Structure de l'ADN Flashcards
De quoi est composé l’ADN?
2 chaines de nucléotides enroulés sur le long d’un axe central de manière anti-parallèle
ADN est placé parallèle ou anti-parallèle
anti-parallèle
vrai ou faux il y a succession de sillon mineur et sillon majeur dans l’ADN
vrai
vrai ou faux ils est possible de dissocié les deux chaines d’ADN en tirant sur celle-ci
faux
de quoi sont composés les armatures de l’ADN
sucres et phosphate
quelle liaison relie les nucléotides
liaisons phosphodiester
À quoi sont attachés les bases azotés, la liaison?
les désoxyribose, liaison glycosidique
quels sont les bases azotés de l’ADN
a,g,c,t
vrai ou faux les chaines nucléotidiques ont des séquences non-complémentaire
faux: complémentaire
nommez les trois forces par lesquels la double hélice est stabilisées
- pont h (entre paires de bases)
- empilement des bases causent des dipoles induits entre les nuages électronique pi-pi (van der waals)
- effet hydrophobe (eau interagit avec eau plus qu’avec les bases azotés ce qui force les bases azotés à interagir ensemble)
Nommez les nucléosides selon les bases: adénine, guanine, cytosine et thymine
déoxyadénosine, guanosine, cytidine, déoxythymidine
Nommez les nucléotides selon les bases: adénine, guanine, cytosine et thymine
déoxyadénosine monophosphate, guanosine monophosphate, cytidine monophosphate, déoxythymidine monophosphate
Nommez les purines
adénine, guanine
Nommez les pyrimidine
cytosine, thymine
Entre les purines et les pyrimidine lequel a 2 cycles
purines
Entre les purines et les pyrimidine lequel a 1 cycle
pyrimidine
vrai ou faux le cycle des pyrimidine est un cycle à 5
faux, cycle à 6
vrai ou faux les deux cycle des pyrimidine sont des cycle à 5
faux, les purines ont deux cycles dont un à 5 et un à 6
Nommez les 2 tautomères sous forme imino et amino
adénine, cytosine
Nommez les 2 tautomères sous forme céto et énol
guanine, thymine
Nommez les 4 formes tautomérique
imino et amino
céto et énol
Sous la forme amino combien de O donneur/receveur et de N donneur/receveur
1 N donneur, 1 O accepteur et 1 N donneur
Sous la forme imino combien de O donneur/receveur et de N donneur/receveur
comme amino mais 1 N change de place
1 N donneur, 1 O accepteur et 1 N donneur
Sous la forme céto combien de O donneur/receveur et de N donneur/receveur
2 N donneur 1 O accepteur
Sous la forme énol combien de O donneur/receveur et de N donneur/receveur
1 O donneur, 1 N accepteur, 1 N donneur
À quoi correspondes les forme tautomériques?
des paires de bases anormales
quel est la phrase permettant de se rappeler combien de pont H font les paires de bases tautomères
céto gagne toujours, mais amino et imino sont toujours deuxième
vrai ou faux un imino peut faire un lien avec un céto (forme tautomères)
faux toujours amino avec imino et céto avec énol
vrai ou faux il est possible qu’une liaison s’établisse entre un imino et une base azoté normale
faux seule façon que ça fonctionne il faut 2 tautomères ensemble : toujours amino avec imino et céto avec énol
Combien de ponts H entre C et G
3 ponts H
Combien de ponts H entre A et T
2 ponts H
Pourquoi il peut y avoir incompatibilité entre 2 paires de bases non Watson-Crick qui ne sont pas des tautomères
car impossibilité de faire un pont H car la différence d’électronégativité n’est pas assez grande
Qu’est-ce que le base flipping (pivotement de base)?
des enzymes retourne des nucléotides pour avoir accès aux bases azotés (pivotement vers l’extérieur du nucléotides pour que la protéine y est accès)
Que permet le base flipping (pivotement de base)?
réparation, modification
vrai ou faux le base flipping (pivotement de base) ce fait spontanément?
faux, besoin d’enzymes
comment déterminé le sens de rotation de l’ADN
main soit droite ou gauche: si gauche hélice gauche si droit hélice droit (enroulement des doigts)
vrai ou faux l’hélice droit est favorisé par rapport à l’hélice gauche?
vrai
de quoi proviennent les sillons mineurs et majeurs?
géométrie des paires de base
Quel est l’angle que forment les liaisons glycosidiques dun sillon mineur?
