Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

Biomol intra > Mutations et réparations > Flashcards

Mutations et réparations Flashcards

1
Q

Qu’est-ce qu’une mutation ponctuelle?

A

quand peu de nucléotides sont affectés

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Nommez deux types de mutations ponctuelles par substitution de bases et spécifiez.

A
  • transition (pyrimidine -> pyrimidine et purine->purine )

- transversion (purine -> pyrimidine et vis versa)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Mis appart les mutations par substitution de bases nommez 2 autres types de mutations ponctuelles

A
  • insertion de pb

- déletion de pb

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

si ce n’est pas des mutations ponctuelles ce sont des mutations causant des changements drastiques, nommez en 2 exemples?

A
  • large insertions de délétions (ex: transposons)

- réarrangement de chromosomes ou réarrangement entre chromosomes (ex: recombinaison aberrantes)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

vrai ou faux le taux global de mutations spontanés est assez bas

A

vrai environ 10^-6 à 10^-11 par génération cellulaire

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

qu’est-ce qu’un point chaud?exemple?

A

un site plus susceptible à subir des mutations
ex: micro satellites (répétitions de 2, 3, 4 nucléotides: CACACA)

( alors les enzymes de la réplication réplique plus difficilement ces séquences avec fidélité :effectuent des dérapaient ce qui augmente ou diminue le nombre de répétitions présentes = pathologie possible )

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Pourquoi les micro satellite sont des point chauds

A

un site plus susceptible à subir des mutations car répétitions de 2, 3, 4 nucléotides: CACACA, alors les enzymes de la réplication réplique plus difficilement ces séquences avec fidélité :effectuent des dérapaient ce qui augmente ou diminue le nombre de répétitions présentes = pathologie possible

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Que peut provoquer l’expansion des répétitions de triplets de gènes (CAG, CGG) dans certains gènes? exemple

A

provoque des pathologies : Maladie Huntington

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Qu’est-ce que la maladie Huntington?

A
  • syndrome neurodégénératif
  • expansion du triplet CAG car (glutamine) dans la huntingtine (série de glutamine) : il y a un seuil critique de 35-37 répétitions qui peut enclencher la formation d’agrégats (fibrilles amyloïdes) entravant la fonction cellulaire
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Pourquoi est-ce qu’il y a un seuil critique de 35-37 répétitions du triplet CAG dans la maladie Huntington?

A

car la séquence polyglutamine perturbe l’interaction normale entre le domaine riche en glutamine du facteur Sp1 et le domaine riche en glutamine TAFII130 (s-u d’un facteur de transcription TFIID), ce qui interfère dans la transcription de gènes dans les neurones cérébraux

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

vrai ou faux il peut y avoir mutations suite au passage de la polymérase

A

vrai, elle n’est pas exempte d’erreurs

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

de combien la polymérase augmente la fidélité de la réplication?

A

d’un facteur de 10

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

quand est-ce qu’une erreur devient permanente (mutation)

A

si elle n’est pas réparée, elle devient permanente (une mutation) lors d’un 2e cycle de réplication de l’ADN

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

quelle est la solution au fait que la polymérase peut laisse des mésappariment chez E Coli?

A

un système de réparation qui augmente la fidélité de 100x à 1000x

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

le système de réparation de E Coli augmente la fidélité de réparation de 100x à 1000x en faisant quoi? (2)

A
  • essayant de détecter les mésappariment avant la prochaine réplication
  • corrigeant le bon nucléotide sur le nouveau brin
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Comment procède en détail le système de réparation de E Coli

A

un dimère MutS repère les déformations
1- MutS cause un renflement prononcé de l’ADN, puis change de conformation
2- MutS attire MutL et vont activer MutH
3- MutH clive un brin de l’ADN près du site du mésappariment
4- attire UvrD (ADN hélices II), qui sépare les brins d’ADN
5- une exonucléase digère le brin d’ADN déplacé
6-ADN polymérase 3
7-ADN ligase

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Quel rôle joue Dam méthylase? permet quoi? (CHEZ E COLI)

A

méthylation à la fourche de réplication, permet de distinguer brin nouveau et parentaux

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Décrire l’action de la Dam méthylase (CHEZ ECOLI)

A

méthylation à la fourche de réplication, permet de distinguer brin nouveau et parentaux:

1-Dam méthylase méthyle les résidus A des séquences 5’-GATC-3’ qui sont distribués dans le génome (tous les environ 256 pb (4^4) , alors ces séquences sont biméthylé
2- lorsque biméthylé = prêt à la réplication
3- une fois fraichement répliqué, c’est hémiméthylé pendant un petit moment (qq minutes) avant que Dam méthylase viennent méthylé

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

vrai ou faux dam méthylase se retrouve chez les eucaryotes

A

faux, chez E coli

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

Quel est le lien entre le rôle de la Dam méthylase et le système de réparation, chez E coli?

