Semaine 5-Technique d'étude de la communauté microbienne du sol

Question 1

Biomasse microbienne du sol

Answer 1

• Correspond aussi au pool de nutriments disponibles à court terme pour les plantes
• Informe sur la qualité chimique de la matière organique du sol
• Permet de trouver dans quel état physiologique se trouvent les organismes

Question 2

Technique de fumigation-incubation

Answer 2

Étapes:

• Placer la même quantité de sol dans 2 pots
• Exposer un des deux pots à des vapeurs de chloroformee CHCl3 pendant 48h pour solubiliser les membranes cellulaires
• Retirer le CHCl3 et ré-inoculer le sol fumigué avec le sol du premier pot
• Incuber de 7 à 10 jours avec un couvercle herméthique
• Mesurer la quantité de CO2 produite dans les 2 pots après incubation

Justification:
La nécromasse microbienne est trè labile. La variation de CO2 entre le sol fumigué et le sol témoin est donc proportionnelle à la quantité de carbone microbien inital dans le sol fumigué.
Biomasse=Variation CO2/kc où kc est un facteur de conversion de 0,45.

Suppositions:

• il y a 100% de mortalité dans le sol fumigué
• la mortalité dans le sol témoin est négligeable
• le kc est constant entre les sols, pour mettre une comparaison des sols

Question 3

Technique de fumigation-extraction

Answer 3

Étapes:

• Placer la même quantité de sols dans 2 pots
• Exposer un des 2 pots à des valeurs de CHCl3 pour 48h
• Extraire le sol fumigué et le sol témoin dans une solution de 0,5M K2SO4.
• Analyser la composition chimique des deux solutions

Analyse:

• On considère que les variations de C, N, P correspondent au pool de ces éléments dans la biomasse du sol avant fumigation.
• Comme pour la technique fumigation-incubation, la variation de CO2 entre les deux sols est proportionnelle à la biomasse bactérienne

Question 4

Respiration du sol induite par un substrat (SIR)

Answer 4

• Relation entre le taux de respiration du sol et le temps
• SIR = quantité de CO2 émise au taux de respiration maximale (plateau sur courbe), lorsque le sol est saturé en carbone
• SIR est proportionnel à la biomasse microbienne
  SIR x facteur de conversion = biomasse microbienne

Question 5

Quotient métabolique (qCO2)

Answer 5

• Indicateur de stress
• Respiration basale/biomasse microbienne
• Quantité de CO2 par unité de temps par unité de biomasse microbienne
• R=C/S ou R=C/(Sc+Sm)
  où R=rendement, C=croissance, S=substrat utilisé par la communauté microbienne, Sc=substrat utilisé pour la croissance et Sm=substrat utilisé pour le maintien des fonctions vitales