120 degrés
Quel est l’angle que forment les liaisons glycosidiques dun sillon majeur?
240 degrés
vrai ou faux le sillon majeur est le site de réconaissance majeur des protéines pour distinguer les séquences d’ADN
vrai
quelle est le rôle du sillon majeur?
pour distinguer les séquences d’ADN
Quelle est le sillon majeur A:T?
ADAM
Quelle est le sillon majeur T:A?
MADA
Quelle est le sillon majeur C:G?
HDAA
Quelle est le sillon majeur G:C?
AADH
Quelle est le sillon mineur A:T?
AHA
Quelle est le sillon mineur T:A?
AHA
Quelle est le sillon mineur C:G?
ADA
Quelle est le sillon mineur G:C?
ADA
Pourquoi le sillon mineur est inutile pour la reconnaissance des protéines?
car propriétés très semblable alors info peu utile
Pourquoi le sillon majeur est très utile pour la reconnaissance des protéines?
car permet de distinguer l’identité et l’orientation des paires de bases
Définir: ADAM et H(les lettres)
A: accepteur de liaison H
M:groupement méthyle
D: donneur de liaison H
H: hydrogène non polaire
Quel expérience a permis de distinguer qu’il y a plusieurs conformation d’ADN possible?
diffraction aux rayons X
Décrire la conformation B de l'ADN observé à? rotation? pb/tou? hauteur? sillon? liaison glycosidique?
observer à haute humiditéé,
structure moyenne de l’ADN en condition physiologique, rotation droite,
10 pb/tour,
hauteur: 33,2A,
large sillon majeur et étroit sillon mineur,
conformation des liaison glycosidique anti
Décrire la conformation A de l'ADN observé à? rotation? pb/tou? hauteur? sillon? liaison glycosidique?
condition de basse humidité,
rotation droite
11 pb/tout
hauteur: 24,6A
sillon majeur plus étroit et profond que b et sillon mineur plus large et moins profond que b
conformation des liaison glycosidique anti
vrai ou faux dans la conformation B les paires de bases sont centrés
vrai
comparé la conformation anti et syn en énergie
anti: plus basse énergie (plus stable)
syn: plus d’encombrement stérique = plus haute énergie = moins stable (changement de conformation du sucre: C2’ changement de positionnement par rapport à C3’)
vrai ou faux les purines et le pyrimidine peuvent adopter la conformation anti
vrai
vrai ou faux les purines et le pyrimidine peuvent adopter la conformation syn
faux juste les purines car encombrement stérique des pyrimidine est trop important
Décrire la conformation Z de l'ADN observé à? rotation? apparence? pb/tour? hauteur? sillon? liaison glycosidique? paires de base majoritaire? unité derépétition?
haute concentration de sel (Na+)
rotation gauche
apparence de zig-zag
12 pb/tour
45,6 A
sillon majeur aplati et sillon mineur très étroit et profond
liaison glycosidique anti pour les pyrimidine (cytosine) et syn pour les purines (guanine)
C et G
unité de répétition un dinucléotide purine-pyrimidine
vrai ou faux un hélice d’ADN peut avoir une seule conformation à l’intérieur
faux il peut y avoir des conformations variables
qu’est-ce qui influence les possibilités de conformations A,B,Z différentes au sein d’un hélice d’ADN?
l’identité des pare de base : ce qui influence localement la configuration
vrai ou faux malgré es possibilités de conformations A,B,Z différentes au sein d’un hélice d’ADN la configuration A reste majoritaire?
faux: B
vrai ou faux il y a un retournement généralisé des paires de bases expliquant les conformations multiples?