A

MutH (celui qui clive pour permettre la réparation) reconnait et se lie aux sites hémiméthylés, puis le complexe MutS-MutL vient s’associer à MutH pour l’activer. Donc la réparation est seulement possible sur un nouveau brin étant hémiméthylé

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

vrai ou faux la réparation chez E coli est possible sur un brin biméthylé

A

faux : sur brin hémiméthylé

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

vrai ou faux la réparation des mésappariment chez E coli est bidirectionnelle

A

faux elle est directionnelle

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

Expliquer pourquoi la réparation des mésappariment chez E coli est directionnelle

A

l’exonucléase en action dépend de quel côté du mésappariment (5’ ou 3’) MutH à couper le brin d’ADN : toujours voir comme si le complexe MutS-MutL veut rejoindre MutH (qui est sur un site hémiméthylé) (dans ce sens là)

ex: 3’ ———-MutH ———(Muts-^-MutL)——— 5’
5’ ———————— ————-3’

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

vrai ou faux les cellules eucaryotes utilisent aussi MutS, MutH et MutL

A

faux, utilisent des homologues

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
Q

Nommez les homologues de E coli qu’utilisent les eucaryotes pour la réparation des mésappariments (5 choses)

A

-MSH
homologue de MutS
plusieurs homologues ont des spécifités différentes (mésappariment simple, insertion, délétions)
-MLH et PMS
homologue de MutL
-AUCUN homologue pour MutH et AUCUN système de reconnaissance utilisant l’hémiméthylation de l’ADN
-système de réparation capable de cibler le brin ayant une césure (ex: brin d’Okazaki)
-le mécanisme de reconnaissance du brin parentale vs le brin continue n’est pas connu

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
26
Q

Suite a quoi il peut y avoir des mutations ?

A

dommage à l’ADN : radiation, agents chimique mutagènes …

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
27
Q

vrai ou faux il peut y avoir des dommages spontanés de l’action de l’eau à l’ADN

A

vrai

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
28
Q

Nommez les types de dommages hydrolytiques les plus fréquents (3) et décrire

A

1- désamination de la cytosine
C -> U (uracile)
pas normal! devrait pas être dans ADN donc reconnu

2- dépurination de la guanine
G -> OH (désoxyribose apurinique)
pas normal! devrait pas être dans ADN donc reconnu

3- désamination de 5’-méthylcytosine
5-mc -> T (thymine)
passe inaperçue car base normale de l’ADN!! (point chaud de mutation spontané)

29
Q

Nommez un exemple de point chaud de mutation spontané!

A

3- désamination de 5’-méthylcytosine
5-mc -> T (thymine)
passe inaperçue car base normale de l’ADN!! (point chaud de mutation spontané)

dans l’eau

30
Q

Nommez les types de dommages hydrolytiques un peu moins fréquents (3)

A
  • désamination : A -> hypoxanthine
  • désamination: G -> xanthine
  • dépurination de l’adédine

= tous reconnu comme pas normaux!

31
Q

Que permet le test d’Ames?

A

-identification d’agents cancérigènes par leurs pouvoirs mutagènes

32
Q

décrire en détail le test d’Ames permettant l’identification d’agents cancérigènes par leurs pouvoirs mutagènes

A

1- utiliser une souche bactérienne dont l’opérons responsable de la biosynthèse de l’histidine est mutant
2- ces cellules peuvent juste croitre sur un milieu contenant de l’histidine alors si observe sur gélose sans hispide : soit rien ou 2-3 présents (mutations spontanés)
3- on peut tester différents mutagènes qui pourrait renverser l’inhibition de la synthèse de l’histidine : si fonctionne, sur gélose on observe une mutation induite (si seulement 2-3 présent = fonctionne pas c’est seulement des mutations spontanées)
4- certaines produits chimiques ne sont pas mutagènes au départ mais le deviennent par l’action d’enzymes du foie (qui peut les rendre mutagènes), donc avant d’insérer les produits chimiques on les traite avec un mélange d’enzymes du fois
5- les produits chimiques identifiés comme cancérigènes peuvent ensuite être traités chez les animaux

