Implementering och seminarie

Question 1

[Antibiotikaresistens] Vad måste man tänka på när man väljer antibiotika?

Answer 1

Spektrum, toxicitet, resistens, administrering och kostnader

Question 2

[Antibiotikaresistens] Vad ger sig följande antibiotika på?

Beta-lactamaser, polymyxiner/colisitin, daptomycin, Trimethoprim/sulphonamider, flouroquioloner, rifampicin, aminoglykosider/tetracyklin/kloroamfenikol/mm., makrolider

Answer 2

Beta-lactamaser: Peptidoglykan och dess kroddlänkning.

Polymyxiner/colisitin: Cellmembran hos gramnegativa

Daptomycin: Cellmembran hos grampositiva

Trimethoprim/sulphonamider: Nukleinsyrasyntes

Flouroquioloner: DNA arkitektur

Rifampicin: Initiering av transkription.

Aminoglykosider/tetracyklin/kloroamfenikol/mm.: Ribosomer och translation.

Makrolider: Translation via Nascent Peptides Exit Tunnel

Question 3

[Antibiotikaresistens] Vad är skillnad mellan grampositiva och gramnegativa ur ett antibiotika perspektiv?

Answer 3

Det är svårare för ett läkemedel att ta sig igenom gramnegativa bakteriers två membran, där ena är hydrofilt och andra hydrofobt.

Question 4

[Antibiotikaresistens] SIR systemet används för att klassificera resistens - vad går det ut på?

Answer 4

S = Susceptible, I = Intermediate, R = Resistent. Motsvarar värden för MIC, E-test och diskdiffusion

Question 5

[Antibiotikaresistens] Vad är “epidemiological breakpoint”?

Answer 5

Förekommer inom övervakning av resistens - den brytpunkt där stammen har muterats och viss resistens förekommer, men fortfarande kan behandlas kliniskt.

Question 6

[Antibiotikaresistens] Vad är problemen med att hitta nya antibiotika?

Answer 6

Ekonomiskt - det är inte lönsamt att hitta något som löser saker och ting, är du botad är du klar. Dessutom svårt att bibehålla med resistensutveckling.

Vetenskapligt - toxicitet (oönskad) och efficacy, hur bra det kan ta sig in till sitt mål.

Question 7

[Antigenisk variation] Ytvariation är den process där en infektiös organism förändrar sin ytstruktur för att undvika immunförsvarets svar. På vilka sätt kan ytvariation uppnås?

Answer 7

Genetiskt drift (slumpmässiga mutationer), fasvariation (reversibel av/på av uttryck av viss antigen) och antigenisk variation (uttrycka alternativa former av en viss antigen i en genfamilj)

Question 8

[Antigenisk variation] Vilka tre mekanismer finns det för antigenisk variation?

Answer 8

Geneteisk - mutation som ger ändrad DNA sekvens.

Epigenetisk - föränding utan ändrad DNA sekvens.

Ömsesidigt uteslutande uttryck - bara en i familjen kan uttryckas vid ett givet tillfälle.

Question 9

[Antigenisk variation] Vilka mekanismer för ytvariation är vanligast hos virus, prokaryoter och eukaryoter?

Answer 9

Virus: Punktmutationer (har inte egna mekanismer som proteinsyntes)

Prokaryoter: Multipla kopior i genomet
Omstrukturering av DNA
Transkriptionell reglering

Eukaryoter: Som prokaryoter + kärna –>
(Multipla kopior i genomet)
(Omstrukturering av DNA)
(Transkriptionell reglering)
RNA interferens
Kromatinstruktur
Nukleär lokalisering

Question 10

[Antigenisk variation] Influensavirus har två centrala mekaniser för ytvariation - vilka är det?

Answer 10

Antigenisk drift (slumpmutationer) och antigeniskt skift (omorganisering av segmenterat DNA, från andra virus)

Question 11

[Antigenisk variation] Vad är den vanligaste mekanismen för ytvariation hos bakterier?

Answer 11

Fasvariation - på/av knapp för viss gen ex. via repeats.

Repeats –> strand slippage –> klipps bort med excision repair –> påverka promotor eller ORF.

Annat alternativ är via invertering av DNA segment –> promotor ok eller inte.

Antigenisk variation används också, vilket sker via DNA rekombinaiton –> “flytta saker dit de uttrycks”

Question 12

[Antigenisk variation] Trypanosoma brucei använder sig av variant surface glycoprotein (VSG) - hur ger detta ett skydd?

Answer 12

Byter ut VSG som presenteras på ytan i snabb takt –> svårt att känna igen, snabb respons och kan få in små mängder antikroppar och bryta ner dem.

Question 13

[CRIPSR] Vad är CRIPSR?

Answer 13

En del av bakteriers adaptiva immunförsvar - kommer ihåg tidigare infektioner.

Question 14

[CRIPSR] Hur är CRIPSR uppbyggt?

Answer 14

Som namnet säger:
Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats

Spacers med sekvenser från tidigare infektioner sitter mellan repeats och cas gener (CRISPR associated) sitter uppströms.

Question 15

[CRISPR] Hur fungerar CRISPR?

Answer 15

Adaption: Cas1 och Cas2 klipper ut och inkorporerar fag-DNA i CRIPSR.

Uttryck: CRIPSR segmentet transkriberas och ger ett prekursor CRIPSR RNA (crRNA) –> tracR och Cas9 bildar ett komplex som känner igen flanken av spacer sekvens via tracr –> RNase III klipper ut denna spacer –> crRNA-loaded Cas9

Interferens: Cas9-crRNA komplexet känner igen sekvensen av spacern i DNA –> gör ett rakt klipp i DNA:t

Question 16

[CRIPSR] Hur CRISPR användas i bioteknik (3 sätt)?

Answer 16

1) Utnyttja den naturliga funktionen och överföra resistens (bra för industriell odling)

2) Leveranssystem – hitta specifika sekvenser genom att inaktivera klyvningsegenskapen hos Cas9 + korslänka med ex. GFP –> Cas9 binder och GFP kan hittas

3) DNA/RNA sax – göra ss eller ds klyvningar i DNA/RNA vid specifika sekvenser. Koppla ihop med rekombination (NHEJ, HDR) –> precisions geneditering

Question 17

[PNA] Vad är PNA?

Answer 17

Peptide nucleic acids. Antisense oligomerer som har en pseudo-peptid ryggrad, där den vanliga ryggraden istället är en kedja av aminosyror.

Alternativa ryggrad ger
- resistens mot nukleaser (känner annars igen backbone) och proteaser
- minskad laddningsrepukation vid bindning till mål-RNA
- kommer igenom membran lättare (oladdat)

Question 18

[Antibiotikaresistens] Vad är clinical breakpoint?

Answer 18

Det MIC som gäller för en bakteriestam när det kommer till en antibiotika som den kan överleva vid, dvs. inte längre vara suseptible.