faux retournement localisé
vrai ou faux les paires de bases doivent être dans le même plan
faux : il peut y avoir torsion dans un sens opposé (alternance)
vrai ou faux d’il y a rotation entre les paires de bases elle est constante entre les paires de bases
faux pas nécessairement constant
Qu’influence les rotations localisé des paires de bases dans l’hélice?
la largeur des sillons mineurs et majeurs localement
vrai ou faux la rotations localisé des paires de bases dans l’hélice influence les paires de bases voisines
vrai
vrai ou faux il est plus commun d’avoir des basez azotés planaire qui tourné
faux plus tourné
vrai ou faux les brins d’ADN peuvent se séparer temporairement?
vrai
Grâce à quoi est possible la séparation temporaire des brins d’ADN?
pont H (liaisons non covalente faible)
Nomme deux manières de dénaturer l’ADN
haute température, pH élevé
vrai ou faux il est possible de renaturer l’ADN en abaissant la température rapidement suite à une dénaturation
faux, en abaissant lentement la température
vrai ou faux il y a des techniques de biologie moléculaire capable d’exploité les propriété de l’ADN pour produire des hybrides d’acides nucléiques
vrai
Est-ce possible pour deux brins d’ADN de se réassocier suite à une mutation dans un brin?
oui mais il va y avoir une partie non associé (petite bulle) ou se site la mutation
est-ce possible de voir les hybridations entre deux brins d’ADN complémentaire
oui petite bulle
quelle est la longueur d’onde maximale qu’absorbe l’ADN? quelle catégorie de rayons?
260 nanomètre (UV)
quelle est la partie de l’ADN principalement responsable de l’absorbance?
bases azotés
vrai ou faux les brins d’ADNsb absorbent plus les U.V
vrai (40% plus car b.a exposé)
Qu’engendre l’augmentation de la température sur l’ADN?
hyperchromicité: simple brin absorbe mieux les UV car moins empilé
Que se passe-t-il a la température de fusion?
dissociation, température à laquelle 50% de l’ADN est simple brin et 50% de l’ADN est double brin
vrai ou faux la température de fusion de l’ADN dépend de sa constitution en bases azotés
vrai
par quel bases azotés est principalement déterminé la température de fusion de l’ADN, pourquoi?
C et G
- 3 ponts H
- stabilisent par des interactions croisé (que A et T ne font pas)
vrai ou faux en augmentant le % de C-G on augmente la température de fusion
vrai
Mis appart le % de C-G quel autre facteur influence la température de fusion, d’où vient se facteur?
-force ionique de la solution (si beaucoup de sel augmente la température de fusion)
masquage des groupement phosphate chargé négativement stabilise l’ADN car moins de répulsions
vrai ou faux la présence de sel abaisse la température de fusion de l’ADN
faux augmente
vrai ou faux il y a toujours possibilité d’interactions croisés entre les bases azotés
faux seulement entre C et G
vrai ou faux l’ADN est flexible
vrai
vrai ou faux l’ADN présente plusieurs conformations
vrai a,b,z
vrai ou faux l’ADN ne peut pas effectuer de rotations pour s’adapter à une torsion
faux
vrai ou faux l’ADN circulaire est contrainte alors le nombre de fois qu’elle peut s’enrouler autour d’elle-même est limité
vrai
vrai ou faux le Lk de l’ADN circulaire peut varier
faux il est constant car l’ADN circulaire est contrainte alors le nombre de fois qu’elle peut s’enrouler autour d’elle-même est limité
Pourquoi l’ADN linéaire des chromosomes des eucaryotes peut être sujet à la contrainte? (3)
- taille importante
- organisation en chromatine
- interaction avec des composantes cellulaires
Pourquoi les deux brins d’ADN circulaire ne peuvent pas être briser de manière spontané?