33
Q

Expliquer le dommage à l’ADN par alkylation

A

-transfert de méthyl ou éthyle sur les b.a ou les groupements phosphates du squelettes d’ADN

34
Q

Expliquer le dommage à l’ADN par oxydation

A
  • par des dérivés réactifs de l’oxygène généré par des radiations et des agents chimiques qui génère des radicaux libres (OH-, H2O2, O2-)
  • oxydation de la guanine en OXOG qui peut se pairer à A ou C
35
Q

Expliquer le dommage à l’ADN par radiation

A

-par des rayons UV (environ 260 nm) qui sont fortement absorbé par les b.a
conséquence: fusion intracaténaire de pyrimidines : t-t ou T-c
-par des rayons ionisants (gamma et X) causant des cassures bicaténaire de l’ADN (directement ou indirectement) difficiles à réparer
ex: agents clastonégiques

36
Q

vrai ou faux par les uv les purines peuvent faire des dimères

A

faux les pyrimidines

37
Q

Sachant qu’il y a des mutations possible par des analogues de bases et des agents intercalant, décrivez la mutation par analogues chimique

A

ressemble assez aux bases pour être utilisés dans la synthèse des nucléotides puis incorporez à l’ADN lors de la réplication (engendre des pairages erronés ex: 5-bromouracile)

38
Q

Sachant qu’il y a des mutations possible par des analogues de bases et des agents intercalant, décrivez la mutation par agents intercalant

A

des molécules plates constituées de plusieurs anneaux polycyclique qui se lient aux bases purines et pyrimidines : cause la délétion ou insertion de une ou qq paires de bases pouvant provoquer un décalage dans le cadre de lecture

39
Q

Expliquer en détail le fonctionnement ds agents intercalant

A
  • insertion d’un nucléotide par polymérase en face de l’agent intercalant lors d’une insertion
  • lors d’un délétion : déformation de la matrice d’ADN par la présence de l’agent intercalant menant l’ADN polymérase à sauter par dessus un nucléotide (change la distance entre les b.a et peut aller jusqu’à la doubler)
40
Q

Nommez un exemple d’agent intercalant

A

bromure d’éthidium

41
Q

Qu’est-ce que la photoréactivation? enzyme impliqué?

A
  • enzyme a besoin de lumière pour jouer son action
  • réparation par inversion d’une altération
  • ADN photolyase capte et utilise l’E de la lumière pour rompre les liaisons covalentes reliant 2 pyrimidines adjacents
42
Q

Est-ce que la photoréactivation est possible naturellement chez l’humain?

A

non, car photolyse absente chez l’humain
photolyase provient d’extrait de plancton et introduite dans des liposomes pour mieux passer dans les cellules de la peau (dans ce cas possible) = ex en mettre dans crème solaire

43
Q

Décrire le retrait d’une base d’un groupement méthyle. Avantageux?

A

réparation par inversion d’un altération
ex: retrait d’un groupe méthyle d’une base méthylé comme l’O^6 méthyltransférase
: transfert du groupe méthyl sur l’un des résidus cystéines de l’enzyme
pas très avantageux car l’enzyme ne peut être utilisé qu’une seule fois $$$$

44
Q

Décrire la réparation par excision d’une base (BER)

A
  • ADN glycosidase utilise un mécanisme de pivotement de base pour reconnaitre et enlever la base altéré en hydrolysant la liaison glycosidique
  • étape endonucléotique retire le déoxyribose basique du squelette d’ADN (retire aussi les déoxyribose basique produits par des hydrolyse spontanés)
  • ADN pol de réparation et ADN ligase termine la réparation en utilisant le brin inacte comme matrice
45
Q

Pour la réparation par excision d’une base (BER) combien de ADN glycosidase existe? pourquoi? exemples?

