Réplication ADN Flashcards
Quels sont les 2 substrats principaux nécessaire à la synthèse de l’ADN?
- dATP, DCTP, CGTP, CTTP
- un amorce
À quoi sert la matrice d’ADN?
sert à spécifier quels nucléotides doivent être ajoutés
La synthèse s’effectue par l’extension de l’extrémité ____ d’une amorce. Pourquoi?
3’ , car plus riche en énergie (si complémentarité formation d’une liaison phosphodiester ce qui libère un dimère de phosphate, ce qui n’est pas possible par l’extrémité 5’)
Rôle de l’ADN polymérase?
catalyse la synthèse de l’ADN
vrai ou faux l’ADN polymérase peut seulement ajouter quelques dNTPs
faux, les 4
vrai ou faux la géométrie de A:T et C:G est presque identique
vrai (1,08 nm de distance)
À quoi ressemble l’ADN polymérase
main droite
Comment se fait la vérification de la formation correct des paires de bases par l’ADN polymérase? si bon positionnement?
- positionnement optimum de 3’ OH de l’amorce
- bon positionnement de l’alpha phosphate (1 phosphate) du dNTP
si bon positionnement: liaison covalente alors qu mauvais = éloignement
Qu’est-ce qui va être relâché au cours de l’additionnent de paires de bases?
2 derniers phosphate : beta et gamma si :
- positionnement optimum de 3’ OH de l’amorce
- bon positionnement de l’alpha phosphate (1 phosphate) du dNTP
Lors de la vérification de la formation correct des paires de bases par l’ADN polymérase que se passent-ils s’il y a un mauvais apparemment de bases?
positionnement non favorable donc baisse drastique du taus d’ajout des nucléotides (10 000 plus lent)
vrai ou faux il est impossible d’y avoir liaison covalente entre le OH de l’amorce et le phosphate alpha s’il y a mauvais apparemment de base
faux, possible mais très peu probable
Décrire l’expérience d’incorporation pour mesurer l’activité de l’ADN polymérase
- utilisation de dNTP radioactifs ou fluorescents (environ 1 sur 4 est marqué)
- séparation des brins d’ADN er des dNTP par filtration ou électrophorèse (filtre les nucléotides non-utilisé donc filtre garde les grosse molécules)
- mesure du signal à différents temps (si beaucoup de radioactivité = plus de coups dans le temps = grande action de la polymérase)
Décrire l’expérience d’incorporation pour mesurer l’activité de l’ADN polymérase à quoi se lie le dNTP radioactif vs le dNTP fluorescent ?
dNTP radioactif : alpha phosphate (pas gamma et pas bêta, car alpha est celui qui reste no matter what)
dNTP fluorescent: remplacement d’un groupement méthyle (non impliqué dans le pairage des bases)
Que se passe-t-il lorsque des rNTP se retrouve dans le site de liaison des nucléotides (habituellement la polymérase n’ajoute pas de ribonucléotide mais peut arriver)
encombrement stérique:
-désalignement du phosphate alpha
- pas de positionnement optimale du OH de l’amorce
donc chute drastique de la catalyse (1000 x plus lent)
Comment obtenir des ADN polymérase moins discriminateur?
en remplaçant les a.a discriminateurs par des a.a avec des chaines latérales plus courtes (ex: changer glutamate par alanine)
Quels sont les cofacteurs ioniques présent dans le domaine de la paume de l’ADN polymérase?
typiquement: mg 2+ et zn 2+
ion métallique a : diminue l’affinité de 3’ OH pour son hydrogène (favorise liaison avec phosphate alpha)
ion métallique b: coordination des charges négatives des phosphate beta et gamma
Quel est le rôle du domaine de la paume de l’ADN polymérase
ce domaine vérifie les paires de bases récemment formé par de nombreux pont H avec le sillon mineur de l’ADN nouvellement synthétiser, car un mésappariment résulterais en une baisse drastique de la vitesse de catalyse
- rôle des ions métalliques ai niveau des phosphates
vrai ou faux la liaison des pont H dans le domaine de la paume de l’ADN polymérase est spécifique
faux non-spécifique car avec sillon mineur
Quel est le rôle du domaine de doigt de l’ADN polymérase
lorsqu’un pb est bien formé = stimule la catalyse en rapprochant le nucléotide entrant avec les ions métallique (de la paume) = attachement du bon nucléotide stimule l’ouverture du domaine doigt et le déplacement de la jonction amorce = matrice d’une nouvelle paire de base et un nouveau cycle se met en branle
Où y a-t-il un courbure de l’ADN matriciel? pourquoi?
une courbure d’environ 90 degrés entre la 1ere base et la 2eme base de l’ADN matriciel, pour exposer seulement la première base après l’amorce et éviter la confusion sur quelle base de la matrice doit être associé au nucléotide
vrai ou faux la courbure de 90 degrés entre la paume et le doigt de l’ADN polymérase augmente les chances d’erreurs
faux, diminue
Que permet le domaine du pouce de l’ADN polymérase? (2)
- permet une association forte de l’ADN polymérase à son substrat
- permet de maintenir l’amorce et le site actif dans des positions correcte
vrai ou faux le domaine du pouce de l’ADN polymérase ne sert pas à la catalyse de la réaction
vrai
vrai ou faux les interactions entre le domaine du pouce de l’ADN polymérase et l’ADN sont séquences spécifiques
faux, pas séquence spécifique