car lier de manière covalente et fermé
Définir Lk
l’enlacement: le nombre de fois qu’un brin doit passer au travers de l’autre brin afin de les séparer entièrement l’un de l’autre
Définir Lk (comment le calculer)
LK = Tw + Wr (torsion et super tours)
Définir Tw
la torsion: le nombre de tours hélicoïdaux un brin fait autour de l’autre brin (nbr de fois qu’un brin tourne autour de l’autre)
vrai ou faux les croisement hélicoïdaux d’une hélice droitière sont définis comme positifs
vrai
Définir Wr
les supertours/surenroulement: la double hélice se corse ell-même
quand est-ce qu’on observe un super tour?
lorsque l’ADN circulaire subie un stress de torsion
vrai ou faux les bactéries thermales ont souvent un Wr positif dû au haute température
vrai
Nommez les 2 types de supertours
plectonémiques: autour de lui-même
toroïdaux: autour d’un cylindre (nucléosome)
vrai ou faux le nombre de super tout addition les plectonémique et toroïdaux
vrai
vrai ou faux la torsion et les supertours ne sont pas interconvertibles
faux
Quelle est la constante permis : lk, wr et tw
lk
Est-ce qu’on est négativement ou positivement surrenroulé lors de supertours toroïdaux gauche?
négativement surenroulé
Est-ce qu’on est négativement ou positivement surrenroulé lors de supertours toroïdaux droit?
positivement surenroulé
Est-ce qu’on est négativement ou positivement surrenroulé lors de supertours plectonémique droit?
négativement surenroulé
Est-ce qu’on est négativement ou positivement surrenroulé lors de supertours plectonémique gauches?
positivement surenroulé
Que signifie un ADN relâché
sans supertour
en condition physiologique quelle est le nombre de torsions?
correspond a celui de B: 10,5 pb/tour
qu’est-ce que Lk0, donc un ADN de 10 500 pb, lk0?
le nombre d’enlacement en condition physiologique donc correspond à la conformation B , LK0= +1000
Qu’est-ce que le degré de surenroulement?
la différence d’enlacement (aussi super tour)
deltaLk= Lk -Lk0
à quoi correspond un degré de surenroulement positif?
surrenroulement positif
à quoi correspond un degré de surenroulement négatif?
surrenroulement négatif
vrai ou faux deltaLk = Wr
vrai
comment se calcule la densité de surenroulement?
sigma = deltaLk/Lk0
pourquoi on calcule la densité de surenroulement?
pour normaliser les mesures de différence d’enlacement qui dépendent de la longueur de la molécule d’ADN
vrai ou faux l’ADN est surrenroulé négativement dans la cellule
vrai
quelle est le sigma habtiuelle de l’ADN circulaire bactérien et eucaryote
sigma = -0,06
à quoi correspond un surrenroulement négatif
une réserve d’énergie libre pour faciliter la séparation des brins d’ADN dans certains processus comme la réplication et la transcription
en quoi peut être converti un surrenroulement négatif?
en une diminution de la torsion
quel espèce a un surrenroulement positif?
microorganismes thermophiles vivant dans des conditions de chaleur extrême (comme ça la séparation des brins requiert plus d’énergie, donc plus stable à haute T)
vrai ou faux il est possible, de manière spontané, de passé d’un ADN surrenroulé négativement à un Adn circulaire avec une plus petite torsion
vrai
autour de quoi est enroulé l’ADN
autour de petite structures protéiques nommées nucléosomes
vrai ou faux des supertours toroïdaux droit favorise ls densité de la superhélice négative
faux supertours toroïdaux gauches
quel est le rôle de la topoisomérase
relache l’ADN surrenroulé
que coupe la topoisomérase?
la liaison phophoester entre le sucre et le phosphate (armature)
vrai ou faux la tpoisomérase vient jouer sur les bases azotés?