A

11 ADN glycosidase chacune spécifique à un type de lésions

ex: une glycosidase spécifique reconnait les p.b OXOG :A et enlève le A pour le remplacer par un C

46
Q

Décrire la réparation par excision de nucléotides (NER) : en général (caractéristiques)

A
  • aucune reconnaissance spécifique de lésions
  • reconnaissance de la déformation de la forme de l’hélice
  • enlève un petit segment d’ADNdb incluant la lésion
  • synthèse de l’ADN manquant par le polymérase
47
Q

Nommez des exemples de causes de la réparation par excision de nucléotides (NER)

A
  • dimères T-T
  • dimères T-C
  • présence de groupement additif
  • encombrement sur une base
48
Q

Décrire la réparation par excision de nucléotides (NER) précisément chez E coli

A 
4 protéines principales: UvrA, UvrB, UvrC, UvrD
UvrA détecte les déformations dans l'ADN
UvrB sépare localement les brins d'ADN 
UvrB recrute UvrC
UvrC recrute UvrD (ADN hélicase) 
ADN ploymérase et ADN ligase
49
Q

vrai ou faux les bactéries sont incapables d’enlever les dimères T-T ou T-C, si les gènes Uvr sont mutés

A

vrai car nécessite la réparation par excision de nucléotides (NER) mais peut pas car les outils pour soit Uvr sont mutés

50
Q

Décrire la réparation par excision de nucléotides (NER) précisément chez humain

A

système de réparation identique à E coli mais avec plus de protéines impliqué (25)

E COLI: 
4 protéines principales: UvrA, UvrB, UvrC, UvrD
UvrA détecte les déformations dans l'ADN
UvrB sépare localement les brins d'ADN 
UvrB recrute UvrC
UvrC recrute UvrD (ADN hélicase) 
ADN ploymérase et ADN ligase 
humain: 
XPC: détecte les déformations de l'ADN 
XPA et XPD: activité hélicase 
RPA: protéines SSB 
ERCC1-XPF: endonucléase du côté 5' 
XPG: endonucléase du côté 3'
ADN pol: synthèse du segment d'ADN 
ADN ligase: répare les brèches d'ADN

TFIIH important dans le processus de réparation car comprend 2 s-u : XPA et XPD qui: 1
1-séparent les brins d’ADN lors de l’initiation de la transcription de l’ADN
2- séparation des brins d’ADN au niveau d’une lésion qui amorce la NER

51
Q

vrai ou faux si humains a besoins de réparation par excision de nucléotides (NER) il a simplement besoins de recruter ses protéines Uvr

A

Faux, Uvr sont les protéines chez e coli pour l’humain c’est plutôt XPC, XPA, XPD….

52
Q

lorsque l’ADN polymérase se bute à une lésion quels sont les deux possibilités?

A

ADN polymérase recule ou se détache de l’ADN pour permeyyre à la réparation d’être faite (par des enzymes de réparation)

53
Q

Quels sont les rôles des 2 s-u : XPA et XPD de TFIIH chez eucaryote

A

1-séparent les brins d’ADN lors de l’initiation de la transcription de l’ADN
2- séparation des brins d’ADN au niveau d’une lésion qui amorce la NER

54
Q

Qu’est-ce que Xeroderma pigmentosum (Xp)?

A

maladie rendant la peau très sensible au rayonnement du soleil
- des mutations dans 7 gènes sont associé à la XP
XPA, XPC, CPD, XPF, XPG
(tous codent pour un protéine impliqués dans la NER)
= démontre l’importance de ces gènes dans la réparation des dommages à l’ADN par les rayons UV

55
Q

Nommez une variante de Xeroderma pigmentosum (Xp)? et ce qui se produit

A

XP-V
(causé par une mutation dans le gène XPV codant pour l’ADNpoly Pol n)
cette polymérase est normalement capable de polymérisation translésionnelles en ajoutant des A en face des dimères de T
mais l’enzyme muté est incapable alors laisse place à d’autres polymérase translétionnelle qui augmente la fréquence de mutation en ajoutant n’importe quelle p.b

56
Q

Décrire la voie NHEJ chez les mammifères (caractéristiques)

A
  • ligatures des extrémités non-homologues
  • protège et aménage les extrémités avant de les liguer ensemble
  • les séquences perdues cause de la cassure et ne sont pas restaurés = voie mutagène
  • appariment approximatif entre les séquences monocaténaires dépassant les extrémités
57
Q

quelle est la voie de réparation principale des cassures chez les eucaryotes supérieurs?

