sRNA Flashcards
Vad är sRNA?
Små icke-kodande regulatoriska RNA i bakterier.
Fungerar oftast som antisense RNA.
Vad är skillnaden mellan cis-kodade och trans-kodade antisense sRNA?
Cis betyder att sRNA skapats från RNA på motsatt sträng inom genen och är således komplementär till den andra strängens RNA.
Trans är motsatt, att sRNA skapas utanför genen, är nog komplementär och behöver ofta Hfq för att utföra sin funktion (hitta rätt)
Vad är skillnaden mellan kromosomala och plasmid sRNA?
Kromosomala är ofta trans och kan både inaktivera och aktivera.
Plasmid sRNA är ofta cis och kan endast inhibera.
Var kommer sRNA från (5 olika sätt)?
Oberoende, ensam gen. Antisense. 5’ UTR inom gen (samma promotor). Inom gen (samma terminator). Processat från längre transkript.
Hur går reglering via sRNA till?
Transkriptionsterminering: Om RBS blockas –> ribosomer skyddar ej mRNA –> Rho kan binda in för tidigt –> pre-terminering. sRNA kan också blocka Rho-siter för att förhindra detta.
Translation: Inhibering genom att blocka där ribosom kan binda. Aktivering genom att binda upp anti-RBS område så att RBS blir fritt.
mRNA stabilitet: Degradering kan triggas av blockad translation eller Hfq:RNA:RNaseE komplex som binder och klipper nära/långt bort
Reglering av andra sRNA: Låta sRNA bindas upp av decoy RNA.
sRNa kan verka i olika nätverksmotiv. Vilka är dessa typer och vad för effekt får det?
Single input module: En till flera –> co-reglering.
Dense overlapping regulation: Regleras av flera komponenter och verkar på en eller flera mål.
Feedforward: Kombinera transkriptionell och post-transkriptionell ~dubbelkoll~
Feedback loop: RNA och faktor reglerar varandra –> ställ in på viss nivå (mer under nätverk)
Dubbelnegativ feedbackloop: Bara en ska finnas i taget, stokastiskt vilken som får övertaget.
Vad baseras multi-targeting sRNA på? Vad är ett exempel på det?
Att det inte behöver vara perfekt komplementäritet för att sRNA ska ha effekt - kan då binda till flera liknande områden.
Ett exempel är med syntesen av yttermembran proteiner där stress leder till Sigma E so aktiverar MicA och RybB som inhiberar syntes av ett uppsjö yttremembran proteiner.
Vad är Hfq, hur är det uppbyggt och vad är dess funktion?
Host factor for Q-beta, medierar sRNA kontroll. Har en distal och proximal region som binder A-rika resp. U-rika regioner –> binda till mRNA i ena (distal) och sRNA i andra.
Hfq har tre funktioner; sRNA stabilitet (skydda mot nukleaser), ökad målbindning till mRNA (interaktion) och RNA chaperon (stabilisera viss struktur)
Hur sker inbidning av sRNA till Hfq?
sRNA konkurrerar om inbindningen, det sker en aktiv tävlan. Bygger på att Hfq är i lägre koncentrationer är sRNAn. Det krävs inte heller någon ATP.
I övrigt binder Hfq, utan konkurrens, mycket starkt till sina sRNA.