faux seulement sur les liaison phophoester entre le sucre et le phosphate (armature)
vrai ou faux il y a une manière de modifier le Lk qui est habituellement constant
vrai: topoisomérase
vrai ou faux la topoisomérase coupe et ressoude les brins d’ADN
vrai
vrai ou faux la topisomérase 2 change le lk de 2 à la fois en coupant 2 brins d’ADN
vrai
vrai ou faux la topoisomérase requiert de l’ATP pour agir
faux : la topoisomérase 1 non mais la topoisomérase 2 oui
Décrire la topoisomérase 2 (en général)
- besoin ATP
- coupe 2 brins
- lk change de 2
- passe par le surrenroulement
Décrire la topoisomérase 1 (en général)
- pas besoin d’ATP
- coupe 1 brin
- lk change de 1
- passe par la torsion
vrai ou faux le brin non coupé passe au travers du brin coupé avant de recollé pour la topoisomérase 2
faux pour la topoisomérase 1
vrai ou faux la topoisomérase 1 et 2 agis autant chez les eucaryote que les procaryote
vrai
vrai ou faux a topoisomérase 1 et 2 agis en enlevant du surrenroulement négatif chez les eucaryote et les procaryote
vrai
Quel différente topoisomérase y a-t-il chez les procaryote? Rôle?
ADN gyrase ajoute des surrenroulement négatif
-aide a la réaparation, initiation de la transcription et à la réplication de l’ADN
Nommez 3 autres rôles de la topoisomérase (dire si 1 ou 2)
-décaténation(défaire de pris ensemble)/caténation
topo 1 et 2 (dépend si section avec 1 brin deja défait)
-démêler
topo 2
-délier les noeuds
topo 2
Quand est-ce que c’est nécessaire pour la topoisomerase de faire de la décaténation/caténation?
une fois la réplication de l’ADN terminé (topo 1 et 2 )
Quand est-ce que c’est nécessaire pour la topoisomerase de faire le démélage de l’ADN?
lorsque les ADN filles lors de la réplication de l’ADN ou lorsque ADN linéaire long (topo 2)
Quand est-ce que c’est nécessaire pour la topoisomerase de délier les noeuds de l’ADN?
lors de réactions de recombinaisons de site-spécifique (topo 2)
Qu’est-ce qui est présent sur la topoisomérase au site actif afin d”attaquer une liaison phosphodiester?
tyrosine
vrai ou faux la réaction inverse menant à la ligation des 2 extrémités requiert de l’énergie et permet le relâchement de la topoisomérase
faux, ne nécessite pas d’énergie
vrai ou faux: la topoisomérase est lié de manière covalente a un coté du brin clivé et tient fermement l’autre extrémité terminant par P
faux tient fermement l’extrémité terminant par OH
vrai ou faux l’hydrolyse de l’ATP par la topoisomérase sert au clivage des brins d’ADN
faux, sert plutôt à générer un changement de conformation du complex toiposomérase-ADN
vrai ou faux l’enzyme (topoisomérase) favorise le passage d’un second segment d’ADN au travers de la coupure avant dire-sceller celle-ci
vrai
Expliquer le fonctionnement de la topoisomérase 1
la topoisomérase 1 lié à la tyrosine sur son site actif attaque la liaison phosphodiester par le OH de la tyrosine. L’un des brins d’ADN s’insère dans le site actif de la topoisomérase où il se lie de manière covalente au résidu tyrosine générant une coupure dans l’ADN, alors que l’autre extrémité du brin d’ADN coupé est associé fermement avec l’enzyme (mais pas de façon covalente). l’enzyme subit un changement de conformation ce qui éloigne les extrémités de la coupure afin de faire passer un autre brin d’ADN (non clivé) par l’ouverture. Ce brin d’ADN se lie à un site de liaison à l’ADN. Nouveau changement de conformation de l’enzyme qui permet de joindre ensemble les deux extrémités du brin clivé. Puis un autre changement de conformation permettant de relâcher l’ADN.
vrai ou faux, 2 changements de conformations sont effectué par la topoisomérase 1. les dires
faux, 3 (éloigner les brins, coller les brins, relâcher l’ADN)
Expliquer le fonctionnement de la topoisomérase 2
La topoisomérase 1 lié à la tyrosine sur son site actif attaque la liaison phosphodiester par le OH de la tyrosine. L’un des brins d’ADN s’insère dans le site actif de la topoisomérase, où il se lie de manière covalente au résidu tyrosine générant une coupure dans l’ADN, alors que l’autre extrémité du brin d’ADN coupé est associé fermement avec l’enzyme (mais pas de façon covalente). L’association du segment d’ADN clivé à l’enzyme cause un changement de conformation de l’enzyme. L’ATP vient s’associé à l’enzyme causant une série de changement de conformation = clivage du segment d’ADN à cliver et éloignement des extrémités. Ensuite, le segment d’ADN passe au travers la cassure de l’autre segment d’ADN. Les extrémités du segment d’ADN clivés sont scellés et le segment d’ADN transporter est relâché par l’enzyme. Enfin, l’ATP est hydrolysé et l’ADP+P sont relâchés, permettant à l’enzyme de reprendre son état initial.
L’ADNase 1 est utilisé pour quelle raison? comment?
pour relâcher l’ADN surenroulé (en engendrant un pivotement de l’ADN)
l’ADNase 1 agit davantage comme la topoisomérase 1 ou 2?
topoisomérase 1 car elle coupe seulement un lienphophodiester
l’ADNase1 joue sur la torsion ou le surrenroulement pour affecter l’enlacement?
torsion
les coupures engendrer par L’ADNase 1 peuvent être réparés par _____?
ADN ligase
que permet les fluctuations rotationnels de L’ADNase 1 avant la réparation?
le pivotement permet d’engendré une gamme d’ADN ayant un Lk plus haut que Lk0 ou plus haut
qu’est-ce qu’un topoisomère
des molécules d’ADN de la même longueur mais avec des Lk différents (même torsion mais surrenroulement différent à cause des supertours)
comment peut-on séparer les topoisomères afin de les comparer?
par électrophorèse sur gel d’agarose (plus elle fait de super tout et compact plus il passera facilement au travers du gel)
vrai ou faux deux topoisomère ont le même Tw
vrai
des molécules d’ADN de la même longueur mais avec des Lk différents (même torsion mais surrenroulement différent à cause des supertours)
vrai ou faux un topoisomère sans surrenroulement est plus lent sur électrophorèse qu’un avec beaucoup de surrenroulement
vrai
Nommez un agent intercalant fluorescent
bromure d’éthidium
Nommez ce que fait le bromure d’éthidium
molécule fluorescent qui est utilisé comme colorant de l’ADN et qui s’intercale entre les paires de base et cause une reduction de la torsion de l’ADN. La rotation par paire de base est réduite de 36 à 10 degrés
le bromure d’éthidium réduit de combien de degrés la rotation par paire de base
La rotation par paire de base est réduite de 36 à 10 degrés
vrai ou faux le bromure d’éthidium cause une relaxation de la molécule d’ADN
vrai (au niveau de la TORSION), car augmente le surrenroulement
vrai ou faux avec suffisamment de bromure d’éthidium une molécule d’ADN négativement surrenroulé pourrait devenir positivement surenroulé
vrai (attention on penserait le contraire: mais comme le Lk ne peut changer, il y a baisse de Tw causé par l’intercalation de bromure d’éthidium, résultant en une augmentation du Wr)
que se passe-il lors d’ajout de bromure d’éthidium dans l’ADN linéaire?
la pas par tour augmente
que se passe-il lors d’ajout de bromure d’éthidium dans l’ADN circulaire?
comme le Lk ne peut changer, il y a baisse de Tw causé par l’intercalation de bromure d’éthidium, résultant en une augmentation du Wr
VRAI OU FAUX LORSQU’ON DIT QUE LE LK NE VARIE PAS (EST CONSTANT) C’EST DANS L’ADN LINÉRAIRE
FAUXXXX! DANS L’ADN CIRCULAIRE
quel sont les deux particularité différente des nucléotides de l’ARN?
