structure de l'ADN et topologie Flashcards
Décrivez les raisons pour lesquelles les protéines qui lient l’ADN à des séquences spécifiques utilisent le plus souvent le sillon majeur. Considérant la séquence AATCGG; quelles informations, en regard des donneurs de liens hydrogène, accepteurs de liens hydrogène, et groupements méthyl, sont exposées dans les sillons majeur et mineur, dans chaque direction.
Accessibilité des bases pour les protéines (c. à d.. sillon plus large)
Possibilités de liaisons faibles exposées dans le grand sillon sont spécifiques aux séquences des paires de bases
Pour la séquence 5’-AATCGG-3’, voici l’information que l’on retrouve pour les accepteurs (A) et donneurs (D) de liens hydrogène de même que les interactions de van der Wall avec un hydrogène (H) ou un groupement méthyl (M) dans les grand et petit sillons.
Décrivez comment la structure idéale de l’ADN-B peut être modifiée et discutez des différences entre l’ADN-B, l’ADN-A et l’ADN-Z. Quels facteurs ou conditions favorisent ces déviations de la forme B et du choix entre ces différentes formes?
Dans le modèle de Watson-Crick, l’ADN-B (structure idéale) a 10 paires de base par tour. En solution, l’ADN-B a plutôt en moyenne 10,5 paires de base par tour. Les séquences locales affectent la structure de l’ADN-B tant au niveau du diamètre de l’hélice, de sa hauteur, de l’orientation relative des paires de base par rapport à l’axe de l’hélice (c. à d. plus ou moins perpendiculaire).
ADN-B : Forme la plus commune (conditions physiologiques), 10,5 pb/tour ADN-A : Forme favorisée in vitro par faible humidité (forme majeure pour ARN), 11 pb/tour
ADN-Z : Forme favorisée par alternance purine/pyrimidine à forte concentration saline, 12 pb/tour (6 dimères).
Dessinez une paire G :C.(a) Indiquez comment chaque base est liée au (b) Indiquez quels côtés de la paire de base font faces aux sillons majeur et mineur, respectivement.
(c) Identifiez les donneurs et accepteurs de liens hydrogène.
sillons majeur et mineur, respectivement. (c) Identifiez les donneurs et accepteurs de liens hydrogène.
Dessinez un graphique montrant l’absorbance à 260 nm en
fonction de la température pour de l’ADN extrait d’espèces
bactériennes ayant un contenu en GC élevé et un contenu en GC faible.
Dessinez une paire A :T.(a) Indiquez comment chaque base est liée au désoxyribose. (b) Indiquez quels côtés de la paire de base font faces aux sillons majeur et mineur, respectivement. (c) Identifiez les donneurs et accepteurs de liens hydrogène.
En plus des liens hydrogène, quoi d’autre contribue à la stabilité de la double hélice ?
- Tassement des bases (liens hydrophobes)
Concentration saline (Na+ stabilise les groupements phosphate)
Décrivez trois différences entre les topoisomérases de type I et de type II. Vous pensez à une expérience qui requiert une topoisomérase de type II, mais non de type I, et voudriez purifier cette enzyme des bactéries. Décrivez une stratégie de purification qui vous permettrait d’isoler spécifiquement une topoisomérase de type II, en vous basant sur les propriétés uniques de chacune des topoisomérases.
Vous incubez les molécules d’ADN suivantes avec les enzymes indiquées. Pour chaque réaction, quels sont les produits possibles? (a) ADN simples brins complémentaires + topoisomérase de type I
Assumant que les 2 ADN simples brins sont circulaires, l’action de la topo I favoriserait la formation d’un ADN double brin circulaire fermé d’un ADN double brin circulaire fermé
ADN superenroulé négativement + topoisomérase de type II eucaryote
Si en présence d’ATP = relâchement des superenroulements
ADN superenroulé négativement + topoisomérase de type I
Relâchement des superenroulements
Parmi les structures suivantes, lesquelles ont des torsions, lesquelles ont des superenroulements, et lesquelles ont les deux?
(a) une molécule d’ADN circulaire fermée qui est contenue sur un seul plan (b) une molécule d’ADN double brin enroulée autour d’un nucléosome
(c) un oligonucléotide simple brin circulaire
(d) un cordon de téléphone hyper torsadé
(e) un chromosome humain
(a) une molécule d’ADN circulaire fermée qui est contenue sur un seul plan
Torsions
(b) une molécule d’ADN double brin enroulée autour d’un nucléosome
Torsions et superenroulements négatifs
(c) un oligonucléotide simple brin circulaire
Aucun des deux
(d) un cordon de téléphone hyper torsadé
Torsions et superenroulements
(e) un chromosome humain
Torsions et superenroulements
Quelle est la fonction principale de la topoisomérase I chez les procaryotes, dans quel sens et de combien de tours à la fois et le nombre Lk est-il modifié ? A) Catalyse le superenroulement négatif en augmentant le nombre Lk d’un tour à la fois
B) Catalyse le superenroulement négatif en diminuant le nombre Lk de deux tours à la fois
C) Catalyse le relâchement des supertours négatifs en augmentant le nombre Lk d’un tour à la
fois
D) Catalyse le superenroulement négatif en augmentant le nombre Lk de deux tours à la fois
E) Catalyse le relâchement des supertours négatifs en diminuant le nombre Lk d’un tour à la fois
C
Une molécule d’ADN duplex circulaire possède un segment de 60 pb que l’on retrouve sous forme d’ADN-Z. En modifiant les conditions du milieu, ce segment passe de la conformation Z à la conformation B. Quels changements dans le nombre d’enlacements, le nombre de torsions et le nombre de supertorsions accompagnent ce passage de la forme Z à la forme B ?
(N.B. Considérez 10 pb/tour pour la double hélice d’ADN-B)
