Semaine 5-Structure de la communauté microbienne

Question 1

Diversité génétique du sol: séquençage par synthèse

Answer 1

Étape:
- Extraire l’ADN du sol ou des racines
- Amplification par PCR
Dénaturer l’ADN en simple brin
Hybrider l’ADN avec des amorces de séquençage
- ADN est incubé avec plusieurs réactifs, ce qui permet d’identifier chaque nucléotide de façon séquentielle par l’émission de lumière

Question 2

Comment utiliser les résultats de séquençage par synthèse ?

Answer 2

1. Identifier les unités taxonomiques opérationnelles (OTU) via GenBank
2. Construire et interpréter des arbres phylogénétiques afin de répondre à des questions écologiques
3. Analyser la structure des réseaux symbiotiques

Question 3

Profil des acides gras (PLFA)

Answer 3

• Les phospholipides ne persistent pas suite à la mort des cellules microbiennes
• Une petite quantité de phospholipides correspond à une petite quantité de cellules microbiennes, donc le profil des acides gras est une estimation de la structure de la communauté microbienne
• Souvent couplé à l’analyse NFA, neutral fatty acids

Comment?

• Les phospholipides sont extractibles par divers solvants
• Il y a libération des acides gras qui ont des caractères uniques et identifiables
• Ces acides gras sont identifiés et quantifiés par chromatographie car ils sont de bons marqueurs.