- sucre est le ribose plutôt que le 2’déoxyribose
- remplacement de thymine par uracile
à quoi est complémentaire l’uracile? pont h?
adénine. 2 ponts h
Nommez les rôles de l’ARN (4)
- intermédiaire entre le gène et la machinerie de la synthèse des protéines (ARNm)
- adaptateur entre les codons de l’ARNm et les acides aminés (ARNt)
- rôle structural (ARNr)
- molécule de régulation (ARNi)
- enzyme (ribozyme du ribosome)
vrai ou faux l’ARN est souvent monocaténaire (simple chaine de polynucléotides)
vrai
vrai ou faux l’ARN est souvent monocaténaire alors elle a plus de liberté de conformation
vrai
Nommez un exemple de virus où l’ARN est double brin
SIDA
vrai ou faux la configuration principale de l’ARN est la configuration B
faux, A
Pourquoi il est presque impossible pour l’ARN d’avoir une conformation B principale comme l’ADN
car le -OH 2’ empêche l’adoption de la conformation B
Nommez les 4 structures pouvant être retrouvés dans l’ARN autre que la conformation A?
- épingle à cheveux (boucle à la fin d’une double hélice)
- jonctions (point de rencontre des ramifications)
- renflement (un nucléotide non pairé sur un côté de la tige)
- boucle interne (nucléotide non pairé à l’intérieur de la tige)
vrai ou faux la tétraboucle est une structure retrouvé chez l’ADN
faux l’ARN
qu’est-ce qu’une tétraboucle
structure de grande stabilité retrouvé dans l’ARN qui terminant souvent les régions en hélices pour les stabiliser
où se trouve principalement les tétraboucle dans l’ARN
les régions en hélices pour les stabiliser
Nommez les 3 principales tétraboucles
UNCG CUUG GNRA N : tous R: A ou G
combien de lien phosphodiester dans tétraboucle?
4 liens phosphodiester
nommez le chemin de la tétraboucle
2 ieme a partir du bas à gauche , celui en haut, 2ieme à partir du haut, 2 ieme a partir du bas à droite
Quels sont les liens que font les bases azotés dans une tétraboucle?
- pont H avec P
- lien avec sucre ou autre base azoté
où se trouve les tétraboucles dans E coli?
à l’extrémité des structures en épingle à cheveux (boucle à la fin d’une double hélice)
Qu’est-ce permet un pseudonoeuds?
permet l’association de séquence éloigné sur une longue distance = stabilise la structure tridimensionnelle de l’ARN
vrai ou faux un pseudonoeud se retrouve dans l’ARN
vrai pas l’ADN
Dans quelle ARN se retrouve majoritairement les pseudonoeuds? pourquoi?
ARNm, pour le décalage programmé du ribosome (-1 ou +1) : si ribosome bute (difficulté à passer) alors en forçant il va glisser créant un décalage dans la traduction
vrai ou faux dans un pseudo-noeud il y a pivotement des bases vers l’extérieur afin de faire le noeud
vraii
vrai ou faux l’ARN présente des paires de base watson crick seulement
faux aussi des non watson crick : G:U G:A (plus commun) et c:u c:a (moins commun)
que permet les paires de bases non Watson crick chez l’ARN et nommez les
G:U G:A (plus commun) et c:u c:a (moins commun)
capacité d’auto-complémentarité (bcp de possibilités)
vrai ou faux l’ARN fonctionne aussi beaucoup par spécificité avec des protéines
faux: sillon majeur très étroit donc inaccessible par les chaines latérales des protéines
Décrire la conformation A de l’ARN
- sillon
- interaction séquence spécifique avec qui et pas avec qui
- sillon mineur large et profond alors que majeur très étroit (peu accessible aux protéines)
- peu d’interaction ARN-protéines séquence spécifiques
- interactions séquence spécifiques par rapport à la reconnaissance de structures d’ARN comme les épingles à cheveux, les renflements, les jonctions, les boucles internes et les paires de base non Watson-crick
vrai ou faux l’intervention des protéines n’est pas toujours nécessaire pour les fonctions de l’ARN
vrai
vrai ou faux dans l’ARN il y a des structures secondaires avec fonction biologique
vrai
vrai ou faux pour l’ARN les gènes de virulence peuvent être exprimé à l’extérieur ou à l’intérieur d’un hôte
faux, seulement à l’intérieur
Expliquer l’exemple du prfA dans l’ARN
prfA : le contrôle de la traduction du gène prfA (étant un facteur de transcription responsable de l’expression des gènes de la virulence)
-ARNm codant prfA contient une structure secondaire thermo-sensible dans laquelle se trouve un site de liaison pour les ribosomes, lorsque cette structure secondaire atteint le point de fusion (lorsque la bactérie est dans son hôte, ce qui augmente la température), cela rend disponible le site de liaison des ribosomes permettant la synthèse du prfA
vrai ou faux pour que la bactérie entre dans l’hôte (on parle du prfA) elle se place dans un site où il y a plus de A-U que de c-G
vrai car on veut que se soit plus facile pour elle de s’intégrer
vrai ou faux l’armature de l’ARN a une grande liberté rotationnelle lui permettant de faire des structures tertiaires complexes
vrai
Nommez les structures tertiaires complexes que l’ARN peut faire vu sa grande liberté rotationnelle (3)
- paires de bases non conventionnelle
- triplet de base (uau)
- interactions des base avec l’armature
Des protéines peuvent être nécessaire à la stabilisation et formation des structures tertiaires de l’ARN, exemple pour faire quoi?
masquage des charges négatives des groupement P de l’armature de l’ARN pour prévenir la répulsion (sel)
définir un riboswitch
la structure tertiaire de l’ARN peut transiter entre différentes conformations alternatives
Décrire un exempla appliqué à une riboswitch. Permet quoi?
-stratégie mutate and map (approche combiné de mutations et de modifications chimiques)
chaque nucléotides est remplacé par son complément
chaque mutant est modifié par SHAPE , puis les nucléotide non paires sont acétylé en 2’ OH et la position de ces nucléotides non paires est déterminé par une transcriptase inverse qui cesse l’élongation lorsqu’elle rencontre un nucléotide modifié chimiquement
-analyse des résultats par un algorithme
permet: cartographier et repéré si bases sont associé ou non pour repérer mutations, triplets, complexe
Qu’est-ce qu’un aptamère?
des nouvelles molécules d’ARN présentant des propriétés enviables
Expliquer la sélection d’ARN a évolution dirigée liant des petites molécules et son vrai nom
SELEX :
générer grand inventaire de séquence d’ARN (constitution d’un mélange diversifié d’oligonucléotides par synthèse aléatoire) et faire une sélection selon un critère (chromatographie d’affinité), Faire PCR pour amplifié les molécules sélectionnés mais génèrer une mutation par une polymérase mutagène et réessayer le test pour voir l’effet de la mutation, puis recommencer pour éventuellement isoler une ARN que l’on recherche
pourquoi la sélection d’ARN a évolution dirigée liant des petites molécules est possible?
car complexité structurelle de l’ARN
qu’est-ce que la GFP?
(protéine fluorescente isolée de la méduse Aequora victoria)
Comment observé nos différents aptamères d’ARN créer par SELEX?
gamme fluorescente d’ARN fluorophores donna une palette de couler (ex aptamère nommé spinach fluoresce)
lorsqu’on observe nos différents aptamères d’ARN créer par SELEX pourquoi la molécule fluorescente de GFP se lie seulement à certaines molécules ? avec exemple
car spécificité dans la marquage (changement de conformation permettant la liaison de la molécule fluorescente). Ex: Seulement si le métabolite est lié à la molécule elle peut être fluorescente (molécule fluorescente se lie aussi). Permet de mettre en évidence les capteurs métabolites cellulaires.
vrai ou faux certains ARNs sont des enzymes
vrai
qu’est-ce qu’un ribozyme?
ARNs capable d’agir de catalyseur
Qu’est-ce que l’ARNase P? role?
un ribozymes (composé d'ARN et de protéines) : -une endoribonucléase impliqué dans la maturation des ARNt en clivant l'extrémité 5' du pré-ARNt à l'aide de la portion ribonucléique de l'enzyme
Qu’est-ce qu’un ribosome? role?
un ribozymes (composé d'ARN et de protéines) : -des composantes d'ARNr jouant un rôle de peptidyl-transférase responsable de la formation des liaison peptidiques lors de la synthèse des protéines
