des nucléosomes doivent être nouvellement synthétisé suite à la réplication de l’ADN

A

vrai

158
Q

Comment sont répartis les vieux histones sur les nouveaux?

A

vieux histones répartis sur les 2 chromosomes fils : les tétramères H3-H4 et dimères H2A-H2B sont composés de nouveaux histones ou de vieux histones mais pas d’hybrides vieux-nouveau histones donc pourrais avoir un histones vieux de 3/4 mais doit absolument être un dimère soit H2A ou H2B qui est vieux (car le tétramère reste pareil faudrais que 1/2 vieux)

159
Q

Comment se comporte les dimères H2A-H2B par rapport aux tétramères H3-H4 lors de l’assemblage de nouveau nucléosomes?

A

H2A-H2B: sont relâchés dans un pool local d’histones servant à l’assemblage de nouveaux nucléosomes
H3-H4: reste associé malgré le passage le passage à travers la fourche (demeure associé au hazard avec l’un des brins d’ADN)

160
Q

vrai ou faux le positionnement des histones est aléatoire après la réplication

A

faux

161
Q

Qu’est-ce qui facilite l’héritage de l’état de la chromatine?

A

les tétramères parentaux

162
Q

la conservation de l’état de la chromatine après la réplication est facilité par _______. Exemple

A

le recrutement des enzymes de modification au niveau des modifications déjà existante
ex: queue modifier peut favorisé l’interaction avec certaines protéines par exemple l’ajout de groupement acétyl comme marquage : HAT: HAT: ajout d’un groupement acétyl par la sous-unité catalytique : reconnaissance de l’histone acétylé par son bromodomaine : facilite la modification des histones de nucléosomes adjacents

163
Q

À quoi servent les chaperons d’histones? Leur charge, pourquoi?

A

dirigent l’assemblent des nucléosomes: en empêchant les histones de s’associer de manière non productive à l’ADN , chargé négativement car forme un complexe avec un tétramère de H3-H4 ou un dimère H2A-H2B

164
Q

qu’est-ce qui empêche les histones de s’associer de manière non productive à l’ADN

A

protéines chaperonnes

165
Q

Nommez 3 protéines chaperonnes qui interagissent avec le H3-H4

A

CAF-1, HIRA, RCAF

166
Q

Quelles des 3 protéines chaperonnes qui interagissent avec le H3-H4 a une interaction avec les anneaux coulissant? (SEULE qui interagit avec ceux-ci)

A

CAF-1

167
Q

Nommez la protéine chaperonne qui interagit avec H2A-H2B

A

NAP-1

168
Q

Expliquer le fonctionnement de CAF1

A

protéines chaperonnes du tétramère H3-H4

CAF-1 grade H3-H4 associé à l’ADN par l’intermédiaire de son association avec PCNA (fraichement libéré de l’ADN polymérase) = empêche de l’associer à une histone, la PCNA est ce qui est en contact avec le brin d’ADN

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