A

la voie NHEJ

58
Q

vrai ou faux la voie NHEJ chez les mammifères est une voie de réparation fidèle

A

faux, assez infidèle mais mieux que rien

59
Q

Décrire précisément la voie NHEJ chez les mammifères

A

1-liaison aux extrémités de Ku
2-recrutement de ADN-Pkcs
3- recrutement de Artemis (une exonucléase 5’-3’ et endonucléase si phosphore par ADN-pks)
4-digestion des séquences simples brins cassés
5-ligatures des extrémités catalysé par la ligase 4

60
Q

Qu’est ce que la réparation des cassures dans l’ADN par recombinaison homologues (caractéristiques)

A
  • on régénère les régions d’ADN détruites lors de l’aménagement des brins au niveau de site de cassure
  • implique la dispo d’un autre copie du chromosome (chromosome homologue)
  • présence d’une cassure dans l’un des deux homologues
61
Q

Décrire précisément la réparation des cassures dans l’ADN par recombinaison homologues

A
  • digestion d’un brin de chaque extrémité formée par la cassure pour obtenir des queues d’ADNsb (dont les extrémités sont 3’-OH)
  • les queues d’ADNsb envahissent le duplex d’ADN homologue et s’apparie avec leurs séquences complémentaire de l’ADN homologue
  • élongation des extrémités 3’-OH en utilisant l’ADN du duplex homologue comme matrice
62
Q

oui on peut réparer par excision de base ou synthèse mais il se peut tout de même que pas complètement efficace, alors que se passe-t-il? solution?

A

ADN poly peut rencontrer une lésion dans l’ADN qui peut être un obstacle à sa progression (ex: dimère de pyrimidine ou site apurinique)
la machinerie de réplication doit franchir cette obstacle sinon réplication s’arrête

63
Q

Qu’est-ce qui empêche l’arrêt de la réplication si ADN pol rencontre un obstacle (lésions) qui n’a pas été réparé?

A

la synthèse translésionnelle: mécanisme de sécurité permettant à la machinerie de réplication de dépasser les sites de lésions (oui introduit des erreurs mais mieux qu’une traduction incomplète du chromosome)

64
Q

à quoi peut-on comparer la synthèse translésionnelle

A

SOS mécanisme d’urgence

65
Q

Décrire la synthèse translésionnelle chez E coli

A

la synthèse de l’ADN au site de dommage est catalysé par un ADN polymérase particulier : de façon indépendante de la matrice et ne lie pas la matrice ce qui permet de synthétiser de l’ADN par dessus la lésion (beaucoup d’erreur mais mieux que die)

1- ADNsb induit l’activation de RecA
2-Destruction du represseur transcriptionnel (LexA par RecA)
3- expression DinB, UmuC et UmuD
4-activation par Reca de UmuD (UmuD’ = forme active)

en gros, ADN pol 3 rencontre T-T et reste bloqué! Donc se défait grâce aux étapes 1 à 4 et synthèse par UmuD’ (qui synthétise sur la lésion : de manière aléatoire), puis se décroche et relais place à Pol 3

66
Q

vrai ou faux UmuD’ met des nucléotides de manière non spécifique sur la lésion

A

vrai : réplication translésionnelle : SOS

67
Q

vrai ou faux certains polymérase translésionnelles sont spécifiques

A

vrai mais majorité non!
ex: ADN pol n est spécifique et ajoute des A en face des dimères T:T , mais sinon les autres non! comme pol K lui n’est pas spécifique mais mieux que rien

68
Q

Décrire la synthèse translésionnelle chez mammifères

A

2 options:
1- Ubiquitination
(ajout de l’ubiquitine sur l’anneau coulissant PCNA: engendre le recrutement d’une ADN poly translésionnelle : déplacement de ADN pol réplicative le temps de la synthèse du segment d’ADN en face de la lésion)

bref, ADN pol petite bombe lie à l’anneau se décroche à cause de l’ubiquitine sur l’anneaux puis laisse place à l’ADN polymérase translésionnelle avant de reprendre sa place

2- ADN poly replicative saute le site de la lésion, par un événement de réamorce (brin continu) ou par le début d’un nouveau brin (brin discontinue)
il en résulte donc d’une brèche que l’ADN poly translésionnelle rempli après donc + vite car ADN pol petite bombe n’a pas besoin de se décrocher

Biomol intra (4 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions